genome.fa.s507.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold507
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113471--113508	9	4.3	9	80	6	51	55	0	0	44	0.99
120314--120342	6	4.8	6	100	0	58	34	17	48	0	1.47
134827--134894	21	3.3	20	78	13	59	42	0	0	57	0.98
138380--138413	2	17.0	2	93	0	59	0	2	47	50	1.16
139616--139658	20	2.2	20	87	8	61	65	0	0	34	0.93
139999--140061	25	2.6	25	80	12	76	36	0	1	61	1.05
139999--140059	12	5.0	12	75	11	52	36	0	1	62	1.05
140077--140173	30	3.4	28	72	16	83	53	1	2	43	1.19
140077--140181	29	3.6	28	71	16	81	52	0	2	43	1.22
141334--141407	36	2.0	37	92	2	123	35	4	6	54	1.46
143011--143056	24	1.9	24	86	0	65	67	6	2	23	1.25
147470--147562	43	2.2	43	96	3	170	41	18	6	33	1.76
149282--149332	19	2.5	20	75	15	52	39	0	0	60	0.97
149296--149366	29	2.4	29	75	11	74	42	1	0	56	1.08
149602--149635	9	3.7	9	92	7	59	64	0	0	35	0.94
150786--151214	107	4.0	106	82	5	506	33	12	19	34	1.90
150786--151214	214	2.0	214	85	4	587	33	12	19	34	1.90
155020--155056	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
155738--155779	15	2.9	15	82	3	50	71	0	4	23	1.05
156476--156502	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
158997--159060	32	2.0	31	90	3	101	37	7	17	37	1.79
166337--166413	38	2.0	38	100	0	154	38	7	25	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170046--170070	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
172130--172498	184	2.0	184	99	0	729	27	15	24	32	1.96
176451--176505	28	2.0	28	96	0	101	20	10	20	49	1.78
176510--176555	24	1.9	24	90	0	74	21	6	28	43	1.77
178716--178761	19	2.4	19	81	0	56	47	8	2	41	1.46
178955--178990	17	2.1	17	89	0	54	52	0	5	41	1.24
181824--181896	24	2.9	25	79	18	80	46	23	8	21	1.78
186372--186462	27	3.5	25	75	17	69	45	20	8	25	1.80
186389--186468	27	2.9	27	83	1	88	45	21	10	23	1.82
188092--188136	16	2.8	16	83	6	56	57	0	0	42	0.98
191828--191872	2	22.5	2	86	0	63	46	0	6	46	1.29
192637--192705	27	2.5	28	79	13	81	44	24	5	24	1.75
196008--196049	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
197597--197663	3	22.3	3	93	0	71	0	56	0	43	0.99
197615--197663	21	2.3	21	96	0	89	0	53	0	46	1.00
197609--197663	24	2.3	24	93	0	101	0	54	0	45	0.99
202713--202758	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
205305--205350	25	1.9	23	86	8	65	50	0	2	47	1.13
205530--205585	12	4.8	12	80	6	53	62	1	1	33	1.16
205527--205604	40	2.0	40	87	10	115	64	2	1	32	1.15
205530--205623	40	2.4	38	81	11	109	63	4	2	29	1.25
205530--205712	10	17.6	10	68	14	54	63	3	1	31	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205650--205708	29	2.0	29	83	6	75	66	1	0	32	1.02
205609--205698	35	2.4	38	79	17	102	63	2	0	34	1.07
205609--205721	19	6.0	20	73	16	73	63	2	0	33	1.08
207757--207811	24	2.4	23	81	6	58	47	7	7	38	1.59
208702--208732	15	2.1	15	100	0	62	32	12	25	29	1.93
209871--210166	104	2.8	104	89	0	421	18	14	23	43	1.87
210894--210935	20	2.1	20	100	0	84	52	4	23	19	1.65
211788--211814	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
213452--213489	14	2.6	15	87	4	60	7	28	0	63	1.23
213893--213936	21	2.0	23	86	8	65	56	2	0	40	1.11
214058--214096	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
215842--216338	108	4.5	108	75	9	380	36	19	20	23	1.95
215827--216332	222	2.3	222	79	8	493	35	18	21	23	1.95
215841--216447	330	1.8	330	81	4	767	35	18	21	23	1.95
215950--216454	108	4.5	114	77	8	289	35	19	21	23	1.96
216516--216607	34	2.7	35	83	8	102	38	1	20	40	1.60
217104--217183	30	2.6	31	75	21	80	48	0	0	51	1.00
217733--217781	16	3.2	16	82	5	57	61	0	0	38	0.96
217733--217765	15	2.2	15	89	10	50	60	0	0	39	0.97
218044--218241	78	2.5	79	78	4	220	33	10	5	50	1.59
220016--220167	16	9.5	16	82	5	155	38	32	15	14	1.87
221140--221178	15	2.5	15	87	4	51	38	35	12	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221189--221259	16	4.4	16	87	0	106	35	35	19	9	1.85
221288--221328	15	2.7	15	88	0	55	51	26	2	19	1.59
222187--222240	26	2.1	26	83	13	67	29	3	0	66	1.09
222322--222368	15	3.2	15	75	3	51	80	0	0	19	0.70
222321--222369	21	2.3	21	85	0	71	77	0	0	22	0.77
224418--224447	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
224019--224939	487	1.9	489	90	2	1469	39	8	14	37	1.77
224740--226804	130	15.8	130	86	6	2755	45	8	14	30	1.74
224856--225316	121	3.7	121	88	5	715	45	7	14	32	1.73
225286--225343	27	2.1	27	100	0	116	44	6	12	36	1.68
226089--226128	21	1.9	21	85	10	55	52	5	7	35	1.51
229184--229342	50	3.2	50	94	0	291	28	23	18	29	1.98
233718--233876	50	3.2	50	94	0	282	30	23	18	27	1.98
237692--237734	17	2.6	17	81	3	52	34	0	2	62	1.08
240158--240211	25	2.2	25	83	6	65	35	0	1	62	1.06
240910--240934	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
241827--241880	25	2.3	23	73	14	56	66	1	3	27	1.19
242836--242895	25	2.4	26	78	18	74	58	1	3	36	1.25
247227--247306	20	4.1	19	75	15	65	62	0	1	36	1.03
247944--247981	20	1.9	20	89	10	60	50	0	0	50	1.00
247940--247992	24	2.1	26	83	13	67	50	0	0	49	1.00
249767--249800	17	1.9	18	88	5	52	61	2	5	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250893--250919	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
251129--251370	78	3.1	75	74	11	215	32	10	7	49	1.65
251378--251460	42	2.0	41	95	2	148	30	14	12	43	1.82
252108--252636	125	4.3	119	72	13	334	28	14	8	48	1.73
252175--252636	250	1.8	250	84	2	624	28	14	8	48	1.74
257419--257658	78	3.1	77	78	8	213	28	11	10	49	1.72
257489--257735	78	3.2	77	76	13	236	31	12	11	45	1.77
259704--259764	23	2.7	23	87	2	79	52	21	0	26	1.47
259710--259775	23	2.9	22	77	6	60	51	22	1	24	1.57
261802--262086	78	3.7	78	77	7	287	32	11	8	47	1.71
262696--263057	126	2.9	125	84	4	428	30	12	9	48	1.72
264350--264554	78	2.6	79	79	6	213	32	10	8	49	1.66
264375--264554	79	2.3	77	78	9	195	33	10	8	48	1.67
264375--264581	79	2.6	76	74	12	186	34	9	8	47	1.66
265692--265728	15	2.4	16	90	4	58	13	10	2	72	1.21
268029--268056	12	2.3	12	100	0	56	32	25	17	25	1.97
268603--268637	3	11.7	3	87	0	52	31	34	5	28	1.81
268857--268881	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
276948--276977	6	5.0	6	91	0	51	3	16	0	80	0.85
276955--276997	20	2.2	20	87	8	61	6	13	2	76	1.08
293341--293377	16	2.2	17	90	9	58	43	0	0	56	0.99
299611--299635	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303656--303759	49	2.1	50	98	1	201	40	19	17	23	1.91
309161--309203	21	2.0	21	81	0	50	48	0	0	51	1.00
309220--309263	19	2.4	19	88	3	72	75	0	0	25	0.81
309339--309412	23	3.4	21	79	17	62	45	1	0	52	1.09
309353--309494	66	2.1	67	79	14	152	50	0	0	48	1.05
309417--309472	18	3.2	18	70	27	57	53	0	0	46	1.00
309385--309496	32	3.5	32	80	14	124	53	0	0	46	1.00
309397--309483	39	2.0	45	83	16	114	52	0	0	47	1.00
309423--309486	14	4.1	15	72	18	51	53	0	0	46	1.00
309385--309505	33	3.7	32	75	13	113	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8