genome.fa.s507.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold507
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746348--746567	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
750639--750695	19	3.0	19	92	0	87	33	19	17	29	1.95
751000--751215	34	6.4	34	85	5	278	40	27	7	24	1.83
750998--751215	67	3.2	67	88	1	319	40	27	7	24	1.82
752266--752310	20	2.2	20	84	0	54	66	2	8	22	1.30
752891--752917	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
753126--753288	50	3.3	50	81	11	199	36	19	12	31	1.89
753230--753347	60	2.0	60	87	0	173	38	18	12	30	1.88
753289--753385	49	2.0	50	87	6	144	40	16	12	30	1.85
754527--754594	29	2.3	29	82	12	77	48	0	0	51	1.00
754932--754973	19	2.3	19	87	4	59	40	0	2	57	1.12
754961--755017	19	2.9	19	80	14	64	29	0	7	63	1.21
754988--755025	18	2.1	19	85	5	51	34	0	5	60	1.19
756856--756886	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
758264--758314	18	2.8	18	75	3	57	49	0	0	50	1.00
758494--758540	18	2.6	19	74	19	55	36	4	0	59	1.17
770394--770446	27	2.0	24	82	13	61	56	0	3	39	1.17
772891--772916	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
776490--776604	16	7.3	16	67	16	62	56	0	0	42	1.05
776488--776621	20	7.1	20	67	16	61	57	0	1	41	1.08
776496--776594	32	3.4	27	72	24	76	54	0	1	44	1.06
776452--776547	39	2.5	38	76	21	94	51	0	3	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776495--776572	32	2.6	29	77	15	86	55	0	1	43	1.08
777111--777149	21	1.9	20	84	5	51	61	0	5	33	1.18
779719--779756	13	2.6	15	88	12	53	31	0	2	65	1.06
781569--781640	13	5.3	13	72	18	58	38	1	1	58	1.15
782241--782288	24	2.0	25	91	4	80	20	8	22	47	1.77
786764--786832	27	2.5	27	86	6	86	23	5	23	47	1.72
786835--786886	24	2.1	25	89	3	79	19	9	25	46	1.80
789319--789379	30	2.0	31	83	3	79	50	13	19	16	1.77
789719--789758	17	2.3	18	80	20	50	45	0	0	55	0.99
801291--801405	16	7.3	16	67	16	62	55	0	0	43	1.05
801253--801348	39	2.5	38	76	21	94	50	0	3	46	1.17
801915--801953	21	1.9	20	84	5	51	61	0	5	33	1.18
804520--804557	13	2.6	15	88	12	53	31	0	2	65	1.06
806369--806440	13	5.3	13	72	18	58	38	1	1	58	1.15
816157--816199	21	2.1	20	83	12	52	53	0	2	44	1.13
816422--816480	16	3.9	15	74	23	52	55	1	0	42	1.09
816431--816480	18	3.0	17	85	8	59	52	2	0	46	1.12
816904--816961	31	1.9	31	86	10	84	46	0	0	53	1.00
819840--819885	17	2.7	17	90	6	67	50	0	0	50	1.00
819994--820020	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
820073--820126	26	2.1	26	82	6	65	57	0	1	40	1.09
825079--825249	78	2.2	78	95	0	288	47	7	4	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825711--825785	28	2.7	27	81	6	87	36	2	5	56	1.36
826260--826293	14	2.5	14	90	4	52	41	0	0	58	0.98
826859--826925	28	2.5	27	69	13	66	49	0	0	50	1.00
826880--826935	19	2.7	22	71	23	59	55	0	0	44	0.99
828537--828575	17	2.2	18	86	4	53	46	2	7	43	1.46
830248--830339	33	2.9	33	83	10	88	44	0	0	55	0.99
830284--830340	18	3.3	18	69	18	50	42	0	0	57	0.98
830268--830339	33	2.2	33	87	5	101	43	0	0	56	0.99
830458--830513	16	3.4	16	73	20	53	42	1	0	55	1.10
832862--832915	23	2.4	21	76	8	54	38	5	0	55	1.23
832908--832966	28	2.1	28	84	9	75	52	8	1	37	1.42
832943--832984	22	1.9	22	85	9	59	54	2	7	35	1.41
834334--834381	14	3.5	14	78	16	55	45	0	2	52	1.12
834334--834390	27	2.0	27	83	6	69	45	0	1	52	1.11
834395--834423	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
835040--835143	37	2.7	37	80	15	104	46	9	1	42	1.47
835038--835152	20	5.8	20	64	24	57	44	10	1	43	1.48
835745--835785	16	2.6	16	88	3	57	41	2	0	56	1.13
838325--838382	21	2.7	21	81	7	64	56	1	0	41	1.09
841488--841534	21	2.2	21	88	0	67	63	0	0	36	0.94
841497--841534	10	3.8	10	86	10	51	63	0	0	36	0.95
841461--841546	44	1.9	45	84	13	115	60	1	1	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841575--841609	18	1.9	18	88	0	52	40	17	14	28	1.88
843337--843371	13	2.7	13	86	13	54	54	0	0	45	0.99
844374--844425	16	3.3	16	74	12	54	38	0	3	57	1.17
846522--846558	20	2.0	20	89	10	60	48	2	0	48	1.15
849856--849921	13	5.1	13	69	12	55	46	3	0	50	1.16
849841--849925	27	3.3	27	76	15	74	48	2	1	48	1.22
849855--849925	27	2.7	26	82	8	83	47	2	0	49	1.16
851344--851387	2	22.5	2	93	4	63	43	0	4	52	1.22
851612--851654	3	14.3	3	95	0	77	65	2	0	32	1.06
853174--853227	27	2.0	27	85	7	74	51	0	0	48	1.00
854206--854248	12	3.9	11	82	17	54	0	18	0	81	0.69
857557--857694	64	2.2	64	93	0	240	32	27	12	27	1.92
858288--858323	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
861013--861040	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
861404--861499	27	3.3	27	72	20	79	55	0	0	44	0.99
861398--861512	32	3.7	31	71	20	98	55	0	0	43	1.05
861424--861490	16	4.2	17	77	22	58	58	0	0	41	0.98
862096--862153	25	2.3	25	87	0	80	37	24	0	37	1.56
863258--863294	19	2.0	18	94	5	65	64	8	5	21	1.40
863264--863322	28	2.1	28	100	0	118	72	6	3	16	1.20
863258--863294	18	2.0	19	89	5	58	64	8	5	21	1.40
874169--874254	22	3.8	22	70	18	61	54	1	0	44	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874157--874204	17	2.9	16	75	3	51	56	0	0	43	0.99
874452--874489	11	2.9	14	77	22	55	63	0	0	36	0.95
874441--874503	25	2.8	22	80	15	74	61	0	0	38	0.96
874440--874503	32	2.0	33	87	9	96	60	0	0	39	0.97
874490--874573	17	4.6	18	72	16	66	52	0	0	47	1.00
874493--874569	28	2.8	28	77	15	95	53	0	0	46	1.00
874507--874550	14	3.1	14	75	12	54	54	0	0	45	0.99
875138--875183	2	23.0	2	90	0	74	45	0	4	50	1.21
877213--877261	19	2.5	19	80	3	53	51	0	0	48	1.00
877174--877274	47	2.1	46	79	16	109	51	0	0	48	1.00
877515--877559	22	2.0	22	100	0	90	31	13	8	46	1.74
879718--879767	25	2.0	25	100	0	100	32	12	20	36	1.89
886053--886096	21	2.1	21	100	0	88	31	22	0	45	1.53
887419--887449	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
894553--894598	8	6.6	7	83	16	60	58	0	0	41	0.98
894553--894598	13	3.3	14	85	14	60	58	0	0	41	0.98
894553--894616	23	3.0	21	80	17	69	56	3	0	40	1.15
894973--895018	18	2.7	17	84	15	60	56	0	0	43	0.99
895043--895089	10	4.8	10	82	15	53	40	4	0	55	1.19
895038--895171	17	7.2	18	71	19	71	41	1	0	56	1.08
895082--895132	18	3.0	16	83	11	57	45	0	0	54	0.99
895131--895214	38	2.2	38	83	10	100	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895147--895217	19	3.7	18	76	14	63	32	0	0	67	0.91
895150--895218	7	9.4	7	75	17	52	30	0	0	69	0.89
895146--895220	39	1.9	40	91	8	127	32	0	0	68	0.90
897226--897262	18	2.1	18	89	0	56	62	5	0	32	1.18
898062--898094	11	3.1	11	86	4	50	63	3	0	33	1.10
898040--898101	27	2.3	27	78	13	74	56	3	1	38	1.25
898384--898442	21	2.9	18	78	14	55	64	1	1	32	1.13
898371--898448	20	3.8	20	73	20	70	64	1	1	33	1.10
898436--898492	5	11.0	5	79	9	53	59	7	0	33	1.24
898419--898492	16	4.8	16	73	12	57	60	6	0	32	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8