genome.fa.s91.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1327174

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149933--150106	52	3.4	52	84	5	203	32	26	9	32	1.88
149886--150106	102	2.1	103	84	3	275	30	26	10	32	1.90
150095--150169	28	2.7	28	83	8	91	25	34	14	25	1.94
155845--155878	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
156030--156112	34	2.4	34	87	0	112	42	15	6	36	1.72
156146--156196	19	2.9	19	80	13	65	37	1	0	60	1.08
156147--156216	28	2.5	28	78	17	83	35	1	0	62	1.04
156267--156309	11	3.9	11	82	8	52	34	9	2	53	1.46
156266--156323	28	2.0	28	83	9	73	32	8	1	56	1.40
156284--156321	17	2.2	17	86	9	51	36	7	0	55	1.29
156259--156325	29	2.3	29	78	17	75	32	7	2	56	1.42
159937--159961	10	2.5	10	100	0	50	72	0	28	0	0.86
159962--159996	7	4.9	7	89	3	52	48	0	51	0	1.00
159947--159996	22	2.3	22	86	3	66	56	0	44	0	0.99
163281--163356	30	2.6	28	74	13	82	26	10	14	48	1.76
163278--163358	29	2.8	30	73	17	89	25	9	14	49	1.75
164979--165010	16	1.9	17	93	6	57	50	3	6	40	1.43
165777--165811	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
166339--166389	7	6.1	8	80	19	52	43	0	0	56	0.99
166905--166950	8	6.0	8	75	10	51	71	0	2	26	0.97
166917--166961	18	2.5	18	82	7	56	77	0	0	22	0.76
166905--166970	30	2.2	30	82	15	75	71	0	4	24	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167609--167636	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
167653--167699	16	2.9	16	75	15	51	46	4	0	48	1.21
168349--168397	23	2.1	22	82	14	55	57	0	0	42	0.99
169157--169227	19	4.1	18	70	18	51	50	0	2	46	1.16
169140--169211	33	2.2	32	82	9	83	50	0	1	48	1.09
170081--170107	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
171142--171172	16	1.9	16	93	0	53	54	6	3	35	1.42
174256--174329	27	2.7	27	100	0	148	14	18	43	22	1.87
176564--176690	67	1.9	68	86	1	184	38	11	25	24	1.89
176695--177228	49	10.9	49	84	2	696	31	17	25	25	1.97
176704--177228	98	5.4	98	95	2	921	31	18	25	25	1.97
177228--177297	33	2.1	35	91	5	117	20	15	37	27	1.93
177302--178180	34	26.6	33	80	10	760	32	12	34	20	1.90
177282--178157	71	13.2	70	79	11	715	31	12	35	20	1.90
177539--177598	27	2.2	27	84	0	75	30	15	36	18	1.91
177307--178164	258	3.2	257	86	8	1181	32	12	34	20	1.90
177708--178185	92	5.0	93	78	12	427	30	12	34	21	1.92
178134--178217	30	2.8	30	88	1	114	28	16	28	26	1.97
184268--184341	27	2.7	27	100	0	148	14	18	43	22	1.87
186466--186595	52	2.5	51	91	3	199	31	16	19	33	1.94
186466--186615	52	2.9	50	83	12	171	32	16	19	32	1.93
186604--186628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186692--186716	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
187041--187192	63	2.4	63	83	2	189	36	14	13	35	1.85
189797--189907	56	2.0	56	96	0	204	43	17	20	18	1.88
195723--195747	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
195704--195765	32	1.9	33	90	3	99	29	16	14	40	1.88
195883--195937	20	2.4	25	71	28	75	29	7	23	40	1.81
195889--195943	20	2.8	20	97	0	101	30	9	21	38	1.85
195823--196003	83	2.2	83	86	2	247	31	12	19	36	1.89
196378--196443	35	1.9	34	93	3	114	33	10	22	33	1.89
198024--198122	28	3.5	28	75	8	101	28	16	30	25	1.96
198043--198137	29	3.2	31	74	21	94	32	13	29	24	1.93
198017--198137	57	2.1	58	89	3	181	32	14	28	25	1.94
197945--198214	136	2.0	136	83	3	348	32	14	25	27	1.94
198082--198629	79	7.0	79	84	3	615	32	10	26	29	1.91
198075--198629	157	3.5	157	82	5	658	33	10	26	29	1.90
201161--201186	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
201711--202343	61	10.4	60	83	4	689	30	17	25	27	1.97
201707--202343	120	5.2	120	84	2	781	29	17	25	26	1.98
201779--202342	242	2.3	239	85	3	736	30	17	25	26	1.97
212804--212850	20	2.3	20	82	7	60	34	21	2	42	1.65
215377--215401	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
215356--215418	33	1.9	33	90	3	101	30	15	15	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216700--216801	50	2.0	50	98	0	195	21	21	15	41	1.90
223668--223705	4	9.5	4	100	0	76	76	0	0	23	0.79
224130--224200	28	2.5	28	88	0	106	26	18	28	26	1.98
224158--224404	79	3.1	79	81	7	288	33	11	26	27	1.91
224342--224455	51	2.2	52	81	6	126	33	7	28	29	1.86
224413--224596	79	2.4	79	81	5	214	37	11	23	27	1.89
224286--224532	128	1.9	130	82	6	315	36	9	25	29	1.87
224186--224596	207	2.0	208	80	5	474	35	11	25	27	1.90
224391--224596	77	2.6	77	78	4	227	35	11	24	27	1.90
231021--231062	21	2.0	21	85	0	57	9	16	19	54	1.69
233456--233493	14	2.7	14	100	0	76	42	0	0	57	0.98
233448--233493	14	3.3	14	93	0	65	39	2	2	56	1.24
234056--234154	51	2.0	50	95	2	180	32	8	17	42	1.78
237835--237884	13	3.7	14	86	7	77	86	14	0	0	0.58
239180--239326	32	4.7	30	82	12	172	25	28	18	27	1.98
239177--239325	62	2.4	62	85	10	198	24	28	18	28	1.98
239303--239862	34	16.9	34	78	14	423	20	33	13	33	1.91
239336--239879	71	8.1	70	74	17	430	20	34	12	32	1.91
239470--239555	29	3.0	28	91	6	138	23	37	15	24	1.93
239401--239727	127	2.5	127	82	8	376	19	33	14	32	1.92
239209--239879	98	6.8	99	75	13	465	20	32	13	32	1.92
239695--239748	27	2.0	27	88	0	81	24	40	12	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239661--239854	61	3.0	61	80	14	176	20	34	11	34	1.89
239723--239861	73	1.9	71	88	5	208	19	30	10	39	1.86
239728--239879	73	2.1	71	84	6	191	21	32	10	35	1.87
239864--239933	33	2.1	35	91	5	117	25	35	17	21	1.95
239933--240683	49	15.7	49	84	7	951	25	26	18	30	1.98
239982--240639	92	7.0	92	85	8	800	24	26	18	29	1.98
239933--240683	141	5.3	141	89	4	1003	25	26	18	30	1.98
241593--241617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
241573--241643	34	2.1	34	86	2	99	33	11	14	40	1.81
241683--241707	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241716--241836	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
248361--248394	13	2.6	13	90	0	50	55	0	2	41	1.15
248938--249064	56	2.3	56	93	1	211	46	14	25	13	1.81
249282--249325	17	2.4	19	88	7	65	75	0	20	4	0.98
249516--249554	21	1.9	21	94	5	71	56	25	12	5	1.57
249600--249642	23	1.9	22	85	4	59	53	20	23	2	1.57
252040--252072	17	2.0	17	88	5	50	54	12	27	6	1.60
256429--256507	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
256494--256532	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
258943--259015	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
258961--259036	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
258943--259036	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259075--259100	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266722--266763	21	2.0	21	85	0	57	9	16	19	54	1.69
269160--269198	15	2.7	15	96	4	71	41	0	0	58	0.98
269768--269864	50	2.0	49	95	2	176	32	8	17	41	1.79
273538--273587	13	3.7	14	86	7	77	86	14	0	0	0.58
274883--275029	32	4.7	30	82	12	172	25	28	18	27	1.98
274880--275028	62	2.4	62	85	10	198	24	28	18	28	1.98
275006--275564	34	16.9	34	78	14	423	20	33	13	33	1.91
275039--275581	71	8.1	70	75	17	430	20	34	12	32	1.91
275173--275258	29	3.0	28	91	6	138	23	37	15	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8