genome.fa.s91.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1327174

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884396--884444	17	2.8	17	79	14	64	65	6	4	24	1.33
885024--885150	67	1.9	68	85	1	175	39	11	24	24	1.89
885207--885916	43	15.1	43	80	14	621	31	17	26	24	1.97
885167--885911	49	15.7	49	82	11	872	31	17	26	24	1.97
885207--885911	92	7.5	92	83	7	857	31	17	26	24	1.97
885768--885911	50	2.9	50	92	1	236	30	17	26	25	1.97
885911--886082	33	5.2	33	90	3	276	19	17	34	28	1.94
885911--886082	65	2.6	67	91	2	278	19	17	34	28	1.94
886084--886404	33	9.6	34	85	8	369	32	13	34	19	1.91
886357--886471	31	3.7	31	87	3	151	26	17	30	26	1.97
886149--886477	66	5.1	64	84	7	219	31	13	33	21	1.92
894708--894887	52	3.5	52	96	2	328	30	17	18	33	1.94
894896--894920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
894961--895027	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
894983--895007	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
895197--895226	9	3.4	9	90	9	53	70	10	0	20	1.16
895196--895226	8	3.8	8	91	8	53	67	9	0	22	1.19
895187--895235	17	2.8	17	79	14	64	65	6	4	24	1.33
898381--898446	29	2.2	30	86	5	89	43	7	4	43	1.53
898439--898510	32	2.3	32	88	7	103	30	9	12	47	1.74
899602--899881	154	1.8	154	80	7	345	33	10	6	49	1.63
901160--901631	161	2.9	161	81	6	482	28	8	17	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902510--902554	20	2.3	21	81	11	60	48	0	0	51	1.00
906058--906095	19	2.0	19	89	0	58	63	5	21	10	1.46
906202--906246	20	2.4	19	85	7	56	77	0	20	2	0.87
910147--910189	21	2.0	21	95	0	77	27	25	0	46	1.53
911725--911875	81	1.9	81	88	2	232	24	23	10	41	1.86
911799--911923	46	2.8	46	77	7	123	21	20	14	43	1.87
911844--912249	81	5.0	81	80	4	334	19	21	13	45	1.85
912016--912329	45	7.4	42	68	19	147	18	23	15	42	1.89
912708--912744	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
918279--918345	33	2.1	32	83	8	82	34	14	14	35	1.88
924838--924862	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
924991--925030	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
926687--926772	21	4.4	21	76	19	80	39	6	17	36	1.77
927301--927342	21	2.0	21	85	4	57	35	23	11	28	1.91
927359--927414	19	2.9	19	81	7	69	35	16	12	35	1.86
927449--927487	13	2.9	13	84	3	51	38	7	12	41	1.72
930665--930751	43	2.0	43	95	2	158	37	0	11	50	1.39
931735--931788	20	2.8	20	91	2	83	35	12	16	35	1.87
931816--931885	33	2.1	34	89	7	108	37	12	15	34	1.86
940607--940656	20	2.6	19	81	6	64	34	16	18	32	1.92
942431--942488	18	3.4	17	79	11	64	27	1	12	58	1.43
942405--942496	34	2.7	34	81	6	116	30	4	11	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943754--943806	20	2.6	21	81	6	63	32	13	15	39	1.85
947111--947146	17	2.1	17	90	10	56	75	0	0	25	0.81
947111--947148	13	2.9	13	84	11	51	73	0	0	26	0.83
948553--948661	52	2.1	51	81	1	119	36	11	23	28	1.89
948565--948676	52	2.2	50	79	6	116	33	12	25	28	1.92
948634--948778	78	1.9	78	82	5	186	26	16	30	26	1.97
948712--948825	51	2.2	49	82	13	133	29	11	27	31	1.91
948587--948854	129	2.1	129	81	7	303	30	14	27	27	1.95
948953--949443	51	9.5	51	71	13	321	32	12	26	28	1.92
948921--949428	260	2.0	259	82	7	638	32	13	26	27	1.93
948953--949444	102	4.8	102	74	11	369	32	12	26	28	1.92
952598--952683	28	3.1	28	65	25	74	24	23	27	24	2.00
952578--953076	55	8.9	55	87	5	630	23	22	28	26	1.99
952578--953236	165	3.8	166	83	9	732	24	21	27	26	1.99
952974--953212	134	1.8	128	84	7	327	25	20	28	25	1.99
954314--954361	11	4.5	11	84	2	53	4	2	6	87	0.73
954315--954357	22	1.9	23	85	4	61	4	2	6	86	0.79
954325--954358	18	1.9	18	88	5	52	5	0	5	88	0.64
966755--966889	52	2.6	51	79	5	121	31	15	28	25	1.96
967002--967075	28	2.6	28	76	6	78	27	22	28	21	1.99
967175--967359	102	1.8	102	89	0	289	32	12	27	27	1.93
967162--967359	51	3.9	50	74	10	170	34	12	26	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967402--967531	51	2.5	52	85	3	165	32	12	24	30	1.92
973661--973712	20	2.5	21	90	3	79	34	15	13	36	1.87
973747--973814	34	2.0	33	88	8	102	27	16	14	41	1.87
973764--973795	13	2.4	13	94	5	55	31	15	15	37	1.89
973776--973835	20	3.0	20	87	7	86	30	16	11	41	1.84
976177--976249	28	2.6	30	77	14	84	21	30	21	26	1.99
978570--978606	4	9.2	4	100	0	74	24	0	0	75	0.80
983184--983484	79	3.8	79	82	6	342	27	23	12	36	1.91
983454--983521	27	2.5	27	80	2	82	27	25	17	29	1.97
983224--983740	264	2.0	264	80	6	602	27	23	12	36	1.90
983506--983884	158	2.4	158	81	6	419	27	21	13	37	1.91
983488--983884	79	5.0	79	79	5	374	26	21	13	38	1.90
997291--997977	61	11.3	61	80	4	692	27	25	17	29	1.97
997321--997978	120	5.4	118	82	6	676	27	25	17	29	1.98
997321--997921	181	3.3	178	82	6	667	27	26	17	28	1.98
1005301--1005705	163	2.5	165	82	4	491	30	6	15	47	1.71
1008496--1008542	20	2.4	19	76	16	51	25	2	8	63	1.34
1008498--1008542	21	2.2	20	84	11	56	22	2	8	66	1.30
1010815--1010839	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1010792--1010859	33	2.1	33	89	8	104	33	13	16	36	1.87
1010945--1010995	20	2.5	20	87	6	68	33	17	15	33	1.92
1013205--1013245	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013377--1013401	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1017910--1017943	3	11.3	3	87	0	50	26	35	0	38	1.57
1017910--1017943	9	3.8	9	96	0	59	26	35	0	38	1.57
1019546--1019570	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1019523--1019590	33	2.1	33	89	8	104	32	13	17	36	1.89
1024457--1024482	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1024437--1024503	33	2.0	33	88	5	100	32	17	11	37	1.87
1024553--1024579	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1025109--1025243	67	2.0	67	92	2	227	28	28	1	41	1.65
1033011--1033076	20	3.7	20	73	26	83	30	21	12	36	1.90
1033031--1033094	13	5.4	13	76	17	68	32	17	14	35	1.89
1033011--1033107	33	2.9	33	95	3	169	30	19	13	36	1.90
1034042--1034133	20	4.6	20	74	14	73	29	15	18	36	1.91
1034868--1034911	22	2.0	22	100	0	88	54	18	9	18	1.69
1034870--1034920	22	2.3	22	89	0	75	52	21	9	15	1.71
1042660--1042685	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1042638--1042705	33	2.1	32	91	2	109	30	14	19	35	1.92
1042746--1042798	21	2.6	20	82	8	63	32	15	15	37	1.88
1042786--1042810	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1046122--1046173	20	2.5	21	84	3	70	34	15	9	40	1.80
1047378--1047464	36	2.5	36	85	7	110	31	14	24	29	1.95
1049014--1049055	21	2.0	21	86	9	59	59	2	16	21	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051264--1051500	122	1.9	122	92	0	393	44	4	26	24	1.73
1053991--1054015	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1053968--1054035	33	2.1	32	86	2	91	33	13	17	35	1.89
1058609--1058700	7	13.1	7	100	0	184	42	42	0	15	1.46
1060409--1060446	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
1062300--1062331	16	2.0	16	93	0	55	34	6	18	40	1.76
1062876--1062930	20	2.8	20	100	0	110	38	18	10	32	1.85
1062876--1062982	20	5.7	19	79	18	93	38	17	12	31	1.87
1063065--1063098	10	3.4	10	95	0	59	20	20	32	26	1.97
1064362--1064412	20	2.6	19	88	11	77	33	15	11	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8