genome.fa.s91.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1327174

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615774--615824	20	2.5	20	84	6	68	39	9	17	33	1.83
615862--615976	50	2.3	51	83	7	139	33	13	13	40	1.84
615862--615982	51	2.4	49	82	9	138	32	14	12	41	1.82
616752--616863	51	2.2	50	87	4	154	28	18	9	42	1.82
628193--628241	19	2.6	19	93	0	80	36	24	12	26	1.91
634039--634082	1	44.0	1	83	0	52	90	4	2	2	0.58
634038--634082	18	2.5	18	86	13	58	88	6	2	2	0.66
634039--634086	17	2.7	18	80	9	62	89	4	4	2	0.64
634039--634087	20	2.5	20	86	6	64	87	4	6	2	0.72
639438--639512	19	3.9	19	87	3	114	36	17	17	29	1.93
639432--639511	39	2.1	39	97	0	151	35	17	16	31	1.92
639625--639671	20	2.4	20	89	3	69	34	19	14	31	1.92
640641--640920	153	1.8	154	83	5	370	37	19	17	25	1.94
640641--640966	154	2.1	153	79	4	334	37	19	17	24	1.93
641948--641979	15	2.1	15	100	0	64	40	9	12	37	1.75
643702--643727	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
646282--646320	13	3.0	13	88	0	60	33	15	20	30	1.94
652213--652272	13	5.0	13	76	19	76	30	15	13	41	1.85
652200--652272	34	2.1	34	100	0	146	30	15	10	43	1.80
656193--656242	20	2.5	20	86	3	64	40	10	22	28	1.86
656298--656416	51	2.3	51	83	8	136	31	10	13	44	1.78
659076--659134	19	3.2	18	82	15	68	30	16	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660779--660803	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
664574--664684	33	3.5	33	69	18	117	30	3	30	35	1.75
664557--664688	62	2.1	61	94	4	230	28	3	26	41	1.73
666190--666440	80	3.1	78	82	7	301	31	25	9	33	1.87
666316--666365	27	1.9	27	84	8	68	32	32	10	26	1.89
666190--666481	80	3.7	80	81	7	290	31	25	8	34	1.85
670617--670805	104	1.8	104	88	2	290	31	15	17	34	1.92
670604--670785	52	3.5	52	88	0	274	30	16	17	35	1.92
670794--670818	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
670863--670978	13	7.5	13	67	29	52	36	18	12	32	1.88
670871--670965	19	5.7	18	70	27	84	35	18	12	32	1.89
670863--670980	32	3.7	32	94	0	200	37	18	11	32	1.87
671725--672105	49	7.8	49	76	11	318	33	17	25	23	1.96
671822--672105	101	2.9	101	84	6	320	32	17	26	22	1.97
671931--672100	91	1.9	91	89	0	268	31	18	27	23	1.97
672158--672241	34	2.4	35	84	2	98	36	15	30	16	1.90
672179--672272	35	2.8	33	82	10	109	40	12	29	17	1.86
672399--672635	30	8.2	29	83	8	263	20	15	31	32	1.94
672386--672628	85	2.8	84	85	6	337	19	15	30	34	1.93
672404--672630	115	2.0	116	87	7	329	20	15	30	33	1.94
674044--674129	1	86.0	1	69	0	55	1	6	6	84	0.81
674032--674129	38	2.6	37	87	6	135	1	7	8	83	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674020--674123	12	8.2	12	73	20	70	0	5	10	82	0.87
675905--675936	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
676288--676914	209	3.0	209	98	0	1200	30	16	15	36	1.91
679246--679359	39	2.9	38	65	23	92	29	12	21	36	1.90
678939--679543	154	4.0	153	77	5	571	31	12	18	38	1.88
678935--679552	76	8.1	78	77	6	503	31	12	18	37	1.88
687032--687120	32	2.9	31	83	8	112	25	19	24	30	1.98
687079--687848	28	27.7	28	80	7	730	25	17	26	30	1.97
708270--708310	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
710686--710710	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
712165--712250	20	4.3	20	79	1	93	44	11	11	32	1.77
712171--712247	40	1.9	39	86	2	109	44	10	11	33	1.75
713003--713068	30	2.1	32	86	5	91	21	15	30	33	1.94
713536--713594	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
713874--713899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
713854--713917	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
713854--713917	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
713948--714021	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
716444--716481	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
718560--718590	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
720392--720436	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
722317--722375	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722636--722699	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
723086--723815	28	25.8	28	81	7	803	24	17	27	30	1.97
723540--723617	35	2.2	35	90	2	120	19	15	32	33	1.93
728128--728202	20	3.8	20	85	0	87	45	10	13	30	1.77
728903--728989	43	2.0	43	93	0	147	16	16	11	56	1.67
732171--732308	71	1.9	71	85	2	188	30	17	10	42	1.82
732181--732328	20	6.8	20	71	18	109	31	16	10	41	1.82
732181--732376	91	2.2	91	86	1	268	31	16	11	40	1.84
746268--746324	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
746313--746365	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
746397--746464	33	2.1	33	86	8	95	35	19	13	32	1.90
747421--747483	13	4.8	12	75	24	65	84	12	3	0	0.75
747432--747478	17	2.6	19	80	19	64	85	10	4	0	0.74
747421--747497	29	2.8	27	86	9	102	84	12	2	0	0.73
747437--747469	17	1.9	17	100	0	66	84	12	3	0	0.72
747421--747486	11	6.2	11	80	3	64	84	12	3	0	0.72
748736--749092	28	12.7	28	87	2	464	29	31	16	22	1.96
753308--753333	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
756588--756613	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
760529--760579	21	2.5	21	81	12	61	21	19	3	54	1.60
810178--810222	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
812435--812461	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825589--825641	20	2.7	20	81	0	61	37	9	13	39	1.77
826423--826455	12	2.9	12	91	8	52	0	15	0	84	0.61
827037--827111	20	3.8	20	78	0	87	34	13	10	41	1.79
827037--827114	40	2.0	39	87	2	111	34	12	11	41	1.80
841101--841127	14	1.9	14	100	0	54	88	11	0	0	0.50
842367--843456	28	38.0	29	82	8	1157	27	29	18	23	1.98
842363--843378	57	17.8	57	81	8	1066	27	30	18	23	1.98
842369--843410	225	4.6	225	82	6	1249	27	30	18	23	1.98
844018--844095	40	2.0	39	85	7	104	34	11	11	42	1.77
847882--848122	97	2.5	97	89	0	374	26	13	31	28	1.94
849503--849577	20	3.8	20	77	7	80	42	10	14	32	1.80
850476--850859	28	13.4	28	82	5	446	22	17	30	28	1.97
850448--850859	171	2.4	171	86	3	547	22	18	30	28	1.97
851968--852029	26	2.2	30	81	16	80	6	4	6	82	0.95
852769--852834	20	3.7	20	73	26	83	30	15	18	36	1.91
852789--852847	13	5.0	13	76	19	67	33	15	16	33	1.91
852767--852867	33	3.1	33	95	4	179	31	15	16	35	1.91
855434--855509	33	2.3	33	93	0	125	38	15	17	28	1.90
866763--866978	96	2.2	97	83	4	285	32	13	26	27	1.94
869180--869256	20	3.9	19	78	8	82	41	12	15	29	1.85
870481--870533	18	2.9	17	83	13	61	37	15	13	33	1.86
871520--871545	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872271--872316	20	2.4	19	82	13	58	47	17	2	32	1.60
872279--872327	20	2.4	20	93	3	80	44	20	4	30	1.70
874057--874081	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
880159--880210	19	2.7	20	81	6	70	28	11	15	44	1.81
883990--884117	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
884126--884150	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
884170--884236	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
884192--884216	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
884406--884435	9	3.4	9	90	9	53	70	10	0	20	1.16
884405--884435	8	3.8	8	91	8	53	67	9	0	22	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8