genome.fa.s91.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1327174

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5307--5395	1	89.0	1	84	0	79	87	5	5	1	0.71
5307--5395	35	2.6	33	82	8	117	87	5	5	1	0.71
6836--6961	30	4.3	29	82	7	139	30	29	17	23	1.97
6836--6915	29	2.7	30	92	1	135	28	23	21	26	1.99
6895--6989	27	3.3	27	80	12	100	31	35	16	15	1.91
6862--6989	57	2.2	60	84	4	163	28	32	17	20	1.96
6836--6980	30	4.9	30	80	8	127	28	29	18	22	1.98
6901--6989	30	3.0	30	77	19	105	30	35	16	16	1.92
6982--7253	49	5.8	47	87	7	326	26	25	17	30	1.97
7098--7165	21	3.2	21	66	25	61	26	27	17	27	1.98
7074--7209	43	3.2	43	94	0	245	27	25	17	29	1.98
7163--7316	52	2.9	53	80	6	177	24	23	16	35	1.95
7163--7626	49	8.7	55	79	11	336	24	24	16	35	1.95
7333--7630	49	6.0	49	84	4	371	24	24	16	34	1.96
7333--7626	104	2.9	99	86	3	401	24	24	16	34	1.95
7338--7655	153	2.2	147	83	7	389	23	24	17	34	1.96
8397--8421	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8484--8508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8517--8697	52	3.5	52	99	0	353	35	18	17	28	1.94
14821--14924	34	3.1	34	95	0	190	21	0	38	40	1.53
14891--15036	22	6.5	22	76	20	142	19	0	39	40	1.52
14864--14980	56	2.1	56	96	0	216	21	0	40	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14920--15014	34	2.8	34	98	0	181	20	0	41	38	1.52
14830--15065	90	2.6	90	98	0	454	20	0	38	40	1.53
14891--15065	56	3.1	56	86	10	225	20	0	38	41	1.52
19439--19488	10	4.5	11	76	14	50	86	0	8	6	0.72
19441--19471	16	1.9	16	93	0	53	87	0	9	3	0.66
19439--19477	15	2.6	14	81	14	51	87	0	7	5	0.68
20941--21226	151	1.9	150	93	0	491	33	17	13	35	1.89
21127--21361	78	3.0	77	79	6	231	37	14	9	39	1.78
24545--24700	82	1.9	82	91	0	258	43	17	7	31	1.76
26299--26337	3	13.0	3	94	0	69	64	0	0	35	0.94
29618--29667	23	2.2	23	85	7	66	54	0	0	46	1.00
29908--29993	29	2.9	30	79	10	106	51	1	2	45	1.21
31423--31461	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
31429--31461	17	1.9	17	93	0	57	39	6	0	54	1.25
32665--32694	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
33887--33939	25	2.2	25	80	16	67	37	5	0	56	1.23
33883--33942	24	2.4	25	81	8	70	41	5	0	53	1.23
38949--38979	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
40241--40296	24	2.4	23	82	8	60	50	1	7	41	1.40
40357--40386	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
40584--40694	37	3.1	37	72	20	99	40	1	0	56	1.16
40671--40708	16	2.3	17	86	4	51	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50211--50253	20	2.2	20	95	0	77	41	16	16	25	1.88
51523--51628	55	1.9	55	90	3	169	41	14	0	43	1.51
58417--58449	17	1.9	17	88	11	50	87	3	9	0	0.63
58626--58762	46	3.0	46	96	0	247	37	22	9	29	1.86
69058--69359	151	2.0	151	86	0	424	40	14	14	31	1.85
70972--71025	20	2.7	20	79	2	63	37	14	5	42	1.69
73427--73638	96	2.2	94	80	7	257	26	24	11	36	1.90
76997--77026	14	2.1	14	100	0	60	80	0	6	13	0.91
76978--77032	20	2.8	20	91	5	85	78	1	7	12	1.04
77663--77696	16	2.1	16	88	0	50	29	35	20	14	1.93
77676--77800	47	2.7	47	88	2	180	28	32	23	16	1.95
79378--79403	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
81785--81831	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
81952--81990	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
81976--82054	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
84069--84099	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
85903--85947	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
98313--98436	52	2.4	52	94	0	212	30	16	17	35	1.92
99096--99241	52	2.8	56	80	16	175	33	19	24	21	1.97
99087--99629	48	11.1	50	82	8	604	31	18	26	23	1.97
99087--99634	197	2.8	192	82	8	635	31	18	26	23	1.97
99649--99800	28	5.3	28	84	5	182	19	15	28	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99675--100110	28	14.6	30	77	8	261	25	15	29	29	1.96
99649--99805	84	1.8	84	82	10	203	21	15	28	35	1.93
99774--99865	35	2.7	35	79	5	107	36	13	30	19	1.90
99843--100106	29	8.9	29	76	9	203	25	16	29	27	1.97
99841--100042	57	3.5	57	81	4	199	24	16	29	28	1.97
99887--100048	57	2.8	57	82	3	209	23	16	30	30	1.96
99993--100085	34	2.8	34	80	9	86	29	15	31	24	1.95
101545--101616	30	2.4	28	82	13	90	1	1	16	80	0.85
101545--101612	7	9.4	7	80	12	68	1	1	14	82	0.82
101574--101615	19	2.4	17	85	14	59	0	0	11	88	0.53
102928--102953	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102908--102971	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
103660--103703	21	2.1	22	87	8	65	25	29	4	40	1.75
105506--105531	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109326--109372	21	2.2	23	81	14	64	23	17	4	55	1.59
111593--111618	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111573--111636	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
125282--125410	52	2.5	52	94	0	222	31	17	16	34	1.92
125282--125430	52	2.9	51	88	4	210	32	17	16	33	1.93
125419--125443	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125463--125529	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
125485--125509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125562--125623	32	1.9	32	96	0	115	32	8	16	43	1.77
130675--130752	20	3.9	20	80	6	95	41	11	14	33	1.81
131314--132175	29	29.9	29	79	7	859	25	17	29	28	1.97
131314--132175	57	14.9	58	79	8	879	25	17	29	28	1.97
131462--132177	86	8.3	86	84	5	897	24	16	29	28	1.97
133284--133351	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
133306--133330	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
133287--133349	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
144582--144697	6	19.5	6	77	11	114	82	12	4	0	0.85
144582--144697	17	6.5	17	80	12	117	82	12	4	0	0.85
144589--144697	23	4.6	23	83	10	148	82	12	4	0	0.81
144589--144703	55	2.1	55	88	3	169	82	12	5	0	0.82
144582--144703	1	122.0	1	71	0	55	82	11	4	0	0.85
145771--146025	55	4.5	55	87	3	323	26	29	21	22	1.99
145938--146116	94	1.8	96	86	9	256	24	29	20	26	1.99
146039--146360	55	5.6	57	79	12	288	25	27	20	26	1.99
145881--146442	155	3.5	155	82	9	725	25	29	20	25	1.99
145826--146235	210	2.0	207	84	6	531	25	29	20	24	1.99
145705--146287	265	2.2	258	84	7	756	25	29	20	24	1.99
145774--146504	326	2.3	319	84	6	954	25	29	20	24	1.99
146162--146559	210	1.9	211	84	3	543	26	28	20	24	1.99
146372--146505	55	2.4	55	88	0	187	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146545--146814	42	6.2	43	76	14	216	20	27	11	39	1.88
146562--146823	89	3.0	87	82	8	313	20	28	10	40	1.86
146577--146814	46	5.5	41	73	15	183	20	28	10	40	1.86
147453--147515	19	3.7	18	72	24	64	33	14	15	36	1.88
147451--147523	32	2.3	32	95	0	128	34	13	16	35	1.88
147540--147581	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
147568--147593	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
149826--149903	27	2.8	28	88	1	104	23	35	20	20	1.96
149752--149954	103	1.9	105	87	3	293	25	30	17	27	1.97
149886--150106	51	4.3	51	82	2	219	30	26	10	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8