genome.fa.s257.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  671528

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1614	181	9.1	181	76	8	1191	42	9	7	40	1.66
1--1544	358	4.3	357	75	10	1028	42	9	7	40	1.66
1084--1392	165	1.9	167	83	6	412	42	10	6	41	1.65
906--1571	345	1.9	344	82	2	836	42	8	7	40	1.64
1652--4691	181	16.8	180	74	8	2148	39	8	10	41	1.69
1657--4691	361	8.4	358	75	9	2166	39	8	10	41	1.69
3508--3804	161	1.8	159	79	7	339	38	7	9	45	1.65
4213--4252	21	1.9	21	100	0	80	42	5	10	42	1.60
4053--4430	202	1.9	202	84	2	508	41	6	9	42	1.62
4687--6529	181	10.3	178	75	8	1295	39	8	10	41	1.70
5281--5692	177	2.3	176	80	5	409	36	8	11	42	1.72
4741--6529	358	5.0	357	75	8	1399	39	8	10	41	1.70
6210--6810	326	1.8	325	80	6	732	40	7	12	39	1.71
5635--8584	537	5.6	510	75	11	1443	39	8	10	41	1.70
6530--9174	181	14.7	181	76	7	2036	39	8	10	41	1.70
6530--9166	363	7.3	359	76	9	1982	39	8	10	41	1.70
9247--11286	363	5.6	361	74	10	1098	39	7	10	42	1.68
9215--15692	543	12.1	530	72	13	2221	39	8	10	42	1.69
9213--11883	179	14.8	180	74	10	1772	39	7	10	42	1.68
10730--10786	18	3.2	18	73	12	55	45	7	10	36	1.66
9213--11883	364	7.4	362	73	11	1653	39	7	10	42	1.68
12749--15691	181	16.5	179	73	9	1570	39	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13513--15684	899	2.4	890	78	7	2083	39	8	10	42	1.69
15784--17635	181	10.4	179	75	9	1211	42	9	8	39	1.68
16187--16520	169	2.0	166	85	4	456	43	6	8	42	1.60
16685--17355	364	1.8	364	80	5	802	40	11	8	38	1.72
16844--17605	359	2.1	360	79	6	817	42	11	8	37	1.71
17506--17777	146	1.9	146	83	3	359	45	6	8	39	1.60
17616--23306	181	31.5	178	73	8	2994	41	9	8	40	1.68
17616--23306	361	15.8	357	73	8	2948	41	9	8	40	1.68
17616--26589	900	10.0	888	72	9	3878	41	9	8	40	1.68
17813--26592	724	12.2	710	71	10	3053	41	9	8	40	1.68
19617--19653	18	2.0	19	89	5	58	35	13	8	43	1.74
21154--21551	203	2.0	203	83	2	512	43	8	8	39	1.66
22824--22871	16	2.7	18	84	12	64	39	12	4	43	1.62
23386--26588	181	17.8	182	76	7	2343	42	9	8	40	1.66
27035--28496	181	8.1	181	74	8	954	41	8	8	41	1.66
28530--31048	181	14.1	181	75	7	1762	41	9	8	39	1.69
29327--29359	17	2.0	17	88	5	50	39	9	3	48	1.50
28549--30635	354	5.8	354	71	12	1000	42	9	8	39	1.68
29585--31041	539	2.7	541	78	8	1191	42	10	9	38	1.70
31105--32279	181	6.7	177	75	10	976	40	7	9	42	1.66
31352--31664	170	1.8	170	82	5	409	38	9	9	42	1.69
32486--32522	17	2.1	19	85	10	51	32	2	13	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32512--32541	15	2.0	15	93	0	51	36	10	6	46	1.64
32689--32908	7	33.4	7	70	13	130	18	1	38	42	1.59
32730--32873	27	5.5	25	72	14	78	19	0	38	40	1.57
32700--32864	13	12.6	13	70	12	97	18	1	39	40	1.59
32689--32898	20	10.6	20	75	12	121	19	1	38	41	1.60
33624--37954	181	24.2	175	70	13	1412	40	8	9	41	1.69
33624--35074	180	8.1	181	78	6	1324	39	8	10	41	1.70
35379--37954	181	14.4	181	74	8	1679	41	8	9	40	1.68
35374--37538	540	4.0	529	76	10	1578	41	8	9	41	1.67
33664--37772	180	22.9	177	71	12	1246	40	8	9	40	1.68
37613--37940	168	2.0	167	81	6	385	40	7	11	40	1.70
38136--38271	65	2.1	67	88	5	206	38	11	7	43	1.68
39121--39743	182	3.5	180	76	10	526	43	8	8	39	1.65
39073--39781	362	2.0	355	79	7	763	42	8	9	39	1.67
39508--40002	254	2.0	253	80	7	567	43	7	8	40	1.63
39778--43999	360	11.8	361	73	8	2565	41	9	8	39	1.69
39762--43999	181	23.6	180	74	7	2611	41	9	8	39	1.69
40268--43204	537	5.5	531	75	8	1280	41	10	8	39	1.69
42925--43900	530	1.9	523	80	4	1165	41	8	9	40	1.68
44220--47877	358	10.2	356	75	8	2573	39	8	9	41	1.69
44220--47863	181	20.3	179	75	7	2487	39	8	9	41	1.69
44220--47863	897	4.1	889	76	8	2492	39	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44220--47834	539	6.7	538	75	8	2472	39	8	9	41	1.69
44220--47654	720	4.8	714	76	7	2051	39	8	9	41	1.69
49613--54193	181	25.5	180	75	7	2899	40	8	9	41	1.69
49612--54193	362	12.7	361	76	5	3370	40	8	9	41	1.69
49706--70335	901	23.0	897	70	13	6285	40	8	9	41	1.68
54248--54963	172	4.0	177	76	11	560	40	8	9	41	1.67
55218--55253	16	2.1	17	90	10	56	44	5	11	38	1.63
55086--56130	532	2.0	530	80	6	1183	41	6	10	41	1.66
55613--56290	181	3.8	181	73	9	481	39	7	10	42	1.67
55887--56290	182	2.2	183	78	7	432	40	7	10	41	1.68
56157--56432	141	1.9	143	84	7	364	41	7	8	42	1.64
56275--59002	180	15.2	180	76	7	2049	40	7	10	42	1.66
56548--70349	722	19.1	706	70	13	3210	40	8	9	41	1.68
59149--59565	180	2.3	177	81	7	468	39	7	8	44	1.63
59149--59651	177	2.8	180	78	7	408	39	7	8	43	1.64
59004--60258	691	1.8	694	80	3	1517	40	8	9	41	1.67
59649--60258	181	3.4	176	74	7	510	39	9	10	41	1.71
60288--60332	18	2.6	17	86	6	72	17	2	8	71	1.23
60620--60934	164	1.9	163	82	7	397	38	9	12	40	1.74
60781--64067	181	18.4	181	76	8	2372	40	7	9	42	1.66
60781--64066	361	9.2	362	76	8	2549	40	7	9	42	1.66
60613--64066	542	6.5	535	76	9	2569	40	7	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63253--63555	162	1.9	162	80	8	357	41	7	9	41	1.66
60781--64066	884	3.7	876	76	9	2595	40	7	9	42	1.66
63413--64066	180	3.6	180	79	4	694	40	7	9	43	1.64
64133--65614	181	8.3	178	74	9	954	41	8	9	40	1.68
65641--70349	181	26.2	180	76	8	3501	40	8	9	41	1.69
68185--68495	170	1.8	170	81	4	394	37	9	11	40	1.75
65867--69854	894	4.4	893	75	10	2333	40	8	10	41	1.69
70360--70406	18	2.7	18	77	12	53	40	12	4	42	1.63
70367--70997	179	3.5	180	76	5	492	39	11	9	40	1.73
71035--71490	182	2.5	181	81	3	520	39	10	8	41	1.71
70557--71973	483	2.9	479	86	2	1815	39	11	8	40	1.72
71381--71609	120	1.9	119	84	6	302	34	13	7	44	1.72
71487--73097	182	8.9	181	79	5	1548	41	11	7	39	1.70
71487--73096	544	3.0	537	79	6	1700	41	11	7	39	1.70
73325--73359	17	2.1	16	89	5	52	62	11	2	22	1.41
74873--76532	181	9.2	179	77	6	1266	41	8	8	41	1.67
74869--104770	714	41.5	716	69	14	6200	41	10	8	40	1.69
76372--76676	156	2.0	156	82	3	382	39	8	9	41	1.69
76528--77978	176	8.1	175	74	9	1041	41	10	8	39	1.70
76528--77978	356	4.0	354	79	5	1195	41	10	8	39	1.70
78168--78215	18	2.8	16	87	9	60	43	8	0	47	1.33
78346--78396	17	2.9	18	71	14	52	37	7	7	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80448--81143	181	3.8	179	75	6	607	42	10	8	38	1.70
81139--81887	180	4.2	180	78	5	710	41	9	9	39	1.69
82236--83032	180	4.5	179	73	11	571	41	10	8	39	1.70
83121--99386	181	91.2	180	72	11	8227	41	10	8	40	1.68
83121--104764	181	121.3	175	71	12	6932	41	10	8	40	1.69
85929--85968	18	2.4	17	91	8	64	45	5	2	47	1.38
88611--88913	160	1.9	161	83	6	400	39	12	6	41	1.68
88775--116468	181	154.5	175	70	13	5087	41	10	8	40	1.69
89996--90310	166	1.9	166	82	3	402	41	11	6	40	1.67
90150--116495	361	73.4	360	73	11	14563	41	9	8	40	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7