genome.fa.s257.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  671528

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 839 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91743--92069	167	2.0	167	85	1	449	41	8	8	40	1.66
91760--92240	167	2.8	164	79	9	414	41	8	8	41	1.66
88431--116492	539	52.6	533	73	11	12992	41	10	8	40	1.69
98608--98661	18	3.1	17	78	13	56	38	7	7	46	1.60
93697--104764	534	20.6	526	74	11	3572	41	9	8	40	1.69
88773--104768	542	29.8	531	74	10	6451	41	9	8	40	1.69
106859--106894	17	2.1	17	90	10	56	50	8	2	38	1.47
105113--116339	720	15.7	710	73	11	3101	41	10	8	40	1.69
107478--107510	17	2.0	16	94	5	57	48	3	0	48	1.17
108881--108921	17	2.4	18	80	12	50	36	9	4	48	1.58
108736--110612	180	10.5	180	78	6	1544	41	9	8	39	1.69
110447--110767	162	2.0	160	81	4	378	40	11	9	38	1.74
112985--113017	17	2.0	17	94	5	59	33	18	0	48	1.48
113160--113475	168	1.9	167	81	3	384	39	9	7	42	1.67
113327--116303	358	8.2	358	74	9	2114	40	10	8	40	1.69
118711--118753	21	2.1	20	87	12	61	48	0	18	32	1.48
119371--128951	538	17.9	535	73	11	4761	40	8	9	41	1.68
119370--124433	180	28.4	180	74	8	3239	40	8	9	41	1.67
119385--124385	357	14.0	355	73	10	1583	40	8	9	41	1.67
123628--123944	164	1.9	165	81	7	383	41	5	8	44	1.58
124161--124194	18	1.9	18	88	5	52	17	2	0	79	0.86
124005--124928	493	1.9	493	82	3	1144	39	7	9	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124438--128951	181	25.1	181	75	8	3051	39	8	9	42	1.68
124676--125957	561	2.3	559	79	7	1259	40	7	9	42	1.66
125429--126229	361	2.2	362	79	8	828	41	8	9	40	1.67
126947--128951	182	11.1	181	75	6	1473	39	8	10	41	1.70
129653--130107	174	2.6	174	79	9	483	43	8	8	39	1.65
130100--131152	181	5.8	180	78	5	989	40	8	9	41	1.68
131182--131759	181	3.2	180	79	3	617	39	7	10	42	1.68
131629--131898	139	1.9	139	87	3	400	42	6	9	41	1.63
132034--133312	180	7.1	181	71	11	427	40	9	9	41	1.70
131854--133245	712	2.0	713	79	5	1551	39	8	9	42	1.70
132567--133313	181	4.1	178	74	6	580	40	9	9	40	1.70
133290--136326	181	16.9	179	74	10	1265	39	8	10	41	1.70
133953--135231	704	1.8	704	79	7	1509	38	9	10	41	1.72
133320--136260	361	8.2	360	74	10	2105	39	8	10	41	1.70
136345--140506	181	23.1	180	75	7	2937	40	8	9	42	1.67
137727--137782	18	3.2	18	75	14	62	53	8	1	35	1.43
136526--140937	361	12.3	354	72	12	1175	40	8	9	42	1.67
136345--140937	537	8.5	535	76	7	3352	40	8	9	42	1.67
140505--140945	181	2.5	178	81	7	493	42	9	9	38	1.70
140505--140921	177	2.3	177	82	6	468	41	9	9	40	1.69
142708--142987	145	1.9	145	86	5	397	41	7	9	41	1.64
142827--143493	181	3.7	181	80	4	713	40	8	8	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143438--143546	55	2.0	55	96	0	200	41	10	8	40	1.69
143522--143921	179	2.2	181	81	6	454	41	9	9	39	1.71
143077--143890	415	2.0	416	84	5	1083	40	9	8	42	1.67
143961--144133	87	2.0	87	88	1	258	39	7	6	46	1.58
143493--144662	625	1.9	621	79	10	1307	40	8	8	41	1.68
144080--145150	181	5.9	177	77	9	871	40	8	9	42	1.66
144098--145150	362	2.9	354	77	9	967	40	8	9	42	1.66
145909--146131	116	1.9	116	84	5	299	41	8	8	41	1.66
146023--147224	180	6.7	177	76	9	873	40	8	9	40	1.69
146013--147224	360	3.4	354	74	11	1017	40	8	9	41	1.68
147716--147756	16	2.4	18	84	12	59	26	2	0	70	0.99
148639--148675	19	1.9	19	88	0	56	35	21	29	13	1.92
149867--150213	21	15.3	22	76	14	264	36	15	10	37	1.82
149978--150020	14	3.1	14	76	6	52	34	6	9	48	1.62
149870--150213	46	7.5	46	84	7	332	36	15	10	37	1.82
151397--151466	4	18.2	4	72	21	53	5	18	0	75	0.99
151407--151457	11	4.6	11	83	11	61	3	15	0	80	0.86
151404--151458	19	3.0	18	84	15	69	3	16	0	80	0.86
151834--151867	9	3.7	9	84	7	50	2	14	2	79	0.97
152856--152889	12	2.8	12	86	0	50	23	2	38	35	1.70
155275--155487	114	1.9	116	88	4	324	26	15	7	50	1.69
155376--155492	51	2.3	50	80	10	139	23	12	7	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155449--155655	102	2.0	102	98	0	396	31	13	8	46	1.72
155421--155661	102	2.5	99	90	7	393	30	11	8	48	1.70
156075--156131	24	2.4	24	87	0	96	35	22	22	19	1.96
156491--156536	19	2.4	20	89	7	69	45	23	19	10	1.82
156890--156941	7	7.3	7	75	12	52	76	3	1	17	1.02
157142--157550	181	2.2	181	81	4	448	40	8	8	42	1.67
157474--157647	87	2.0	87	87	2	251	40	6	6	46	1.56
157594--158632	182	5.8	179	77	8	885	41	7	9	42	1.64
158478--158792	163	1.9	162	81	7	379	41	6	8	43	1.61
158624--162424	180	21.2	181	75	8	2737	39	7	10	42	1.68
157594--162424	361	13.5	357	75	9	3298	40	7	10	42	1.67
161997--162045	16	2.8	18	75	15	57	42	6	12	38	1.67
162291--162567	137	2.0	137	100	0	554	39	7	12	39	1.73
162428--163302	181	4.8	178	74	8	565	41	8	9	40	1.67
162779--163521	176	4.2	179	74	9	486	41	8	8	41	1.65
162947--163846	353	2.5	356	76	9	777	39	7	10	42	1.67
162932--163858	177	5.2	177	73	10	453	39	7	10	43	1.67
164007--164326	157	2.0	156	86	3	446	38	9	8	44	1.67
164317--164894	182	3.2	179	76	7	402	40	7	9	41	1.66
164756--165068	174	1.8	173	81	3	396	40	7	8	42	1.65
164179--167814	181	20.5	181	71	11	1486	39	8	10	41	1.68
166077--170469	362	12.3	352	72	11	1743	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166086--167815	180	9.6	180	75	8	1200	39	8	10	42	1.69
167828--170469	181	14.7	179	75	6	1805	39	8	10	41	1.69
169780--171078	683	1.9	659	78	8	1317	39	8	9	42	1.68
170571--170886	162	2.0	162	84	3	422	40	9	6	42	1.65
170574--170886	161	1.9	161	84	3	407	40	9	7	42	1.65
170739--172025	181	7.2	179	75	8	1035	41	8	9	41	1.67
170929--171247	168	1.9	169	83	5	423	39	9	10	40	1.72
170733--171984	361	3.5	362	77	7	941	40	8	9	41	1.67
172004--174591	181	14.5	180	76	7	1800	40	7	9	42	1.65
172919--173245	170	1.9	170	83	4	419	40	5	11	42	1.64
174852--176456	179	9.0	180	75	7	1236	39	8	10	41	1.69
174926--175902	543	1.8	539	79	7	1156	40	8	10	41	1.70
175763--176099	166	2.0	170	83	6	427	41	7	9	41	1.65
176029--176444	181	2.3	181	83	2	514	40	8	9	41	1.68
176346--176384	20	1.9	21	84	5	53	53	10	5	30	1.56
176339--176563	119	1.9	120	85	2	310	44	9	12	34	1.75
176159--176734	300	1.9	300	84	2	773	42	8	10	38	1.69
176785--177833	180	5.8	181	73	6	763	41	7	9	41	1.66
176864--177833	361	2.7	356	78	6	944	41	7	9	42	1.64
177885--177943	31	1.9	31	89	0	91	50	5	3	40	1.41
177909--178331	176	2.4	174	81	6	474	44	10	6	38	1.66
178469--183235	181	26.8	180	71	12	1200	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178469--178910	180	2.5	179	79	3	415	39	9	9	41	1.70
180442--180910	167	2.8	168	75	9	448	40	9	7	42	1.66
180746--188799	181	44.7	178	71	12	3152	41	9	8	40	1.68
182765--183076	165	1.9	167	82	9	404	43	9	5	40	1.61
183326--183367	20	2.1	20	100	0	84	33	19	4	42	1.72
185456--187463	182	11.2	181	74	10	1365	42	9	7	39	1.67
187428--187484	16	3.4	16	69	21	53	33	12	7	47	1.68
187413--187504	35	2.6	35	96	0	166	32	13	9	44	1.76
187413--187468	19	3.1	19	66	23	57	32	10	8	48	1.69
187631--187669	16	2.4	17	86	4	53	43	7	0	48	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7