genome.fa.s257.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  671528

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188096--188134	18	2.2	18	86	9	53	53	2	10	33	1.48
188824--190895	181	11.5	180	77	5	1721	40	10	8	41	1.69
188824--200232	361	31.5	359	71	11	4584	41	10	8	39	1.68
190943--200221	181	50.9	179	70	12	2994	42	10	8	39	1.68
190948--197184	181	34.5	181	74	8	3943	42	10	8	39	1.68
194536--194586	18	2.9	17	82	11	59	31	15	9	43	1.80
190948--235691	901	49.4	894	68	14	8849	41	10	8	39	1.69
196317--196390	23	3.2	23	63	32	59	52	10	4	32	1.55
196305--196397	46	2.0	46	100	0	186	52	8	4	34	1.52
199790--200673	452	2.0	447	80	4	1015	43	9	8	39	1.67
200244--201984	181	9.7	177	74	9	979	42	9	8	39	1.68
201381--201801	183	2.4	175	82	7	478	42	9	7	40	1.65
201021--201984	532	1.8	532	79	7	1130	41	10	8	40	1.69
201870--202093	113	2.0	114	86	6	321	45	8	8	37	1.65
202596--202649	18	3.1	18	76	15	58	42	9	5	42	1.60
201981--212169	181	56.7	180	69	13	3242	41	10	8	39	1.70
201985--205048	524	5.8	527	74	9	1867	41	10	8	39	1.69
202808--206615	180	21.5	175	70	12	895	41	10	8	40	1.69
202808--204531	353	4.8	355	73	10	851	41	9	8	40	1.69
205596--206697	182	6.2	181	75	9	845	42	10	8	39	1.69
205598--206702	352	3.1	357	77	8	928	42	10	8	39	1.69
205639--212163	358	18.5	347	68	15	1145	41	10	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207380--212173	533	8.9	533	78	7	3457	41	10	8	39	1.70
212053--212287	118	2.0	118	83	6	298	44	10	5	39	1.63
212705--212743	12	3.2	12	81	3	51	53	5	7	33	1.51
212556--212871	163	1.9	162	96	0	587	41	12	6	39	1.69
212748--214168	180	7.9	180	78	7	1242	42	9	8	39	1.68
212748--214168	361	3.9	362	78	8	1329	42	9	8	39	1.68
212785--214168	541	2.5	535	79	6	1401	42	9	8	40	1.68
214202--216626	181	13.6	178	75	6	1404	40	9	9	40	1.70
216304--216352	18	2.9	16	78	9	53	42	4	6	46	1.47
216420--216909	268	1.8	269	79	6	573	40	8	9	41	1.69
216643--232724	181	89.6	180	70	12	5087	41	9	7	40	1.68
219644--220325	169	3.9	169	71	16	435	43	10	6	39	1.65
216688--238893	901	24.6	891	69	14	5913	41	9	8	40	1.68
222042--222707	177	3.7	174	78	7	538	43	10	7	38	1.68
222594--222808	108	2.0	108	88	0	322	48	7	5	37	1.56
223124--232638	358	26.7	357	69	13	2003	41	10	8	40	1.68
223124--229458	539	11.9	535	71	13	1428	41	9	8	40	1.68
225199--225246	17	2.8	17	81	12	53	39	8	4	47	1.53
225198--225552	182	2.0	181	87	1	514	43	8	6	41	1.60
224856--225524	348	1.9	347	81	3	801	42	10	7	40	1.66
227079--235173	361	22.2	357	71	11	3078	41	10	8	39	1.69
227079--232697	893	6.2	889	74	10	3218	41	10	8	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232731--236640	180	21.3	181	71	11	1849	40	9	8	40	1.70
233559--234932	541	2.5	536	78	5	1413	39	10	8	41	1.71
233559--235689	182	11.7	182	73	10	907	40	10	8	41	1.70
236857--236988	67	2.0	67	87	0	192	37	13	7	41	1.73
237332--238901	181	8.7	179	74	10	902	41	9	8	40	1.68
237473--238895	359	3.9	360	75	8	987	42	9	8	40	1.67
237332--238895	183	8.7	181	74	8	938	41	9	8	40	1.68
238933--238996	26	2.5	26	92	0	110	50	4	3	42	1.39
239437--239480	20	2.2	20	84	11	56	27	13	11	47	1.77
239652--240103	181	2.5	180	80	4	457	40	8	9	42	1.68
240595--240630	18	2.1	18	89	5	56	38	8	8	44	1.65
243899--243980	5	15.4	5	76	13	58	69	3	4	21	1.23
245043--245201	52	3.1	51	87	2	219	39	15	8	35	1.79
245256--246189	181	5.2	178	75	8	705	43	9	9	38	1.70
245269--252594	358	20.5	357	76	7	4919	41	9	8	40	1.68
246565--246597	16	2.1	16	94	0	57	36	9	0	54	1.32
246222--252000	181	32.3	181	76	8	4269	41	9	8	40	1.68
247633--247948	173	1.8	173	82	2	411	40	6	9	43	1.63
253000--253179	66	2.7	66	93	0	306	34	12	8	43	1.74
253005--253206	66	3.0	66	87	3	192	37	12	7	43	1.71
253118--256049	181	16.5	181	76	7	2082	41	9	8	40	1.68
253132--256032	719	4.1	714	73	11	522	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253132--255900	538	5.2	536	77	6	2249	42	9	8	39	1.68
256411--256463	18	3.0	18	75	13	56	37	9	7	45	1.65
256286--257047	176	4.3	176	72	7	493	39	9	9	42	1.68
256286--257198	181	5.1	178	74	8	684	40	8	8	41	1.68
256423--257097	361	1.9	357	81	3	818	40	8	9	41	1.67
257202--259089	181	10.5	181	76	7	1625	37	9	11	42	1.72
257262--259074	716	2.5	711	78	6	1808	37	8	10	42	1.71
258951--259244	156	1.9	158	81	4	362	37	10	9	42	1.72
259526--259835	161	1.9	161	83	0	395	40	6	10	42	1.65
259687--260195	181	2.8	179	79	4	520	40	7	10	41	1.68
260361--261147	180	4.4	180	77	8	638	41	8	8	41	1.66
265391--265488	48	2.0	48	94	0	169	41	23	22	12	1.87
266872--266919	24	2.0	24	100	0	96	37	0	20	41	1.53
267536--267630	21	4.6	21	74	10	61	32	18	22	26	1.97
267557--267609	20	2.7	20	82	11	65	30	22	20	26	1.98
267532--267646	61	1.9	61	88	0	176	32	20	20	26	1.98
268501--272432	181	21.9	178	74	8	2483	41	10	8	39	1.69
268588--272434	544	7.1	536	75	8	2199	41	10	8	39	1.69
272627--274720	180	11.8	174	70	12	497	41	9	8	40	1.69
272933--273351	181	2.3	181	79	4	418	44	9	8	37	1.68
273354--274638	711	1.8	715	79	6	1496	41	9	8	40	1.68
273351--274949	182	8.9	181	73	8	954	42	10	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275151--275194	22	2.0	23	90	4	72	40	13	4	40	1.65
275301--280328	181	27.6	180	69	14	1507	42	9	7	39	1.66
275302--276410	180	6.2	178	75	8	804	41	10	7	40	1.66
275670--276410	361	2.1	358	79	9	778	41	10	6	41	1.66
276397--276514	62	1.9	62	92	0	200	47	2	6	43	1.43
276065--276834	426	1.8	425	80	5	948	42	9	7	40	1.66
276836--276869	15	2.3	15	89	0	50	70	2	0	26	1.01
276478--285035	180	47.4	179	70	12	2832	41	9	8	40	1.68
276884--277578	169	4.0	164	75	14	426	42	8	8	41	1.66
276478--285035	361	23.7	351	69	13	2494	41	9	8	40	1.68
280744--285030	361	12.0	358	73	9	2549	41	9	8	40	1.68
282425--282760	175	1.9	175	82	3	426	43	8	7	40	1.63
280743--285609	717	6.9	706	73	10	2569	41	9	8	40	1.68
283988--284024	18	2.0	19	89	5	58	35	13	8	43	1.74
283791--284097	170	1.8	168	81	8	381	43	8	7	40	1.64
284883--285169	146	2.0	148	87	6	424	42	8	7	42	1.63
285014--285689	181	3.8	179	77	7	672	42	10	7	40	1.67
285651--285701	24	2.2	24	82	3	59	60	1	3	33	1.26
285491--285894	205	2.0	205	82	3	490	43	9	7	39	1.66
287235--293269	181	33.6	179	70	11	1951	40	8	9	41	1.68
287308--289643	356	6.5	355	78	6	1812	41	8	9	40	1.68
287713--288840	534	2.1	530	78	8	1115	42	8	10	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287532--289380	715	2.6	708	81	5	1797	42	8	9	39	1.68
289619--289687	29	2.4	29	85	4	86	42	1	5	50	1.35
289442--289867	210	2.0	211	85	3	583	38	7	9	44	1.66
289648--293666	181	22.5	179	75	8	2561	40	8	10	41	1.68
292975--293021	21	2.2	21	100	0	94	40	4	14	40	1.66
293100--293433	164	2.0	164	98	0	650	36	5	9	48	1.59
293558--293813	141	1.8	141	79	5	302	41	9	7	41	1.66
293888--295080	180	6.8	170	74	11	748	41	8	9	40	1.68
294053--295198	180	6.4	180	75	9	916	40	8	9	41	1.68
294079--295197	182	6.3	177	77	7	899	40	8	9	41	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7