genome.fa.s301.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168126.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_37, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  424845

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  3  of  8  ( 851 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94076--94131	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
94354--94396	15	2.9	14	80	19	52	46	0	0	53	1.00
94731--95804	181	6.0	179	79	6	903	40	8	10	41	1.68
94798--95656	357	2.4	360	79	6	931	40	8	9	41	1.67
94798--95820	357	2.9	351	75	9	897	40	7	10	41	1.68
95792--96185	181	2.2	181	79	3	409	39	7	10	42	1.67
96431--96463	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
96189--96586	181	2.2	181	80	7	434	40	10	12	36	1.77
96686--96712	10	2.7	10	100	0	54	48	0	7	44	1.31
96665--96734	19	3.4	19	70	18	50	50	0	2	47	1.16
96772--96865	32	2.9	33	75	15	81	50	1	2	46	1.20
97925--97995	19	3.7	19	72	23	53	49	1	0	49	1.09
97979--98032	17	3.2	17	79	10	58	46	0	1	51	1.11
97984--98032	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
98073--98121	25	1.9	26	84	12	66	53	2	0	44	1.12
98237--98279	13	3.2	13	83	3	50	39	4	0	55	1.20
99502--99591	43	2.2	40	83	15	112	40	22	17	20	1.92
100019--100101	25	3.5	24	70	12	73	37	14	8	39	1.76
100012--100099	46	1.9	46	83	4	115	38	15	6	38	1.75
100551--100850	63	4.8	63	81	5	349	29	27	9	33	1.88
100526--100844	125	2.5	126	82	6	378	29	27	9	33	1.88
100505--100852	188	1.8	189	84	5	481	29	26	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101598--101660	14	4.3	15	82	13	69	9	9	0	80	0.89
101603--101645	20	2.1	20	91	4	68	9	4	0	86	0.71
101602--101673	37	2.0	36	83	8	92	9	11	0	79	0.95
101604--101659	8	7.7	7	82	9	60	8	7	0	83	0.80
104269--104314	23	2.0	24	87	12	69	50	8	2	39	1.46
104908--105659	180	4.2	177	79	5	659	39	7	10	41	1.68
105589--105763	83	2.1	83	80	5	192	41	9	8	41	1.67
105415--105922	264	1.9	260	83	3	651	41	9	9	40	1.68
105303--106132	441	1.9	440	79	5	944	40	8	9	41	1.67
105673--107671	181	11.0	179	75	9	1129	40	8	9	41	1.67
107824--109697	181	10.4	179	74	8	863	40	8	10	41	1.68
107824--109699	362	5.2	354	74	8	1062	40	8	10	41	1.68
108002--109156	543	2.1	535	80	4	1243	41	7	9	40	1.67
107773--109703	540	3.6	533	77	7	1471	40	8	10	41	1.68
110134--110582	168	2.6	172	79	8	446	42	11	10	36	1.74
110246--110700	180	2.5	179	80	3	488	41	10	9	38	1.72
111206--111706	181	2.8	177	79	7	499	42	9	9	38	1.70
111754--112204	183	2.5	178	82	5	500	40	7	10	41	1.66
111880--112324	183	2.4	182	80	6	429	40	5	9	44	1.60
112170--112450	154	1.8	154	79	11	326	37	7	8	45	1.64
111881--112817	511	1.8	510	80	6	1133	40	7	8	43	1.63
112328--113119	178	4.4	173	76	9	581	40	8	8	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112324--113152	181	4.6	180	77	10	766	40	7	8	43	1.64
113169--113661	182	2.7	180	81	5	496	38	8	9	43	1.67
113676--114668	181	5.6	180	74	8	675	38	8	11	41	1.71
113692--114656	524	1.8	523	80	5	1158	38	8	11	42	1.71
114671--120103	180	30.3	181	72	10	2737	40	8	9	41	1.68
116872--118063	181	6.6	183	71	10	468	39	8	9	42	1.68
117036--118890	358	5.2	351	72	10	1047	39	8	9	42	1.68
118398--118795	178	2.2	180	82	2	469	43	8	9	39	1.66
119025--119158	66	2.0	67	86	1	189	48	7	10	33	1.65
119125--120103	179	5.5	175	74	10	619	39	9	9	41	1.69
120123--123615	181	19.5	181	76	7	2501	41	7	9	41	1.66
120355--123516	361	8.9	345	72	12	742	41	8	9	41	1.66
120481--120804	166	1.9	169	83	3	413	43	6	9	40	1.64
120123--126268	716	8.6	707	73	11	2855	41	7	9	41	1.66
123449--123754	143	2.1	145	81	7	349	38	7	9	44	1.65
123635--125538	181	10.6	178	73	11	956	40	8	8	42	1.66
124299--124334	16	2.1	17	90	10	56	44	5	5	44	1.50
123635--124603	364	2.7	359	79	6	862	39	7	8	44	1.62
123635--126268	354	7.4	358	74	11	1623	40	8	8	42	1.66
125548--126268	180	4.0	180	78	6	620	39	7	9	43	1.66
125798--126776	517	1.9	513	79	8	1110	41	8	8	41	1.66
127393--127850	177	2.6	177	80	5	496	40	7	10	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127838--131891	181	22.7	180	75	8	2836	41	8	9	41	1.66
128002--128321	169	1.9	168	84	6	432	42	8	7	42	1.62
127838--133424	362	15.7	359	74	10	3286	40	7	9	41	1.66
129969--130001	18	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
127838--133424	537	10.5	539	75	9	3427	40	7	9	41	1.66
131729--132043	162	2.0	161	80	0	360	40	7	8	43	1.64
131886--132999	181	6.2	177	76	8	894	40	7	10	42	1.66
132849--133163	164	1.9	164	86	5	451	42	7	8	41	1.63
133949--133998	19	2.6	19	87	0	73	58	0	0	42	0.98
134353--134823	183	2.6	175	80	7	536	43	9	6	39	1.64
134872--136065	181	6.7	180	76	8	930	41	10	8	40	1.69
134872--136060	362	3.3	358	77	5	1118	41	10	8	40	1.69
134872--136065	539	2.2	529	78	7	1207	41	10	8	40	1.69
136187--136236	24	2.2	24	86	13	70	42	2	4	52	1.31
136304--136373	22	3.2	21	85	4	86	44	2	1	51	1.25
138203--138606	182	2.2	181	81	4	460	39	7	9	43	1.66
138203--138677	180	2.6	180	77	4	422	39	8	9	41	1.69
138777--139459	181	3.8	178	76	6	560	42	8	8	41	1.64
139080--139459	180	2.1	177	80	6	419	43	7	7	41	1.61
140191--140234	16	2.6	18	82	17	67	50	0	0	50	1.00
140209--140247	18	2.2	18	85	0	51	51	2	0	46	1.14
141304--141356	13	4.4	12	79	13	56	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141592--141638	24	1.9	24	82	4	58	44	2	2	51	1.25
142145--142212	26	2.7	24	75	6	64	48	0	5	45	1.26
142242--142290	22	2.3	21	78	3	53	46	2	4	46	1.33
142351--142473	23	5.2	23	68	16	65	44	1	1	52	1.20
142592--142640	19	2.5	20	80	16	57	46	0	0	53	1.00
144515--144539	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
144674--144726	17	3.1	17	76	7	54	43	0	1	54	1.11
144669--144724	22	2.6	23	86	8	73	42	0	1	55	1.10
144825--144871	22	2.2	21	81	7	51	51	2	2	44	1.25
145738--145803	31	2.1	31	83	5	80	40	0	6	53	1.26
146169--146212	22	2.0	22	90	0	70	34	11	11	43	1.77
146310--146858	279	2.0	279	93	1	949	45	11	14	28	1.80
148177--148240	24	2.7	25	84	13	75	53	0	0	46	1.00
148195--148240	22	2.0	22	87	8	65	56	0	0	43	0.99
148411--148998	181	3.2	179	78	5	574	38	7	9	44	1.65
148709--148757	18	2.8	18	78	15	57	42	4	12	40	1.61
149502--149631	65	2.0	67	86	8	187	41	7	15	35	1.76
149569--150196	181	3.5	180	76	9	604	39	7	10	42	1.69
150455--150512	29	2.0	29	83	9	75	51	0	0	48	1.00
150469--150512	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
150482--150526	23	1.9	24	81	4	56	48	4	0	46	1.22
151676--151725	14	3.2	16	81	18	61	52	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151981--152015	13	2.7	13	86	0	52	51	2	0	45	1.16
152471--152886	177	2.3	180	78	7	445	42	7	9	40	1.66
152729--153074	180	1.9	178	81	7	407	42	9	9	39	1.69
153079--153140	31	2.0	30	96	3	115	29	14	3	53	1.57
153109--155206	181	11.7	181	75	9	1465	40	8	9	41	1.67
153143--155212	540	3.9	529	77	6	1773	40	7	9	41	1.67
153118--155206	359	5.8	359	76	7	1633	40	7	9	41	1.67
155223--155269	18	2.7	18	80	12	62	40	10	4	44	1.59
155712--157093	180	7.7	181	78	6	1246	41	9	7	40	1.67
155232--156172	480	2.0	480	85	2	1280	38	11	8	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8