genome.fa.s301.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168126.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_37, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  424845

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189488--189538	18	2.9	19	80	16	56	52	1	3	41	1.31
189496--189538	17	2.5	17	88	7	61	51	2	4	41	1.35
189643--189691	13	3.6	14	77	17	50	48	2	0	48	1.12
190271--190317	21	2.2	22	85	11	62	46	4	0	48	1.21
190611--190643	15	2.1	16	88	5	50	48	6	0	45	1.27
192114--192249	13	11.2	12	69	17	61	45	2	0	50	1.22
192114--192249	6	22.5	6	67	20	61	45	2	0	50	1.22
192288--192335	17	2.8	17	75	12	53	50	0	0	50	1.00
192451--192496	20	2.3	21	75	14	53	54	4	0	41	1.20
193097--193157	25	2.5	24	81	10	61	49	3	0	47	1.18
193425--193522	36	2.7	35	80	13	94	47	1	0	51	1.07
193444--193522	36	2.2	35	84	13	99	49	0	0	50	1.00
193493--193557	35	2.0	31	82	11	76	40	0	1	58	1.07
194550--194587	17	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
195167--195211	18	2.5	18	81	0	54	40	6	0	53	1.27
195456--195510	23	2.3	24	84	12	69	45	1	3	49	1.30
195638--195703	10	6.2	10	72	18	53	45	3	1	50	1.26
197159--197184	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
197212--197254	22	2.0	22	85	0	59	55	0	2	41	1.12
197369--197452	17	4.8	19	63	26	51	53	2	1	42	1.21
197429--197493	15	3.9	17	78	11	57	49	1	1	47	1.20
197604--197642	21	1.9	20	89	5	60	51	5	2	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197626--197684	18	3.4	17	79	13	66	52	1	0	45	1.10
197626--197712	35	2.6	33	82	10	99	50	2	0	47	1.13
197655--197711	18	2.9	19	73	23	55	49	1	0	49	1.11
197632--197711	19	3.7	22	73	20	62	50	2	0	47	1.14
197969--198018	17	2.9	17	77	16	50	48	2	2	48	1.24
198206--198270	29	2.3	27	80	17	78	58	6	1	33	1.32
198208--198277	31	2.3	30	79	18	74	55	7	1	35	1.36
198312--198403	47	1.9	46	85	12	123	50	3	3	43	1.34
198394--198457	26	2.5	27	85	10	89	46	4	3	45	1.39
198792--198852	21	2.9	22	78	7	72	45	0	1	52	1.10
200618--200687	14	4.9	14	76	13	52	54	2	2	40	1.30
200706--200761	13	4.1	13	78	17	51	51	0	0	48	1.00
200705--200748	22	2.0	21	82	4	52	50	0	0	50	1.00
201420--201451	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
201441--201492	24	2.2	24	83	13	63	42	5	3	48	1.45
201568--201621	25	2.2	24	80	6	65	55	1	1	40	1.21
202086--202120	19	1.9	18	88	11	54	48	0	5	45	1.26
202339--202416	9	8.7	9	70	26	51	43	1	0	55	1.08
202365--202426	24	2.7	23	72	18	58	45	1	0	53	1.10
202712--202766	23	2.4	23	81	3	67	50	1	1	45	1.22
202713--202767	22	2.5	22	85	8	67	49	1	1	47	1.23
204138--204207	19	3.6	20	75	22	69	47	0	1	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204687--204732	13	3.5	14	80	14	53	43	0	2	54	1.12
204837--204884	14	3.5	14	75	13	55	52	0	0	47	1.00
204838--204886	22	2.2	22	78	7	55	51	0	0	48	1.00
205174--205229	20	2.9	20	86	5	71	44	0	3	51	1.18
205771--205837	19	3.5	19	78	17	59	49	0	1	49	1.10
206410--206469	25	2.4	25	78	8	59	45	3	1	50	1.28
206505--206546	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
206560--206613	22	2.5	23	85	8	69	57	1	0	40	1.09
206838--206880	15	2.9	14	80	19	52	46	0	0	53	1.00
207247--208275	181	5.7	178	78	8	792	40	7	9	41	1.67
207272--208129	357	2.4	358	78	7	898	41	7	9	41	1.66
208164--208429	146	1.8	146	81	4	331	36	7	13	42	1.73
208263--208656	181	2.2	181	81	3	454	39	7	10	42	1.68
208901--208933	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
208660--209056	180	2.2	181	80	7	434	41	10	11	36	1.76
209156--209182	10	2.7	10	100	0	54	48	0	7	44	1.31
209135--209204	19	3.4	19	70	18	50	50	0	2	47	1.16
209242--209335	32	2.9	33	75	15	81	50	1	2	46	1.20
210397--210467	19	3.7	19	72	23	53	49	1	0	49	1.09
210451--210504	17	3.2	17	79	10	58	46	0	1	51	1.11
210456--210504	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
210476--210522	13	3.4	14	77	8	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210545--210593	25	1.9	26	84	12	66	53	2	0	44	1.12
212465--212547	25	3.5	24	72	12	82	36	15	8	39	1.78
212458--212545	46	1.9	46	86	4	124	37	17	6	38	1.76
212945--213361	63	6.6	63	81	4	382	29	26	9	34	1.88
212945--213361	126	3.3	126	80	5	470	29	26	9	34	1.88
212945--213361	188	2.2	189	82	4	504	29	26	9	34	1.88
214115--214173	8	7.6	8	81	7	68	10	5	0	84	0.76
214112--214173	15	4.1	15	78	12	63	9	6	0	83	0.79
214107--214173	22	2.9	22	84	6	80	8	7	0	83	0.81
214119--214168	23	2.1	23	92	3	82	10	4	0	86	0.71
214554--217465	181	16.2	180	75	7	2083	41	7	9	41	1.66
214664--226863	896	13.7	887	70	13	3119	40	7	9	41	1.67
217299--217604	143	2.1	145	81	7	349	38	7	10	44	1.66
218149--218184	16	2.1	17	90	10	56	44	5	5	44	1.50
217515--219398	355	5.3	360	75	10	897	41	8	8	41	1.66
217569--219397	181	10.2	178	75	7	1049	41	8	8	41	1.66
218146--219397	177	7.1	174	73	11	450	41	8	9	41	1.66
219552--220028	180	2.6	181	83	3	568	39	7	8	44	1.63
221686--226860	180	29.0	181	73	9	3066	40	7	9	41	1.66
223823--223855	18	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
225592--225895	162	1.9	161	80	0	356	41	7	7	43	1.62
226710--227024	164	1.9	164	85	7	444	42	6	8	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246865--247813	501	1.9	499	87	2	1393	30	9	17	42	1.81
249955--250016	27	2.3	27	97	0	115	46	14	9	29	1.76
248652--251500	969	3.0	939	81	5	2984	31	10	17	40	1.83
250561--251896	500	2.7	497	85	3	1713	31	10	17	40	1.84
252751--252884	65	2.1	65	83	5	164	35	13	14	36	1.85
253369--260572	475	14.9	489	83	5	7200	31	10	17	41	1.83
265445--266301	444	1.9	444	86	1	1207	31	10	16	40	1.83
268634--269156	263	2.0	263	82	3	631	31	9	18	39	1.84
269281--288738	476	40.6	476	79	9	17542	31	10	17	40	1.83
281188--281550	183	2.0	183	84	3	471	28	6	22	42	1.78
288327--290048	420	4.0	420	76	13	1667	29	8	18	42	1.80
287844--291497	896	4.0	896	89	6	4962	30	9	18	41	1.82
289636--291880	476	4.7	474	86	4	2900	30	10	17	41	1.83
292328--293146	411	2.0	411	89	0	1262	31	10	17	41	1.83
293238--293394	11	14.4	11	66	23	57	75	4	3	15	1.11
293245--293395	9	16.0	9	66	17	58	76	4	3	15	1.10
293403--293447	19	2.4	18	85	7	63	73	4	2	20	1.11
293904--293974	20	3.5	20	78	14	72	74	1	4	19	1.06
293947--294093	8	17.5	8	70	18	61	76	4	2	17	1.06
293940--294033	20	4.6	19	75	14	82	78	3	1	17	0.93
293940--294030	39	2.3	38	83	9	103	79	3	1	16	0.93
293949--294078	56	2.3	55	80	13	149	76	3	2	17	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294043--294093	24	2.2	24	85	3	68	76	3	3	15	1.08
294107--294150	21	2.1	21	82	0	52	77	4	4	13	1.08
294462--294505	18	2.4	19	80	7	54	75	4	6	13	1.17
294559--294642	29	2.9	29	81	13	86	79	5	1	13	0.96
294584--294672	15	5.8	15	78	12	83	78	1	4	15	0.97
294584--294670	23	3.8	23	77	19	85	79	1	4	14	0.95
293231--294629	707	2.0	695	85	8	1926	69	4	8	16	1.31
294584--294643	7	8.3	7	89	7	93	81	1	1	15	0.85
294593--294667	14	5.1	14	77	19	73	80	1	5	13	0.95
295845--296084	122	2.0	122	94	1	419	57	9	5	28	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8