genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168137.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_38, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  382840

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184698--184742	21	2.2	20	84	15	56	51	0	4	44	1.21
185115--185170	5	11.0	5	75	9	51	55	1	1	41	1.21
185129--185176	20	2.4	19	82	6	51	54	0	0	45	0.99
185104--185189	24	3.6	24	83	10	88	53	3	1	41	1.25
185122--185189	24	2.9	25	85	14	92	52	0	1	45	1.09
185122--185188	25	2.7	24	86	11	73	53	0	1	44	1.09
185335--185379	24	2.0	22	83	16	56	57	2	2	37	1.23
185631--185696	32	2.1	32	83	11	82	48	4	0	46	1.22
185724--185777	15	3.7	15	76	13	60	44	1	0	53	1.11
185963--186027	22	2.8	24	76	11	71	49	1	0	49	1.10
186759--186796	19	2.0	19	94	0	67	55	0	0	44	0.99
186797--186884	49	1.9	47	82	15	114	44	1	1	53	1.15
187417--187471	10	5.4	10	72	20	51	50	1	0	47	1.11
187841--187886	17	2.7	17	78	18	51	45	0	0	54	0.99
187906--187982	19	3.8	19	73	18	66	50	1	1	46	1.17
191099--191139	17	2.3	18	84	12	50	56	0	2	41	1.13
191115--191178	26	2.4	26	82	12	78	50	0	0	50	1.00
191113--191168	9	6.1	9	81	8	51	50	0	0	50	1.00
191113--191180	21	3.5	21	68	25	60	48	0	0	51	1.00
191118--191193	37	2.1	37	82	5	91	51	1	1	46	1.17
191209--191820	177	3.5	174	73	12	419	38	9	7	43	1.66
191203--192038	180	4.7	176	74	12	631	40	9	7	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191200--192057	357	2.4	349	76	10	817	40	9	7	41	1.67
193422--193653	113	2.0	114	89	0	349	40	9	11	39	1.73
195350--195385	9	4.0	9	100	0	72	22	44	0	33	1.53
196237--196265	14	2.1	14	100	0	58	55	6	6	31	1.53
196268--196309	18	2.3	18	95	0	75	45	30	7	16	1.74
196521--196584	25	2.5	25	84	5	65	29	17	9	43	1.80
199737--199769	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
208873--209015	22	6.5	22	75	7	85	38	6	8	46	1.61
209355--209708	180	2.0	176	83	2	447	43	8	7	40	1.62
209797--215055	181	29.5	180	75	8	3307	42	8	7	41	1.65
216732--216808	38	2.0	38	97	0	145	31	33	9	25	1.87
217423--217472	16	3.1	16	97	0	91	40	12	12	36	1.79
221907--221980	20	3.7	20	75	8	78	18	24	25	31	1.98
222708--222741	15	2.3	15	89	0	50	47	35	11	5	1.65
230933--231541	332	1.8	332	90	0	977	29	25	19	24	1.99
232278--232336	21	2.8	21	100	0	118	20	27	30	22	1.98
233643--233907	145	1.8	145	82	4	347	43	10	6	38	1.66
233747--247823	181	78.5	180	73	9	8255	41	9	8	40	1.67
233747--254431	720	28.9	706	71	13	5211	41	9	8	40	1.68
240185--240225	21	1.9	22	85	14	59	34	17	0	48	1.47
243016--243051	16	2.1	17	90	10	56	44	11	0	44	1.39
236463--247823	539	21.1	533	73	10	3398	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246845--247823	180	5.4	180	76	6	571	40	10	7	41	1.66
247865--248268	178	2.3	175	81	9	448	39	9	8	43	1.66
248371--249337	180	5.4	180	74	9	674	42	10	8	38	1.69
249270--249404	67	2.0	67	85	0	180	31	11	9	47	1.71
249467--255095	180	31.4	177	71	11	1922	41	10	8	39	1.69
249428--257556	181	44.9	181	71	11	3419	41	9	8	39	1.69
249334--253738	180	24.6	177	74	8	2367	41	10	8	39	1.69
253373--253408	16	2.2	17	90	5	56	61	0	8	30	1.26
253724--253848	62	2.0	63	90	4	200	51	5	12	31	1.62
253985--254478	168	2.9	171	76	11	397	42	9	8	40	1.67
254002--254636	338	1.9	333	80	7	735	42	9	8	40	1.66
255163--255701	182	3.0	180	76	7	480	41	8	9	40	1.68
256236--257495	361	3.5	361	75	10	873	41	9	8	41	1.67
257784--258953	181	6.5	181	74	7	664	42	9	8	39	1.68
257792--259038	362	3.5	359	75	8	828	42	10	8	39	1.69
259052--259104	22	2.3	23	87	3	72	60	0	7	32	1.25
260203--260235	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
260116--260826	177	3.9	176	77	6	642	39	10	8	41	1.70
260851--264621	357	10.6	356	74	8	1901	41	9	8	40	1.68
260837--264621	181	21.2	179	74	8	2269	41	9	8	40	1.68
260844--264567	883	4.2	891	74	10	2231	41	9	8	41	1.68
263174--263489	171	1.8	171	81	4	395	42	9	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260837--264621	528	7.1	530	73	10	1245	41	9	8	40	1.68
264463--264915	146	3.1	141	76	11	366	43	10	7	37	1.68
264528--264915	146	2.7	145	77	7	410	45	10	7	36	1.67
264754--266280	181	8.5	180	73	9	972	41	10	8	39	1.70
265308--266281	536	1.8	540	84	5	1333	42	10	8	38	1.70
266320--268061	177	9.8	176	73	11	635	40	9	9	40	1.68
266845--268143	179	7.2	178	75	7	1024	40	9	9	41	1.69
266845--268143	357	3.6	353	75	8	1031	40	9	9	41	1.69
266845--268116	539	2.4	539	80	5	1303	40	9	9	40	1.69
268066--268105	18	2.4	17	87	8	55	42	5	5	47	1.47
268868--272092	181	17.9	181	75	7	2332	41	9	8	39	1.69
268868--272026	544	5.9	533	77	7	2567	41	9	8	39	1.69
270647--270703	18	3.2	19	80	14	75	38	14	3	43	1.62
272078--273776	181	9.4	180	76	6	1261	41	9	8	41	1.67
272078--273771	358	4.7	357	77	8	1149	41	9	8	41	1.67
273828--275873	179	11.5	178	75	9	1263	40	9	8	40	1.69
273828--275873	361	5.7	359	74	8	1353	40	9	8	40	1.69
273828--275721	538	3.6	528	79	7	1748	41	10	8	40	1.69
273828--275873	182	11.5	180	75	9	1363	40	9	8	40	1.69
276591--276718	5	25.4	5	68	21	63	46	1	1	50	1.20
276592--276695	44	2.3	44	80	11	113	47	1	1	49	1.23
276665--276715	20	2.4	22	80	16	70	41	0	1	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276591--276721	26	4.8	26	68	21	81	46	1	1	50	1.20
276820--276876	10	5.4	10	78	17	53	56	3	0	40	1.17
276809--276964	13	12.2	13	64	15	51	50	3	1	44	1.28
276847--276881	10	3.6	10	88	7	54	57	0	0	42	0.99
277358--278330	180	5.5	178	75	8	818	39	9	9	41	1.71
279089--279134	22	2.0	23	87	4	67	52	4	0	43	1.21
279350--279382	14	2.3	15	89	5	50	45	3	0	51	1.16
280158--280805	182	3.6	179	79	4	639	41	7	10	40	1.68
280863--280910	16	3.1	16	77	16	57	39	2	0	58	1.10
280860--280937	39	2.0	38	82	9	95	38	2	0	58	1.12
280869--280916	16	3.4	13	80	13	51	37	2	0	60	1.09
281501--281525	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
281661--281696	17	2.1	18	89	5	56	44	0	2	52	1.15
283633--283705	33	2.2	32	76	11	76	49	0	1	49	1.09
283639--283703	17	3.9	17	76	15	64	49	0	1	49	1.10
283941--284041	25	3.8	26	70	27	72	44	2	2	49	1.32
284120--284185	19	3.5	19	74	15	57	43	0	1	54	1.09
284760--284810	27	1.9	26	92	4	84	49	3	0	47	1.20
285026--285078	19	2.6	21	80	20	67	60	0	0	39	0.97
285340--285393	26	2.0	28	82	10	67	46	3	0	50	1.19
285439--285521	27	3.0	29	73	26	72	49	0	1	49	1.08
285472--285518	20	2.3	21	88	3	69	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285515--285565	24	2.1	25	85	10	70	52	5	1	39	1.37
285510--285568	24	2.5	22	80	17	66	50	5	1	42	1.34
285770--285862	27	3.3	27	77	18	75	51	1	2	45	1.20
286110--286157	13	3.5	13	80	5	51	56	0	0	43	0.99
286399--286436	20	1.9	20	84	10	51	42	2	5	50	1.39
286684--286747	29	2.2	27	79	15	74	48	0	1	50	1.10
286963--287004	15	2.9	15	82	3	50	38	0	9	52	1.34
287091--287135	13	3.5	13	79	8	56	46	0	0	53	1.00
287426--287459	16	2.0	16	88	11	50	44	0	0	55	0.99
287432--287475	19	2.2	19	84	8	52	43	2	0	54	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8