genome.fa.s2294.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4312818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9096--9135	20	2.0	21	85	5	55	10	7	7	75	1.20
11338--11453	41	2.9	41	85	1	144	30	27	22	19	1.98
24883--24930	22	2.2	22	85	10	64	25	14	4	56	1.56
26189--26244	29	1.9	29	100	0	112	35	23	12	28	1.91
26484--26545	31	2.0	31	90	3	99	35	22	11	30	1.89
33490--33617	25	5.1	25	75	7	116	31	21	18	28	1.97
47713--48060	150	2.3	154	80	5	375	28	20	27	22	1.99
47713--47953	50	4.7	50	91	3	347	25	22	30	21	1.98
47713--48010	50	5.8	49	86	5	317	27	21	29	22	1.99
53314--53347	11	3.0	11	86	4	50	61	2	8	26	1.40
53699--53740	21	2.0	21	95	0	75	19	0	35	45	1.50
55448--55498	15	3.6	14	75	15	52	72	1	23	1	1.05
55448--55500	14	3.7	15	78	12	67	71	1	24	1	1.06
62256--62371	45	2.5	46	78	8	121	12	23	1	62	1.38
62348--62419	12	6.0	12	69	15	51	11	16	4	68	1.35
64684--64719	18	2.0	18	100	0	72	16	22	27	33	1.95
99650--99756	53	2.0	53	96	0	196	50	14	24	10	1.74
100269--100307	12	3.2	12	89	7	60	71	0	23	5	1.05
100269--100308	13	3.2	13	92	3	64	72	0	22	5	1.04
100269--100318	13	3.8	13	89	7	57	70	4	22	4	1.21
100262--100329	34	2.0	35	82	8	86	69	2	22	5	1.24
104390--104435	12	4.0	12	86	8	51	67	10	6	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104416--104450	14	2.6	14	95	4	63	74	0	8	17	1.06
104394--104449	13	4.6	12	82	10	60	71	5	7	16	1.27
134165--134299	60	2.2	60	92	0	225	39	16	16	28	1.90
138564--138646	42	2.0	42	92	0	139	37	8	20	33	1.83
146017--146074	18	3.2	18	90	0	89	65	3	20	10	1.38
146068--146107	18	2.2	18	86	0	53	62	0	27	10	1.27
146038--146118	30	2.7	29	75	7	81	60	1	25	12	1.39
147825--147893	20	3.5	20	83	0	93	26	33	15	24	1.95
149310--149357	20	2.4	20	80	13	62	25	35	16	22	1.95
151804--154367	103	24.9	103	99	0	5049	23	19	27	30	1.98
151998--152049	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152101--152152	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152204--152255	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152307--152358	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152410--152461	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152513--152564	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152616--152667	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152719--152770	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152822--152873	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
152925--152976	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153028--153079	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153131--153182	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153234--153285	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153337--153388	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153440--153491	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153543--153594	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153646--153697	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153749--153800	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153852--153903	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
153955--154006	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
154058--154109	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
154161--154212	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
154264--154315	26	2.0	26	92	0	86	13	23	36	26	1.92
160900--160948	20	2.5	20	86	6	73	24	16	32	26	1.96
162671--162710	18	2.2	18	86	0	53	10	27	0	62	1.27
162704--162761	18	3.2	18	90	0	89	10	18	3	67	1.35
162660--162740	30	2.7	29	77	7	90	12	24	1	61	1.38
163856--163884	11	2.6	11	100	0	58	13	0	6	79	0.93
165287--165375	20	4.4	20	81	5	117	24	15	34	24	1.95
166798--166826	11	2.6	11	100	0	58	13	6	0	79	0.93
166786--166832	23	2.0	23	83	0	58	23	8	0	68	1.17
169369--169577	42	5.0	42	100	0	418	38	9	19	33	1.84
172159--172187	14	2.1	14	100	0	58	65	6	6	20	1.40
172157--172253	45	2.2	43	92	3	158	56	14	9	19	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178027--178107	12	6.8	12	72	16	60	12	23	1	62	1.36
178092--178129	18	2.2	18	86	9	53	7	18	5	68	1.34
178150--178191	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
181363--181409	25	1.9	24	86	4	67	51	10	19	19	1.75
183787--183851	33	1.9	34	93	3	114	43	15	7	33	1.75
185662--185700	18	2.2	18	86	9	53	5	17	5	71	1.23
188162--188203	16	2.6	16	88	0	57	28	28	11	30	1.92
188545--188585	20	2.0	20	90	0	64	34	19	21	24	1.97
190278--190327	12	4.5	11	74	20	50	6	18	4	72	1.22
191790--191822	12	2.8	12	100	0	66	39	9	9	42	1.68
212179--212214	18	2.1	18	89	5	56	41	0	11	47	1.39
212337--212416	41	2.0	41	87	0	115	20	12	20	47	1.81
213698--213758	30	2.0	30	84	6	79	31	26	16	26	1.96
213982--214026	20	2.2	20	92	7	74	33	4	8	53	1.52
215565--216129	282	2.0	283	99	0	1114	32	14	24	29	1.94
218804--218871	6	11.3	6	75	6	66	75	1	17	5	1.08
218806--218871	18	3.7	18	93	0	105	74	1	18	6	1.10
220565--220597	13	2.5	14	85	14	52	12	24	0	63	1.28
220621--220670	18	2.5	20	84	9	59	4	18	4	74	1.14
223325--224582	637	2.0	632	85	6	1686	30	17	17	35	1.93
227552--227601	18	2.5	20	87	9	68	72	2	20	6	1.16
235094--235156	28	2.2	28	91	0	99	23	20	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235103--235159	28	2.0	28	100	0	114	26	17	17	38	1.92
237988--238036	24	2.0	26	84	8	66	16	8	4	71	1.26
240374--240539	50	3.3	50	81	5	235	33	28	14	23	1.94
247719--247866	72	2.0	73	98	1	289	58	5	9	27	1.51
249778--250035	86	3.0	86	97	0	480	37	24	13	24	1.92
250390--250436	22	2.0	24	88	8	71	46	0	0	53	1.00
250434--250591	78	2.0	79	98	1	309	33	16	10	39	1.82
265105--265164	29	2.1	29	83	0	75	36	6	11	45	1.67
267624--267668	20	2.2	21	88	4	65	42	6	2	48	1.41
273558--273603	23	2.0	23	95	0	83	39	19	8	32	1.82
273560--273609	23	2.2	23	88	0	73	42	20	10	28	1.84
280444--280631	50	3.6	50	87	5	225	26	20	29	23	1.99
282166--282216	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
286379--286510	45	2.9	44	84	4	156	24	17	11	46	1.80
290979--291030	16	3.4	16	73	24	58	40	1	25	32	1.67
290979--291038	29	2.1	29	93	0	102	41	1	26	30	1.65
294314--294386	30	2.4	30	76	0	74	10	15	5	68	1.36
295173--295240	33	2.1	33	97	0	127	50	5	25	19	1.70
297052--297108	20	2.9	20	81	2	80	26	17	31	24	1.97
297841--297897	26	2.2	26	83	0	69	38	5	21	35	1.76
308655--308741	25	3.5	25	82	3	77	35	22	18	22	1.95
308675--308753	25	3.2	25	82	7	97	36	21	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310360--310404	24	1.9	24	86	4	65	55	15	0	28	1.41
317842--317900	26	2.2	26	96	3	109	20	10	22	47	1.79
327055--327151	27	3.7	26	80	12	99	19	18	18	43	1.89
327054--327155	53	1.9	53	82	11	129	19	20	18	41	1.91
331069--331140	33	2.1	34	87	2	101	41	6	11	40	1.67
340276--340340	18	3.4	18	75	10	67	9	20	3	67	1.32
341638--341680	13	3.3	13	81	18	54	0	34	0	65	0.93
341999--342247	27	9.2	27	84	4	256	43	18	20	17	1.88
341999--342247	81	3.1	79	83	4	293	43	18	20	17	1.88
344333--344397	28	2.4	28	81	2	78	53	12	4	29	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14