genome.fa.s2294.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4312818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238157--2238227	25	2.9	24	81	8	72	40	2	0	56	1.14
2243800--2243851	11	4.7	11	81	9	61	78	5	1	13	1.01
2244160--2244202	20	2.2	20	95	0	77	30	30	13	25	1.94
2245371--2245428	18	3.1	18	77	20	57	75	3	10	10	1.15
2250595--2250632	18	2.1	18	90	0	58	36	7	7	47	1.62
2251673--2251714	18	2.3	18	87	0	57	71	7	0	21	1.09
2252298--2252536	43	5.6	43	94	0	388	24	31	17	25	1.97
2252298--2252581	129	2.2	129	87	1	419	25	30	18	26	1.98
2252949--2252991	21	2.0	21	86	0	59	4	44	18	32	1.71
2252954--2252999	21	2.2	21	84	0	56	4	36	19	39	1.72
2252887--2253065	87	2.1	87	88	0	259	10	27	20	41	1.85
2258652--2258790	9	15.6	9	73	14	92	34	1	20	43	1.61
2258588--2258784	100	2.0	98	89	2	304	34	2	19	43	1.63
2258907--2259303	18	22.1	18	65	19	147	35	3	20	39	1.70
2258907--2259303	56	7.4	55	75	11	410	35	3	20	39	1.70
2258911--2259262	51	6.6	51	76	14	309	36	3	21	38	1.72
2258907--2259297	107	3.7	107	97	0	719	36	3	20	39	1.70
2259237--2259383	80	1.9	76	82	10	183	31	1	20	46	1.59
2259213--2259518	136	2.3	127	82	9	370	32	1	18	47	1.58
2259415--2259518	18	5.7	17	69	17	57	30	0	18	50	1.47
2260243--2260267	13	1.9	13	100	0	50	52	24	8	16	1.70
2262712--2262750	19	2.0	20	85	5	53	35	43	2	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263013--2263050	7	5.4	7	93	0	67	31	50	0	18	1.47
2263042--2263080	21	1.9	21	84	5	53	38	38	0	23	1.55
2263073--2263114	14	2.9	14	89	6	66	35	38	0	26	1.57
2263069--2263115	15	3.3	15	88	8	71	40	34	0	25	1.56
2263501--2263896	41	9.7	40	82	6	445	29	29	20	20	1.98
2263872--2263939	29	2.4	29	95	2	120	42	27	20	8	1.82
2274050--2274192	55	2.6	55	85	1	196	35	5	13	44	1.68
2275771--2275851	42	1.9	42	85	5	110	24	18	24	32	1.97
2275780--2275861	43	1.9	42	82	2	101	25	18	24	31	1.97
2286791--2287060	136	2.0	135	86	2	380	36	11	16	35	1.85
2288628--2288682	16	3.4	16	84	0	74	29	23	5	41	1.76
2289673--2289697	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
2292037--2292306	136	2.0	135	86	2	380	36	11	16	35	1.85
2300693--2300727	2	17.5	2	87	0	52	48	2	2	45	1.32
2301158--2301195	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2303451--2303478	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2304328--2304515	51	3.7	50	84	2	223	31	23	14	29	1.95
2310352--2310382	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2310435--2310471	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
2311947--2311971	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
2312646--2312791	41	3.6	41	94	0	238	24	21	23	30	1.99
2313296--2313711	200	2.1	200	99	0	814	39	16	4	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315626--2315672	14	3.3	14	88	5	76	46	29	0	23	1.52
2315632--2315690	22	2.5	25	81	8	70	45	23	0	30	1.53
2315626--2315673	7	6.7	7	78	4	51	45	29	0	25	1.53
2321599--2321717	20	5.9	20	68	7	80	11	32	19	36	1.88
2345153--2345194	8	5.4	8	82	5	50	19	0	26	54	1.44
2345153--2345194	15	2.7	16	81	3	50	19	0	26	54	1.44
2345220--2345436	97	2.2	97	90	0	337	38	2	19	40	1.64
2347893--2348301	204	2.0	205	99	0	811	43	10	9	36	1.72
2348825--2348872	24	2.0	24	83	0	60	35	2	12	50	1.52
2348838--2348872	12	2.9	12	82	0	52	34	0	11	54	1.37
2352693--2352731	19	2.1	19	85	9	53	25	15	5	53	1.62
2353794--2354137	171	2.0	172	99	0	681	46	18	6	29	1.73
2356775--2356875	51	2.0	52	86	5	143	44	7	14	32	1.75
2356985--2357037	28	2.0	26	85	7	70	37	0	18	43	1.51
2357380--2357610	125	1.8	125	94	0	408	23	14	32	29	1.94
2364425--2364458	17	2.0	18	88	11	54	47	11	0	41	1.40
2386695--2386791	51	1.9	50	81	6	115	30	11	23	34	1.90
2386695--2386816	25	4.9	24	74	12	93	29	12	24	33	1.92
2386469--2386842	76	5.0	76	79	2	333	27	12	23	36	1.90
2396357--2396409	24	2.2	24	80	9	65	52	1	3	41	1.30
2398133--2398171	18	2.0	20	90	9	64	51	0	10	38	1.36
2402883--2402922	16	2.5	16	95	0	71	40	5	37	17	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411984--2412655	45	15.5	45	69	18	220	29	20	22	27	1.98
2412162--2412785	43	14.6	41	68	15	259	28	20	22	27	1.99
2412028--2412670	172	3.7	172	91	3	960	29	19	22	27	1.98
2412372--2412814	216	2.0	218	91	2	723	29	20	23	27	1.98
2412546--2412815	89	3.1	87	70	10	221	28	20	23	27	1.99
2414463--2414505	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
2414568--2414627	22	2.8	20	77	20	68	38	5	5	51	1.45
2414568--2414662	22	4.4	21	71	20	63	35	7	3	53	1.45
2414496--2414661	20	8.5	20	67	16	80	36	8	3	52	1.47
2420022--2420057	19	1.9	18	94	5	63	50	0	0	50	1.00
2420443--2420491	19	2.4	21	80	16	59	67	4	0	28	1.09
2420436--2420466	16	1.9	16	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2420445--2420497	25	2.1	25	83	13	65	66	3	0	30	1.10
2422996--2423143	56	2.7	54	82	10	176	26	26	13	33	1.93
2425250--2425278	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
2427556--2427823	40	6.7	40	84	1	315	33	15	30	19	1.93
2427562--2427670	20	5.4	20	65	12	71	32	12	33	21	1.91
2430184--2430227	17	2.6	17	89	10	65	31	11	2	54	1.48
2433489--2433683	80	2.4	80	83	3	223	33	16	30	18	1.94
2433578--2433680	20	5.2	20	66	13	68	33	17	31	17	1.93
2433503--2433683	40	4.5	40	79	2	193	32	16	32	18	1.94
2434790--2434887	39	2.5	39	91	1	153	35	7	13	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434905--2434969	27	2.4	26	82	5	67	29	10	9	50	1.68
2437951--2437984	18	1.9	18	88	5	52	35	11	20	32	1.89
2444098--2444207	37	3.0	37	89	1	168	19	12	26	41	1.87
2448127--2448160	18	1.9	18	88	5	52	35	11	20	32	1.89
2454274--2454383	37	3.0	37	89	1	168	19	12	26	41	1.87
2462631--2462667	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
2462716--2462800	30	2.8	30	96	0	152	21	43	0	35	1.53
2468212--2468266	27	2.0	27	100	0	110	40	18	14	27	1.89
2487508--2487610	51	2.0	51	94	0	179	30	18	24	27	1.98
2490793--2491149	27	13.3	27	82	1	396	19	16	21	43	1.88
2491399--2491440	20	2.2	19	86	4	57	16	40	26	16	1.90
2503951--2503989	20	2.0	20	85	10	53	38	10	12	38	1.78
2513759--2513817	30	2.0	30	89	0	91	25	20	28	25	1.99
2513953--2514053	26	3.9	26	84	0	130	37	24	20	16	1.93
2514214--2514280	27	2.5	27	82	4	73	25	22	16	35	1.94
2514244--2514362	27	4.4	28	80	8	86	18	18	19	43	1.88
2515768--2515801	10	3.4	10	95	0	59	50	47	0	2	1.16
2518719--2518960	50	4.8	50	88	0	313	22	30	20	26	1.98
2520604--2520658	25	2.2	25	100	0	110	43	10	16	29	1.82
2527298--2527433	44	3.1	45	89	5	197	44	10	19	25	1.82
2532721--2532777	24	2.4	24	93	0	96	31	12	26	29	1.92
2533128--2533460	44	7.7	44	70	11	199	31	23	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533128--2533456	129	2.5	128	88	5	500	31	24	19	25	1.98
2533136--2533511	44	8.7	42	71	11	174	31	22	21	25	1.98
2562695--2562928	116	2.0	117	99	0	461	43	5	15	35	1.71
2568388--2568433	22	2.0	22	83	8	56	19	10	6	63	1.48
2570771--2570835	28	2.3	28	97	0	121	26	23	29	21	1.99
2570855--2571101	58	4.3	58	100	0	494	34	42	11	11	1.77
2571348--2571486	27	5.2	26	75	6	118	17	13	20	48	1.80
2571345--2571487	53	2.7	53	78	3	153	16	13	20	48	1.80
2572539--2572576	13	3.0	13	84	7	51	63	0	28	7	1.23
2575044--2575091	23	2.0	23	84	8	60	39	0	16	43	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14