genome.fa.s2294.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4312818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  6  of  14  ( 1587 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948493--1948535	11	3.9	11	78	9	52	67	9	2	20	1.30
1950490--1950528	17	2.3	16	83	12	51	2	17	0	79	0.84
1955598--1955643	20	2.3	19	85	11	56	15	26	15	43	1.85
1957858--1957901	23	1.9	24	86	9	65	25	6	2	65	1.28
1964791--1964838	5	9.8	5	80	13	55	83	0	12	4	0.79
1969713--1969759	11	4.3	11	83	5	60	51	0	8	40	1.33
1973144--1973230	22	4.0	22	78	3	77	13	24	17	44	1.85
1973163--1973269	44	2.4	44	85	0	142	16	23	17	42	1.89
1973168--1973313	22	6.6	22	72	3	96	15	23	17	43	1.88
1973178--1973282	44	2.3	44	79	9	113	17	22	16	43	1.87
1976488--1976674	50	3.8	50	77	2	171	28	22	26	22	1.99
1982951--1982993	21	2.0	21	95	0	77	32	6	18	41	1.77
1990990--1991167	50	3.6	50	82	3	173	28	21	27	23	1.99
1991375--1991423	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
1998388--1998418	3	10.3	3	100	0	62	0	0	64	35	0.94
2000991--2001020	13	2.4	12	89	10	51	50	3	0	46	1.18
2003496--2003820	161	2.0	162	99	0	643	52	2	8	37	1.44
2005620--2005649	7	4.1	7	95	4	51	13	13	26	46	1.80
2006766--2006820	27	2.0	27	96	0	101	49	20	7	23	1.74
2012369--2012461	48	1.9	48	82	4	116	39	24	15	20	1.91
2026206--2026462	127	2.0	128	99	0	507	44	13	12	29	1.81
2037765--2038068	60	5.1	60	82	4	317	26	26	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037779--2038068	121	2.4	120	82	4	350	27	27	12	33	1.92
2037909--2038019	29	3.8	29	73	11	100	25	28	11	34	1.91
2038188--2038285	50	2.0	50	89	0	151	26	27	13	32	1.93
2041484--2041521	20	1.9	20	88	0	58	31	26	13	28	1.93
2045835--2045878	21	2.0	21	86	4	61	61	6	11	20	1.52
2046864--2047025	50	3.2	50	75	3	137	25	23	22	27	2.00
2047020--2048336	218	6.0	218	89	1	1876	27	24	19	28	1.99
2047077--2048288	44	27.8	45	67	12	318	27	24	20	28	1.99
2049426--2049464	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2049689--2049741	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
2055454--2055528	23	3.3	23	92	0	123	17	21	26	34	1.95
2058939--2058996	20	3.0	20	82	7	75	3	12	1	82	0.86
2058938--2058998	28	2.1	29	88	8	90	3	11	1	83	0.83
2058945--2059011	27	2.4	27	85	11	84	4	10	2	82	0.93
2058897--2058989	7	13.3	7	74	13	68	5	11	2	80	0.96
2058891--2059012	42	3.2	36	70	18	88	5	12	2	79	1.00
2058902--2059012	28	4.2	26	73	19	88	6	10	2	80	0.99
2063482--2063584	47	2.2	45	79	6	109	54	4	6	33	1.48
2066131--2066210	38	2.1	38	81	6	90	45	6	6	42	1.54
2066834--2066871	19	2.0	20	84	5	51	36	0	5	57	1.21
2067545--2067588	13	3.4	13	81	9	54	63	0	2	34	1.07
2072140--2072203	27	2.4	27	84	7	87	26	18	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072613--2073948	664	2.0	664	85	3	1832	36	19	11	32	1.88
2077872--2078008	52	2.7	51	84	11	176	40	11	0	47	1.40
2084185--2084332	8	18.5	8	100	0	296	24	12	0	63	1.28
2085936--2086002	9	7.4	9	85	6	91	28	10	20	40	1.86
2087630--2087732	41	2.5	41	84	6	120	30	18	18	33	1.95
2087906--2087943	19	2.0	19	94	0	67	28	39	0	31	1.57
2087928--2087972	22	2.1	21	83	4	54	22	33	0	44	1.53
2098684--2098726	13	3.4	13	80	6	52	65	0	2	32	1.06
2098684--2098727	12	3.6	12	87	3	52	63	0	2	34	1.07
2108998--2109040	13	3.4	13	80	6	52	65	0	2	32	1.06
2108998--2109041	12	3.6	12	87	3	52	63	0	2	34	1.07
2110868--2110893	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2112620--2112684	19	3.2	20	83	10	71	78	0	16	4	0.91
2112640--2112683	5	8.8	5	85	9	63	81	0	18	0	0.68
2114092--2114135	21	2.1	21	86	0	61	38	6	34	20	1.79
2114041--2114182	72	2.0	72	85	0	194	30	16	27	25	1.96
2114116--2114264	51	2.9	51	78	4	156	29	18	25	26	1.98
2114225--2114295	36	2.0	36	88	0	106	32	16	19	30	1.95
2114174--2114333	87	1.8	87	89	0	248	31	15	23	28	1.95
2114261--2114371	51	2.2	51	88	0	159	30	14	23	31	1.94
2114362--2114405	21	2.1	21	87	4	63	34	9	36	20	1.84
2114005--2114873	261	3.3	261	89	0	1308	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114384--2114866	138	3.6	135	74	11	458	29	17	24	28	1.97
2114635--2114775	51	2.8	51	74	0	138	29	16	26	27	1.97
2114748--2114822	36	2.1	36	89	0	114	26	20	22	30	1.98
2114646--2114897	138	1.8	138	86	1	371	28	18	25	26	1.98
2114907--2115026	44	2.7	44	87	5	154	29	20	20	29	1.98
2114948--2115039	44	2.1	44	87	0	130	34	18	19	27	1.95
2115912--2115954	20	2.4	19	85	14	56	13	6	0	79	0.93
2115914--2115956	18	2.5	17	82	10	52	13	9	0	76	1.01
2115922--2115975	25	2.2	25	80	12	58	18	9	1	70	1.23
2116748--2116772	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
2116800--2116857	24	2.4	24	82	5	64	25	6	1	65	1.27
2130201--2130427	50	4.4	50	84	3	247	22	30	22	25	1.99
2134361--2134410	24	2.1	24	100	0	100	42	16	12	30	1.84
2136500--2136726	50	4.4	50	82	3	238	22	29	21	26	1.99
2136500--2136726	100	2.2	104	82	4	273	22	29	21	26	1.99
2137068--2137125	30	1.9	30	89	0	89	32	25	1	39	1.66
2137168--2137345	44	4.0	44	100	0	356	34	20	8	36	1.84
2139610--2140056	222	2.0	222	100	0	894	33	18	13	34	1.90
2144440--2144470	16	1.9	16	93	0	53	54	19	9	16	1.68
2154067--2154096	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
2154943--2155108	14	11.9	14	77	2	136	33	12	21	33	1.90
2154942--2155110	28	6.0	28	77	2	151	33	13	21	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157654--2157875	110	2.0	111	98	0	428	31	5	15	47	1.68
2158291--2158372	38	2.1	40	86	8	116	56	1	2	40	1.20
2158555--2158579	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2159305--2159469	81	2.0	82	98	1	323	45	12	3	38	1.59
2161390--2161420	7	4.4	7	100	0	62	12	74	0	12	1.08
2164678--2164715	19	2.0	20	90	10	62	78	0	15	5	0.91
2164687--2164755	26	2.7	26	84	2	77	73	1	20	4	1.07
2165027--2165463	217	2.0	218	99	0	867	43	10	8	37	1.69
2169991--2170015	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
2174356--2174438	25	3.3	25	63	15	62	59	15	4	20	1.55
2181234--2181495	123	2.1	123	100	0	524	37	18	19	25	1.94
2190913--2191035	63	2.0	62	82	9	151	24	6	17	52	1.68
2193127--2193161	18	1.9	18	88	0	52	68	0	2	28	1.04
2194814--2194866	23	2.3	23	90	0	88	32	24	20	22	1.98
2195089--2195127	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
2197261--2197298	19	2.0	20	89	5	60	21	34	7	36	1.82
2197282--2197334	20	2.7	20	82	5	63	22	28	15	33	1.94
2203587--2203707	23	5.3	23	86	0	179	33	23	20	22	1.97
2203935--2203972	18	2.2	17	86	13	51	47	18	0	34	1.49
2209745--2209779	18	1.9	18	88	0	52	2	25	17	54	1.57
2209786--2209820	15	2.3	15	90	0	52	8	25	14	51	1.70
2212136--2212160	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2218322--2218372	18	2.8	18	75	0	57	39	17	1	41	1.61
2223021--2223074	21	2.6	21	82	11	67	11	16	3	68	1.33
2226479--2226519	18	2.3	18	87	8	57	21	4	2	70	1.18
2228567--2228606	21	1.9	21	100	0	80	20	5	27	47	1.70
2229265--2229307	22	2.0	22	100	0	86	4	0	51	44	1.22
2230712--2230784	25	2.8	26	83	4	94	27	23	16	32	1.96
2233200--2233247	24	2.0	24	88	8	71	56	6	0	37	1.25
2233345--2233382	17	2.1	19	90	9	62	52	5	0	42	1.24
2233372--2233403	13	2.5	13	89	0	55	28	6	0	65	1.16
2236320--2236360	13	3.2	13	86	3	57	39	2	0	58	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14