genome.fa.s2294.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4312818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580167--2580216	25	2.0	25	88	0	73	56	2	36	6	1.36
2580346--2580392	18	2.6	18	96	0	85	42	10	6	40	1.65
2580431--2580470	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2580416--2580482	34	1.9	35	87	3	100	29	8	14	46	1.76
2580406--2580486	14	5.3	15	68	23	53	29	9	18	41	1.83
2583275--2583325	18	2.8	18	75	0	66	39	3	43	13	1.63
2590622--2590879	129	2.0	129	97	0	489	23	17	17	41	1.89
2595178--2595230	27	1.9	28	88	3	81	45	0	1	52	1.11
2603166--2603448	43	6.7	42	76	11	229	34	25	15	24	1.95
2603166--2603441	85	3.2	86	92	2	441	34	25	16	23	1.95
2608524--2608558	18	1.9	18	88	11	54	5	14	0	80	0.89
2612051--2612089	16	2.4	17	95	4	71	48	10	0	41	1.37
2612141--2612193	20	2.8	19	81	18	67	43	1	1	52	1.23
2612169--2612284	61	2.0	61	86	5	157	43	3	4	49	1.39
2617294--2617344	25	2.0	25	85	7	68	43	1	3	50	1.31
2617329--2617444	61	1.9	58	86	5	160	43	3	4	49	1.39
2626181--2626234	19	2.8	19	97	0	99	42	14	9	33	1.78
2626833--2626871	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2626970--2627009	20	2.0	20	90	0	62	50	7	10	32	1.64
2626958--2627024	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
2627458--2627514	29	2.0	29	82	6	71	28	15	15	40	1.88
2627797--2628077	124	2.3	125	89	4	426	29	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629944--2629999	24	2.3	24	96	0	103	19	17	35	26	1.94
2631495--2631528	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
2631626--2631683	29	2.0	29	90	9	93	58	1	0	39	1.08
2631717--2631767	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
2645705--2645734	15	2.0	15	100	0	60	40	0	46	13	1.43
2646332--2646358	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2648861--2648892	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
2654247--2654318	34	2.1	34	97	0	135	20	20	12	45	1.83
2661384--2661410	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2662762--2663072	125	2.4	126	86	5	396	29	15	23	31	1.95
2663069--2663574	21	23.1	21	77	12	398	25	0	30	43	1.59
2663087--2663144	29	2.0	29	100	0	116	27	0	31	41	1.56
2663069--2663574	43	11.5	42	79	10	482	25	0	30	43	1.59
2663418--2663574	50	3.3	49	77	14	152	26	0	28	44	1.59
2664114--2664156	18	2.4	18	88	0	68	46	6	27	18	1.75
2664804--2664829	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
2665892--2665947	11	5.0	11	77	16	53	50	1	25	23	1.59
2665889--2665946	22	2.6	22	86	8	73	48	1	27	22	1.60
2667451--2667659	102	2.0	103	99	0	411	30	11	5	52	1.61
2679920--2680218	146	2.0	148	91	1	487	31	16	18	33	1.94
2686286--2686367	4	20.8	4	70	9	53	24	8	0	67	1.19
2686306--2686363	12	4.5	12	77	14	62	25	6	0	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691399--2691431	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
2691512--2691570	26	2.3	26	82	5	75	81	0	11	6	0.87
2691523--2691567	16	2.9	16	87	12	67	84	0	15	0	0.62
2691525--2691568	6	7.8	6	76	23	51	84	0	15	0	0.63
2691526--2691567	11	3.9	11	84	15	61	83	0	16	0	0.65
2692456--2693015	44	12.7	43	69	15	165	29	20	21	28	1.98
2692518--2692921	211	1.9	212	87	1	596	29	18	22	29	1.98
2692890--2693027	44	2.9	49	84	10	205	31	20	22	25	1.98
2693746--2693789	18	2.4	17	82	14	52	2	22	6	68	1.25
2694650--2694733	20	4.2	20	77	17	86	26	7	0	66	1.17
2694653--2694731	8	10.5	8	75	18	55	26	7	0	65	1.19
2694668--2694733	35	1.9	34	84	3	87	27	6	0	66	1.15
2697507--2697567	31	2.0	31	90	0	95	19	37	26	16	1.93
2697589--2697624	17	2.1	18	89	5	56	22	41	25	11	1.86
2700503--2700537	6	5.8	6	100	0	70	51	17	14	17	1.77
2710323--2710355	14	2.4	14	90	10	50	18	30	21	30	1.97
2710250--2710472	117	1.9	118	87	0	331	21	29	17	31	1.96
2711950--2712147	35	5.9	35	72	16	107	43	18	7	29	1.78
2711974--2712132	31	4.9	31	77	13	153	44	19	8	28	1.79
2711988--2712147	64	2.4	65	90	4	259	44	18	8	28	1.78
2712493--2712746	78	3.3	78	89	1	377	41	16	3	38	1.66
2715986--2716027	15	2.9	14	89	10	66	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716720--2716995	54	5.1	54	81	6	228	42	22	20	14	1.88
2716772--2716996	80	2.8	80	84	8	296	43	22	19	14	1.88
2716720--2716996	27	10.3	27	76	11	174	42	22	20	15	1.88
2716728--2716992	134	2.0	135	82	5	322	42	22	20	14	1.88
2716720--2717024	81	3.8	81	78	10	295	42	21	20	16	1.89
2717124--2717160	19	1.9	19	100	0	74	32	5	37	24	1.78
2717341--2717457	28	4.2	28	88	1	173	23	23	21	30	1.99
2717341--2717491	56	2.6	56	81	7	151	23	24	22	29	1.99
2724393--2724747	27	13.3	27	81	5	359	40	19	23	17	1.91
2724393--2724747	81	4.4	80	81	9	400	40	19	23	17	1.91
2724709--2724782	27	2.8	26	85	8	87	40	16	20	22	1.91
2725102--2725212	28	4.0	28	84	2	143	23	26	20	29	1.99
2727344--2727737	213	1.9	212	85	7	550	38	13	10	37	1.80
2729894--2730135	50	4.9	50	81	3	229	21	27	21	29	1.98
2733500--2733555	20	2.7	21	83	8	69	16	12	19	51	1.75
2738545--2738573	11	2.6	11	100	0	58	44	6	10	37	1.65
2741634--2741861	60	3.8	60	84	1	262	26	27	14	32	1.94
2742769--2742822	22	2.5	22	87	6	74	35	18	7	38	1.79
2746519--2746563	22	2.0	22	82	0	54	28	6	6	57	1.50
2760300--2760333	18	1.9	18	88	5	52	44	2	20	32	1.67
2763225--2763255	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2768438--2768486	9	5.4	9	85	0	62	46	10	10	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768438--2768487	18	2.8	18	93	0	91	46	12	10	32	1.74
2768566--2768628	20	3.2	20	84	8	85	61	4	0	33	1.17
2768567--2768628	19	3.2	19	84	8	81	61	4	0	33	1.17
2768583--2768640	18	3.2	17	78	11	53	51	5	1	41	1.34
2769021--2769060	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
2784538--2784582	14	2.9	16	87	9	58	42	8	0	48	1.34
2784536--2784582	16	2.9	16	81	12	53	42	8	0	48	1.33
2786667--2786724	27	2.1	27	90	0	89	24	27	12	36	1.91
2786815--2786890	27	2.8	27	90	4	109	26	31	9	32	1.88
2786635--2786936	148	2.0	148	94	0	532	26	26	11	35	1.90
2786901--2786968	27	2.6	27	78	2	75	25	23	11	39	1.88
2787063--2787232	27	6.3	27	81	9	181	33	21	13	31	1.92
2787063--2787232	80	2.1	81	82	7	213	33	21	13	31	1.92
2787960--2787984	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
2788952--2789057	41	2.6	41	84	3	142	26	18	25	29	1.98
2795238--2795262	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
2796657--2796725	34	2.0	34	82	0	84	39	2	15	42	1.63
2796916--2797034	41	2.9	41	81	2	132	27	17	24	30	1.97
2798064--2798097	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
2807400--2807526	58	2.2	57	79	6	134	25	23	18	33	1.97
2807393--2807629	28	8.3	29	68	13	95	26	23	18	32	1.97
2807842--2807993	53	2.9	52	86	2	198	29	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814091--2814170	33	2.4	33	87	6	108	12	30	7	50	1.68
2814113--2814181	33	2.1	33	91	0	111	14	27	7	50	1.69
2815279--2815320	16	2.5	17	88	7	59	19	11	4	64	1.44
2815276--2815320	17	2.5	19	82	13	60	20	13	4	62	1.48
2819184--2819253	22	3.3	21	74	7	70	71	2	11	14	1.25
2820547--2820663	1	117.0	1	68	0	63	7	0	7	83	0.84
2820535--2820663	6	22.3	6	88	6	115	9	0	7	82	0.89
2825195--2825229	18	1.9	18	100	0	70	22	48	17	11	1.79
2837971--2838112	70	2.1	70	94	2	252	47	11	9	30	1.71
2841661--2841731	17	4.5	17	72	16	80	29	16	1	52	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14