genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8153469--8153520	23	2.2	24	86	6	70	50	0	1	48	1.12
8154206--8154253	24	2.0	24	95	0	87	64	4	22	8	1.38
8154212--8154264	24	2.2	24	82	0	61	62	7	24	5	1.44
8158792--8158830	17	2.3	16	83	12	51	15	25	0	58	1.37
8172354--8172410	19	3.1	19	75	5	55	21	5	3	70	1.22
8175869--8175917	25	2.1	24	85	11	66	53	2	0	44	1.12
8175996--8176046	22	2.3	22	86	0	66	49	3	3	43	1.39
8176005--8176052	22	2.2	22	88	0	69	50	4	2	43	1.33
8176256--8176313	21	2.8	21	78	0	80	44	0	1	53	1.10
8176191--8176389	107	1.8	110	90	4	323	38	5	0	56	1.25
8176467--8176515	22	2.4	22	80	10	59	51	2	0	46	1.12
8181507--8181582	37	2.1	37	97	0	143	26	19	14	39	1.90
8197437--8197468	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
8219983--8220018	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
8238296--8238393	45	2.2	46	89	7	155	33	21	10	34	1.87
8238892--8239229	45	7.5	45	78	0	199	33	15	14	36	1.88
8238931--8239006	24	3.3	24	74	10	86	26	13	21	39	1.89
8238898--8239032	21	6.1	22	68	11	71	31	15	17	35	1.91
8238909--8239229	90	3.6	90	84	2	256	33	15	14	35	1.89
8239002--8239231	90	2.6	90	90	1	345	36	16	12	35	1.86
8242975--8243011	18	2.1	18	89	0	56	21	0	2	75	0.92
8251696--8251721	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8253253--8253292	2	21.0	2	90	10	66	50	0	50	0	1.00
8253691--8253721	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
8256524--8256555	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8257148--8257222	28	2.6	28	81	10	89	58	0	2	38	1.12
8257170--8257253	28	2.9	29	82	12	84	58	1	1	39	1.14
8272885--8273027	74	1.9	74	84	2	189	28	4	0	66	1.12
8287706--8287808	51	2.0	51	96	1	190	34	9	16	38	1.82
8287834--8287879	21	2.2	21	84	7	58	23	8	17	50	1.74
8288938--8289145	101	2.1	101	87	1	292	31	15	13	38	1.87
8289362--8289396	16	2.2	16	89	0	52	42	5	0	51	1.25
8289510--8289569	29	2.1	28	81	9	68	46	1	5	46	1.34
8289616--8289709	41	2.3	40	80	5	98	47	0	4	47	1.21
8289678--8289736	27	2.1	28	93	3	102	52	1	1	44	1.21
8290186--8290226	20	2.0	20	95	0	73	31	21	9	36	1.86
8291790--8291868	38	2.0	39	82	4	97	32	11	21	34	1.89
8292772--8292848	28	2.7	28	80	9	77	37	2	0	59	1.11
8292807--8292845	19	2.0	20	85	5	53	41	0	0	58	0.98
8294088--8294113	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8294528--8294560	15	2.2	15	100	0	66	39	12	12	36	1.80
8303415--8303509	50	1.9	49	91	2	154	45	12	9	32	1.74
8309072--8309157	33	2.6	33	83	5	102	29	9	0	61	1.27
8309209--8309234	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8314976--8315169	104	1.9	103	86	5	275	32	4	1	61	1.26
8315156--8315181	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8318244--8318275	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
8330783--8330815	17	1.9	17	93	0	57	60	3	6	30	1.36
8337674--8338014	133	2.6	132	77	4	319	41	7	15	34	1.76
8354693--8354724	4	8.0	4	92	0	55	21	50	28	0	1.49
8356313--8356343	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
8356618--8356643	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
8363467--8363516	22	2.3	22	86	6	66	56	2	0	42	1.11
8363508--8363545	17	2.2	17	90	0	58	44	13	2	39	1.57
8380155--8380231	33	2.3	33	82	6	84	28	2	2	66	1.18
8380175--8380269	33	2.8	33	85	1	118	29	2	1	67	1.09
8380196--8380270	22	3.6	22	70	17	61	30	2	0	66	1.05
8383968--8384030	16	3.6	18	81	18	80	39	0	1	58	1.07
8383968--8384019	18	2.9	18	86	11	63	36	0	1	61	1.07
8387376--8387400	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
8389964--8390013	26	2.0	25	84	4	64	44	18	4	34	1.68
8390090--8390141	25	2.1	25	89	7	79	59	3	0	36	1.16
8391004--8391039	17	2.1	17	94	0	63	5	8	61	25	1.46
8393453--8393490	16	2.5	15	87	8	58	10	5	0	84	0.77
8397873--8397931	22	2.8	22	79	5	68	33	3	18	44	1.67
8397892--8397972	20	3.9	21	70	4	56	28	2	20	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8397878--8397978	21	4.8	21	71	6	69	28	1	22	46	1.63
8397987--8398026	21	1.9	21	89	0	62	27	0	20	52	1.46
8398200--8398247	21	2.3	21	82	10	64	27	6	22	43	1.77
8398411--8398466	23	2.4	23	84	0	67	17	3	32	46	1.66
8400403--8400465	33	1.9	33	96	0	117	28	19	20	31	1.97
8442542--8442579	12	3.2	12	96	0	67	44	0	0	55	0.99
8445570--8445654	3	28.3	3	87	0	89	43	34	22	0	1.53
8445571--8445643	27	2.7	27	91	0	110	46	32	20	0	1.51
8459175--8459208	16	2.1	17	88	5	52	55	0	8	35	1.31
8461148--8461177	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
8483324--8483453	41	3.1	41	80	7	122	27	5	2	64	1.27
8483371--8483432	27	2.2	28	80	11	74	33	1	0	64	1.03
8483395--8483502	5	21.4	5	69	14	62	25	3	0	70	1.04
8483399--8483475	24	3.2	24	77	12	86	27	5	0	67	1.12
8485499--8485524	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8498333--8498456	64	1.9	64	90	0	194	38	20	12	28	1.89
8500420--8500452	5	6.8	5	96	3	59	84	15	0	0	0.61
8508152--8508180	14	2.1	14	100	0	58	48	13	13	24	1.79
8516686--8516975	69	4.2	68	75	10	212	33	19	18	28	1.95
8520815--8520902	29	3.0	29	75	14	90	35	11	1	52	1.45
8520821--8520905	30	2.9	30	77	6	93	34	9	2	54	1.46
8520819--8520915	30	3.3	30	73	12	92	37	10	2	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8520857--8520924	30	2.3	31	80	12	88	32	10	2	54	1.49
8520991--8521059	33	2.1	33	86	0	93	46	10	8	34	1.69
8527784--8527808	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8530373--8530404	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
8548982--8549043	29	2.1	29	84	0	79	56	0	11	32	1.35
8549821--8549846	11	2.4	11	100	0	52	65	0	15	19	1.27
8554012--8554044	3	11.0	3	93	0	57	63	33	3	0	1.10
8589517--8589692	58	3.0	58	93	4	300	37	7	15	38	1.77
8605754--8605810	24	2.5	22	77	5	60	54	1	1	42	1.21
8606247--8606274	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8606788--8606831	22	2.0	22	81	0	52	34	2	4	59	1.30
8606929--8607019	15	5.7	15	71	21	60	26	1	6	65	1.23
8606940--8607042	51	2.0	51	82	12	124	29	0	4	65	1.20
8607318--8607375	29	2.0	29	83	6	73	43	1	1	53	1.21
8644171--8644196	6	4.3	6	100	0	52	0	46	0	53	1.00
8645331--8645360	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
8653230--8653277	2	23.5	2	95	4	87	50	47	0	2	1.12
8653277--8653303	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8660364--8660402	16	2.4	16	95	4	69	46	17	12	23	1.83
8660745--8660780	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
8665564--8665590	13	2.1	13	100	0	54	44	18	14	22	1.86
8687316--8687353	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693234--8693285	24	2.2	24	83	13	63	34	3	44	17	1.67
8695198--8695230	14	2.4	14	90	5	50	42	9	12	36	1.74
8716929--8717025	45	2.2	45	84	0	122	37	18	14	29	1.91
8716953--8717130	66	2.7	66	81	6	182	35	14	16	33	1.89
8717176--8717231	26	2.2	25	87	9	78	51	10	7	30	1.63
8717227--8717290	29	2.2	29	85	0	83	50	10	4	34	1.59
8731715--8731760	24	1.9	24	90	0	74	2	17	4	76	1.06
8747293--8747375	41	2.0	41	97	0	157	15	25	19	39	1.91
8748116--8748225	28	4.0	27	74	13	82	42	14	11	30	1.82
8756430--8756454	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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