genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149814--150122	171	1.8	169	83	6	410	34	14	13	36	1.86
154632--164470	171	57.8	170	74	7	5733	35	13	12	38	1.83
154777--180389	341	75.3	340	70	11	5080	35	13	12	38	1.82
161378--213620	511	102.2	510	68	12	5966	34	13	13	38	1.83
164754--176808	171	71.2	170	71	8	4654	34	12	13	39	1.82
164999--166200	503	2.4	504	78	7	1139	33	12	13	39	1.83
165383--166614	503	2.4	500	76	6	1144	33	12	13	40	1.82
166446--167502	339	3.1	341	74	7	776	36	12	13	37	1.83
167591--180396	340	37.8	339	73	8	5468	35	12	12	39	1.82
167581--180076	170	73.8	167	71	10	2882	35	12	12	39	1.82
176890--180396	169	20.7	168	73	9	1732	35	12	12	39	1.81
176893--180396	339	10.3	338	74	7	2108	35	12	12	39	1.81
180942--181226	153	1.9	152	80	7	337	31	15	14	37	1.88
181110--181545	171	2.5	171	80	5	470	35	14	14	35	1.87
181697--188268	341	19.4	340	72	9	3170	35	12	12	39	1.81
181718--185849	170	24.3	170	73	8	2289	35	12	12	39	1.81
185936--188198	170	13.4	170	72	10	863	36	12	12	39	1.80
188187--188348	80	2.0	80	90	0	252	40	14	17	27	1.88
188833--191907	170	18.1	167	74	9	1436	34	12	13	40	1.81
192396--192783	172	2.3	169	79	6	417	34	10	12	42	1.77
194256--194928	170	3.9	171	74	5	414	36	12	12	38	1.81
193955--194921	171	5.7	169	73	8	480	35	12	12	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195748--209750	170	82.4	169	73	7	4200	34	13	13	38	1.84
195696--196551	338	2.5	333	79	5	844	35	13	13	37	1.84
195768--196709	505	1.9	503	81	3	1169	34	14	12	38	1.83
195672--213620	341	52.7	337	72	9	8112	34	13	13	38	1.84
195748--213585	170	104.7	168	71	10	2495	34	13	13	38	1.84
209814--213619	171	22.4	170	74	8	2074	35	13	13	38	1.84
210327--211633	506	2.6	506	78	6	1295	35	13	13	37	1.84
211659--211701	20	2.0	20	86	8	59	27	9	9	53	1.63
210206--213509	514	6.5	506	74	10	1328	35	13	13	37	1.84
214720--217727	169	17.8	167	69	11	599	34	12	12	39	1.82
214503--217727	171	19.1	171	70	10	655	34	12	12	39	1.82
216257--217801	170	9.1	169	71	11	687	35	12	12	39	1.81
219189--219618	170	2.5	169	80	6	449	35	13	14	36	1.85
218785--220173	171	8.2	167	73	9	621	36	12	13	37	1.83
219073--220134	171	6.2	170	75	7	637	36	13	12	37	1.83
220047--220300	138	1.8	138	84	3	350	35	10	10	42	1.74
219869--220442	309	1.9	308	80	4	681	35	12	12	40	1.80
222255--222643	171	2.3	170	78	4	399	37	14	14	33	1.86
223561--224207	170	3.8	171	77	6	605	36	13	12	37	1.83
223564--225631	340	6.1	339	74	9	1461	35	13	13	37	1.84
224804--224857	22	2.3	24	78	9	58	38	9	1	50	1.45
224301--225652	170	7.9	169	75	8	872	35	13	12	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225395--225934	284	1.9	283	79	7	603	37	15	11	35	1.84
225678--228107	171	14.3	170	72	8	1121	36	13	11	37	1.82
225758--228077	509	4.6	502	73	9	1393	36	13	11	38	1.82
225692--228078	338	7.0	337	74	7	1321	36	13	11	37	1.82
228474--229953	220	6.6	220	76	9	896	38	12	11	37	1.79
228124--229975	232	8.2	225	76	8	1531	38	12	11	37	1.80
228135--229918	673	2.6	669	78	7	1561	38	12	11	37	1.79
232738--232797	25	2.5	24	81	5	66	28	15	30	26	1.96
234220--235318	229	4.8	228	76	6	966	37	12	10	38	1.78
234231--235281	227	4.6	229	76	6	770	38	11	10	38	1.77
234231--235267	459	2.3	457	81	5	1193	38	11	10	38	1.77
239332--239400	25	2.6	25	79	6	75	18	20	33	27	1.96
239356--239411	25	2.2	25	83	0	67	23	17	28	30	1.97
240537--244760	232	18.6	229	73	9	2394	38	12	11	37	1.80
241242--244478	681	4.8	677	73	10	1624	38	12	11	37	1.80
240463--244760	449	9.5	450	76	7	2702	37	13	11	37	1.81
244378--245190	430	1.9	430	85	3	1116	39	11	11	37	1.78
244828--245294	232	2.0	229	83	3	580	38	12	11	37	1.79
253376--256988	230	15.9	230	76	8	2377	38	13	11	37	1.80
253388--262516	680	13.4	674	73	11	5057	38	13	11	37	1.80
253388--260075	449	14.8	448	76	9	4135	38	13	11	37	1.80
253388--262516	449	20.2	446	74	10	3965	38	13	11	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256990--260094	230	13.7	229	74	8	2099	38	12	10	37	1.79
260297--262484	232	9.7	227	72	12	897	37	13	11	37	1.80
261735--261782	22	2.0	25	84	11	66	50	4	8	37	1.52
263173--266204	232	13.4	230	74	9	1798	38	12	11	37	1.79
265023--266204	230	5.2	230	77	6	1042	39	12	10	37	1.78
264344--266030	669	2.5	673	79	9	1588	39	12	10	37	1.78
266339--266382	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
267931--271574	231	16.0	222	72	13	1715	37	13	11	37	1.81
267931--274682	232	29.3	232	73	9	4295	37	13	11	37	1.81
268041--275894	926	8.5	904	72	12	3279	37	13	11	37	1.81
271506--271645	71	1.9	73	87	5	205	46	5	10	37	1.63
267931--275903	462	17.3	463	73	10	4946	37	13	11	37	1.81
267931--275903	694	11.5	694	73	10	4852	37	13	11	37	1.81
274481--274889	211	1.9	211	84	3	538	39	11	10	38	1.76
274680--275911	232	5.3	231	81	3	1276	36	13	12	37	1.82
277578--277770	80	2.4	80	81	0	242	34	10	22	32	1.89
277574--277821	80	3.1	79	76	5	241	34	10	21	33	1.88
279338--290820	452	25.4	450	75	10	8127	37	13	11	37	1.80
279338--290820	231	50.9	219	72	12	4312	37	13	11	37	1.80
284295--290830	902	7.2	889	73	12	4014	38	13	10	37	1.79
290136--290857	232	3.1	231	81	4	830	37	13	10	38	1.79
290891--291220	68	4.9	69	82	5	239	36	18	9	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290886--291220	136	2.5	136	78	8	358	35	18	8	36	1.83
292421--292455	16	2.2	16	89	0	52	71	5	2	20	1.19
295245--295407	78	2.1	78	91	1	263	31	21	11	35	1.88
296585--296643	30	1.9	31	93	3	102	25	20	5	49	1.69
297504--297543	19	2.2	18	86	4	53	50	5	2	42	1.37
296980--297713	231	3.2	229	81	3	792	39	12	9	38	1.76
307310--307499	74	2.6	74	88	3	292	42	16	18	22	1.89
320374--320409	14	2.6	14	95	0	63	0	38	0	61	0.96
322264--322358	21	4.5	21	93	2	147	27	9	24	38	1.86
322406--322449	21	2.2	20	83	4	52	25	6	2	65	1.28
323718--323751	17	2.1	17	88	5	52	41	0	8	50	1.34
326339--326366	5	5.6	5	100	0	56	39	21	17	21	1.93
327344--327368	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
333415--333440	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
333511--333556	2	23.0	2	86	0	65	52	0	47	0	1.00
333493--333556	28	2.3	28	88	0	92	50	0	50	0	1.00
338290--338327	6	6.3	6	82	11	51	18	34	34	13	1.89
347401--347425	6	4.2	6	100	0	50	0	36	16	48	1.46
349606--349745	48	2.9	48	84	2	183	28	37	21	12	1.89
354819--354917	35	2.9	35	80	11	100	48	1	2	48	1.19
358324--358348	12	2.1	12	100	0	50	20	8	24	48	1.76
360014--360215	29	7.0	28	77	10	165	40	11	7	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360058--360212	59	2.7	57	82	6	152	41	12	8	38	1.73
363300--363338	15	2.6	15	95	0	69	35	12	28	23	1.91
363649--363815	35	4.7	35	82	2	181	39	8	9	42	1.68
363620--363831	35	6.1	36	78	2	139	36	7	11	43	1.70
365004--365331	179	1.8	179	83	0	431	36	13	14	33	1.85
370593--370632	19	2.2	17	86	8	53	42	2	5	50	1.37
370586--370800	35	6.2	35	77	2	166	37	7	11	43	1.69
370725--370780	13	4.6	13	69	24	50	37	0	14	48	1.44
370733--370776	22	2.0	21	91	4	70	40	0	13	45	1.44
370579--370797	71	3.1	71	72	8	207	36	7	11	43	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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