genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

This is table  1  of  29  ( 3437 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124--5626	171	32.0	170	74	8	3538	38	13	13	34	1.83
3674--4096	214	2.0	213	82	8	513	41	12	11	34	1.80
3887--5626	170	10.2	170	75	5	1275	38	12	13	34	1.82
5958--6729	174	4.5	168	76	7	650	40	11	13	33	1.82
5958--6769	169	4.8	169	75	7	691	40	12	14	33	1.83
8139--12796	171	27.4	170	73	9	2610	35	13	12	38	1.83
8139--12792	341	13.7	334	73	10	1873	35	13	12	38	1.83
8247--11231	848	3.5	854	76	8	2004	35	14	12	38	1.83
8133--13449	342	15.7	337	73	11	2515	35	13	12	38	1.83
12853--13477	171	3.7	168	78	4	603	35	12	12	39	1.81
13575--13622	19	2.6	18	83	6	60	56	0	4	39	1.19
14893--16189	171	7.7	167	71	11	621	37	13	13	34	1.84
14893--16159	342	3.7	341	75	8	822	38	13	13	34	1.84
17043--17098	28	2.0	28	96	0	103	44	10	17	26	1.82
17100--21281	171	24.5	170	72	8	1885	34	13	12	38	1.83
20647--20686	21	1.9	21	84	0	53	27	30	10	32	1.89
21318--25044	171	21.9	169	76	6	2494	35	12	12	38	1.81
25143--26634	171	8.7	169	73	7	672	34	12	12	37	1.80
27172--30485	171	19.4	171	76	6	2494	34	12	12	39	1.81
27044--30485	341	10.1	338	75	6	2219	34	12	12	39	1.81
27545--30508	853	3.5	837	78	6	2676	34	12	12	39	1.81
30513--30888	171	2.2	169	82	7	445	35	11	13	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30106--30888	405	1.9	404	80	5	902	34	11	13	40	1.80
31082--33717	171	15.6	169	73	10	1243	34	13	13	38	1.84
31082--33709	342	7.8	337	75	9	1847	34	13	13	38	1.84
32271--33691	682	2.1	683	82	5	1708	33	14	14	38	1.86
36011--36843	171	4.9	170	74	6	678	33	13	13	38	1.84
37381--37620	128	1.9	130	80	6	290	38	13	12	35	1.83
40262--40930	170	3.9	170	79	8	578	34	15	13	37	1.86
41061--41085	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
41461--41525	30	2.2	30	83	5	78	44	0	24	30	1.54
45010--49042	171	23.6	169	76	6	2909	33	14	12	39	1.83
45010--49042	684	5.9	677	78	4	3422	33	14	12	39	1.83
48128--48171	22	2.0	22	86	4	61	34	2	2	61	1.21
45010--48999	855	4.7	852	77	5	3478	33	14	12	39	1.84
49625--49661	14	2.6	14	91	0	56	35	8	10	45	1.69
50981--52325	171	7.9	169	76	6	939	39	11	13	35	1.81
50981--53605	342	7.6	335	74	10	1333	39	12	13	34	1.82
51820--51873	23	2.4	23	75	9	58	64	1	0	33	1.04
52145--52520	196	1.9	193	79	7	411	39	10	15	34	1.82
52339--53739	171	8.2	171	77	5	1201	39	12	14	34	1.84
52340--53615	338	3.8	332	78	7	1043	39	12	13	34	1.83
52339--53702	509	2.7	503	78	6	1294	38	12	14	34	1.84
51240--53746	339	7.3	338	75	8	1286	39	12	13	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57191--58541	171	7.9	170	78	7	1107	34	13	12	39	1.83
57192--62737	512	10.9	509	76	8	3967	34	14	12	38	1.84
58576--62770	171	24.7	170	74	7	1985	34	14	12	38	1.84
58576--62769	342	12.4	339	76	6	2979	34	14	12	38	1.84
62995--65596	171	15.3	170	73	7	1534	35	13	12	38	1.82
62995--65650	342	7.8	339	76	6	1879	35	13	12	38	1.83
64273--65201	507	1.8	507	80	5	1110	35	15	11	37	1.84
62995--65650	341	7.8	339	77	6	1998	35	13	12	38	1.83
65656--67349	171	9.9	170	75	7	1173	34	14	12	38	1.84
65663--67349	511	3.3	503	79	5	1595	34	14	12	38	1.84
69043--69444	171	2.3	170	77	11	390	34	12	11	41	1.79
69591--69917	172	1.9	170	82	1	404	33	15	12	38	1.86
69678--69996	172	1.9	172	84	1	433	32	15	11	40	1.83
72211--73407	172	7.0	172	76	5	838	39	12	15	32	1.84
72164--73124	342	2.8	336	76	6	849	39	12	14	32	1.84
72353--73346	514	1.9	513	80	3	1160	40	11	15	32	1.83
76463--76953	181	2.7	180	83	5	510	40	13	13	33	1.83
76807--78328	172	8.9	165	73	10	635	40	11	13	34	1.81
76368--78298	342	5.6	342	75	8	1259	40	11	14	33	1.82
77787--78149	171	2.1	171	78	2	379	38	12	15	33	1.85
78061--78520	180	2.5	180	82	6	529	41	11	12	33	1.79
78281--78944	367	1.8	367	83	3	890	38	11	15	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79182--81528	172	13.6	171	75	8	1735	39	13	14	32	1.85
79851--80898	515	2.0	514	84	2	1361	40	14	13	31	1.85
78982--81417	343	7.1	338	76	7	1717	39	13	14	32	1.85
81553--86509	170	29.1	170	77	6	3616	39	12	13	34	1.83
81553--87486	341	17.5	338	74	9	3833	39	12	13	34	1.83
81990--86509	171	26.5	169	77	6	3426	39	12	13	34	1.82
86520--87486	171	5.6	171	79	5	846	38	12	14	34	1.84
87859--88117	141	1.8	141	85	4	362	35	12	14	37	1.84
88141--94942	171	39.9	170	74	7	3407	39	12	14	34	1.83
88124--94945	342	20.0	340	74	7	4385	39	12	14	34	1.83
88124--97718	511	18.6	507	72	10	4683	39	11	14	34	1.83
90210--90529	164	2.0	164	84	1	428	42	10	15	31	1.81
95137--97490	171	13.9	170	74	10	781	39	11	14	34	1.82
96137--97716	171	9.3	170	77	6	1186	39	11	14	34	1.82
95122--97719	513	5.1	507	74	10	1155	40	11	14	34	1.81
101550--104292	171	16.0	166	73	9	1524	37	13	14	34	1.85
101547--104556	341	8.8	338	74	7	1961	37	12	14	34	1.85
101585--104589	512	5.8	512	73	9	1810	37	12	14	34	1.85
104139--104487	179	1.9	180	81	6	413	39	11	13	35	1.81
105034--105197	73	2.2	73	81	2	177	37	14	20	28	1.91
105439--112172	171	39.6	170	74	8	3944	39	12	13	34	1.83
106689--106992	162	1.9	162	82	2	387	38	12	13	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110020--110058	19	2.1	19	85	9	53	51	5	7	35	1.53
111023--112170	172	6.8	167	72	14	593	38	12	15	33	1.84
114081--114562	170	2.8	166	77	7	457	39	10	15	34	1.82
114585--119928	171	31.3	170	76	6	3733	38	12	14	34	1.84
114590--119928	341	15.6	339	75	8	3241	38	12	14	34	1.84
119630--120205	297	1.9	298	79	7	643	40	13	13	31	1.84
119926--124174	171	24.9	170	76	6	3075	38	11	15	34	1.84
119534--120377	468	1.8	467	81	5	1067	38	13	14	32	1.86
119933--124174	514	8.3	509	76	6	3188	38	11	15	34	1.84
128374--129175	338	2.4	339	82	3	938	38	12	14	34	1.84
128374--129174	170	4.7	170	79	3	808	38	12	14	33	1.84
129576--136694	171	41.9	169	71	11	2227	39	12	13	34	1.82
130201--131354	170	6.8	168	76	7	484	40	12	14	33	1.83
129690--136695	512	13.8	507	72	11	2314	39	12	13	34	1.83
129576--133003	341	10.1	339	75	9	1938	39	12	13	34	1.82
129690--136702	852	8.3	845	74	10	3291	39	12	13	34	1.83
132854--133142	140	2.1	140	84	1	366	38	11	14	35	1.83
133520--133894	169	2.2	171	79	5	393	38	10	16	33	1.84
133131--133811	366	1.9	366	82	4	863	39	11	14	34	1.82
133915--136702	341	8.2	338	75	6	1723	39	12	13	34	1.83
140107--143663	172	20.8	169	72	11	1475	32	14	12	39	1.84
140108--141774	171	9.7	170	74	10	1100	33	14	12	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142350--143325	514	1.9	516	82	4	1245	32	13	12	41	1.83
145356--147680	180	13.2	177	74	11	1598	33	14	11	39	1.82
145364--147785	351	6.9	348	75	9	1685	33	14	11	40	1.82
147634--147927	145	2.0	144	81	5	333	31	14	10	43	1.79
147821--148540	167	4.2	167	72	11	498	34	14	12	38	1.83
147783--148540	177	4.4	169	73	9	538	34	14	12	38	1.84
148457--148621	81	2.0	81	98	0	321	32	18	13	35	1.90
148786--149424	171	3.8	170	78	7	465	35	13	11	39	1.81
148549--149444	170	5.3	169	76	10	792	33	14	11	39	1.83
149126--149417	156	1.9	157	86	0	415	34	11	12	41	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29