genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7649377--7649411	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
7669321--7669355	14	2.6	13	86	4	52	42	0	0	57	0.99
7674016--7674065	24	2.2	21	82	10	55	26	2	4	68	1.18
7674037--7674071	5	7.0	5	87	12	54	22	0	0	77	0.78
7674023--7674064	11	3.6	11	84	15	50	26	2	2	69	1.13
7674577--7674616	19	2.0	20	95	4	73	40	2	10	47	1.50
7677840--7677873	13	2.7	13	90	4	52	23	0	5	70	1.09
7678433--7678507	9	8.3	9	86	0	105	9	10	24	56	1.63
7690616--7690644	14	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
7690616--7690645	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
7691420--7691465	21	2.2	21	84	0	56	36	4	4	54	1.40
7691858--7691882	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7697388--7697513	65	1.9	65	86	0	180	41	4	14	39	1.67
7697724--7697832	26	4.1	26	69	23	75	67	0	1	30	1.01
7697716--7697783	25	2.7	26	80	11	79	70	0	1	27	0.96
7697705--7697785	15	5.6	15	68	27	59	70	0	1	28	0.95
7697695--7697829	32	4.5	30	72	18	113	65	0	1	32	1.01
7697721--7697881	29	5.6	29	72	19	88	66	0	2	31	1.05
7697708--7697889	39	5.1	36	70	21	100	67	0	2	30	1.02
7697835--7697905	29	2.4	28	73	19	65	66	0	4	29	1.11
7698001--7698056	15	3.7	15	87	0	85	41	12	0	46	1.42
7719043--7719081	16	2.4	16	87	8	53	64	2	0	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7725247--7725285	20	2.0	19	85	14	53	82	0	17	0	0.68
7725462--7725530	22	3.1	22	77	4	75	43	0	2	53	1.15
7725520--7725582	19	3.2	19	77	18	74	42	0	4	52	1.22
7731849--7731882	17	1.9	18	94	5	61	5	23	0	70	1.09
7737541--7737610	6	11.2	6	75	14	52	15	4	60	20	1.52
7737517--7737604	45	2.0	45	95	0	158	14	5	55	23	1.61
7743420--7743460	18	2.2	19	86	4	57	48	0	0	51	1.00
7743975--7744002	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
7759820--7759849	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7760052--7760100	17	2.9	17	84	3	73	57	2	2	38	1.22
7764475--7764506	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
7770636--7770784	71	2.1	71	93	0	253	34	20	11	33	1.89
7772893--7772933	21	2.0	21	86	13	59	58	2	0	39	1.11
7780248--7780308	30	2.0	30	83	0	77	24	24	18	32	1.97
7781990--7782014	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7786172--7786202	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7788362--7788445	34	2.4	34	82	9	98	55	2	2	39	1.26
7792215--7792249	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7795475--7795512	16	2.5	15	87	8	51	23	7	10	57	1.58
7796704--7796733	16	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
7797636--7797676	19	2.2	19	95	0	73	51	0	7	41	1.30
7798721--7798769	21	2.3	23	82	13	68	55	0	2	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7812993--7813022	2	15.5	2	93	6	53	0	53	0	46	1.00
7817886--7817934	21	2.4	21	89	3	73	20	12	30	36	1.89
7821942--7822029	34	2.6	34	87	1	115	28	2	0	69	1.01
7822026--7822096	30	2.5	29	82	11	76	23	4	1	70	1.13
7821929--7822105	27	6.7	27	68	19	72	28	3	0	67	1.11
7822059--7822104	20	2.2	20	85	14	58	32	2	0	65	1.05
7827744--7827795	26	2.0	26	84	0	68	21	21	25	32	1.98
7840376--7840459	44	1.9	44	87	0	123	34	13	8	44	1.73
7845444--7845525	43	1.9	43	85	7	114	40	15	3	40	1.65
7851207--7851246	15	2.7	15	100	0	80	5	7	12	75	1.18
7851602--7851843	116	2.1	111	81	8	281	55	2	0	41	1.17
7851732--7852055	114	2.7	115	84	9	357	54	1	2	41	1.22
7851804--7852055	114	2.1	119	87	7	363	55	0	2	41	1.18
7880847--7881136	28	10.7	27	66	26	75	63	1	2	33	1.15
7880878--7880931	22	2.5	21	84	6	63	64	1	0	33	1.04
7880838--7881221	109	3.6	105	80	15	420	61	1	2	34	1.19
7880997--7881074	21	3.8	20	71	25	56	65	1	1	32	1.09
7880977--7881072	42	2.2	44	80	12	103	63	2	1	33	1.13
7880847--7881221	106	3.6	105	82	13	402	62	1	2	34	1.17
7881062--7881205	26	5.7	26	68	22	69	61	1	2	34	1.19
7881104--7881221	17	7.2	17	66	24	58	62	1	1	33	1.15
7881007--7881152	32	5.0	26	70	20	71	65	0	2	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881097--7881155	17	3.1	19	78	14	59	66	1	0	32	1.02
7882044--7882080	16	2.4	16	90	4	58	54	2	0	43	1.14
7898818--7898846	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7914487--7914591	21	5.0	21	77	6	79	47	11	3	37	1.58
7914497--7914575	42	1.9	41	86	2	113	48	7	3	40	1.50
7914610--7914672	20	3.0	21	78	15	60	44	11	4	39	1.61
7926554--7926579	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7930454--7930488	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
7930855--7930881	7	3.9	7	100	0	54	14	25	0	59	1.36
7935762--7935834	36	2.0	36	100	0	146	12	19	8	60	1.57
7946904--7946933	8	3.8	8	90	0	51	0	43	10	46	1.37
7947513--7947546	3	11.3	3	100	0	68	0	0	32	67	0.91
7955071--7955163	47	2.0	47	95	0	168	31	24	19	24	1.98
7955455--7955588	66	2.0	66	86	2	189	42	23	17	17	1.89
7977360--7977401	2	21.0	2	95	0	75	0	2	50	47	1.14
7993428--7993526	49	2.0	49	92	0	162	33	17	16	33	1.92
8009711--8009749	20	1.9	21	89	5	62	53	10	23	12	1.69
8021431--8021518	29	3.3	26	71	22	60	67	1	2	29	1.10
8021427--8021531	54	1.9	56	86	9	155	67	0	1	29	1.07
8021506--8021795	21	13.3	21	64	27	65	64	0	2	32	1.12
8021421--8021537	54	2.2	51	82	14	148	67	0	1	29	1.06
8021447--8021553	54	2.0	54	83	10	139	69	0	1	28	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021457--8021767	39	7.7	41	70	21	155	64	0	2	32	1.12
8021534--8021793	27	9.3	28	68	21	102	63	0	2	33	1.14
8021604--8021670	6	11.0	6	73	20	50	68	0	0	31	0.90
8021717--8021781	6	11.0	6	73	23	50	67	0	0	32	0.91
8021704--8021804	52	1.9	52	84	4	132	64	0	0	34	1.00
8021728--8021804	32	2.4	32	73	16	79	64	0	1	33	1.01
8021714--8021814	25	3.9	24	74	15	78	63	0	1	34	1.06
8021574--8021851	111	2.5	113	95	2	497	62	0	2	34	1.10
8022001--8022041	15	2.7	15	92	0	73	31	26	9	31	1.89
8027269--8027293	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8028376--8028426	16	3.5	15	75	22	54	39	1	0	58	1.09
8028365--8028450	27	3.0	30	73	13	92	32	2	0	65	1.06
8029101--8029156	28	2.0	28	89	0	85	60	5	0	33	1.19
8034267--8034300	17	1.9	18	88	5	52	47	5	2	44	1.42
8055093--8055155	22	2.9	22	77	13	67	39	0	0	60	0.97
8067004--8067072	30	2.3	29	92	7	120	40	1	1	56	1.17
8067486--8067538	13	3.0	20	65	35	57	56	0	0	43	0.99
8067475--8067555	33	2.5	33	81	4	101	54	2	4	38	1.35
8068159--8068213	15	3.7	15	82	0	56	41	0	18	40	1.50
8068358--8068424	16	4.5	15	73	19	52	38	1	0	59	1.06
8068648--8068698	14	3.5	16	82	17	67	56	0	0	43	0.99
8089751--8089889	46	3.0	45	91	2	215	39	21	26	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8109041--8109088	25	1.9	25	95	0	87	27	25	12	35	1.92
8111834--8111868	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
8112337--8112479	73	2.0	73	95	2	261	39	20	14	25	1.91
8112822--8112847	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
8114279--8114319	15	2.6	17	82	17	54	36	2	2	58	1.24
8117932--8118014	41	2.0	41	97	0	157	27	12	15	44	1.82
8123958--8124156	105	1.9	104	93	3	346	30	9	24	35	1.87
8139285--8139315	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
8147824--8147848	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
8153469--8153513	23	1.9	24	90	4	74	51	0	2	46	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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