genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346161--2346222	26	2.4	26	84	7	83	79	6	3	11	1.04
2351829--2351886	25	2.2	25	78	6	62	25	29	18	25	1.98
2366196--2366250	8	6.9	8	76	15	51	80	0	1	18	0.81
2366207--2366247	13	3.2	13	86	3	57	78	0	2	19	0.87
2366197--2366250	9	5.6	9	79	12	54	81	0	1	16	0.78
2373851--2374054	74	2.8	74	80	1	230	25	17	13	43	1.85
2377033--2377066	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
2381318--2381367	23	2.1	24	85	10	68	0	18	2	80	0.82
2382846--2383117	74	3.7	74	87	2	359	22	19	17	41	1.90
2387232--2387272	21	1.9	22	90	5	66	36	21	24	17	1.94
2387258--2387395	73	1.9	73	80	0	159	36	18	21	23	1.95
2388511--2388671	80	2.0	80	97	0	304	44	16	17	21	1.86
2390298--2390340	17	2.5	16	82	14	50	74	4	6	13	1.19
2396574--2396632	30	1.9	32	82	6	77	57	6	10	25	1.56
2399770--2399823	20	2.7	20	79	2	63	42	9	14	33	1.78
2406052--2406118	35	1.9	35	87	0	98	40	19	26	13	1.89
2408182--2408258	37	2.1	37	90	0	118	12	19	16	50	1.77
2410948--2411042	27	3.5	27	83	1	100	69	0	0	30	0.89
2410957--2411058	34	3.2	34	72	17	110	68	0	0	31	0.90
2410957--2411058	35	3.0	33	78	15	84	68	0	0	31	0.90
2411031--2411062	12	2.6	13	85	14	50	59	0	0	40	0.97
2410962--2411084	62	2.0	64	85	6	171	65	0	2	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416994--2417112	37	3.3	36	80	8	125	20	11	15	52	1.74
2417606--2417638	17	1.9	17	93	0	57	66	18	3	12	1.36
2425745--2425794	22	2.3	22	82	6	57	58	0	28	14	1.37
2426379--2426448	34	2.0	34	83	2	86	24	11	14	50	1.75
2428852--2428950	51	1.9	51	85	0	135	40	16	21	22	1.91
2441651--2441689	19	2.1	19	85	4	53	56	0	5	38	1.22
2455181--2455210	4	7.5	4	92	0	51	26	3	23	46	1.68
2457330--2457364	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2461072--2461176	30	3.5	30	85	2	120	21	11	56	10	1.65
2461093--2461176	31	2.8	30	81	3	96	21	9	58	10	1.60
2479388--2479418	16	1.9	16	93	0	53	51	3	3	41	1.34
2479872--2479918	17	2.6	17	83	6	58	78	4	8	8	1.07
2480825--2480902	40	2.0	39	87	5	113	30	10	11	47	1.73
2490884--2490924	13	3.1	14	86	10	59	51	2	0	46	1.14
2490871--2490920	16	3.2	16	76	21	61	52	2	0	46	1.12
2490829--2490921	4	22.5	4	69	14	55	47	4	3	45	1.38
2493165--2493824	330	2.0	328	87	5	947	23	13	14	48	1.79
2496766--2496819	17	3.2	17	87	7	67	42	33	7	16	1.76
2496790--2496823	16	2.1	16	100	0	68	47	29	5	17	1.71
2514342--2514527	35	5.3	35	81	3	198	46	12	6	34	1.69
2514343--2514527	71	2.7	70	77	4	196	46	11	7	34	1.68
2515163--2515664	167	3.0	167	82	0	698	30	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515728--2515777	24	2.0	25	81	11	59	32	20	14	34	1.92
2516862--2516999	73	1.9	73	83	5	181	26	15	16	40	1.89
2527242--2527269	12	2.3	12	100	0	56	53	0	10	35	1.36
2532353--2532377	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2534402--2534442	15	2.7	15	88	0	55	39	17	2	41	1.62
2534464--2534528	15	4.3	15	76	7	60	35	15	16	32	1.91
2539432--2539470	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2541976--2542059	35	2.4	34	74	5	87	26	8	27	38	1.85
2547060--2547092	12	2.8	12	95	0	57	39	3	9	48	1.50
2548335--2548401	35	1.9	35	82	11	84	29	13	22	34	1.92
2552620--2552655	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2558533--2558565	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
2559329--2559395	29	2.4	26	73	26	66	31	0	2	65	1.07
2561060--2561107	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2561993--2562026	18	1.9	18	88	5	52	76	0	11	11	1.02
2562116--2562155	19	2.1	19	86	9	55	50	10	10	30	1.69
2562637--2562666	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
2564884--2564928	19	2.3	20	84	3	56	13	2	6	77	1.05
2564907--2564944	17	2.3	16	90	4	58	18	0	5	76	0.97
2565136--2565302	43	3.9	43	76	9	180	37	17	12	32	1.88
2566570--2566611	22	1.9	22	85	0	57	19	21	19	40	1.92
2567666--2567789	23	5.5	23	70	8	76	45	17	14	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567670--2567817	45	3.3	44	83	9	156	45	18	14	20	1.84
2567690--2567811	22	5.4	23	73	7	90	43	19	14	22	1.87
2568924--2568964	21	2.0	21	85	9	57	34	7	14	43	1.73
2576909--2577029	62	2.0	62	96	0	224	25	17	18	38	1.92
2580275--2580502	119	1.9	119	89	1	350	28	13	26	32	1.93
2588893--2589131	119	2.0	119	87	1	345	32	13	21	31	1.93
2591424--2591577	75	2.1	74	81	6	177	39	17	11	31	1.85
2591981--2592092	23	5.0	22	73	4	98	40	24	16	19	1.91
2591983--2592043	22	2.7	22	84	2	77	36	26	18	19	1.94
2591981--2592094	45	2.5	44	81	5	129	40	23	15	20	1.91
2614470--2614570	49	2.1	47	85	9	132	53	3	1	40	1.31
2614525--2614569	19	2.4	19	85	7	56	60	4	0	35	1.17
2630428--2630541	58	2.0	58	84	6	151	35	21	13	28	1.91
2630433--2630541	28	3.8	28	72	13	89	36	21	12	29	1.90
2631014--2631057	21	2.1	22	87	8	65	20	6	13	59	1.57
2634466--2634490	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
2659761--2659800	21	1.9	21	89	0	62	32	17	20	30	1.95
2659729--2659890	71	2.3	72	85	1	236	32	20	15	30	1.94
2672800--2672838	21	1.9	20	89	5	60	25	17	23	33	1.96
2675323--2675366	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
2676969--2677000	14	2.3	14	94	0	55	31	3	6	59	1.38
2679614--2679659	23	2.0	25	83	12	62	32	10	6	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683175--2683313	72	1.9	72	83	2	181	36	20	9	33	1.85
2687677--2687718	16	2.7	16	85	3	50	19	50	4	26	1.67
2716565--2716727	29	5.6	28	79	7	139	40	8	11	39	1.71
2716571--2716737	88	1.9	88	81	4	203	41	8	11	38	1.71
2716879--2716911	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
2721747--2721845	50	2.0	50	89	0	153	31	16	17	35	1.92
2728504--2728620	50	2.4	49	82	1	135	31	17	14	36	1.90
2729206--2729237	15	2.1	15	94	0	55	31	21	15	31	1.95
2737751--2737800	22	2.3	22	79	6	57	18	8	6	68	1.36
2740909--2740937	14	2.1	14	100	0	58	51	6	6	34	1.55
2744140--2744181	19	2.2	19	86	4	57	28	0	11	59	1.33
2752642--2752670	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2753946--2753983	10	3.7	10	80	19	51	39	0	5	55	1.23
2755141--2755167	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2756094--2756137	21	2.1	21	95	0	79	31	2	13	52	1.53
2756733--2756775	19	2.3	19	79	0	50	44	0	4	51	1.22
2759705--2760126	211	2.0	211	94	0	745	38	22	13	25	1.91
2764532--2764575	19	2.3	19	84	0	61	18	34	0	47	1.49
2769285--2769330	24	1.9	24	90	0	74	43	2	0	54	1.12
2770660--2770797	61	2.3	61	98	0	267	17	20	5	56	1.61
2771989--2772047	20	3.0	20	69	16	52	42	1	3	52	1.28
2774784--2774852	18	3.9	18	78	3	68	49	10	4	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776899--2776983	38	2.2	38	100	0	170	37	12	7	42	1.71
2776918--2776977	18	3.2	18	69	17	59	35	11	10	43	1.75
2776899--2776959	20	3.2	20	68	17	65	37	13	4	44	1.65
2776905--2776997	38	2.7	33	80	15	114	39	11	6	41	1.67
2777066--2777143	30	2.6	30	91	0	129	38	3	15	42	1.65
2777489--2777783	64	4.6	64	77	4	283	36	13	14	35	1.85
2777489--2777783	126	2.3	127	80	1	349	36	13	14	35	1.85
2778251--2778275	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2779398--2779440	22	2.0	22	90	0	68	44	23	13	18	1.86
2781228--2781259	17	1.9	16	93	6	55	62	15	0	21	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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