genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13963513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

This is table  6  of  29  ( 3437 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1853580--1853648	29	2.4	30	85	9	90	39	0	2	57	1.13
1857411--1857450	13	2.9	14	85	11	55	35	0	0	65	0.93
1857982--1858030	26	2.0	25	84	8	64	12	22	4	61	1.48
1879373--1879402	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1879948--1879978	13	2.3	14	94	5	55	58	16	6	19	1.59
1902914--1902948	18	1.9	18	88	11	54	17	2	14	65	1.38
1903732--1903889	82	1.9	82	84	5	212	24	16	12	46	1.81
1910476--1910514	17	2.2	18	86	4	53	41	2	0	56	1.13
1912119--1912159	14	3.1	14	80	20	52	70	12	17	0	1.16
1912122--1912189	18	3.7	17	77	21	66	77	7	11	2	1.07
1913588--1913779	97	2.0	98	87	2	278	30	15	17	36	1.91
1915760--1915802	12	3.7	12	76	17	54	27	4	9	58	1.49
1915758--1915810	23	2.3	23	93	0	88	28	3	13	54	1.56
1917652--1917686	6	6.0	6	86	6	54	31	31	0	37	1.58
1927916--1927940	11	2.3	11	100	0	50	56	8	8	28	1.57
1928779--1928954	71	2.5	70	81	5	214	46	14	6	32	1.71
1928779--1928954	36	5.1	35	86	4	223	46	14	6	32	1.71
1944985--1945017	15	2.1	16	88	11	50	3	0	9	87	0.63
1947733--1947767	18	1.9	18	88	0	52	31	22	0	45	1.53
1949835--1949900	24	2.7	25	69	6	73	48	22	3	25	1.65
1954027--1954099	29	2.4	31	84	4	96	50	16	8	24	1.72
1958558--1958583	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1960140--1960174	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1964245--1964298	25	2.0	25	82	10	63	59	0	7	33	1.25
1968691--1968764	28	2.6	28	79	12	80	25	16	17	40	1.90
1969102--1969126	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
1970966--1971043	33	2.4	33	83	12	106	32	10	21	35	1.87
1970989--1971085	33	2.9	33	79	10	99	32	8	22	36	1.84
1972490--1972586	36	2.7	36	85	3	124	32	20	13	32	1.91
1986724--1986784	27	2.1	30	85	14	85	29	0	6	63	1.19
1989337--1989382	21	2.1	22	84	4	58	19	4	2	73	1.10
1989350--1989390	21	2.0	21	85	0	55	21	4	0	73	1.02
1995862--1996020	53	2.9	55	81	7	171	44	18	12	25	1.85
1996268--1996346	28	2.8	29	79	12	92	41	17	15	25	1.88
2005141--2005182	21	2.0	20	86	4	57	42	2	2	52	1.27
2007071--2007102	15	2.1	15	100	0	64	15	18	21	43	1.87
2015378--2015439	22	2.9	22	85	2	81	14	4	24	56	1.58
2022055--2022113	27	2.2	27	93	0	100	25	27	22	25	2.00
2023393--2023430	21	1.9	19	85	15	51	63	0	7	28	1.23
2026920--2026957	12	3.2	12	92	0	58	31	18	10	39	1.85
2055348--2055409	32	1.9	32	83	0	79	61	4	11	22	1.48
2058088--2058124	17	2.2	17	100	0	74	27	16	10	45	1.80
2074010--2074039	15	2.0	15	100	0	60	26	0	33	40	1.57
2077464--2077535	30	2.6	27	81	12	83	29	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082281--2082418	46	3.0	47	77	5	138	30	7	29	32	1.84
2084268--2084351	39	2.1	39	88	2	123	32	16	15	35	1.90
2092033--2092121	44	2.0	44	97	0	169	38	13	3	44	1.60
2092376--2092440	19	3.1	21	75	20	64	46	0	4	49	1.22
2110202--2110332	65	2.0	65	95	0	235	41	19	15	23	1.89
2112987--2113098	44	2.5	46	75	7	113	31	19	7	41	1.78
2112878--2113411	23	23.5	23	66	17	89	32	22	8	37	1.84
2113171--2113429	46	5.7	46	70	11	174	33	20	8	37	1.82
2113194--2113361	69	2.5	68	87	4	223	33	20	7	38	1.82
2113195--2113429	69	3.4	69	80	6	196	33	20	8	38	1.82
2113116--2113413	23	13.0	23	72	12	130	33	21	8	36	1.84
2114581--2114613	18	1.9	17	88	11	50	36	9	12	42	1.74
2120849--2120926	33	2.3	35	80	4	97	57	11	0	30	1.34
2136355--2136395	14	2.7	16	74	14	50	53	12	12	21	1.70
2135773--2136915	622	1.8	627	83	5	1504	40	19	11	28	1.87
2143064--2143090	12	2.2	12	100	0	54	51	25	7	14	1.68
2163162--2163200	18	2.1	19	85	4	53	61	12	5	20	1.50
2181464--2181719	112	2.3	112	87	4	372	42	7	17	32	1.77
2185870--2186032	73	2.2	73	80	4	195	38	16	19	26	1.92
2188417--2188457	21	2.0	21	85	9	57	65	2	21	9	1.34
2189024--2189056	15	2.1	16	88	5	50	21	15	15	48	1.81
2193544--2193681	73	1.9	73	86	0	195	38	16	18	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193542--2193701	73	2.2	73	81	0	185	36	16	20	26	1.93
2194534--2194614	40	2.0	40	97	0	153	25	17	13	43	1.86
2194732--2194780	20	2.5	19	78	12	55	63	14	2	20	1.40
2194732--2194780	19	2.5	19	76	3	53	63	14	2	20	1.40
2194729--2194786	21	3.0	20	83	16	77	56	17	1	24	1.50
2196949--2197037	2	46.5	2	83	16	118	1	48	1	49	1.16
2196949--2197039	25	3.6	25	80	16	109	1	48	1	49	1.15
2196949--2197034	27	3.0	29	83	10	113	1	48	1	48	1.16
2198042--2198187	67	2.2	67	83	0	184	29	14	25	30	1.95
2198155--2198238	34	2.5	34	82	3	89	15	21	29	33	1.94
2198784--2198841	27	2.1	27	87	0	80	32	12	13	41	1.82
2205600--2205655	28	2.0	28	82	10	69	67	5	3	23	1.27
2207188--2207257	35	2.0	35	94	0	122	40	17	12	30	1.87
2214780--2214823	22	2.0	22	90	0	70	29	11	25	34	1.91
2217074--2217153	40	2.0	41	85	2	108	16	21	25	37	1.93
2218926--2218957	6	5.3	6	96	0	55	28	15	37	18	1.92
2219410--2219474	18	3.7	18	78	15	73	13	6	4	75	1.15
2219419--2219467	16	2.9	16	80	11	53	14	4	6	75	1.14
2219487--2219532	15	3.0	16	81	9	60	13	6	8	71	1.29
2220843--2223515	909	2.9	907	81	5	2925	36	13	11	38	1.80
2224944--2225049	9	12.2	8	71	16	52	15	3	6	74	1.17
2225016--2225076	16	3.8	15	74	18	52	14	1	8	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224952--2225076	17	7.3	16	69	19	67	15	4	7	73	1.20
2224942--2225076	18	7.8	17	69	15	71	14	3	6	74	1.16
2229815--2229842	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2230002--2230096	28	3.4	28	88	1	120	33	20	8	37	1.82
2230021--2230181	28	5.8	28	78	8	125	31	14	13	40	1.84
2230025--2230181	55	2.8	56	74	13	155	31	14	12	40	1.84
2230002--2230179	28	6.5	26	78	7	97	31	16	12	39	1.86
2239724--2240595	86	10.2	86	88	1	1230	44	7	8	38	1.63
2239724--2240595	171	5.1	171	88	1	1219	44	7	8	38	1.63
2239724--2240595	257	3.4	257	89	1	1255	44	7	8	38	1.63
2241177--2241333	79	2.0	78	93	1	269	44	6	8	40	1.60
2241196--2241338	42	3.6	39	72	17	132	44	4	8	42	1.56
2257111--2257143	17	1.9	17	88	11	50	3	12	12	72	1.23
2261759--2261784	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2261823--2261856	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
2261856--2261880	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2261886--2261918	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2272619--2272673	24	2.3	24	87	0	74	20	29	14	36	1.92
2282310--2282356	24	2.0	23	83	4	58	42	0	0	57	0.98
2292229--2292263	14	2.6	14	86	4	54	34	0	2	62	1.10
2293004--2293039	19	1.9	18	88	5	54	52	2	2	41	1.30
2296681--2296749	29	2.4	29	90	0	102	28	24	8	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297768--2297813	23	2.0	23	83	8	58	60	2	2	34	1.21
2301362--2301386	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
2309496--2309883	192	2.0	189	83	7	480	33	25	9	31	1.88
2318196--2318369	90	1.9	89	84	3	233	43	14	10	31	1.79
2318857--2318903	21	2.3	21	85	3	60	46	0	2	51	1.13
2320488--2320533	10	4.5	10	83	10	58	76	4	19	0	0.96
2320488--2320533	19	2.2	22	88	11	71	76	4	19	0	0.96
2324604--2324628	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2327694--2327724	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2331658--2331698	20	2.0	20	86	9	57	46	4	21	26	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29