genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1230--1279	19	2.6	19	90	0	73	46	6	12	36	1.66
2427--2512	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
2409--2513	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
2853--2903	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
15258--15314	9	6.4	9	82	11	55	0	7	14	78	0.94
15282--15325	11	4.3	10	83	8	54	0	4	6	88	0.62
15282--15325	22	2.2	19	88	12	61	0	4	6	88	0.62
15265--15322	26	2.2	25	87	6	80	0	5	12	82	0.82
15677--15718	15	2.6	16	85	7	59	69	0	11	19	1.19
21356--21391	15	2.4	15	90	0	54	55	0	25	19	1.43
23969--23999	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
27976--28024	16	2.9	16	84	6	53	61	0	22	16	1.34
29115--29516	200	2.0	200	98	0	779	30	29	15	24	1.96
29494--29544	20	2.6	20	87	3	68	37	13	5	43	1.69
29954--29992	19	2.1	19	90	9	62	23	12	0	64	1.28
30300--30346	7	6.9	7	82	7	53	0	14	2	82	0.75
30300--30346	13	3.5	13	79	2	58	0	14	2	82	0.75
30300--30349	26	1.9	26	87	0	73	0	14	4	82	0.82
32432--32475	21	2.2	20	88	8	63	47	4	11	36	1.60
37881--37936	28	2.0	29	96	3	105	33	10	23	32	1.89
38011--38067	15	3.6	15	73	17	53	63	0	19	17	1.32
38611--38657	19	2.5	19	86	6	60	44	6	14	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47066--47110	19	2.5	19	86	13	60	0	20	4	75	0.97
47056--47106	23	2.2	23	82	6	59	0	21	1	76	0.88
49055--49098	6	7.2	6	89	5	70	0	15	2	81	0.78
49055--49098	19	2.4	18	88	3	70	0	15	2	81	0.78
49055--49101	25	1.9	24	95	4	85	0	14	4	80	0.85
49523--49557	13	2.7	13	91	8	54	42	2	31	22	1.68
50929--50972	20	2.2	20	84	11	56	47	9	15	27	1.76
51717--51749	17	1.9	17	93	0	57	75	6	18	0	1.00
51720--51770	21	2.5	20	80	6	57	76	1	17	3	1.03
51993--52024	12	2.4	14	85	15	50	12	28	0	59	1.34
53383--53434	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
55383--55438	30	1.9	29	82	13	71	37	14	16	32	1.88
57540--57591	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
61227--61268	22	2.0	21	95	4	75	40	30	4	23	1.75
66790--66841	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
71159--71214	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
71159--71214	18	3.1	18	82	17	71	0	19	1	78	0.84
80681--80723	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
86095--86153	30	1.9	31	83	10	77	50	10	10	28	1.68
89007--89047	19	2.2	18	91	4	64	2	19	0	78	0.87
89018--89069	26	2.0	27	88	11	81	0	17	1	80	0.80
89015--89071	13	4.4	12	78	12	60	0	15	1	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90353--90423	26	2.7	26	93	0	115	18	30	19	30	1.96
91221--91282	27	2.2	28	78	13	74	59	11	17	11	1.60
95235--95273	20	2.0	19	90	5	60	35	35	5	23	1.77
98181--98224	9	4.7	9	81	10	52	84	6	9	0	0.79
98187--98224	20	1.9	20	88	0	58	81	7	10	0	0.87
102250--102298	10	4.7	10	79	16	55	85	6	8	0	0.73
108442--108505	26	2.5	26	89	2	94	18	34	20	26	1.96
110550--110576	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
113277--113322	15	2.9	16	81	12	51	58	0	30	10	1.32
113294--113352	25	2.4	25	91	0	100	61	0	25	13	1.33
116888--116916	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
119584--119621	12	3.2	12	85	14	60	76	7	15	0	1.01
122457--122539	35	2.3	36	79	4	96	30	36	2	31	1.71
122991--123037	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
123164--123197	17	1.9	18	88	5	52	14	20	0	64	1.28
128010--128038	14	2.1	14	100	0	58	20	44	0	34	1.52
128172--128254	35	2.3	36	79	4	96	30	36	2	31	1.71
133096--133130	12	3.0	12	87	4	54	11	17	8	62	1.52
138008--138056	6	8.2	6	84	11	57	0	18	2	79	0.83
138008--138056	13	4.1	12	80	15	57	0	18	2	79	0.83
138010--138056	22	2.0	23	84	16	60	0	17	2	80	0.80
138467--138509	14	3.1	14	90	3	61	37	0	39	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139539--139580	22	1.9	22	85	9	59	40	19	0	40	1.51
141013--141194	90	2.0	91	91	1	294	20	28	23	28	1.99
141973--142039	28	2.4	28	80	9	82	62	13	16	7	1.52
144803--144888	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
144785--144889	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
145227--145277	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
148887--148991	36	2.9	36	92	1	167	28	4	36	30	1.78
149329--149379	19	2.6	20	81	3	59	43	5	15	35	1.71
151583--151614	12	2.7	12	100	0	64	59	9	25	6	1.52
155958--155985	11	2.5	11	100	0	56	0	7	14	78	0.95
156336--156385	19	2.5	21	80	9	59	68	4	12	16	1.35
158235--158301	28	2.4	28	80	9	82	62	13	16	7	1.52
160322--160372	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
169857--169905	11	4.2	11	78	21	55	34	36	0	28	1.58
169890--169958	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
175457--175560	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
175944--176016	28	2.6	28	80	8	85	64	12	15	8	1.49
179780--179847	9	7.9	9	71	25	58	77	1	20	0	0.84
179779--179849	17	4.2	16	91	8	99	78	1	19	0	0.82
179780--179851	26	2.9	23	82	13	72	77	1	20	0	0.84
180818--180850	17	2.1	17	88	11	52	36	9	24	30	1.86
182078--182113	15	2.4	15	90	0	54	44	0	5	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202496--202544	23	2.3	22	78	21	59	61	12	16	10	1.57
202497--202549	24	2.3	23	87	6	81	62	11	16	9	1.54
205785--205833	19	2.5	20	96	3	91	28	10	4	57	1.50
207511--207555	22	2.0	24	86	8	67	11	13	13	62	1.55
210549--210573	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
216114--216156	17	2.5	17	82	17	54	79	6	13	0	0.93
216181--216209	14	2.0	15	93	6	51	79	0	20	0	0.74
216354--216387	17	1.9	18	88	5	52	14	20	0	64	1.28
216732--216797	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
221084--221133	19	2.6	19	90	0	73	46	6	12	36	1.66
222284--222335	22	2.3	23	93	3	88	28	3	34	32	1.76
222286--222365	36	2.2	38	78	17	98	31	5	32	31	1.79
222304--222373	36	1.9	36	97	0	131	28	4	35	31	1.77
222717--222767	19	2.6	20	84	3	59	47	5	15	31	1.70
226034--226064	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
228031--228080	21	2.5	20	87	6	66	48	6	12	34	1.65
231878--231918	22	1.9	21	85	5	55	41	31	2	24	1.68
237570--237612	11	4.2	11	82	14	56	4	18	0	76	0.95
237570--237612	5	8.4	5	80	14	52	4	18	0	76	0.95
237638--237671	16	2.2	16	89	5	52	0	17	0	82	0.67
240290--240324	17	2.1	17	94	0	61	74	5	20	0	1.02
240293--240344	21	2.5	20	81	6	59	75	1	21	1	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241950--242001	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
242743--242767	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
246106--246157	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
249939--249980	22	2.0	21	95	4	75	40	30	4	23	1.75
253956--254001	22	2.1	22	100	0	92	50	4	21	23	1.67
255376--255427	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
261415--261454	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
261662--261697	15	2.4	15	90	0	54	50	5	0	44	1.25
265669--265708	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
265918--265953	15	2.4	15	90	0	54	50	5	0	44	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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