genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
566357--566444	35	2.5	36	87	3	108	28	35	4	31	1.77
566859--566899	13	3.2	12	83	10	55	80	0	19	0	0.71
566932--566969	14	2.7	14	100	0	76	78	0	15	5	0.91
567092--567150	16	3.6	16	79	6	57	15	18	0	66	1.26
569504--569559	13	4.7	12	74	12	53	78	3	16	1	0.97
575360--575431	17	4.2	16	72	12	54	38	12	11	37	1.79
578200--578231	15	2.1	15	100	0	64	31	25	18	25	1.98
583480--583515	15	2.4	15	95	0	63	52	0	25	22	1.47
583676--583761	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
583658--583762	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
588182--588286	36	2.9	36	94	1	176	28	4	35	31	1.78
588369--589497	560	2.0	560	98	0	2177	30	17	22	29	1.96
592718--592766	16	2.9	16	84	6	53	16	22	0	61	1.34
595760--595802	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
597350--597401	24	2.2	24	86	6	72	61	11	17	9	1.55
597359--597407	24	2.1	23	84	3	62	65	10	16	8	1.46
597391--597438	5	10.0	5	84	8	64	77	0	22	0	0.78
597391--597438	14	3.3	15	88	5	64	77	0	22	0	0.78
599962--599994	14	2.4	14	94	0	57	42	12	27	18	1.85
603975--604028	8	6.6	8	78	4	54	79	1	14	3	0.95
603983--604028	24	1.9	24	90	0	74	78	2	15	4	1.01
603974--604054	32	2.5	31	78	13	83	72	4	16	6	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
611103--611136	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
612735--612801	19	3.5	19	76	8	64	76	2	17	2	1.05
612741--612813	35	2.2	31	86	13	94	73	4	16	5	1.17
615127--615178	24	2.2	24	85	0	68	19	7	9	63	1.48
616405--616446	11	3.8	11	81	6	50	69	4	11	14	1.34
620725--620790	11	6.3	10	83	10	71	0	4	15	80	0.87
620732--620791	10	5.8	10	83	15	61	0	3	15	81	0.81
620732--620790	11	5.5	11	86	9	79	0	3	13	83	0.78
620732--620781	23	2.2	22	89	3	73	0	4	12	84	0.76
620725--620790	33	2.1	33	91	5	109	0	4	15	80	0.87
621118--621163	22	2.1	21	88	11	67	65	4	10	19	1.41
622418--622473	28	2.0	28	96	0	103	42	12	17	26	1.85
622744--622799	27	2.1	27	86	0	76	19	14	32	33	1.92
625157--625201	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
625157--625198	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
630760--630810	20	2.5	21	78	15	61	13	23	0	62	1.31
637740--637772	17	1.9	17	93	0	57	45	6	9	39	1.61
640260--640328	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
643315--643354	16	2.6	16	81	18	57	0	17	0	82	0.67
643523--643591	22	3.2	22	69	22	74	57	1	20	20	1.48
643533--643602	20	3.4	20	71	21	63	60	1	21	17	1.44
643517--643613	42	2.3	42	98	0	185	60	1	21	16	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645716--645747	5	6.4	5	92	0	55	84	0	15	0	0.63
650424--650483	30	2.0	31	83	3	77	28	8	11	51	1.67
651381--651431	19	2.6	20	90	3	77	33	17	5	43	1.73
651785--651826	22	1.9	22	85	0	57	38	35	2	23	1.68
652138--652195	11	4.8	11	74	25	55	79	3	15	1	0.95
652142--652194	27	1.9	28	85	11	74	77	3	16	1	1.01
654552--654602	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
656902--656930	12	2.4	12	100	0	58	10	44	10	34	1.73
657364--657398	17	2.1	17	94	5	63	0	11	0	88	0.51
657357--657401	16	2.8	16	87	9	65	2	13	0	84	0.72
657364--657398	8	4.2	8	92	7	61	0	11	0	88	0.51
657578--657632	16	3.4	16	75	20	51	58	0	23	18	1.39
658992--659033	22	1.9	22	85	0	57	42	16	0	40	1.48
661878--661917	21	2.0	20	90	5	62	25	15	22	37	1.93
665583--665629	15	3.0	16	82	14	62	61	0	21	17	1.34
679579--679621	6	7.2	6	79	10	52	0	18	4	76	0.95
680841--681470	58	10.9	58	88	1	915	35	11	17	34	1.87
681373--681566	96	2.0	96	88	4	284	32	13	19	34	1.91
681469--682326	58	14.8	58	91	0	1329	34	12	18	34	1.88
682413--682438	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
684941--684991	19	2.6	20	84	3	68	43	5	13	37	1.69
685909--685947	20	2.0	20	90	10	62	61	7	5	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688156--688214	13	4.7	12	78	15	57	1	18	3	76	1.02
688158--688214	19	2.9	19	71	23	55	1	19	3	75	1.04
688143--688221	33	2.3	34	81	16	92	3	17	5	73	1.17
688540--688578	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
688915--688965	19	2.6	20	84	3	68	43	5	13	37	1.69
689891--689929	20	2.0	20	90	10	62	61	7	5	25	1.44
692129--692208	18	4.6	17	70	27	62	3	17	5	73	1.16
692143--692201	13	4.7	12	78	15	57	1	18	3	76	1.02
692145--692201	19	2.9	19	71	23	55	1	19	3	75	1.04
692527--692565	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
692902--692952	19	2.6	20	84	3	68	43	5	13	37	1.69
695472--695609	59	2.6	52	79	14	163	21	17	23	36	1.94
695503--695620	59	2.0	59	93	0	200	25	18	22	33	1.97
701131--701242	35	3.2	35	84	1	143	33	3	34	27	1.74
706910--706949	17	2.4	17	91	0	62	25	17	17	40	1.91
728373--728468	33	2.8	35	82	10	117	33	36	2	28	1.69
730587--730626	15	2.4	18	76	23	52	37	22	15	25	1.93
732309--732421	36	3.2	36	87	1	156	34	35	2	27	1.71
732309--732405	13	7.9	13	70	22	68	32	35	2	29	1.69
732856--732912	25	2.2	26	84	3	80	70	7	19	3	1.26
736227--736314	36	2.4	36	90	0	131	32	35	2	29	1.70
740157--740269	36	3.2	36	87	1	156	34	35	2	27	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740157--740253	13	7.9	13	70	22	68	32	35	2	29	1.69
741386--741427	21	1.9	23	85	9	61	11	26	14	47	1.78
747707--747760	27	2.0	27	100	0	108	62	11	11	14	1.53
748967--749003	15	2.5	15	100	0	74	29	8	43	18	1.79
750427--750469	15	2.8	15	89	10	61	60	0	25	13	1.34
767021--767068	16	2.9	16	81	6	51	64	0	20	14	1.28
773285--773314	15	2.1	15	93	6	53	76	3	20	0	0.92
779705--779747	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
781693--781742	19	2.5	19	83	6	64	32	10	8	50	1.65
790163--790248	12	7.6	12	66	23	53	73	1	24	1	0.98
790165--790216	24	2.2	24	89	6	79	76	0	23	0	0.78
790182--790248	12	5.4	12	77	12	55	73	1	23	1	1.00
814097--814138	22	1.9	22	85	9	59	35	0	19	45	1.50
816007--816040	16	2.1	17	94	5	61	38	23	0	38	1.55
828423--828464	22	1.9	22	85	9	59	35	0	19	45	1.50
830330--830362	16	2.0	17	94	5	59	33	30	0	36	1.58
848289--848339	20	2.6	19	84	3	66	35	11	5	47	1.65
849144--849187	6	7.2	6	84	5	61	79	2	18	0	0.83
849141--849187	25	1.9	24	91	4	76	78	4	17	0	0.90
849144--849185	19	2.3	18	87	4	57	80	2	16	0	0.81
849227--849253	11	2.5	11	100	0	54	74	0	18	7	1.05
849213--849242	14	2.1	14	93	0	51	73	0	23	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852476--852525	19	2.6	19	90	0	73	32	16	6	46	1.71
858899--859012	35	3.2	34	85	3	147	29	3	40	26	1.73
861012--861045	15	2.3	14	90	10	50	70	0	23	5	1.09
861086--861132	24	1.9	25	86	4	69	70	4	19	6	1.26
868596--868624	13	2.1	14	93	6	51	24	41	3	31	1.71
869875--869932	17	3.4	17	78	2	62	43	12	6	37	1.69
870071--870250	88	2.0	89	90	2	281	41	13	10	33	1.79
874103--874158	17	3.2	17	82	2	58	42	8	8	39	1.68
876910--876980	17	4.1	17	79	1	70	45	8	8	38	1.65
879881--880204	81	4.0	81	86	0	396	29	23	11	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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