genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192955--2193150	46	4.3	46	92	0	313	43	12	23	20	1.86
2193065--2193222	72	2.2	72	94	0	271	43	13	22	20	1.86
2193137--2193463	91	3.6	87	89	3	404	42	11	22	22	1.86
2192924--2193312	164	2.4	159	89	5	588	43	12	22	21	1.86
2193206--2193464	20	11.6	20	66	20	113	42	11	23	22	1.86
2193137--2193482	46	7.6	46	90	1	527	43	12	22	22	1.86
2193723--2193760	19	2.0	19	100	0	76	42	26	15	15	1.87
2195095--2195150	28	2.0	28	100	0	112	50	14	0	35	1.43
2197400--2197462	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2201238--2201277	21	1.9	21	85	10	55	32	10	5	52	1.56
2207091--2207137	10	4.8	10	81	5	60	82	12	4	0	0.80
2207087--2207155	29	2.4	29	75	2	86	72	11	4	11	1.25
2212620--2212651	17	1.9	17	93	6	57	21	0	3	75	0.95
2212609--2212660	23	2.2	25	82	6	63	25	3	5	65	1.32
2213611--2213783	30	6.1	30	74	13	143	60	11	12	15	1.59
2213640--2213773	56	2.3	59	84	3	166	58	13	12	14	1.63
2213770--2213816	24	2.0	24	95	4	87	65	0	8	25	1.20
2214318--2214348	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
2214314--2214350	16	2.3	16	100	0	74	59	0	40	0	0.97
2215171--2215207	3	12.3	3	88	11	58	70	0	0	29	0.88
2215171--2215207	14	2.4	16	82	17	60	70	0	0	29	0.88
2215481--2215718	132	1.8	129	86	2	341	25	17	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215480--2215757	132	2.1	130	80	6	326	24	16	32	25	1.96
2216336--2216400	26	2.9	21	69	20	58	49	4	13	32	1.63
2216635--2216790	77	2.0	79	96	2	289	19	25	15	40	1.90
2217499--2217526	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2218698--2218738	20	2.0	20	100	0	82	36	14	19	29	1.92
2219588--2219978	210	1.8	212	83	7	524	24	23	19	32	1.98
2222061--2222238	30	6.0	30	76	4	173	57	8	14	19	1.62
2222077--2222202	59	2.1	60	85	7	168	57	9	12	19	1.62
2222098--2222288	59	3.3	59	80	9	171	58	9	14	18	1.62
2222158--2222288	57	2.3	59	82	5	151	58	9	14	18	1.62
2229991--2230020	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
2234522--2234557	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
2236028--2236081	14	3.8	15	80	9	60	51	27	0	20	1.47
2236029--2236081	7	7.6	7	80	0	52	50	28	0	20	1.48
2236028--2236082	28	2.0	28	85	7	76	50	27	0	21	1.49
2236134--2236200	7	9.6	7	93	0	116	44	37	0	17	1.49
2236140--2236207	21	3.2	21	85	6	102	45	35	0	19	1.50
2237687--2237738	11	4.6	11	73	4	50	30	21	25	23	1.99
2237687--2237739	23	2.4	21	87	9	70	30	22	24	22	1.99
2242349--2242381	4	8.8	4	87	12	52	78	0	0	21	0.75
2242433--2242495	28	2.2	29	83	10	78	52	3	4	39	1.38
2242629--2242668	21	1.9	21	94	0	71	37	5	5	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245590--2245680	3	30.3	3	100	0	182	67	0	0	32	0.91
2245709--2245978	140	1.9	140	84	3	355	27	18	22	30	1.98
2245964--2246392	136	3.2	134	82	3	477	31	14	20	32	1.93
2248113--2248142	15	1.9	16	93	6	53	56	13	3	26	1.52
2260546--2260634	22	4.2	22	80	12	98	74	0	17	7	1.05
2260549--2260631	44	2.0	40	86	9	112	74	0	16	8	1.05
2260534--2260680	20	7.7	19	68	19	67	73	0	19	6	1.08
2262611--2262779	42	4.1	42	80	6	211	25	21	15	36	1.94
2267450--2267529	40	2.0	40	95	0	142	28	26	18	26	1.98
2270905--2270942	15	2.5	15	95	0	67	26	18	13	42	1.87
2272196--2272258	21	3.0	21	92	0	99	31	25	17	25	1.97
2273593--2273630	15	2.5	15	95	0	67	26	18	13	42	1.87
2274885--2274947	21	3.0	21	92	0	99	31	25	17	25	1.97
2275050--2275164	36	3.2	35	67	21	101	33	20	6	40	1.77
2277230--2277263	13	2.6	13	86	13	52	47	20	17	14	1.83
2277264--2277328	14	4.6	14	75	5	51	18	20	33	27	1.96
2281919--2281989	37	1.9	37	94	0	124	21	14	35	29	1.92
2282573--2283264	37	18.2	38	79	9	736	25	18	17	38	1.92
2282573--2283264	117	6.1	113	79	11	682	25	18	17	38	1.92
2282578--2283256	75	8.9	76	78	9	490	24	18	17	39	1.92
2283158--2283449	38	7.0	43	74	7	160	24	16	17	41	1.89
2283159--2283576	45	9.8	44	72	9	194	24	16	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284383--2284731	132	2.7	133	83	6	358	29	19	18	31	1.96
2284632--2284830	100	2.0	101	90	1	319	27	20	18	33	1.96
2284509--2284948	232	1.9	231	84	6	593	29	18	18	33	1.95
2285133--2285163	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2285704--2285736	15	2.1	16	88	5	50	72	6	15	6	1.24
2286922--2286981	21	2.9	22	69	18	56	45	0	1	53	1.10
2289646--2289811	83	2.0	83	100	0	332	28	22	21	26	1.99
2290235--2290298	26	2.7	24	82	15	80	20	12	15	51	1.75
2290772--2290901	45	2.9	45	97	0	242	25	23	10	41	1.85
2292695--2292735	21	1.9	22	90	5	66	31	24	17	26	1.97
2297680--2297731	22	2.3	23	86	6	79	34	21	19	25	1.96
2298386--2298455	36	1.9	36	85	5	97	27	24	14	34	1.94
2300533--2300573	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2302946--2303007	27	2.3	27	86	2	90	16	24	9	50	1.75
2302973--2303300	46	7.3	46	81	10	392	19	22	13	43	1.86
2303222--2303363	20	6.7	20	71	23	96	19	23	13	42	1.87
2303251--2303353	35	3.2	35	63	21	96	20	21	13	44	1.85
2302982--2303314	177	1.9	172	83	12	424	20	22	13	43	1.86
2303222--2303363	62	2.2	64	91	8	227	19	23	13	42	1.87
2303288--2303439	47	3.3	46	84	8	206	21	23	11	44	1.85
2303160--2303439	155	1.8	153	91	4	438	19	22	13	44	1.85
2303407--2303655	36	6.4	39	71	20	127	26	21	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303514--2303617	31	3.1	36	84	16	159	26	23	11	38	1.89
2304149--2304201	20	2.6	21	82	5	65	24	28	15	32	1.95
2305106--2305154	14	3.7	13	76	13	55	57	0	4	38	1.18
2305097--2305183	22	3.9	21	79	16	86	57	1	3	37	1.23
2305099--2305162	26	2.4	26	86	2	92	60	0	3	35	1.12
2305102--2305192	26	3.7	24	75	15	80	58	1	4	36	1.25
2306384--2306434	24	2.2	24	96	3	95	29	7	19	43	1.79
2307831--2307869	8	4.8	8	83	3	51	82	5	0	12	0.83
2308288--2308340	24	2.3	23	83	3	61	22	3	3	69	1.20
2310254--2310311	29	1.9	31	86	6	84	18	15	8	56	1.64
2311840--2311898	2	30.0	2	96	3	111	50	0	0	49	1.00
2312186--2312249	10	5.6	12	76	21	50	82	0	14	3	0.78
2312195--2312257	14	4.3	15	88	9	78	84	0	14	1	0.71
2312205--2312261	4	15.5	4	83	10	61	85	0	14	0	0.59
2312180--2312262	36	2.3	37	87	2	114	81	0	14	3	0.81
2312208--2312262	22	2.5	22	91	5	85	87	0	12	0	0.55
2312173--2312261	13	6.6	14	75	13	71	80	0	14	4	0.85
2312173--2312262	15	6.1	15	77	16	73	81	0	14	4	0.85
2312876--2312939	28	2.3	28	83	0	92	40	35	3	20	1.68
2313057--2313140	44	1.9	44	100	0	168	30	14	30	23	1.94
2314139--2314295	52	2.9	55	84	11	232	29	10	20	40	1.85
2314214--2314396	97	1.9	96	88	3	278	27	9	19	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314350--2314554	58	3.6	57	71	11	170	30	12	18	39	1.87
2314310--2314553	111	2.2	111	88	1	346	28	10	18	41	1.84
2315209--2315749	91	5.9	91	85	3	687	37	14	23	25	1.92
2315501--2315565	20	3.3	20	64	12	53	40	10	26	23	1.87
2315722--2315895	76	2.3	76	85	7	219	34	15	19	30	1.93
2317426--2317455	15	2.1	14	93	6	51	50	0	3	46	1.18
2324938--2324965	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
2334304--2334602	45	6.6	45	85	1	368	27	22	10	40	1.86
2334656--2334711	17	3.2	17	74	18	51	57	14	3	25	1.53
2341442--2341694	45	5.6	45	88	2	366	26	22	10	40	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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