genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548164--2548228	3	21.3	3	80	9	69	60	3	3	33	1.28
2554907--2554945	18	2.2	18	85	0	51	46	2	7	43	1.46
2554954--2555015	11	5.2	11	74	14	52	40	1	0	58	1.08
2554958--2555019	26	2.4	26	75	17	67	37	1	0	61	1.06
2554961--2555018	29	1.9	31	82	6	75	37	1	0	60	1.07
2554988--2555030	17	2.5	17	80	3	50	44	0	2	53	1.13
2555054--2555097	22	2.0	22	100	0	88	40	0	4	54	1.21
2557444--2557475	16	2.0	16	93	0	55	28	0	3	68	1.04
2558332--2558371	16	2.5	16	79	0	53	37	20	22	20	1.94
2561030--2561066	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2564433--2564830	59	6.9	59	84	6	541	33	11	22	31	1.90
2564704--2564796	48	2.0	47	89	2	141	30	13	21	34	1.92
2568828--2568884	23	2.5	23	85	0	87	29	22	26	21	1.99
2569395--2569441	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2570544--2570701	64	2.5	62	79	11	158	27	24	17	31	1.97
2574620--2574757	53	2.6	53	87	3	170	32	18	18	30	1.95
2574641--2574757	53	2.2	53	92	0	198	31	18	17	32	1.94
2575167--2575564	59	6.9	59	85	6	532	34	11	22	31	1.90
2575432--2575530	48	2.1	47	88	1	144	33	13	19	34	1.90
2576482--2576658	44	4.0	44	93	0	300	41	12	22	23	1.88
2581359--2581400	21	2.0	21	90	0	66	42	9	19	28	1.82
2581366--2581567	64	3.1	65	81	11	234	42	12	18	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581499--2581650	82	1.9	82	94	0	268	44	9	17	29	1.79
2585022--2585098	32	2.4	32	93	0	136	35	27	6	31	1.82
2587588--2587698	48	2.3	48	93	0	186	11	34	10	43	1.76
2588647--2588693	24	1.9	25	82	4	60	10	4	44	40	1.59
2588705--2588817	3	36.3	3	78	13	113	61	0	0	38	1.03
2588731--2588809	23	3.3	23	92	3	122	62	0	1	36	1.04
2600593--2600638	13	3.6	13	72	16	51	52	8	0	39	1.33
2603944--2603986	20	2.2	20	86	0	59	34	13	16	34	1.88
2608528--2608561	18	1.9	18	88	5	52	0	11	11	76	1.02
2608954--2609065	3	36.7	3	85	3	143	60	0	0	37	1.09
2609191--2609679	76	6.5	76	94	0	856	36	20	20	22	1.95
2609191--2609679	151	3.2	151	95	0	870	36	20	20	22	1.95
2609191--2609679	227	2.2	227	95	0	863	36	20	20	22	1.95
2610318--2610342	13	1.9	13	100	0	50	12	8	8	72	1.29
2610367--2610421	22	2.5	22	87	0	83	38	14	10	36	1.81
2610785--2610903	54	2.3	52	82	4	132	23	19	15	41	1.90
2613190--2613422	92	2.5	92	96	0	430	38	22	12	26	1.90
2622432--2622525	3	30.7	3	87	4	134	62	1	0	36	1.02
2627379--2627419	21	2.0	21	85	0	55	19	17	0	63	1.31
2642194--2642240	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
2642567--2642670	21	4.9	21	79	3	109	21	38	25	15	1.92
2642569--2642670	43	2.4	43	83	8	127	20	39	24	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643023--2643087	34	2.0	32	87	6	94	29	16	29	24	1.97
2646043--2646151	22	5.0	22	85	3	148	19	40	26	13	1.89
2654457--2654486	15	1.9	16	93	6	53	26	23	20	30	1.98
2654580--2654611	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
2656568--2656694	64	2.0	64	96	0	236	26	19	18	34	1.95
2657882--2657923	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2658066--2658100	16	2.2	16	89	0	52	42	0	11	45	1.40
2658106--2658145	19	2.1	19	90	0	62	35	2	22	40	1.68
2658305--2658355	18	2.8	18	88	5	59	37	1	9	50	1.47
2658323--2658353	14	2.2	14	94	0	53	38	0	6	54	1.26
2658327--2658365	18	2.2	18	86	9	53	41	2	2	53	1.28
2658705--2658748	13	3.3	13	78	6	52	45	0	9	45	1.35
2661082--2661158	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
2661036--2661158	63	2.0	62	82	4	149	26	28	28	17	1.97
2666008--2666131	63	2.0	63	81	9	146	26	25	27	20	1.99
2668977--2669022	18	2.6	18	92	0	74	8	17	52	21	1.71
2671030--2671106	31	2.5	31	80	2	91	27	28	27	16	1.97
2678742--2678824	31	2.7	31	78	0	94	24	28	31	15	1.96
2681636--2681666	13	2.4	13	100	0	62	16	22	45	16	1.85
2685378--2685405	13	2.2	13	100	0	56	14	25	42	17	1.87
2694199--2694223	13	1.9	13	100	0	50	16	24	44	16	1.86
2704160--2704189	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713933--2713971	18	2.2	18	95	0	69	12	20	48	17	1.80
2718921--2718950	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
2718927--2718972	18	2.6	18	96	0	83	8	21	50	19	1.75
2719931--2719957	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2721513--2721569	30	1.9	30	92	0	96	43	5	14	36	1.67
2724570--2724746	90	2.0	89	89	3	275	37	11	5	45	1.62
2724708--2724777	22	3.3	20	71	26	63	50	2	2	44	1.31
2724708--2724777	20	3.3	21	74	16	63	50	2	2	44	1.31
2727632--2727667	11	3.1	11	92	8	54	25	0	11	63	1.27
2727782--2727821	14	2.9	14	81	3	55	20	20	20	40	1.92
2728563--2728638	39	1.9	39	86	5	109	19	28	19	31	1.97
2729597--2729984	130	3.0	129	85	4	492	22	15	14	47	1.81
2730014--2730094	39	2.1	39	83	4	101	25	11	3	59	1.48
2730222--2730261	19	2.1	19	86	9	55	15	15	5	65	1.44
2739076--2739265	95	2.0	95	93	0	326	32	17	26	24	1.97
2739248--2739295	22	2.3	20	82	7	60	33	12	25	29	1.92
2739079--2739299	95	2.3	95	86	1	282	33	16	25	24	1.96
2739689--2739854	79	2.1	78	94	1	287	39	11	22	25	1.88
2740163--2740219	29	2.0	29	89	6	89	45	7	21	26	1.77
2742161--2742233	21	3.4	21	71	19	69	34	26	13	26	1.93
2742779--2742901	53	2.3	54	84	5	160	31	21	17	30	1.96
2742893--2742942	20	2.5	21	84	12	61	28	26	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749537--2749613	20	3.9	20	88	8	113	25	28	14	31	1.95
2749538--2749613	39	1.9	40	91	2	127	26	28	13	31	1.93
2753716--2753875	54	3.2	54	64	30	136	32	19	24	23	1.97
2753712--2753935	95	2.4	94	89	3	324	32	16	26	24	1.96
2754339--2754476	45	3.3	44	69	21	134	33	10	27	28	1.89
2754323--2754530	79	2.6	79	90	1	310	37	9	25	27	1.87
2754563--2754655	27	3.7	27	72	19	101	48	12	18	20	1.80
2754512--2754681	47	3.6	47	90	2	232	49	11	18	20	1.78
2754590--2754675	20	4.0	20	69	19	64	46	12	22	18	1.83
2764351--2764387	14	2.4	16	82	13	51	32	8	5	54	1.53
2765568--2765612	23	2.0	23	90	0	72	51	4	17	26	1.65
2765741--2765839	30	3.3	29	90	5	153	50	12	14	23	1.76
2767330--2767701	75	5.0	75	90	0	577	37	16	14	30	1.89
2770394--2770599	106	1.9	106	84	3	272	32	16	13	38	1.86
2778436--2778696	2	137.5	2	64	25	88	51	6	2	39	1.41
2778459--2778555	29	3.4	29	81	7	99	55	6	0	38	1.25
2778433--2778696	7	36.4	7	67	20	116	51	6	2	39	1.41
2778443--2778647	44	4.5	44	74	13	116	53	5	1	38	1.36
2779552--2779598	24	2.0	24	83	8	60	17	21	14	46	1.83
2787004--2787053	24	2.1	24	88	0	73	24	18	26	32	1.97
2787341--2787384	21	2.1	21	91	0	70	15	13	34	36	1.87
2789699--2789732	12	2.8	12	86	0	50	67	5	2	23	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792091--2792263	7	26.6	7	69	24	51	50	6	1	41	1.39
2792036--2792195	5	32.6	5	67	23	74	54	3	1	41	1.24
2792064--2792188	41	3.0	41	81	16	116	54	3	0	41	1.22
2792058--2792195	65	2.1	66	83	15	173	55	2	0	41	1.20
2792073--2792259	48	4.0	47	75	15	122	50	6	2	40	1.40
2792230--2792263	16	2.3	14	90	10	50	50	8	0	41	1.34
2799723--2799763	16	2.6	16	88	7	57	51	2	0	46	1.14
2801552--2801668	43	2.7	43	89	0	180	29	15	22	32	1.95
2801692--2801801	42	2.6	43	82	4	152	26	17	26	30	1.97
2802867--2802956	39	2.2	41	82	5	103	26	20	15	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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