genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959039--1959159	54	2.2	53	81	8	129	51	2	1	44	1.24
1959115--1959200	42	2.1	41	82	10	104	51	0	2	46	1.13
1959171--1959249	23	3.4	23	82	6	81	51	0	1	46	1.08
1959532--1959826	148	2.0	147	99	0	581	33	18	20	27	1.96
1964702--1964769	33	2.1	33	86	5	93	45	1	4	48	1.31
1965597--1965653	24	2.4	24	94	2	98	47	0	1	50	1.11
1966754--1966779	4	6.5	4	100	0	52	26	26	0	46	1.53
1970581--1970612	16	2.0	16	100	0	64	25	12	37	25	1.91
1970585--1970621	16	2.3	16	90	0	56	18	16	40	24	1.90
1972907--1972950	17	2.5	17	85	7	52	45	2	0	52	1.13
1973037--1973086	22	2.3	20	81	18	57	62	0	2	36	1.07
1973046--1973088	21	2.0	23	90	9	72	60	0	2	37	1.10
1973166--1973228	18	3.5	17	79	10	63	50	0	1	47	1.10
1973624--1973661	18	2.1	19	85	14	53	60	0	5	34	1.19
1975079--1975126	21	2.4	21	80	10	57	29	14	20	35	1.93
1976967--1977015	20	2.5	20	86	6	64	36	14	28	20	1.92
1977042--1977112	19	3.5	19	80	16	81	30	16	25	26	1.97
1977042--1977112	22	3.5	19	83	12	88	30	16	25	26	1.97
1977100--1977218	53	2.2	53	96	0	220	33	16	25	24	1.96
1977584--1977915	54	6.1	54	89	0	502	27	18	20	33	1.96
1977615--1977974	162	2.2	162	83	2	429	28	18	20	31	1.97
1983960--1984011	20	2.6	19	87	6	68	36	13	30	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984033--1984069	19	1.9	19	94	0	65	32	16	27	24	1.96
1984529--1985005	54	8.9	54	91	0	704	29	17	19	33	1.95
1984529--1985256	161	4.4	162	83	6	913	28	17	19	33	1.95
1984990--1985022	17	1.9	17	100	0	66	36	6	27	30	1.81
1984936--1985076	71	2.0	71	88	2	212	32	14	20	32	1.92
1985007--1985256	54	4.6	54	89	1	358	28	18	20	32	1.96
1984882--1985128	125	2.0	125	90	0	395	30	15	20	33	1.94
1984828--1985183	179	2.0	178	89	0	550	28	17	21	32	1.96
1985007--1985244	107	2.2	108	89	1	361	27	18	20	32	1.96
1985065--1985280	54	4.0	54	87	2	157	30	18	20	31	1.96
1984667--1985304	340	1.9	340	87	0	936	30	17	20	32	1.95
1991057--1991094	17	2.2	17	95	0	67	36	7	15	39	1.77
1991158--1991192	18	2.1	18	89	10	56	31	20	11	37	1.88
1991151--1991220	35	1.9	36	85	8	97	35	14	14	35	1.86
1992115--1992145	11	2.8	11	95	0	53	74	3	0	22	0.96
1999741--1999795	22	2.7	20	81	10	65	29	16	29	25	1.97
1999665--1999848	95	1.9	95	87	0	269	32	17	25	24	1.97
1999683--1999888	95	2.2	95	82	3	227	33	15	26	24	1.95
2000277--2000446	27	7.1	27	71	20	121	44	13	23	18	1.86
2000292--2000554	67	3.8	67	70	21	220	43	12	23	20	1.86
2000339--2000648	47	6.6	47	88	0	449	43	12	22	21	1.86
2000319--2000554	20	10.4	20	69	22	112	43	11	24	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2000993--2001194	68	3.0	68	88	2	282	29	16	24	29	1.96
2001239--2001351	45	2.5	45	91	0	172	38	9	23	28	1.87
2001328--2001444	46	2.5	46	90	0	180	48	5	16	29	1.69
2007786--2008124	163	2.1	163	92	1	563	45	12	12	28	1.79
2010620--2010750	65	2.0	66	86	1	183	29	1	44	24	1.63
2012566--2012958	59	6.7	59	90	2	573	37	19	11	31	1.87
2013382--2013437	22	2.7	20	76	10	58	26	26	16	30	1.96
2013323--2013512	95	2.0	95	92	0	317	25	26	15	33	1.95
2013520--2013565	21	2.2	21	92	0	74	36	10	13	39	1.79
2026827--2026876	18	2.9	17	82	11	66	30	2	2	66	1.14
2030071--2030110	20	2.0	20	85	4	55	40	2	12	45	1.56
2048210--2048240	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
2053964--2053990	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2054142--2054193	13	4.0	13	82	5	61	38	13	19	28	1.89
2055601--2055633	16	1.9	18	88	11	52	30	0	6	63	1.18
2057152--2057268	59	2.0	59	84	3	155	45	8	22	23	1.80
2057371--2057493	31	4.0	31	79	10	135	29	20	20	30	1.97
2057371--2057491	62	2.0	62	86	6	174	29	20	19	29	1.97
2060469--2060597	67	2.0	64	87	4	186	40	6	18	34	1.78
2071239--2071281	18	2.4	18	88	3	61	41	9	11	37	1.74
2076990--2077029	21	2.0	21	85	5	55	10	5	5	80	1.02
2077641--2077726	44	2.0	43	83	2	109	40	9	20	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082861--2082888	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2085307--2085361	19	2.8	20	80	5	76	40	14	20	25	1.90
2086099--2086343	67	3.8	67	77	15	273	32	14	22	29	1.94
2086301--2086618	81	3.9	81	89	0	447	35	9	24	30	1.88
2090296--2090349	20	2.7	19	77	8	63	31	16	29	22	1.96
2091142--2091328	67	2.8	67	93	0	320	29	16	24	28	1.97
2091289--2091605	81	3.9	81	90	0	492	34	10	25	29	1.89
2091291--2091605	161	2.0	161	92	0	522	34	10	25	29	1.89
2099084--2099809	54	13.6	54	84	4	898	34	19	17	28	1.95
2099096--2099809	107	6.7	108	85	3	924	34	20	17	28	1.95
2099084--2099809	268	2.7	265	87	3	960	34	19	17	28	1.95
2100108--2100161	22	2.5	22	85	5	67	31	27	14	25	1.95
2114221--2114263	20	2.2	20	86	0	59	20	25	34	18	1.96
2116327--2116361	13	2.6	14	90	4	54	48	5	20	25	1.71
2116853--2116916	23	2.9	22	83	4	83	21	21	31	25	1.98
2126658--2126697	17	2.4	17	100	0	80	27	7	20	45	1.78
2128499--2128754	74	3.5	74	89	4	403	40	14	13	31	1.84
2128837--2129107	103	2.5	106	84	9	345	47	12	12	26	1.77
2129050--2129088	21	2.0	20	90	10	62	53	10	10	25	1.66
2130563--2130627	34	1.9	33	87	3	94	10	20	20	49	1.78
2132319--2132478	63	2.5	62	80	7	155	20	14	34	31	1.92
2132590--2132631	4	10.5	4	84	0	57	26	0	4	69	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132770--2132889	21	5.7	21	77	10	120	20	35	21	23	1.96
2132768--2132892	42	3.0	42	92	2	198	19	36	20	24	1.95
2134197--2134354	64	2.5	64	95	3	282	29	1	17	51	1.56
2134463--2134501	20	2.0	20	94	0	69	25	20	20	33	1.97
2134683--2134718	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2136958--2137011	24	2.2	24	86	0	72	40	22	16	20	1.91
2137753--2137791	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
2137948--2138060	20	5.7	20	76	9	88	34	12	22	30	1.91
2137989--2138039	19	2.5	20	84	6	68	31	9	19	39	1.84
2144970--2145033	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
2144568--2147328	478	5.8	479	95	3	4907	40	7	10	40	1.68
2145446--2145501	22	2.5	23	88	5	78	35	5	19	39	1.75
2145913--2145974	23	2.8	23	85	4	83	37	4	20	37	1.75
2146387--2146450	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
2146873--2146928	23	2.4	23	84	0	85	35	5	19	39	1.75
2148085--2148117	14	2.4	14	90	5	50	57	0	6	36	1.23
2158504--2159099	221	2.7	224	85	6	775	38	13	15	32	1.87
2159110--2159445	130	2.6	129	80	6	351	33	12	11	42	1.78
2159320--2160805	197	7.6	199	78	8	1320	33	12	13	40	1.83
2160481--2160521	21	2.0	20	90	4	64	43	7	9	39	1.65
2159314--2160773	396	3.7	394	79	8	1490	33	12	13	40	1.83
2160437--2160783	177	2.0	177	86	4	495	34	12	11	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160474--2160823	177	2.0	177	81	5	415	36	12	10	40	1.78
2171032--2171105	23	3.3	22	72	14	71	28	24	20	27	1.99
2173484--2173569	21	4.1	21	92	0	127	16	39	26	17	1.90
2176788--2176865	19	3.9	20	80	6	86	19	34	29	16	1.94
2176798--2176850	20	2.7	19	85	5	70	20	35	26	16	1.94
2182578--2182625	18	2.6	18	86	3	60	18	27	18	35	1.95
2182595--2182629	18	1.9	18	100	0	70	17	22	22	37	1.94
2185478--2185532	21	2.6	21	85	0	74	25	20	16	38	1.92
2187390--2189643	750	3.0	748	88	1	3322	33	19	18	28	1.95
2192935--2193424	20	21.6	20	66	21	156	43	12	22	21	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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