genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351136--2351189	12	4.3	12	78	15	56	1	18	3	75	1.03
2351134--2351190	19	3.1	18	76	20	55	1	17	3	77	1.00
2359193--2359229	16	2.2	17	90	4	58	62	8	5	24	1.44
2361296--2361341	18	2.6	18	85	0	65	21	50	19	8	1.75
2361318--2361347	13	2.3	13	94	0	51	20	46	20	13	1.83
2362007--2362079	36	2.0	36	89	0	110	42	6	21	28	1.79
2363874--2363964	24	3.8	25	80	8	73	19	9	17	52	1.72
2365459--2365484	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2365641--2365733	40	2.2	41	79	11	100	27	15	30	26	1.96
2365782--2366021	130	1.8	130	85	3	340	27	16	30	26	1.97
2366023--2366216	66	2.9	65	82	4	201	40	14	19	25	1.89
2369980--2370041	24	2.6	22	70	22	54	48	6	4	40	1.50
2370893--2370976	30	2.8	30	81	1	96	60	9	10	19	1.56
2373963--2374029	30	2.3	30	86	2	91	38	19	5	35	1.76
2374709--2374770	31	2.0	31	96	0	115	37	33	3	25	1.72
2376554--2376609	20	2.8	20	94	0	85	37	16	19	26	1.92
2376554--2376620	20	3.2	21	85	10	84	37	16	20	25	1.93
2380074--2380110	19	1.9	19	94	0	65	37	13	18	29	1.90
2385095--2385176	6	14.2	6	81	11	73	41	1	1	56	1.15
2385090--2385171	10	8.4	10	83	5	87	42	2	0	54	1.13
2385089--2385171	16	5.2	16	85	0	94	43	2	0	54	1.13
2385228--2385441	85	2.5	85	84	6	265	34	17	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390101--2390135	17	2.1	17	100	0	70	65	0	11	22	1.24
2391125--2391178	25	2.2	25	83	12	67	11	3	3	81	0.95
2391886--2391919	17	1.9	18	88	5	52	14	17	17	50	1.79
2392981--2393011	14	2.1	15	94	5	55	16	6	3	74	1.16
2393770--2393949	95	1.9	95	87	6	269	33	16	18	31	1.93
2393798--2394027	93	2.4	91	81	8	241	32	17	17	31	1.94
2395363--2395482	20	6.4	20	73	20	116	27	20	10	40	1.86
2395333--2395451	55	2.1	57	89	4	179	29	19	12	38	1.88
2395386--2395568	36	5.3	36	78	12	231	30	20	11	38	1.88
2395487--2395595	29	3.5	29	68	20	85	31	19	10	39	1.85
2395386--2395621	65	3.5	65	88	6	307	28	20	11	39	1.87
2395583--2395791	36	5.8	36	81	2	231	23	21	13	41	1.88
2395582--2395791	73	2.9	72	86	0	267	23	21	13	41	1.88
2395862--2396013	33	4.6	33	95	3	270	40	19	9	30	1.83
2396010--2396247	82	3.0	81	85	3	311	29	23	21	25	1.99
2397444--2397482	17	2.4	16	82	4	51	17	5	2	74	1.12
2397515--2397579	9	7.8	8	73	14	51	18	4	1	75	1.05
2397522--2397585	12	5.1	13	75	9	53	17	4	1	76	1.03
2399677--2399753	35	2.2	35	88	0	109	42	16	1	38	1.57
2399959--2400010	3	17.0	3	81	18	63	38	0	0	61	0.96
2399959--2400010	10	5.3	10	82	17	65	38	0	0	61	0.96
2399963--2400011	18	2.9	17	91	8	82	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400278--2400325	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2400802--2400874	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
2401293--2401365	23	3.2	23	90	0	110	39	20	4	35	1.72
2400399--2402202	491	3.7	491	96	0	3240	40	11	7	41	1.69
2401791--2401854	23	2.8	23	95	0	110	35	23	4	35	1.76
2403817--2404580	200	3.8	200	95	1	1343	29	18	15	36	1.92
2404692--2404741	19	2.6	19	96	0	91	54	10	2	34	1.45
2406384--2406449	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2406486--2406547	21	3.0	21	90	0	88	19	27	11	41	1.85
2410478--2410513	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2421399--2421530	46	2.8	48	88	4	205	28	20	18	32	1.96
2421266--2421488	112	2.0	112	91	1	367	26	23	17	32	1.96
2421447--2421854	113	3.7	113	92	2	666	28	23	17	30	1.97
2423921--2423964	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2425007--2425049	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2425012--2425058	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2425193--2425239	20	2.4	19	86	10	67	17	14	10	57	1.65
2424979--2425451	181	2.6	182	89	0	705	26	16	13	42	1.86
2426999--2427295	148	2.0	143	86	5	364	37	6	10	46	1.63
2427792--2427862	35	2.0	35	86	0	97	35	1	21	42	1.62
2427805--2427873	35	2.0	35	85	0	93	31	2	23	42	1.69
2430431--2430649	7	32.3	7	72	18	119	54	5	1	37	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430423--2430659	19	13.1	17	68	21	83	55	5	1	37	1.32
2430423--2430511	20	4.3	20	75	19	78	59	1	1	38	1.12
2430434--2430659	2	123.0	2	64	26	65	54	5	1	38	1.34
2430408--2430628	22	10.2	20	67	25	69	57	4	1	36	1.31
2430423--2430572	49	3.1	48	80	14	159	57	4	2	36	1.29
2431037--2431080	15	2.8	17	76	20	58	15	18	11	54	1.70
2431657--2431701	23	2.0	23	86	0	63	4	6	4	84	0.87
2440562--2440623	31	2.0	31	96	0	115	33	37	3	25	1.72
2441759--2441822	3	21.0	3	90	3	101	65	0	1	32	1.02
2446768--2446801	18	1.9	18	88	5	52	58	0	8	32	1.29
2449163--2449258	35	2.7	35	86	0	120	39	27	3	30	1.72
2449414--2449702	148	2.0	144	89	6	440	36	5	11	46	1.63
2450667--2450761	47	2.0	47	93	0	163	49	7	12	30	1.68
2452880--2453048	7	25.3	7	71	20	105	55	5	1	37	1.30
2452874--2453004	12	11.1	11	72	20	79	58	4	0	35	1.24
2452874--2452998	22	6.1	21	72	20	88	59	4	0	36	1.22
2454400--2454486	44	2.0	44	86	0	120	24	21	9	44	1.81
2457946--2457975	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2469165--2469270	46	2.3	46	95	0	194	31	17	22	28	1.97
2469181--2469284	46	2.4	42	85	7	129	28	16	23	31	1.96
2469948--2470004	27	2.1	27	80	6	62	56	14	3	26	1.54
2471970--2472082	44	2.6	43	79	8	131	27	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471987--2472062	23	3.4	23	70	17	70	28	19	22	28	1.98
2482268--2482292	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2485963--2486061	20	4.8	20	80	13	110	23	19	33	24	1.97
2486282--2486321	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
2489248--2489326	20	3.8	20	74	11	68	21	18	34	25	1.96
2502116--2502167	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2502330--2502363	13	2.6	13	95	0	59	35	17	17	29	1.93
2503681--2503758	33	2.4	33	80	16	76	56	1	1	41	1.15
2504838--2504926	31	2.9	31	87	0	133	24	22	13	39	1.90
2506129--2506194	29	2.3	28	79	7	69	39	6	22	31	1.79
2507208--2507249	13	3.1	14	80	6	52	21	4	21	52	1.65
2507240--2507382	44	3.3	44	82	6	184	37	6	20	34	1.80
2507732--2507758	12	2.2	12	100	0	54	25	14	25	33	1.95
2515127--2515350	126	1.8	122	86	3	322	22	12	21	42	1.87
2518999--2519336	168	2.0	170	98	1	662	42	13	9	35	1.76
2519839--2519867	10	2.9	10	100	0	58	68	20	10	0	1.18
2525409--2525490	23	3.9	21	81	7	76	25	31	23	19	1.98
2529416--2529467	27	2.0	26	92	3	86	23	30	15	30	1.95
2529616--2529660	22	2.0	22	86	0	63	53	6	2	37	1.40
2533182--2533226	22	2.0	22	91	0	72	51	6	4	37	1.49
2537094--2537311	30	7.3	30	75	7	142	58	8	13	19	1.60
2537081--2537307	60	3.8	60	75	7	194	57	8	14	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537081--2537295	90	2.4	90	79	2	236	57	8	13	20	1.61
2538163--2538476	131	2.4	131	83	2	378	26	15	32	25	1.96
2538354--2538458	40	2.5	41	80	11	126	19	15	38	27	1.91
2538517--2538584	35	1.9	35	82	11	86	33	13	22	30	1.92
2538582--2538738	63	2.6	61	84	7	185	46	15	14	23	1.83
2538597--2538815	59	3.5	61	79	9	196	44	12	15	27	1.83
2539005--2539069	32	2.0	33	93	3	114	32	27	13	26	1.94
2540715--2540768	19	2.9	19	75	8	58	0	16	5	77	0.94
2540717--2540803	12	6.7	12	69	29	54	0	16	6	77	0.98
2540714--2540782	26	2.6	27	86	6	88	0	20	7	72	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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