genome.fa.s1111.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002193_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3891333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390265--1390409	39	4.1	31	74	23	96	46	3	8	40	1.52
1390402--1390465	27	2.5	26	78	14	69	42	6	7	43	1.58
1390412--1390465	28	2.0	28	88	3	83	44	5	5	44	1.50
1390369--1390488	63	2.0	57	81	15	136	45	4	6	44	1.49
1390426--1390722	78	3.7	79	88	7	417	45	3	7	43	1.49
1390639--1390755	35	3.3	35	78	13	114	40	4	9	46	1.56
1390757--1390836	5	14.8	5	72	21	56	36	2	1	60	1.18
1390748--1390820	35	2.2	31	81	13	85	36	4	0	58	1.17
1392269--1392318	15	3.1	17	72	16	52	28	6	2	64	1.28
1397564--1397803	85	2.8	85	87	2	340	35	20	16	27	1.94
1398418--1398532	35	3.1	39	81	15	129	46	1	6	45	1.38
1398400--1398516	35	3.3	34	82	15	123	46	1	6	45	1.40
1398499--1398646	37	3.7	40	75	19	139	43	5	9	41	1.60
1398582--1398754	75	2.3	75	80	9	185	41	5	9	44	1.59
1400195--1400279	44	1.9	44	85	4	118	18	12	2	65	1.36
1409879--1409936	28	2.1	28	93	0	98	25	17	25	31	1.97
1414391--1414448	28	2.1	28	96	0	107	22	15	31	31	1.95
1414572--1414633	30	2.1	30	100	0	124	35	25	6	32	1.82
1414715--1414833	59	2.0	59	98	0	229	28	12	20	38	1.89
1418153--1418186	15	2.3	15	94	0	59	32	0	14	52	1.42
1418445--1418502	26	2.2	26	84	0	71	29	8	15	46	1.75
1422868--1422903	18	1.9	19	88	5	56	52	5	5	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1424398--1424438	7	6.0	7	86	13	59	85	0	0	14	0.60
1424348--1424438	16	5.9	15	70	22	55	72	1	2	24	1.02
1425643--1425697	3	18.7	3	75	17	53	61	0	1	36	1.06
1425644--1425695	18	3.0	17	88	2	68	63	0	1	34	1.06
1425650--1425694	23	1.9	24	86	4	65	62	0	2	35	1.08
1425821--1425859	17	2.3	17	95	0	69	28	15	20	35	1.93
1426175--1426263	42	2.1	42	87	4	126	30	24	19	25	1.98
1426413--1426519	42	2.6	41	76	5	117	31	21	20	26	1.98
1426062--1426601	263	2.1	263	88	0	803	30	21	19	28	1.97
1426563--1426721	71	2.2	71	85	3	212	33	25	10	30	1.90
1434362--1434657	149	2.0	149	84	2	389	21	24	17	36	1.95
1436482--1436510	12	2.3	13	94	5	51	44	13	0	41	1.44
1436719--1436777	26	2.3	25	91	5	100	77	6	0	15	0.96
1438016--1438070	3	18.7	3	75	17	53	63	0	0	36	0.95
1438018--1438071	8	6.2	8	80	16	54	62	0	0	37	0.95
1438036--1438071	17	2.1	17	89	0	54	63	0	0	36	0.94
1441019--1441059	16	2.4	18	80	19	61	53	4	0	41	1.22
1442709--1442764	20	2.6	22	80	11	71	41	14	19	25	1.89
1442657--1442835	94	1.9	95	85	1	252	37	12	22	26	1.91
1442654--1442855	94	2.1	93	78	6	226	35	13	25	25	1.92
1443186--1443497	54	5.8	54	94	0	516	32	20	17	29	1.96
1443189--1443274	27	3.2	27	64	23	72	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443382--1443463	27	3.0	27	61	25	64	32	20	17	29	1.95
1443186--1443534	54	6.4	54	91	2	504	32	20	18	28	1.96
1449585--1449642	20	2.8	22	76	12	77	41	13	17	27	1.87
1449511--1449710	94	2.1	92	81	6	224	39	12	22	26	1.89
1450034--1450476	54	8.2	54	87	3	604	32	20	17	29	1.96
1450319--1450410	31	3.2	31	64	32	76	34	22	15	27	1.94
1450330--1450415	27	3.2	25	66	23	66	33	18	15	32	1.92
1457013--1457096	29	3.0	29	83	10	86	75	5	2	16	1.11
1457031--1457199	14	11.6	14	74	19	109	74	7	3	14	1.17
1457033--1457195	37	4.2	38	69	17	104	74	7	3	14	1.16
1457031--1457106	29	2.7	28	84	10	84	76	6	1	15	1.06
1457103--1457188	32	2.7	32	83	5	93	73	8	5	12	1.24
1457162--1457210	11	4.7	10	78	16	55	71	4	2	22	1.13
1457157--1457226	26	2.7	26	80	14	81	70	7	2	20	1.24
1457047--1457250	27	7.8	26	70	21	83	73	6	4	15	1.20
1457031--1457239	28	7.8	26	69	22	71	73	6	4	15	1.22
1457665--1458091	198	2.2	199	81	6	485	37	5	18	38	1.74
1457731--1458109	196	1.9	198	80	6	432	39	5	18	36	1.72
1458536--1458567	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
1461736--1461969	129	1.8	126	82	6	299	33	16	23	26	1.96
1461926--1462020	50	1.9	50	91	0	154	36	18	18	25	1.94
1461926--1462047	50	2.5	48	82	10	142	34	17	22	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462759--1463065	85	3.6	82	77	8	287	26	18	21	33	1.96
1463132--1463397	86	3.1	86	82	3	331	24	22	22	30	1.99
1464909--1465094	52	3.6	52	88	2	268	23	21	17	38	1.93
1466399--1466466	5	13.4	5	76	14	68	1	19	0	79	0.81
1466394--1466466	16	4.2	17	78	18	71	1	19	0	79	0.81
1466391--1466510	36	3.2	40	78	17	132	3	15	0	80	0.83
1466391--1466510	37	3.2	39	79	17	130	3	15	0	80	0.83
1466402--1466509	40	2.7	40	83	9	114	3	15	0	80	0.85
1474205--1474376	74	2.3	74	81	3	202	28	5	14	51	1.65
1479231--1479269	18	2.2	18	95	0	69	17	48	20	12	1.80
1484035--1484125	24	3.8	24	89	5	148	21	17	20	39	1.92
1484203--1484371	57	3.0	57	90	0	257	13	20	30	35	1.91
1491058--1491086	11	2.7	11	94	5	51	55	0	0	44	0.99
1493043--1493146	37	2.9	34	78	13	86	45	1	0	51	1.18
1493075--1493153	13	6.4	12	73	15	54	41	2	1	54	1.22
1493043--1493146	2	54.5	2	72	16	78	45	1	0	51	1.18
1493956--1494027	31	2.3	32	75	13	80	25	16	6	51	1.69
1495226--1495355	47	2.8	48	80	11	144	29	22	6	41	1.79
1499777--1499860	37	2.2	37	81	12	100	50	3	1	45	1.27
1504598--1504622	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
1507314--1507470	64	2.5	64	82	6	185	36	19	17	26	1.94
1507847--1507956	29	3.8	29	89	2	168	46	15	20	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1509692--1509778	13	6.3	13	82	12	111	17	45	20	16	1.85
1509688--1509772	31	2.7	29	85	10	91	17	48	20	14	1.81
1509688--1509778	44	2.1	44	93	0	155	17	47	19	15	1.83
1509718--1509758	18	2.3	18	95	0	73	17	48	21	12	1.79
1512327--1512389	12	5.2	12	70	21	51	25	14	22	38	1.92
1512311--1512429	24	5.0	24	89	4	186	26	13	20	39	1.89
1512545--1512639	43	2.2	43	96	0	172	16	10	35	36	1.84
1514770--1514829	17	3.2	18	76	11	59	16	48	20	15	1.81
1514776--1514823	13	3.4	13	76	20	51	16	47	20	14	1.82
1514810--1514856	10	5.5	8	82	14	51	14	34	27	23	1.94
1514813--1514846	15	2.1	16	89	10	52	11	35	29	23	1.90
1517394--1517456	12	5.2	12	70	21	51	25	14	22	38	1.92
1517378--1517496	24	5.0	24	88	4	177	26	13	20	40	1.89
1517612--1517706	43	2.2	43	94	0	163	16	11	36	34	1.85
1518699--1518755	11	5.1	12	69	16	50	64	3	0	31	1.10
1518697--1518755	21	2.7	22	86	5	75	64	3	0	32	1.10
1521056--1521105	19	2.6	19	81	18	59	70	2	8	20	1.23
1521833--1521889	25	2.3	25	81	3	71	59	14	1	24	1.44
1523489--1523527	15	2.6	14	88	11	60	56	23	0	20	1.42
1524147--1524187	16	2.7	15	81	7	55	63	2	7	26	1.33
1529776--1529825	19	2.6	19	81	18	59	70	0	8	22	1.13
1529881--1529915	11	3.1	11	88	8	52	74	2	0	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536340--1536394	3	19.0	3	82	14	71	61	1	0	36	1.06
1536340--1536391	23	2.3	22	90	6	77	61	1	0	36	1.07
1536343--1536395	26	2.1	25	89	10	81	60	1	0	37	1.08
1539957--1540019	32	2.0	32	93	0	108	38	26	4	30	1.77
1543269--1543340	3	24.3	3	86	8	103	63	1	1	33	1.11
1545173--1545548	185	2.0	187	98	1	738	30	16	20	32	1.95
1546076--1546111	3	12.0	3	87	0	54	33	0	2	63	1.08
1549619--1549720	23	4.4	23	75	4	89	19	21	23	35	1.96
1549628--1549715	46	1.9	46	88	4	133	21	22	21	34	1.97
1549843--1549933	6	14.7	6	78	6	92	40	1	21	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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