genome.fa.s250.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2850692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10--240	80	2.8	82	88	3	340	29	20	17	31	1.96
12928--12966	19	2.1	19	90	0	60	25	0	30	43	1.55
13616--13660	21	2.1	22	87	4	65	33	0	17	48	1.48
15408--15454	20	2.3	20	92	0	76	27	17	21	34	1.95
15689--15724	12	3.2	12	85	14	51	41	0	8	50	1.33
20416--20440	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
43468--43568	46	2.2	46	96	0	184	42	15	8	32	1.78
61158--61230	30	2.4	30	81	2	83	28	15	6	49	1.70
61168--61268	30	3.4	30	76	11	84	30	12	9	46	1.75
65347--65742	46	8.6	46	86	0	513	42	13	18	24	1.87
67713--67741	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71239--71279	18	2.3	18	86	0	55	48	0	17	34	1.47
71623--71990	46	8.0	46	87	2	472	43	13	20	23	1.87
77289--77323	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
77385--77417	12	2.8	12	86	4	50	66	0	0	33	0.92
80706--80750	23	2.0	23	90	0	72	46	17	13	22	1.83
81891--81920	7	4.3	7	100	0	60	0	0	13	86	0.57
82423--82505	3	28.0	3	97	2	159	33	0	0	66	0.92
87457--87498	16	2.6	16	96	0	75	14	40	0	45	1.45
89203--89227	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
89777--89805	14	2.0	15	93	6	51	34	17	13	34	1.89
100728--100805	30	2.6	30	81	2	95	16	32	26	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100857--100917	27	2.3	27	91	0	95	4	47	21	26	1.71
101124--101170	14	3.5	13	77	11	51	57	0	40	2	1.11
101259--101316	23	2.6	23	72	22	59	32	1	15	50	1.55
103792--104159	26	14.8	26	81	8	410	42	7	2	47	1.46
103808--104241	26	18.1	23	72	15	249	43	7	2	45	1.47
103816--104159	49	6.9	50	84	9	361	42	7	2	47	1.46
103898--103944	23	2.2	21	81	11	51	40	6	4	48	1.48
104148--104444	35	8.5	35	77	15	294	49	10	2	37	1.49
104220--104286	19	3.5	19	69	17	57	50	5	2	40	1.42
104035--104333	139	2.2	136	83	6	365	46	8	2	42	1.49
104245--104435	8	23.2	8	67	28	84	50	11	1	36	1.48
104651--104863	49	4.3	49	93	0	354	43	13	0	41	1.50
108646--108708	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
108650--108715	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
108967--109017	23	2.3	23	82	3	59	33	9	25	31	1.88
109266--109343	29	2.6	29	95	4	138	11	33	33	21	1.90
110002--110042	19	2.2	19	86	0	55	26	4	0	68	1.10
110583--110636	18	3.1	18	82	12	60	44	1	0	53	1.11
110881--111215	159	2.2	152	83	7	408	48	6	17	27	1.72
113379--113413	17	2.1	17	89	10	54	34	5	0	60	1.21
113792--113839	25	2.0	25	91	4	80	39	18	2	39	1.63
115315--115374	28	2.2	28	85	11	81	35	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118166--118249	39	2.2	39	80	8	91	39	2	42	15	1.60
123389--123472	39	2.2	39	80	8	91	39	2	42	15	1.60
124018--124080	27	2.3	27	75	5	65	26	14	20	38	1.91
127012--127066	20	2.8	19	86	8	74	41	7	21	29	1.80
127050--127086	12	2.9	13	88	8	58	48	10	13	27	1.75
127049--127092	13	3.5	13	84	6	63	45	9	15	29	1.77
133462--133506	13	3.5	13	87	0	63	40	6	20	33	1.78
133447--133506	26	2.3	26	82	0	75	43	6	20	30	1.77
137044--137110	31	2.2	31	86	0	89	20	46	16	16	1.84
137354--137386	17	1.9	17	93	0	57	30	30	18	21	1.97
139610--139725	24	4.8	24	82	6	128	25	15	17	42	1.88
141813--141875	13	4.5	13	74	18	63	15	44	22	17	1.86
141831--141865	18	1.9	18	100	0	70	17	45	22	14	1.84
141813--141875	31	2.0	31	90	0	99	15	44	22	17	1.86
144307--144421	24	4.8	24	81	10	128	25	16	16	41	1.89
144303--144431	24	5.4	24	81	10	70	24	15	17	42	1.88
145408--145687	45	6.2	45	88	0	380	23	19	12	45	1.84
145408--145687	135	2.1	135	90	0	434	23	19	12	45	1.84
146570--146625	26	2.1	27	96	3	105	28	32	7	32	1.84
154346--154395	21	2.6	19	81	18	59	26	24	22	28	1.99
162485--162515	6	5.2	6	100	0	62	32	35	16	16	1.91
165532--165561	15	2.0	15	93	0	51	13	10	26	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171828--171896	21	3.5	20	69	23	56	55	1	2	40	1.24
171910--172030	14	8.4	14	71	21	74	34	7	2	55	1.41
171896--172043	35	4.3	35	75	17	159	35	8	2	54	1.41
171915--172086	22	7.9	21	78	11	154	34	8	1	55	1.40
171919--172089	65	2.6	63	80	12	188	35	8	1	54	1.40
172138--172187	16	3.0	17	70	5	57	42	18	0	40	1.50
176553--176703	63	2.4	63	97	0	284	17	22	21	39	1.93
188305--188460	66	2.4	67	82	7	189	28	25	15	31	1.96
188424--188584	63	2.6	63	97	2	306	25	22	15	36	1.94
188994--189025	14	2.2	15	94	5	57	53	0	0	46	1.00
190067--190105	20	2.0	20	84	0	51	28	5	5	61	1.39
196020--196149	62	2.0	65	91	4	212	30	13	2	53	1.52
204140--204328	40	4.8	40	90	1	274	34	26	14	24	1.94
207185--207253	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
207194--207253	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
207333--207452	21	5.8	20	85	8	143	23	35	20	21	1.96
207396--207438	22	1.9	23	90	4	70	27	30	20	20	1.98
207333--207451	63	1.9	62	86	10	170	23	34	20	21	1.97
208158--208217	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
208297--208395	21	4.7	21	73	9	85	24	34	19	22	1.96
207160--209053	943	2.0	950	93	2	3253	32	18	18	30	1.95
209759--209805	19	2.5	19	79	6	51	53	6	8	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211072--211140	30	2.2	30	82	15	86	34	5	18	40	1.75
211081--211140	29	2.0	31	90	6	97	33	6	18	41	1.76
211220--211339	21	5.7	21	84	9	156	22	35	20	21	1.96
212693--212748	27	2.1	27	100	0	112	41	25	0	33	1.56
214534--214596	4	16.0	4	74	12	51	76	1	0	22	0.88
214526--214595	16	4.5	15	77	16	56	75	1	1	21	0.96
214541--214600	22	3.0	21	77	20	67	76	3	0	20	0.92
214705--214755	4	12.8	4	84	12	61	76	1	0	21	0.88
214541--214800	37	7.1	36	68	16	115	72	3	5	19	1.18
214644--214837	44	4.4	44	78	11	146	70	3	5	20	1.22
214769--214837	22	3.2	20	71	20	59	69	4	8	17	1.31
216086--216143	28	2.1	28	86	0	80	68	0	0	31	0.89
216071--216153	31	2.7	32	83	10	93	71	0	2	26	0.99
216088--216145	18	3.5	17	73	23	52	67	0	0	32	0.91
216186--216262	37	2.1	37	87	4	111	48	7	1	42	1.40
216231--216282	23	2.2	24	89	6	79	42	5	0	51	1.25
216193--216325	61	2.1	62	85	8	173	45	8	0	45	1.33
216169--216358	99	1.9	100	83	6	251	43	6	1	47	1.39
216251--216541	38	7.7	38	77	11	249	43	8	3	45	1.49
216254--216541	76	3.8	74	79	10	282	43	8	3	45	1.50
216254--216511	76	3.4	75	82	5	299	43	8	2	46	1.47
216746--216783	20	1.9	20	94	0	67	39	10	26	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216980--217016	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
217293--217343	25	2.0	25	85	7	68	41	21	17	19	1.91
217702--217804	35	2.9	35	89	0	161	46	14	0	38	1.45
235753--235822	23	3.0	23	83	4	70	21	20	25	32	1.97
235813--235873	24	2.6	24	84	2	79	24	21	22	31	1.98
236385--236454	23	3.0	23	83	4	70	21	20	25	32	1.97
236445--236505	24	2.6	24	81	2	70	24	19	22	32	1.97
235556--236820	632	2.0	632	99	0	2503	31	12	18	37	1.88
239527--239577	27	1.9	26	91	0	75	35	5	15	43	1.71
258158--258202	21	2.1	21	95	0	81	73	4	6	15	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12