genome.fa.s250.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2850692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355703--2355817	36	3.2	36	72	4	108	44	10	17	27	1.81
2355643--2355817	72	2.4	75	83	8	200	41	12	18	27	1.86
2356958--2357494	183	2.9	183	95	0	941	31	20	20	27	1.98
2360998--2361034	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
2362126--2362165	21	2.0	20	85	5	53	70	0	10	20	1.16
2362412--2362471	11	5.9	10	74	16	52	71	0	1	26	0.95
2362408--2362466	32	1.9	32	86	10	88	74	0	1	23	0.91
2362650--2362743	48	1.9	49	83	10	122	60	2	3	34	1.24
2362719--2362761	17	2.5	18	82	17	56	65	2	4	27	1.25
2363110--2363216	37	2.9	37	84	4	126	30	14	14	41	1.85
2363708--2363750	17	2.5	18	81	11	54	51	2	0	46	1.13
2363880--2363918	16	2.2	17	82	17	53	66	2	2	28	1.18
2364257--2364708	181	2.5	182	89	2	671	28	15	12	43	1.83
2364582--2365155	112	5.1	112	93	0	925	25	14	13	45	1.82
2368206--2368634	43	10.0	43	84	0	529	35	17	23	24	1.95
2368208--2368620	171	2.4	171	87	1	576	34	17	23	24	1.96
2378059--2378083	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2379756--2379849	3	31.7	3	86	2	127	60	0	3	36	1.13
2380027--2380273	104	2.4	104	83	0	305	26	18	21	33	1.96
2380276--2380670	137	2.9	135	82	3	459	25	14	25	34	1.94
2381054--2381288	100	2.3	101	87	4	341	37	13	18	31	1.89
2381018--2381288	100	2.7	100	84	4	332	36	12	17	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383111--2383172	24	2.6	24	80	14	74	56	4	6	32	1.46
2384038--2384081	20	2.4	19	85	14	58	13	18	15	52	1.75
2389210--2389252	14	3.0	14	89	3	59	65	0	0	34	0.93
2389221--2389252	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
2392003--2392033	14	2.2	14	94	0	53	67	0	9	22	1.19
2392439--2392553	51	2.3	51	84	0	149	52	10	3	33	1.53
2392964--2393031	22	2.9	23	85	12	86	25	32	22	20	1.98
2392984--2393045	22	3.0	20	80	17	81	24	32	22	20	1.98
2393066--2393110	20	2.2	20	96	0	81	22	24	22	31	1.99
2394733--2394780	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2394790--2394836	24	2.0	24	82	0	58	51	4	14	29	1.62
2396188--2396265	21	3.7	23	79	14	80	24	32	20	23	1.98
2396188--2396417	20	11.7	19	79	12	125	21	27	22	29	1.99
2396285--2396437	40	3.8	40	93	0	243	18	25	23	32	1.97
2396285--2396421	20	6.8	20	92	0	220	18	26	24	31	1.97
2396285--2396437	20	7.7	20	90	0	216	18	25	23	32	1.97
2398927--2398961	18	1.9	18	94	0	61	17	20	34	28	1.95
2402011--2402051	17	2.4	17	95	0	73	29	17	21	31	1.96
2405742--2405800	17	3.4	17	77	15	66	0	11	22	66	1.24
2405753--2405808	17	3.2	17	94	5	94	0	10	21	67	1.20
2407929--2408451	259	2.0	259	97	1	994	39	11	12	36	1.80
2408935--2409004	31	2.3	31	82	5	79	30	24	10	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408951--2409011	31	2.0	31	93	0	104	24	24	14	36	1.93
2411268--2411308	18	2.2	20	86	8	59	48	4	4	41	1.46
2414506--2414531	11	2.4	11	100	0	52	53	11	0	34	1.37
2415320--2415345	11	2.4	11	100	0	52	53	11	0	34	1.37
2414440--2416087	830	2.0	812	96	2	3001	35	20	11	32	1.89
2417867--2417904	18	2.1	19	85	5	51	39	21	5	34	1.76
2419623--2419660	18	2.1	19	85	5	51	39	21	5	34	1.76
2420435--2420487	26	2.0	26	100	0	106	26	18	18	35	1.95
2429257--2429511	138	1.8	139	87	4	381	39	20	12	27	1.88
2435897--2436330	228	1.9	229	92	1	728	38	18	10	32	1.85
2445892--2445923	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
2447112--2447157	24	2.0	22	87	8	65	13	10	4	71	1.27
2447787--2447947	65	2.5	63	87	4	223	30	22	18	29	1.97
2447787--2447966	65	2.8	64	82	10	215	29	22	18	29	1.97
2456524--2456683	65	2.5	66	84	3	200	29	22	18	30	1.97
2456524--2456703	65	2.8	64	79	9	195	28	23	17	29	1.97
2460435--2460459	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2464419--2464483	21	3.2	18	78	20	58	76	1	1	20	0.94
2464415--2464491	14	5.5	14	77	18	63	76	1	2	19	0.97
2464433--2464483	19	2.7	19	85	8	70	76	0	1	21	0.88
2464440--2464483	5	8.8	5	80	9	54	75	0	2	22	0.92
2464532--2464559	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465650--2465710	17	3.8	16	74	10	61	83	3	0	13	0.76
2465622--2465712	30	3.0	28	80	13	76	80	4	3	12	0.98
2465655--2465712	14	4.1	14	77	4	62	82	3	0	13	0.79
2465650--2465708	8	7.2	8	72	16	50	83	3	0	13	0.78
2465622--2465709	36	2.5	35	81	5	97	80	4	3	11	0.98
2465662--2465709	13	3.4	14	86	8	62	81	4	0	14	0.84
2465637--2465694	19	3.1	19	80	19	61	81	1	3	13	0.91
2465714--2466086	37	9.9	36	80	12	310	45	5	4	44	1.47
2465714--2466114	75	5.3	75	78	13	380	45	6	4	44	1.49
2466585--2467479	84	10.7	84	81	5	882	24	18	23	33	1.97
2471346--2471390	23	2.0	24	86	8	67	75	4	2	17	1.07
2477058--2477181	25	5.0	25	93	0	194	28	22	24	25	2.00
2477438--2477496	24	2.4	26	81	18	74	55	5	1	37	1.32
2477434--2477498	23	2.7	24	84	15	73	53	4	1	40	1.31
2477688--2477857	86	2.0	86	100	0	340	28	17	22	31	1.97
2478010--2478053	6	7.2	6	89	5	70	84	0	13	2	0.73
2478007--2478053	18	2.5	19	86	6	78	82	0	12	4	0.80
2480187--2480240	27	2.0	28	92	3	92	24	11	20	44	1.83
2481192--2481264	23	3.2	23	90	1	103	32	16	23	27	1.96
2484331--2484395	27	2.4	27	77	12	78	23	9	21	46	1.80
2485281--2485338	22	2.6	23	77	5	64	32	25	24	17	1.96
2485274--2485338	29	2.2	28	79	12	69	32	26	24	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488267--2488318	23	2.3	23	80	6	61	26	15	30	26	1.96
2493729--2493795	29	2.3	30	89	7	102	38	17	22	20	1.93
2493769--2493828	23	2.6	23	89	0	84	30	18	26	25	1.98
2496496--2496553	23	2.5	23	88	5	82	29	18	29	22	1.98
2499113--2499172	23	2.6	22	77	12	59	35	25	20	20	1.96
2501995--2502063	29	2.3	30	82	7	79	39	20	23	17	1.92
2502036--2502094	23	2.6	23	86	0	73	32	18	27	22	1.97
2506352--2506394	23	2.0	21	90	9	68	58	4	0	37	1.19
2506453--2506501	2	25.5	2	91	8	84	53	0	0	46	1.00
2506589--2506802	71	3.1	71	62	18	178	21	14	19	43	1.87
2506552--2506829	137	2.0	139	97	1	533	21	15	17	44	1.86
2506863--2507130	134	2.0	134	99	0	527	34	15	21	29	1.94
2513451--2513484	16	2.1	16	94	0	59	32	17	0	50	1.47
2553725--2553984	45	5.8	44	89	1	358	40	14	20	25	1.90
2553725--2553978	89	2.8	90	88	3	370	40	14	20	24	1.90
2553725--2553984	134	1.9	135	91	0	423	40	14	20	25	1.90
2557537--2557819	45	6.3	45	89	0	386	39	14	20	25	1.90
2558628--2558662	18	2.0	17	88	5	52	37	0	0	62	0.95
2563574--2563646	24	3.2	24	64	25	66	34	9	23	32	1.87
2563560--2563646	45	1.9	45	93	4	149	34	9	22	33	1.86
2565562--2565632	3	24.0	3	77	16	60	36	0	1	61	1.05
2565585--2565635	16	3.3	15	81	8	57	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576034--2576069	6	5.8	6	93	6	63	50	0	0	50	1.00
2576009--2576069	18	3.2	19	76	9	70	47	1	3	47	1.28
2580978--2581036	21	2.8	21	85	10	68	25	16	27	30	1.97
2605010--2605180	63	2.7	63	97	0	315	40	13	15	30	1.85
2605220--2605259	18	2.3	18	91	4	64	75	5	7	12	1.18
2609035--2609112	41	1.9	41	81	0	93	35	24	8	30	1.86
2609045--2609298	41	6.2	41	77	3	226	37	18	10	33	1.84
2609045--2609300	123	2.1	123	85	1	343	38	17	10	33	1.84
2609262--2609353	41	2.2	40	83	7	105	38	17	10	33	1.85
2609275--2609381	41	2.6	41	89	0	160	35	15	15	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12