genome.fa.s250.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2850692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957334--1957708	132	2.8	130	79	5	387	32	10	15	42	1.80
1967696--1967758	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
1967698--1967779	21	3.8	21	75	15	69	21	37	24	15	1.93
1971152--1971181	15	2.0	15	100	0	60	33	33	0	33	1.58
1975364--1975509	65	2.3	64	83	3	168	28	18	22	30	1.97
1978854--1978887	17	2.0	17	100	0	68	35	11	35	17	1.87
1990137--1990212	23	3.5	22	91	5	84	30	25	25	19	1.98
1990154--1990212	23	2.6	23	100	0	118	28	23	25	22	1.99
1998255--1998293	19	2.1	19	95	0	69	53	5	12	28	1.60
1998287--1998323	19	1.9	19	88	0	56	37	8	21	32	1.83
1998441--1998477	19	2.0	19	89	5	58	29	0	16	54	1.43
2001617--2001750	20	6.6	19	80	9	133	39	23	16	20	1.92
2001628--2001850	21	10.9	20	86	2	160	42	20	17	19	1.89
2001617--2001745	60	2.1	60	86	2	177	39	24	15	20	1.91
2002223--2002296	20	3.7	20	90	1	112	20	18	16	44	1.87
2004824--2004856	14	2.2	16	89	10	52	36	6	6	51	1.51
2007450--2007532	30	2.7	30	75	14	80	45	3	14	36	1.62
2018973--2019215	85	2.9	85	86	2	283	32	16	19	31	1.94
2021706--2021758	25	2.1	25	100	0	106	58	3	15	22	1.53
2021712--2021765	25	2.2	25	93	0	90	62	3	12	20	1.45
2024023--2024066	16	2.6	17	85	7	63	45	0	6	47	1.29
2024089--2024133	20	2.2	20	84	7	56	51	4	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029839--2029949	48	2.4	46	86	5	145	38	9	20	31	1.84
2036954--2037063	48	2.4	46	83	6	134	39	9	20	31	1.83
2038931--2039084	57	2.7	57	88	0	227	38	16	11	33	1.84
2039044--2039126	42	2.0	42	90	0	130	36	19	14	30	1.91
2038987--2039183	99	2.0	99	89	2	306	37	20	11	30	1.87
2039086--2039280	57	3.4	57	93	0	336	36	20	9	33	1.85
2038931--2039217	156	1.8	156	93	0	493	36	18	11	33	1.86
2039239--2039316	40	2.0	40	97	0	147	30	19	11	38	1.87
2039827--2039921	21	4.5	21	93	0	163	26	26	12	34	1.92
2044426--2044478	21	2.3	24	75	18	67	37	9	30	22	1.86
2044432--2044476	21	2.1	21	91	0	72	35	11	28	24	1.90
2046265--2046296	13	2.5	13	94	0	55	31	37	6	25	1.81
2050682--2050754	3	24.0	3	80	13	69	36	2	2	57	1.27
2050865--2050917	15	3.6	15	76	5	54	41	30	20	7	1.80
2051527--2051569	18	2.4	18	100	0	86	27	34	18	18	1.95
2053566--2053606	18	2.3	18	95	0	73	53	19	17	9	1.70
2055958--2055991	17	2.0	17	100	0	68	17	11	17	52	1.73
2059997--2060435	99	4.4	99	92	0	736	32	14	18	33	1.92
2060559--2060656	3	33.0	3	79	13	96	37	3	1	58	1.21
2060559--2060656	23	4.3	22	78	20	103	37	3	1	58	1.21
2061159--2061209	22	2.3	22	93	0	84	25	35	21	17	1.95
2069302--2069344	19	2.3	19	88	4	61	53	16	18	11	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079948--2080294	172	2.0	172	96	3	637	42	13	9	34	1.77
2080995--2081180	93	2.0	93	94	0	327	32	12	10	44	1.77
2081995--2082372	176	2.1	177	87	6	532	45	8	3	42	1.52
2082677--2082746	26	2.7	27	76	12	65	37	0	0	62	0.95
2082807--2082839	9	3.8	9	84	8	50	36	0	0	63	0.95
2084943--2085013	24	3.0	24	87	0	106	50	18	12	18	1.77
2084945--2085013	12	5.8	12	72	6	59	50	18	13	17	1.77
2089703--2089741	19	2.1	19	90	0	60	30	0	25	43	1.55
2091397--2091687	147	2.0	148	95	4	527	34	25	14	26	1.94
2097075--2097195	54	2.3	51	77	11	125	23	27	14	33	1.94
2097506--2098807	36	35.7	37	74	13	847	23	18	23	34	1.96
2097486--2098807	73	18.2	74	74	13	886	23	18	23	34	1.96
2097863--2098797	261	3.7	258	84	7	1102	23	18	22	34	1.96
2100854--2100920	2	34.0	2	96	3	127	50	0	0	49	1.00
2103252--2103297	21	2.2	21	92	0	74	19	10	19	50	1.77
2107581--2107636	15	3.6	15	76	9	58	42	10	12	33	1.77
2107584--2107634	17	3.1	17	75	11	52	43	9	9	37	1.71
2108032--2108086	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2108072--2108170	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2108165--2108204	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2112913--2112955	17	2.6	15	80	20	50	44	20	0	34	1.52
2112913--2112956	16	2.6	18	83	16	58	45	20	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117102--2117152	22	2.3	21	80	9	57	27	17	17	37	1.93
2117111--2117164	22	2.4	23	84	6	74	29	14	16	38	1.89
2118319--2118357	21	1.9	19	85	10	51	48	2	10	38	1.51
2121396--2121473	40	2.0	40	92	5	131	26	26	21	24	1.99
2130415--2130491	39	2.0	39	92	0	127	46	14	10	28	1.77
2130458--2130526	28	2.5	28	100	0	138	42	15	11	30	1.83
2132234--2132280	13	3.5	13	80	5	58	53	12	17	17	1.73
2134990--2135054	14	4.6	14	79	7	60	50	3	16	29	1.60
2135004--2135095	30	3.1	29	73	16	80	55	2	15	27	1.52
2136807--2136860	20	2.7	20	94	0	90	29	33	16	20	1.95
2142575--2142680	24	4.6	23	82	8	128	23	25	23	27	2.00
2145322--2145359	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2145405--2145511	45	2.3	46	84	4	137	29	20	19	29	1.97
2146974--2147023	26	1.9	26	95	0	91	34	32	18	16	1.92
2147000--2147120	61	2.0	61	90	0	188	32	23	14	30	1.94
2149219--2149277	18	3.4	18	71	21	63	25	40	18	15	1.90
2149222--2149277	19	3.2	19	73	21	59	23	42	19	14	1.88
2149308--2149349	21	2.0	21	85	0	57	33	21	23	21	1.97
2149378--2149417	20	1.9	21	85	10	55	40	30	10	20	1.85
2150545--2150592	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2151962--2152020	21	2.8	21	92	5	93	18	38	22	20	1.93
2152113--2152154	21	2.0	21	90	0	66	30	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155776--2155826	26	2.0	26	92	0	84	37	27	15	19	1.92
2157635--2157672	18	2.1	18	90	9	60	15	0	28	55	1.41
2162611--2162726	60	1.9	60	83	0	151	28	16	19	35	1.94
2163146--2163204	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2172303--2172368	24	2.8	23	80	15	73	54	1	0	43	1.09
2172844--2172886	12	3.6	12	83	0	50	39	2	58	0	1.11
2172841--2172891	24	2.1	24	85	0	66	39	1	58	0	1.09
2173231--2173279	20	2.5	21	80	12	59	34	63	2	0	1.06
2173042--2173262	111	2.0	111	84	5	295	33	29	14	22	1.94
2174662--2174716	22	2.7	20	78	15	58	60	7	7	25	1.49
2176196--2176435	58	4.1	57	79	7	243	31	12	26	29	1.92
2176238--2176450	117	1.8	117	84	4	295	32	12	26	28	1.93
2177595--2178063	36	13.0	36	72	12	219	38	15	14	31	1.88
2177595--2178069	73	6.6	73	77	8	483	37	16	14	31	1.88
2181361--2181397	13	2.8	13	91	0	56	35	18	18	27	1.95
2181682--2181743	32	1.9	33	93	3	108	59	9	14	16	1.60
2181988--2182032	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2191180--2191435	46	5.8	45	84	5	326	41	7	20	30	1.80
2192603--2192650	14	3.6	14	72	16	57	41	2	33	22	1.66
2192604--2192654	25	2.0	25	100	0	102	39	3	35	21	1.72
2194227--2194305	6	13.5	6	89	5	126	82	1	16	0	0.74
2194226--2194313	12	7.6	11	85	10	90	82	1	15	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198260--2198520	46	5.8	46	88	3	370	40	7	19	31	1.79
2198260--2198520	90	2.9	92	89	4	372	40	7	19	31	1.79
2201519--2201562	20	2.2	20	87	0	61	40	0	4	54	1.21
2203146--2203395	126	2.0	124	83	8	319	39	23	11	25	1.88
2204527--2204580	21	2.6	21	96	0	99	40	22	11	25	1.87
2204592--2204631	20	2.0	20	90	5	62	25	27	30	17	1.97
2207029--2207174	15	9.5	15	83	10	179	46	0	2	50	1.17
2207029--2207200	45	3.7	45	80	13	195	45	0	3	50	1.23
2207154--2207524	32	12.4	32	69	24	213	34	0	12	53	1.41
2207177--2207219	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12