genome.fa.s250.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2850692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207029--2207229	60	3.1	65	82	10	202	44	0	4	50	1.26
2207154--2207819	54	12.1	54	71	18	450	34	0	12	53	1.40
2207231--2207273	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2207154--2207819	112	6.1	108	73	16	485	34	0	12	53	1.40
2207285--2207354	21	3.1	21	74	18	77	30	0	17	52	1.44
2207154--2207658	187	2.6	191	87	7	679	34	0	12	53	1.41
2207364--2207406	22	2.0	22	95	0	77	37	0	9	53	1.33
2207418--2207460	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2207552--2207802	32	8.7	32	78	19	259	34	0	11	53	1.38
2207575--2207631	18	3.4	18	67	18	59	31	0	14	54	1.40
2207253--2207914	220	3.0	220	83	7	826	33	0	12	53	1.41
2207616--2207680	22	3.0	22	93	4	105	38	0	9	52	1.34
2207728--2207899	80	2.2	80	98	0	335	31	0	15	52	1.43
2207862--2207904	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2207332--2207914	54	10.6	54	72	15	442	33	0	12	53	1.40
2207929--2207987	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
2215393--2215431	21	1.9	20	84	5	51	28	15	20	35	1.93
2223031--2223098	3	22.3	3	87	3	100	61	1	4	32	1.24
2223289--2224330	45	23.2	45	92	0	1694	34	19	23	23	1.97
2225001--2225101	44	2.3	44	94	3	177	36	13	15	33	1.88
2225001--2225102	22	4.7	21	96	2	159	37	13	15	33	1.87
2229408--2229451	8	5.1	9	81	10	56	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229418--2229446	15	1.9	15	100	0	58	0	10	0	89	0.48
2229408--2229451	17	2.6	17	89	7	63	0	13	0	86	0.57
2229752--2229819	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
2233591--2233682	46	2.0	47	91	2	150	30	19	13	36	1.90
2235107--2235165	22	2.9	22	83	16	67	66	3	0	30	1.08
2238199--2238341	64	2.2	63	84	9	184	29	16	23	30	1.97
2238325--2238362	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
2239601--2239670	34	2.1	32	89	5	104	21	30	14	34	1.93
2240034--2240082	21	2.3	21	92	0	80	28	20	36	14	1.92
2254956--2254998	21	2.1	20	86	4	59	34	23	20	20	1.96
2255049--2255098	21	2.4	21	96	0	91	42	28	14	16	1.86
2258425--2258459	18	2.0	18	88	5	54	25	45	14	14	1.82
2260885--2261188	155	2.0	149	94	5	529	33	12	14	40	1.83
2261927--2261993	19	3.4	19	70	29	52	25	22	16	35	1.94
2268063--2268100	20	1.9	20	88	0	58	26	26	13	34	1.93
2269675--2269717	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2269717--2269801	3	28.7	3	95	2	136	37	0	28	34	1.58
2271505--2271842	130	2.6	129	83	8	391	35	10	15	38	1.82
2281045--2281094	16	3.2	16	77	11	59	76	0	8	16	1.02
2281069--2281107	12	3.3	11	89	10	51	76	0	7	15	0.99
2282332--2282881	135	4.1	134	83	4	640	30	20	15	32	1.94
2282332--2282907	270	2.1	270	83	3	714	31	20	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282332--2282954	135	4.6	134	81	3	622	30	20	16	32	1.94
2284945--2284986	21	2.0	21	100	0	84	14	42	28	14	1.84
2288249--2288309	20	3.0	20	83	4	79	21	32	29	16	1.95
2289338--2289694	131	2.7	131	85	0	455	31	12	15	40	1.84
2291385--2291448	33	1.9	33	83	0	83	40	20	1	37	1.62
2291148--2291901	288	2.6	285	83	3	908	32	13	6	47	1.68
2291796--2292001	110	1.9	110	87	3	306	27	8	9	54	1.60
2295887--2295921	17	2.2	17	90	10	56	31	11	8	48	1.69
2296053--2296210	59	2.7	59	79	5	149	33	17	7	41	1.77
2305618--2305785	90	1.9	90	96	0	309	33	12	7	46	1.69
2307985--2308158	90	1.9	90	92	2	296	37	10	6	45	1.65
2314010--2314039	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
2320391--2320429	16	2.5	15	84	12	51	35	7	20	35	1.81
2321417--2321455	15	2.6	15	84	11	53	30	2	0	66	1.05
2322683--2322730	20	2.4	19	80	10	60	54	8	16	20	1.68
2322471--2322938	182	2.6	180	88	2	658	42	14	17	26	1.87
2325105--2325170	21	3.1	21	91	2	96	42	10	30	16	1.82
2327034--2327082	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2327338--2328045	195	3.6	199	89	6	1119	36	14	18	31	1.90
2327982--2328108	64	2.0	63	92	4	211	34	14	19	30	1.92
2328046--2328706	200	3.3	200	94	0	1157	35	14	19	31	1.92
2330170--2330233	6	10.7	6	86	0	65	39	6	32	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330187--2330237	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
2330170--2330233	12	5.3	12	90	0	83	39	6	32	21	1.79
2331438--2331842	183	2.2	182	92	2	670	33	14	17	34	1.90
2331717--2331958	117	2.1	118	92	3	398	32	14	16	37	1.88
2331551--2332139	298	2.0	299	95	2	1078	33	14	17	34	1.90
2331836--2332322	181	2.7	181	94	2	847	33	15	17	33	1.91
2332196--2332442	120	2.1	120	95	0	440	31	13	16	37	1.88
2332015--2332625	303	2.0	301	95	0	1096	33	14	16	34	1.90
2332316--2332991	183	3.7	183	93	0	1165	34	14	16	34	1.90
2331836--2333476	669	2.5	669	95	1	2949	34	14	16	34	1.90
2332865--2333107	120	2.0	120	94	0	423	31	14	15	38	1.88
2332682--2333292	303	2.0	301	93	0	1042	34	14	16	35	1.89
2332985--2333476	182	2.7	181	93	1	831	34	15	16	33	1.90
2333350--2333595	119	2.1	120	95	0	440	32	14	15	37	1.87
2332015--2333759	486	3.6	485	88	4	2329	34	14	16	34	1.90
2334492--2334687	97	2.0	97	98	2	376	32	24	18	23	1.97
2337119--2337281	87	1.9	87	89	0	254	35	14	7	41	1.75
2337193--2337253	23	2.7	23	81	0	77	34	14	6	44	1.72
2342697--2342756	23	2.7	23	86	2	86	40	5	0	55	1.22
2343479--2343847	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	20	1.96
2344728--2344752	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2347030--2347315	19	16.4	19	77	17	300	47	18	19	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347030--2347337	52	5.9	52	82	9	251	46	18	20	14	1.83
2347030--2347315	70	4.1	71	79	14	312	47	18	19	14	1.83
2347096--2347347	122	2.1	124	93	3	431	46	17	19	15	1.84
2347030--2347296	33	7.8	33	80	13	244	47	18	19	14	1.83
2347219--2347353	52	2.6	51	89	3	198	45	17	20	16	1.85
2347344--2347442	19	5.6	19	82	17	133	15	23	18	43	1.87
2347548--2347584	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2349423--2349487	18	3.4	19	87	4	78	44	27	16	10	1.81
2349478--2349533	14	3.7	14	76	17	58	46	23	19	10	1.81
2349460--2349550	32	2.8	32	91	1	146	47	21	19	10	1.80
2349423--2349555	19	7.6	19	73	19	110	45	24	18	11	1.82
2349551--2349679	19	7.3	19	72	20	109	8	17	28	45	1.77
2349551--2349641	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
2349724--2350192	91	5.1	93	94	5	830	45	19	12	21	1.84
2351901--2351997	19	5.7	18	72	22	84	42	22	24	10	1.85
2351887--2351975	14	5.7	14	72	25	72	41	23	25	8	1.83
2351879--2351992	33	3.5	33	93	1	203	44	21	24	9	1.82
2352009--2352063	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2352020--2352089	18	4.1	18	71	16	58	11	25	20	42	1.85
2352180--2352250	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2352430--2352484	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2352629--2352822	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352629--2352822	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2352815--2352891	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2352877--2352928	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2353084--2353143	13	4.7	13	74	10	52	73	1	1	23	1.01
2353407--2353450	15	2.9	15	80	6	54	65	4	4	25	1.30
2353801--2353905	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
2354448--2355077	105	6.0	105	88	3	853	21	17	26	34	1.95
2355277--2355352	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
2355252--2355572	107	3.1	105	90	4	499	35	12	21	30	1.90
2355475--2355549	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12