genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5583615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3927--3960	12	2.8	12	100	0	68	23	35	23	17	1.95
4216--4364	41	3.6	41	88	1	201	36	14	20	28	1.91
4313--4417	40	2.6	40	79	13	117	34	19	16	30	1.93
4216--4405	82	2.3	81	81	6	206	36	15	18	30	1.92
4265--4448	41	4.5	40	79	10	124	36	16	16	29	1.92
7350--7383	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
11640--11803	68	2.4	67	90	3	249	31	13	25	29	1.94
11757--11968	81	2.6	79	87	5	289	33	11	23	30	1.91
11837--12266	149	2.9	149	84	1	556	32	11	24	31	1.91
12135--12347	81	2.6	81	87	0	300	34	12	23	29	1.92
12404--12521	49	2.5	46	84	4	146	43	6	23	26	1.79
12413--12521	46	2.3	49	84	4	143	44	6	23	25	1.77
22151--22193	22	1.9	23	85	4	61	25	30	20	23	1.99
25858--26024	68	2.5	68	91	0	271	31	15	25	27	1.96
25974--26267	81	3.6	81	91	0	444	34	12	24	28	1.92
27194--27648	81	5.6	82	80	5	453	29	22	10	37	1.87
27224--27648	161	2.6	162	86	2	577	30	22	9	37	1.86
27812--28610	54	14.8	54	90	1	1163	28	20	18	32	1.96
28974--29022	19	2.6	19	93	0	80	28	22	16	32	1.95
30035--30235	81	2.5	81	85	0	267	35	11	24	27	1.91
29900--30172	149	1.8	149	81	3	343	31	12	25	30	1.93
30450--30491	17	2.5	17	100	0	84	57	0	11	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30780--30833	27	2.0	27	96	0	99	44	3	24	27	1.70
33511--33575	26	2.5	26	92	2	112	7	33	26	32	1.85
46573--46598	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
50291--50323	17	1.9	17	93	0	57	36	0	30	33	1.58
52222--52278	27	2.1	26	83	6	69	63	14	14	8	1.52
53563--53608	24	2.0	23	82	4	56	41	15	15	28	1.87
55290--55471	91	2.0	91	90	0	283	20	26	22	29	1.99
56894--56919	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
58554--58613	30	2.0	31	83	3	77	53	11	8	26	1.65
61325--61390	24	2.7	25	75	15	75	28	18	13	39	1.89
62919--62975	27	2.2	26	84	9	71	59	0	15	24	1.36
90608--90656	20	2.5	20	96	0	89	18	8	28	44	1.78
93742--93770	10	2.9	10	100	0	58	31	20	10	37	1.86
96761--96785	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
100010--100034	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
112885--113251	182	2.0	182	98	0	716	34	15	17	32	1.91
127374--127435	27	2.2	28	82	2	81	12	12	9	64	1.50
142365--142426	27	2.3	27	76	18	65	11	19	11	58	1.62
144290--144348	29	2.0	30	83	9	77	30	6	10	52	1.61
149480--149516	15	2.4	16	95	4	67	67	0	13	18	1.23
150819--150845	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
156203--156247	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156203--156244	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
163644--163781	68	2.0	68	100	0	276	23	17	32	26	1.97
165591--165637	19	2.3	20	82	14	60	63	0	12	23	1.28
165597--165636	19	2.0	20	90	4	64	62	0	15	22	1.32
166049--166088	21	2.0	21	90	5	64	45	7	12	35	1.70
170237--170291	24	2.2	26	75	18	62	5	14	18	61	1.51
176478--176502	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
179748--179780	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
181872--181939	26	2.6	26	88	0	91	30	17	32	19	1.95
183142--183193	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
187069--187118	21	2.5	21	90	6	77	48	8	12	32	1.69
197248--197304	28	2.1	26	83	6	69	8	15	15	59	1.59
198045--198087	23	1.9	22	90	4	68	69	6	4	18	1.29
203986--204042	28	2.1	26	84	12	71	10	15	14	59	1.60
221114--221159	11	4.0	12	77	8	51	71	4	10	13	1.27
221114--221156	23	1.9	22	90	4	68	69	4	11	13	1.33
232779--232828	19	2.6	19	83	0	55	38	14	6	42	1.70
237467--237533	33	2.1	33	83	13	86	17	25	0	56	1.41
238924--238953	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
244522--244564	11	3.8	11	78	3	50	13	11	2	72	1.22
244522--244568	23	2.1	21	88	7	67	12	10	4	72	1.25
244899--244941	9	4.8	9	82	5	52	86	9	4	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244916--244941	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
248345--248425	40	2.0	41	97	2	155	40	12	19	27	1.87
249603--249645	11	3.8	11	78	3	50	13	11	2	72	1.22
249603--249649	23	2.1	21	88	7	67	12	10	4	72	1.25
250822--250867	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
254916--254959	24	1.9	23	86	9	63	31	6	9	52	1.59
254916--254965	23	2.2	23	82	10	59	34	6	8	52	1.55
256950--257002	23	2.2	24	90	3	81	9	16	11	62	1.54
261374--261488	56	2.0	58	96	3	216	36	8	29	25	1.86
281662--281719	31	1.9	30	82	10	73	51	0	15	32	1.44
282025--282070	24	2.0	22	84	12	58	50	6	4	39	1.48
282608--282674	3	23.3	3	79	8	77	31	4	0	64	1.14
282609--282674	23	2.9	23	86	4	80	31	4	0	63	1.14
282608--282674	20	3.5	20	76	12	68	31	4	0	64	1.14
282837--282870	10	3.3	10	87	4	50	85	0	14	0	0.60
298551--298585	18	1.9	18	100	0	70	34	40	8	17	1.80
298881--298928	21	2.2	21	85	7	60	83	4	8	4	0.90
307565--307610	24	1.9	24	100	0	92	15	21	19	43	1.87
317216--317331	36	3.2	36	86	2	153	31	4	34	30	1.77
322923--322983	13	4.9	13	74	11	56	31	3	34	31	1.74
322904--323019	36	3.2	36	91	2	171	30	3	35	31	1.74
325568--325635	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326081--326129	24	2.1	24	84	3	64	71	6	18	4	1.23
328960--329002	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
332218--332327	35	3.1	35	81	2	130	26	34	3	35	1.74
332947--333005	16	3.6	16	79	6	57	15	18	0	66	1.26
335007--335086	35	2.2	36	91	2	126	28	3	37	30	1.75
338954--339009	24	2.4	24	79	8	71	69	10	12	7	1.36
340224--340266	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
350183--350226	22	2.0	22	100	0	88	31	36	4	27	1.77
358867--358902	17	2.1	17	89	0	54	38	0	30	30	1.58
359198--359236	6	6.3	6	88	5	60	0	15	2	82	0.79
359400--359451	18	2.9	17	74	17	52	59	0	17	23	1.37
359994--360037	21	2.2	20	88	8	63	45	2	11	40	1.53
360444--360549	35	3.0	35	83	5	133	35	3	33	26	1.75
365468--365509	20	2.0	22	90	9	70	23	21	9	45	1.81
375216--375258	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
376133--376192	13	4.8	13	75	22	58	28	1	36	33	1.67
376114--376218	36	2.9	35	88	6	149	28	3	35	32	1.75
377826--377882	26	2.2	26	93	0	96	31	33	5	29	1.80
397295--397346	9	5.6	9	77	8	50	0	5	15	78	0.92
397295--397347	10	5.5	10	86	6	65	0	5	15	79	0.91
397295--397358	29	2.2	29	85	0	92	1	6	14	78	1.02
397285--397358	38	1.9	38	86	0	103	4	5	13	77	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
409336--409745	205	2.0	204	97	2	779	43	8	28	20	1.80
420240--420281	22	1.9	22	85	0	57	35	0	21	42	1.53
430420--430492	33	2.2	33	90	0	110	12	27	41	19	1.87
438450--438586	59	2.3	59	82	2	186	28	16	24	29	1.97
438687--438808	44	2.8	45	83	10	146	37	8	23	30	1.84
440495--440523	6	4.8	6	100	0	58	17	17	34	31	1.93
441620--441718	6	16.5	6	71	14	62	76	1	17	5	1.01
441610--441662	14	3.8	13	80	9	52	81	1	13	3	0.92
441604--441683	17	4.8	17	82	11	94	77	1	16	5	1.01
441604--441717	34	3.4	34	81	13	114	76	1	17	4	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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