genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5583615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710652--2710836	69	2.8	69	83	4	218	31	16	12	39	1.86
2710823--2710983	66	2.5	65	80	8	166	29	18	13	38	1.89
2712809--2713001	96	2.0	96	100	0	386	26	23	17	32	1.97
2713141--2713175	18	2.0	17	88	5	52	11	5	20	62	1.48
2714075--2714226	76	2.0	76	100	0	304	40	15	3	39	1.66
2714498--2714561	33	1.9	33	100	0	128	53	17	9	20	1.71
2715223--2715271	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2715595--2715672	40	1.9	41	89	2	122	41	8	21	28	1.83
2715851--2715875	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2734526--2734584	19	3.0	19	87	5	82	25	16	20	37	1.93
2738821--2738863	17	2.6	18	85	10	56	51	23	0	25	1.49
2740560--2740598	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2750658--2750749	44	2.1	44	100	0	184	44	16	4	34	1.67
2755079--2755134	16	3.3	19	72	23	61	64	0	0	35	0.94
2755080--2755134	22	2.3	25	74	20	64	63	0	0	36	0.95
2755985--2756066	41	2.0	42	90	2	130	32	19	20	26	1.97
2755278--2756707	258	5.6	258	86	3	1870	35	16	15	32	1.90
2758728--2758765	18	2.0	20	85	10	53	0	13	7	78	0.94
2758732--2758813	32	2.7	30	79	9	87	6	14	2	76	1.07
2758753--2758837	40	2.0	43	76	10	88	9	15	0	75	1.04
2758772--2758840	22	3.3	21	73	15	63	13	10	0	76	1.01
2758735--2758813	29	2.8	29	86	7	108	6	13	2	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765845--2765926	21	3.9	21	78	7	76	25	35	24	14	1.94
2766282--2766321	19	2.2	18	86	4	53	62	7	2	27	1.35
2775777--2775822	13	3.7	12	88	11	74	67	0	0	32	0.91
2775955--2776778	415	2.0	415	95	0	1468	28	12	18	41	1.86
2780813--2780870	26	2.2	26	80	14	66	34	8	5	51	1.55
2781154--2781220	31	2.2	31	91	0	107	28	26	11	32	1.92
2783143--2783208	31	2.1	31	82	0	78	33	10	30	25	1.90
2783916--2783962	14	3.4	14	84	0	67	8	12	19	59	1.58
2788032--2788078	14	3.4	14	77	11	51	10	14	17	57	1.65
2789867--2789909	21	2.0	21	95	0	77	25	13	11	48	1.77
2792582--2792673	27	3.1	32	85	11	108	45	9	4	40	1.57
2795215--2795345	59	2.2	60	79	6	142	32	21	6	40	1.78
2796509--2796594	43	1.9	45	86	9	122	44	1	1	53	1.15
2796603--2796647	21	2.1	22	84	12	58	53	2	2	42	1.25
2796979--2797008	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2803743--2803783	21	2.0	21	95	0	73	21	12	19	46	1.82
2805302--2805392	43	2.1	44	84	8	116	24	19	20	35	1.96
2805661--2805724	22	3.0	21	78	15	67	67	1	0	31	1.00
2805652--2805722	29	2.4	29	80	17	85	64	1	0	33	1.02
2805677--2805724	21	2.2	22	85	10	64	68	0	0	31	0.90
2805905--2806064	20	7.8	21	68	12	91	31	25	11	31	1.92
2805986--2806084	20	4.8	20	78	10	85	32	22	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805978--2806172	40	4.8	40	80	4	140	31	22	12	33	1.92
2806085--2806203	20	6.2	19	71	13	64	29	21	10	38	1.87
2806016--2806185	40	4.2	40	79	8	148	30	22	12	34	1.91
2807110--2807165	24	2.3	24	87	0	76	25	14	16	44	1.84
2809434--2809467	12	2.8	12	90	0	59	52	14	5	26	1.64
2809733--2809786	20	2.7	20	88	0	81	46	18	14	20	1.84
2809840--2809886	20	2.3	20	88	0	67	17	17	25	40	1.90
2809851--2809894	20	2.2	20	83	0	52	18	15	20	45	1.85
2809951--2809979	15	1.9	15	100	0	58	75	10	0	13	1.04
2809950--2809982	15	2.2	15	88	0	57	78	9	0	12	0.95
2810585--2810635	21	2.4	21	83	0	66	23	13	37	25	1.92
2810638--2810678	21	2.0	21	85	0	55	34	9	34	21	1.87
2810972--2811025	21	2.6	21	81	0	63	37	29	14	18	1.91
2810986--2811081	42	2.3	43	74	5	106	33	33	11	21	1.89
2811098--2811147	21	2.4	21	79	0	64	36	34	12	18	1.87
2811262--2811359	42	2.3	42	87	0	133	19	19	31	29	1.96
2812852--2812889	20	1.9	20	94	0	67	50	21	15	13	1.78
2813524--2813565	20	2.1	20	86	0	57	33	9	30	26	1.88
2813908--2813960	23	2.3	22	75	12	52	24	1	7	66	1.28
2818974--2819025	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
2818974--2819039	32	2.1	32	85	5	89	48	0	18	33	1.48
2820362--2820418	27	2.1	28	80	9	64	49	5	1	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820362--2820418	28	2.0	28	80	12	64	49	5	1	43	1.35
2821562--2821594	16	2.1	16	94	0	57	42	0	0	57	0.98
2826568--2826609	18	2.2	19	83	8	50	57	2	2	38	1.25
2828121--2828194	37	2.0	38	94	5	134	36	9	18	35	1.84
2829419--2829499	3	27.7	3	81	18	100	69	0	0	30	0.89
2829419--2829495	26	3.0	28	80	18	103	68	0	0	31	0.90
2829418--2829499	11	7.1	11	82	14	103	69	0	0	30	0.89
2829848--2829949	42	2.5	41	72	3	96	32	21	20	25	1.98
2829620--2830524	260	3.5	256	84	4	1131	35	16	15	32	1.90
2830118--2830202	42	2.0	41	86	2	116	34	22	21	22	1.97
2830367--2830467	42	2.4	42	75	6	98	32	21	19	25	1.97
2830499--2830552	28	1.9	28	92	0	90	22	16	9	51	1.72
2839358--2839708	174	2.0	177	98	1	681	20	31	18	29	1.96
2840719--2840788	3	22.7	3	78	16	72	68	0	0	31	0.90
2840717--2840788	13	6.0	13	80	16	93	68	0	0	31	0.90
2840719--2840785	10	6.8	10	78	18	70	68	0	0	31	0.90
2840719--2840788	15	4.7	16	78	21	89	68	0	0	31	0.90
2840719--2840788	16	4.5	15	81	12	88	68	0	0	31	0.90
2849015--2849044	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
2849117--2849173	19	2.8	20	82	10	64	52	15	1	29	1.53
2849141--2849329	76	2.6	74	85	9	237	56	12	0	30	1.40
2849142--2849365	76	3.0	71	80	12	236	56	11	1	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859212--2859340	59	2.2	59	85	0	168	28	25	17	27	1.98
2867853--2867913	30	2.0	32	83	6	81	32	27	9	29	1.89
2868790--2869011	110	2.0	112	93	1	385	33	11	9	45	1.72
2879472--2879523	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2880235--2880305	13	5.6	12	79	15	72	76	1	19	2	0.99
2880229--2880297	30	2.3	29	79	18	79	76	1	18	2	0.98
2880247--2880291	8	5.9	8	82	10	58	77	0	20	2	0.87
2883443--2883494	21	2.6	19	78	6	59	38	11	3	46	1.59
2885074--2885139	28	2.3	29	82	12	75	39	4	16	39	1.69
2885411--2885470	23	2.6	23	89	0	93	15	25	28	31	1.95
2890465--2890505	14	2.8	15	82	10	50	56	4	12	26	1.56
2891239--2891274	18	2.0	18	100	0	72	11	27	33	27	1.91
2893830--2893960	64	2.0	65	98	1	255	21	13	11	53	1.71
2895012--2895049	20	2.0	20	94	5	69	50	2	0	47	1.15
2900207--2900242	6	6.0	6	93	0	63	63	0	0	36	0.94
2900208--2900246	12	3.2	12	96	0	69	64	0	0	35	0.94
2900460--2900510	18	2.8	18	73	5	50	74	0	5	19	1.02
2900495--2900549	21	2.6	21	74	8	58	70	0	5	23	1.07
2900592--2900634	18	2.4	18	88	7	61	69	0	6	23	1.12
2901596--2901632	18	2.2	16	90	9	56	72	0	5	21	1.04
2901604--2901634	14	2.3	13	94	5	53	74	0	3	22	0.96
2901660--2901734	35	2.1	36	87	4	109	44	10	4	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904520--2904588	34	2.1	32	86	5	93	23	28	15	31	1.95
2904954--2905029	21	3.7	21	91	1	109	27	15	32	23	1.95
2905201--2905260	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
2905414--2905470	30	1.9	30	96	0	105	47	19	3	29	1.66
2905402--2905478	30	2.6	30	82	12	104	49	15	5	29	1.66
2905437--2905896	229	2.0	231	99	0	906	38	16	9	36	1.81
2906804--2906851	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
2908146--2908221	21	3.7	21	94	1	127	27	18	32	21	1.96
2908283--2908315	13	2.5	13	100	0	66	24	21	39	15	1.91
2908406--2908465	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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