genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5583615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265885--2265987	36	2.9	34	79	13	111	16	6	0	75	1.06
2265930--2266025	45	2.2	46	78	17	105	12	11	2	73	1.17
2265944--2266023	40	2.0	41	85	7	110	12	10	2	75	1.15
2268854--2268931	31	2.6	31	78	9	92	53	1	0	44	1.08
2269126--2269458	150	2.2	150	85	1	443	42	11	12	34	1.78
2269126--2269458	75	4.4	75	86	0	398	42	11	12	34	1.78
2269433--2269481	23	2.1	23	92	0	80	38	16	12	32	1.86
2269613--2269648	17	2.1	17	89	0	54	52	5	2	38	1.39
2269838--2270126	106	2.7	107	82	5	318	33	12	13	40	1.83
2269979--2270430	219	2.0	220	84	4	588	31	13	13	41	1.83
2271120--2271216	5	19.2	5	74	13	58	73	3	5	18	1.16
2271122--2271203	18	4.2	18	69	22	58	74	1	6	18	1.09
2273309--2273390	36	2.4	35	86	10	107	30	12	18	39	1.87
2273542--2273651	37	3.0	37	91	0	175	39	13	20	26	1.90
2273376--2273632	103	2.5	103	81	8	308	38	13	19	28	1.89
2274420--2274517	32	3.1	31	83	4	124	35	20	13	30	1.91
2275581--2275634	27	2.0	27	82	7	65	5	14	3	75	1.12
2278704--2278749	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
2278812--2278854	20	2.2	20	86	0	59	72	2	2	23	1.08
2279313--2279507	97	2.0	97	100	0	390	34	19	22	23	1.97
2291267--2291306	15	2.5	16	88	8	55	60	0	7	32	1.25
2299252--2299294	2	22.0	2	84	13	54	48	4	0	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299240--2299287	21	2.2	22	96	3	89	47	10	0	41	1.37
2299294--2299319	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2299649--2299688	20	2.0	20	85	5	53	12	42	15	30	1.83
2299818--2299858	16	2.7	16	85	7	59	34	17	41	7	1.77
2300346--2300388	19	2.3	19	84	8	52	41	2	4	51	1.35
2300638--2300675	19	2.0	20	84	5	51	28	5	23	42	1.76
2302484--2302847	181	2.0	182	99	0	721	35	9	25	29	1.88
2311131--2311186	27	2.0	29	90	10	91	12	17	3	66	1.39
2311136--2311212	29	2.6	30	76	13	79	7	14	6	71	1.29
2318900--2318929	7	4.3	7	91	0	51	20	13	0	66	1.24
2318898--2318926	14	2.1	14	100	0	58	20	13	0	65	1.26
2322234--2322317	13	6.8	13	73	17	56	80	0	13	5	0.87
2322236--2322292	14	3.9	14	77	20	55	82	0	14	3	0.80
2322254--2322298	22	2.1	22	88	12	67	84	0	8	6	0.78
2322254--2322310	19	2.8	21	84	12	66	84	0	7	8	0.79
2322258--2322310	9	5.7	9	80	14	54	84	0	5	9	0.76
2323160--2323520	91	4.0	91	86	3	514	38	14	22	24	1.91
2323160--2323516	179	2.0	180	88	2	538	38	14	22	24	1.91
2331008--2331047	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
2331054--2331112	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
2331103--2331148	18	2.6	18	85	0	65	32	4	13	50	1.61
2334721--2334762	17	2.5	17	84	0	57	28	11	14	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334769--2334827	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
2334818--2334863	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
2338959--2339044	8	9.3	9	70	22	54	53	0	8	38	1.31
2339138--2339181	5	8.8	5	97	0	79	40	15	0	43	1.47
2342914--2343095	66	2.8	65	80	5	204	40	14	20	24	1.90
2342981--2343205	102	2.2	102	88	4	337	40	13	19	26	1.89
2343081--2343783	66	10.6	66	86	3	907	39	12	20	27	1.88
2342914--2343263	168	2.1	168	86	2	479	39	13	20	26	1.90
2342914--2343359	234	1.9	229	84	5	576	38	13	20	26	1.90
2348490--2348601	30	3.7	30	78	7	120	59	9	13	16	1.59
2351007--2351051	19	2.3	19	88	3	63	62	4	13	20	1.48
2351289--2351381	28	3.2	27	81	11	105	38	8	13	38	1.76
2351299--2351383	31	2.9	28	83	10	116	38	11	12	36	1.81
2351302--2351393	28	3.2	28	83	10	114	35	11	13	39	1.81
2352549--2352674	2	63.5	2	86	7	159	46	3	0	50	1.23
2352899--2352964	21	3.2	21	73	4	80	16	18	27	37	1.92
2352907--2352971	20	3.2	20	72	10	69	20	20	26	33	1.96
2353034--2353078	19	2.4	19	96	0	81	22	20	15	42	1.89
2353709--2353753	5	8.6	5	97	2	72	0	20	55	24	1.43
2353842--2354029	41	4.5	41	90	5	299	40	21	20	17	1.91
2353842--2353906	19	3.3	19	71	12	67	41	20	20	18	1.91
2353850--2354029	83	2.2	83	98	0	351	40	22	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353850--2354058	41	5.0	41	87	8	266	39	22	20	18	1.93
2353999--2354062	21	3.1	21	70	4	67	39	26	17	17	1.91
2354747--2354824	31	2.5	31	82	0	102	23	25	15	35	1.94
2358827--2358876	21	2.3	22	86	6	66	52	4	14	30	1.59
2359609--2359649	12	3.3	13	80	13	50	46	0	17	36	1.48
2359939--2359972	17	2.1	17	88	5	52	32	23	5	38	1.79
2360859--2360915	25	2.3	26	75	9	64	31	0	1	66	1.02
2360873--2360922	25	2.0	25	88	7	75	38	0	4	58	1.17
2361166--2361206	11	3.8	11	81	15	50	56	0	0	43	0.99
2361943--2361992	21	2.4	21	100	0	100	36	16	0	48	1.46
2366164--2366200	20	2.0	20	89	10	60	43	10	27	18	1.83
2367762--2367800	19	2.0	20	85	5	53	48	0	5	46	1.24
2371426--2371560	18	7.6	18	79	4	114	31	10	12	45	1.76
2371425--2371546	54	2.3	55	82	2	149	32	11	12	43	1.78
2371462--2371547	36	2.4	36	92	0	136	32	10	10	46	1.72
2373654--2373683	15	2.0	15	100	0	60	66	6	13	13	1.43
2375412--2375798	136	2.8	136	88	0	594	25	20	18	34	1.96
2376721--2376746	9	2.9	9	100	0	52	11	7	0	80	0.89
2393183--2393243	25	2.4	25	81	13	72	78	4	1	14	0.99
2394751--2394793	16	2.7	16	79	13	52	6	2	37	53	1.41
2396926--2396968	15	2.9	15	82	0	50	20	2	0	76	0.89
2399502--2399906	54	7.5	54	85	2	152	31	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399553--2399923	54	6.9	54	90	0	546	31	18	18	31	1.95
2400253--2400303	19	2.5	21	78	9	52	29	17	13	39	1.88
2405294--2405414	49	2.6	45	80	10	143	41	6	19	32	1.78
2407153--2407189	6	6.2	6	93	0	56	16	21	35	27	1.94
2416836--2417279	54	8.2	54	92	1	624	30	19	18	31	1.96
2424183--2424326	72	2.0	72	98	0	279	45	6	13	34	1.71
2424746--2424772	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2425182--2425208	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2425682--2425723	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
2426091--2426133	22	2.0	22	90	9	70	37	23	23	16	1.94
2426338--2426399	20	3.1	20	85	0	88	69	1	22	6	1.20
2426712--2426750	17	2.2	18	86	4	53	41	2	5	51	1.38
2431790--2431833	20	2.2	20	87	0	61	68	0	27	4	1.09
2433819--2433860	21	2.0	21	90	0	66	30	2	42	23	1.67
2434728--2434758	11	2.7	11	95	5	53	67	0	0	32	0.91
2438161--2438224	33	1.9	33	83	0	83	28	7	34	29	1.85
2446375--2446409	18	1.9	18	94	0	61	0	20	0	80	0.72
2449094--2449119	10	2.6	10	100	0	52	11	0	26	61	1.30
2449913--2450015	21	4.7	23	72	15	83	22	20	26	31	1.98
2449913--2450038	44	2.9	44	92	0	207	23	19	26	31	1.98
2451899--2451928	14	2.1	14	93	0	51	33	0	13	53	1.40
2466852--2466908	21	2.7	21	100	0	114	33	5	22	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467579--2468058	53	9.1	53	87	0	649	26	15	17	41	1.88
2467579--2468058	158	3.0	159	88	3	659	26	15	17	41	1.88
2467579--2468058	211	2.3	211	88	2	698	26	15	17	41	1.88
2470300--2470368	3	24.0	3	77	14	74	30	2	0	66	1.06
2470302--2470372	22	3.2	22	88	6	99	29	2	0	67	1.05
2470300--2470375	33	2.5	30	76	17	84	28	2	0	68	1.03
2470300--2470364	17	3.7	19	82	10	77	30	3	0	66	1.07
2471079--2471120	2	21.5	2	80	4	50	0	47	0	52	1.00
2471080--2471119	10	3.9	10	93	3	62	0	45	0	55	0.99
2471587--2471641	2	27.5	2	89	7	85	49	0	1	49	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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