genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5583615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  11  of  26  ( 3102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044220--2044309	19	4.6	20	75	10	78	32	12	20	35	1.89
2044353--2044410	20	2.9	20	79	7	73	20	12	32	34	1.90
2045430--2045543	9	13.6	8	84	14	110	10	11	0	77	1.05
2045430--2045543	17	6.8	17	76	20	107	10	11	0	77	1.05
2045430--2045518	9	10.3	9	88	9	125	11	10	0	78	0.96
2045719--2046645	258	3.6	257	86	2	1234	35	15	14	34	1.88
2046368--2046469	42	2.5	41	79	6	116	33	21	19	25	1.97
2057569--2057606	16	2.4	17	86	8	53	26	10	23	39	1.87
2076923--2076985	26	2.4	26	97	0	117	38	28	11	22	1.88
2076923--2076998	26	2.9	25	84	7	98	34	27	14	23	1.94
2077215--2077256	22	1.9	22	90	0	66	35	11	11	40	1.79
2079630--2079674	11	3.5	13	75	25	51	0	17	2	80	0.82
2079621--2079675	21	2.4	23	85	11	69	0	20	1	78	0.85
2079628--2079676	16	2.9	17	85	14	66	0	16	4	79	0.88
2082368--2082422	5	10.8	5	78	21	53	0	20	1	78	0.85
2082375--2082422	8	5.9	8	88	11	71	0	20	2	77	0.88
2083845--2083876	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
2085989--2086043	5	10.8	5	78	21	53	0	20	1	78	0.85
2085996--2086043	8	5.9	8	88	11	71	0	20	2	77	0.88
2087466--2087497	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
2087770--2088439	6	113.2	6	97	2	1277	50	0	16	33	1.46
2088664--2088717	26	2.1	26	89	0	81	35	25	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091255--2091385	46	2.9	47	86	4	169	22	20	16	41	1.90
2091376--2091630	49	5.2	49	82	0	321	30	22	13	32	1.93
2091367--2091646	98	2.9	98	90	0	443	30	22	14	33	1.93
2096750--2096800	23	2.2	23	85	0	66	50	3	3	41	1.39
2096896--2096933	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
2097095--2097181	15	5.9	15	80	2	68	36	18	3	41	1.67
2097095--2097175	30	2.7	30	84	1	101	39	17	3	39	1.67
2097110--2097175	15	4.4	15	84	0	87	40	16	4	37	1.69
2098425--2098561	46	3.0	46	84	2	168	24	19	14	40	1.89
2098550--2099021	49	9.6	49	82	0	514	30	23	13	32	1.93
2100335--2100381	13	3.6	13	79	0	58	31	23	12	31	1.92
2105287--2105320	14	2.4	14	100	0	68	44	14	0	41	1.45
2114541--2114581	17	2.4	17	91	0	73	36	17	7	39	1.77
2144130--2144227	49	2.0	49	97	0	187	40	20	9	29	1.83
2147362--2147597	112	2.1	112	88	3	348	29	17	18	34	1.94
2153853--2153922	13	5.2	14	79	6	56	20	25	15	38	1.92
2153861--2153923	13	4.8	13	80	2	63	20	23	15	39	1.91
2157047--2157093	19	2.5	19	86	3	60	59	21	0	19	1.38
2158211--2158282	37	1.9	37	86	5	101	40	11	15	33	1.82
2158254--2158488	67	3.6	65	73	12	153	35	11	20	32	1.89
2158306--2158496	65	2.9	66	80	6	199	35	12	19	31	1.90
2159260--2159916	81	8.1	81	87	2	870	30	22	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160069--2160283	56	3.9	56	94	1	353	35	17	10	36	1.83
2160617--2160660	22	2.0	21	86	4	61	27	25	13	34	1.93
2165096--2165160	13	5.0	13	86	0	85	33	18	20	27	1.96
2167359--2167419	2	30.5	2	100	0	122	0	0	49	50	1.00
2169869--2170441	81	7.1	80	85	3	679	31	22	11	33	1.90
2169938--2170387	244	1.8	244	90	0	722	33	22	10	33	1.89
2170580--2170799	56	4.0	56	91	2	322	35	19	10	34	1.86
2170580--2170799	111	2.0	110	89	2	334	35	19	10	34	1.86
2171134--2171177	22	2.0	21	83	12	54	27	22	13	36	1.92
2171213--2171283	20	3.6	19	79	5	70	28	23	15	32	1.95
2174114--2174156	21	2.0	22	86	4	61	25	0	46	27	1.53
2174840--2174919	23	3.7	22	78	6	74	20	25	30	25	1.99
2183806--2184030	113	2.0	114	91	0	371	25	19	16	38	1.93
2184517--2184556	21	1.9	21	85	10	55	47	7	25	20	1.75
2190127--2190174	7	6.9	7	87	0	51	47	31	0	20	1.50
2190134--2190173	21	1.9	21	89	0	62	50	30	0	20	1.49
2191696--2191734	16	2.4	16	100	0	78	56	20	7	15	1.63
2199337--2199396	27	2.2	27	100	0	120	21	8	25	45	1.80
2201422--2201531	42	2.6	42	89	1	177	26	5	17	50	1.67
2202347--2202377	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
2202387--2202433	15	3.1	15	74	17	51	82	8	2	6	0.90
2203502--2203569	31	2.2	31	91	0	109	25	25	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205638--2205720	29	2.9	29	80	10	91	24	14	3	57	1.53
2206271--2206311	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2208677--2208709	3	11.3	3	93	6	59	36	0	0	63	0.95
2213519--2213578	26	2.3	25	72	13	59	21	30	3	45	1.68
2218915--2218994	29	2.8	29	87	7	112	32	13	10	43	1.77
2221909--2221990	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
2223340--2223397	21	2.8	21	89	5	91	8	31	39	20	1.83
2227744--2227810	31	2.2	31	94	0	116	38	4	11	44	1.62
2228557--2228751	45	4.5	45	66	19	119	30	14	18	35	1.91
2228557--2228822	86	3.1	87	89	2	392	30	15	17	37	1.90
2228961--2229004	21	2.1	21	83	8	54	47	25	0	27	1.52
2234831--2234916	45	1.9	45	100	0	172	32	3	13	50	1.59
2237181--2237604	41	10.4	41	77	5	342	37	17	15	29	1.91
2237217--2237605	82	4.8	81	82	5	401	37	17	15	29	1.91
2239394--2239733	15	22.3	15	66	20	86	46	3	5	45	1.43
2239420--2239478	18	3.3	18	75	11	59	45	3	1	49	1.28
2239462--2239529	28	2.5	26	85	4	91	44	4	7	44	1.52
2239439--2239536	28	3.4	28	78	13	85	45	4	5	44	1.44
2239514--2239669	76	2.0	77	92	1	260	47	3	4	44	1.41
2239583--2239673	32	2.9	32	79	9	89	46	2	4	47	1.35
2239585--2239732	11	13.7	11	66	21	57	45	2	5	45	1.40
2239583--2239723	2	72.0	2	67	19	75	46	2	4	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240030--2240102	16	4.1	19	73	20	75	50	5	4	39	1.44
2240177--2240215	7	5.6	7	81	0	51	48	33	0	17	1.48
2240182--2240215	14	2.4	14	95	0	59	47	32	0	20	1.51
2241096--2241149	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
2241169--2241238	13	5.4	12	76	17	61	45	1	1	51	1.18
2241428--2241464	16	2.3	16	90	0	56	37	13	27	21	1.91
2244448--2244497	19	2.8	17	84	9	55	30	24	18	28	1.97
2246150--2246178	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
2246938--2246989	19	2.7	19	93	0	95	36	30	15	17	1.91
2246828--2247030	64	3.2	63	72	12	180	32	24	15	27	1.96
2249069--2249248	89	2.0	89	82	2	218	31	16	16	35	1.92
2252044--2252068	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2252453--2252512	31	1.9	32	82	3	77	13	10	25	51	1.71
2258124--2258174	8	6.4	8	78	14	52	37	0	0	62	0.95
2258158--2258199	21	2.0	21	86	9	59	21	4	2	71	1.16
2258262--2258308	3	15.3	3	91	4	76	34	0	0	65	0.93
2258586--2258720	54	2.5	53	79	7	155	17	9	1	71	1.19
2258611--2258662	23	2.2	23	86	10	70	19	7	0	73	1.07
2258586--2258723	17	7.8	17	70	20	54	16	9	1	72	1.18
2261380--2261630	95	2.7	95	86	6	322	31	16	18	33	1.93
2262769--2263647	84	10.5	84	84	0	1017	33	23	18	24	1.97
2265428--2265452	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265455--2265504	21	2.4	22	80	16	61	22	4	0	74	0.99
2265472--2265530	27	2.1	26	81	12	64	25	3	0	71	1.02
2265468--2265588	51	2.3	54	81	9	151	25	4	0	68	1.15
2265554--2265595	22	1.9	22	95	0	75	40	2	0	57	1.12
2265755--2265823	31	2.3	31	79	20	83	17	8	0	73	1.07
2265758--2265826	28	2.3	30	86	13	99	15	10	0	73	1.08
2265807--2266022	19	11.5	19	66	15	67	15	8	2	73	1.18
2265783--2265832	23	2.1	25	85	10	70	14	8	0	78	0.97
2265852--2265971	53	2.3	53	78	11	129	17	8	1	72	1.17
2265877--2265987	22	5.0	22	75	15	79	16	8	0	74	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26