genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5583615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1352690--1352757	35	1.9	35	85	5	93	35	17	16	30	1.92
1353516--1353575	19	3.2	19	79	9	68	30	10	35	25	1.88
1355063--1355129	31	2.2	31	100	0	134	26	22	20	29	1.99
1356869--1356912	23	1.9	23	81	9	54	45	13	11	29	1.79
1357578--1357674	51	1.9	51	82	0	122	38	21	18	21	1.94
1369226--1369271	20	2.3	20	84	0	56	13	32	54	0	1.39
1376175--1376213	18	2.2	18	85	0	51	53	7	0	38	1.30
1376765--1376823	21	2.8	21	94	0	100	32	28	22	16	1.96
1381124--1381215	21	4.4	21	73	0	85	41	21	14	22	1.89
1381130--1381215	42	2.0	42	86	0	118	40	23	12	23	1.89
1384250--1384303	28	2.0	27	83	16	69	33	3	11	51	1.55
1384699--1384761	31	2.0	31	87	6	90	25	6	65	3	1.32
1388212--1388247	18	2.0	18	88	0	54	27	27	19	25	1.99
1388715--1388786	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
1392465--1392591	51	2.5	50	79	14	127	26	27	29	16	1.97
1393608--1394080	182	2.6	181	87	3	673	42	13	16	27	1.85
1394001--1394047	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
1395296--1396677	181	7.6	182	94	1	2395	41	13	16	27	1.86
1395296--1396677	361	3.8	363	95	1	2418	41	13	16	27	1.86
1396813--1396860	23	2.1	23	88	0	69	35	14	10	39	1.80
1396813--1396975	87	1.9	87	93	0	281	34	12	10	42	1.78
1399612--1399929	134	2.4	134	80	3	361	31	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1401320--1401528	7	29.9	7	100	0	418	28	14	0	57	1.38
1401524--1401568	7	6.3	7	85	14	65	0	15	0	84	0.62
1401535--1401574	12	3.2	12	86	10	53	0	12	0	87	0.54
1406907--1407135	59	3.9	59	87	0	314	34	10	21	34	1.87
1407348--1407675	68	4.8	68	91	0	512	32	13	24	29	1.93
1407628--1408023	81	4.9	81	89	1	555	36	13	22	28	1.91
1407628--1408021	161	2.4	162	88	2	560	36	13	22	28	1.91
1418704--1418801	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
1418645--1418801	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
1418788--1418958	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
1418768--1418977	60	3.5	58	80	7	208	37	25	17	20	1.94
1418822--1418977	20	7.8	20	87	4	174	35	25	17	21	1.95
1418788--1418977	40	4.8	40	86	5	208	36	25	17	20	1.94
1419656--1419702	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
1421752--1421972	111	2.0	109	98	1	424	33	17	29	19	1.95
1422271--1422634	19	20.4	19	82	14	481	46	17	21	14	1.83
1422299--1422634	52	6.2	55	92	5	450	46	16	21	14	1.83
1422442--1422656	38	5.9	38	89	8	333	46	16	21	15	1.84
1422271--1422656	52	7.3	55	90	7	419	46	17	21	14	1.84
1422663--1422712	20	2.5	20	96	3	93	16	22	18	44	1.87
1422817--1422852	13	2.6	14	82	8	56	44	22	0	33	1.53
1424809--1424865	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1424790--1424882	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
1424753--1424887	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
1424883--1425011	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
1424883--1424974	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
1425059--1425520	93	5.0	93	96	2	862	46	18	12	21	1.83
1427232--1427272	19	2.2	18	95	4	73	43	24	19	12	1.85
1427452--1427506	22	2.5	22	72	0	56	23	16	36	23	1.94
1427655--1427848	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
1427655--1427848	60	3.2	60	83	0	244	19	20	24	35	1.95
1428622--1428714	32	2.8	32	85	10	118	54	2	1	41	1.19
1428627--1428725	35	3.0	31	81	13	103	52	2	1	44	1.19
1429032--1429075	21	2.0	21	82	8	52	43	0	0	56	0.99
1429214--1429245	14	2.2	15	94	5	57	40	0	3	56	1.15
1429203--1429253	20	2.5	21	71	6	52	47	0	1	50	1.12
1429238--1429302	27	2.3	27	80	15	78	55	0	1	43	1.09
1434669--1434699	12	2.6	12	94	0	53	48	22	9	19	1.78
1434758--1434797	21	1.9	21	94	0	71	27	22	22	27	1.99
1435462--1435539	31	2.5	31	93	0	138	44	21	15	17	1.86
1439868--1439900	14	2.3	15	89	5	50	24	18	0	57	1.40
1441759--1441804	22	2.1	22	87	0	65	28	10	45	15	1.79
1443171--1443210	19	2.1	19	100	0	80	35	25	10	30	1.88
1446151--1446388	20	10.6	20	71	20	143	22	24	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1446125--1446276	46	3.3	46	86	5	218	23	23	9	43	1.83
1446198--1446342	66	2.2	66	93	0	245	22	26	9	42	1.84
1446263--1446401	46	3.0	46	91	0	224	23	23	11	41	1.87
1446613--1446651	20	2.0	19	85	5	51	46	10	7	35	1.67
1448613--1448741	59	2.2	59	87	0	177	27	17	25	29	1.97
1448800--1448841	20	2.1	20	90	0	66	16	9	26	47	1.77
1448889--1448963	21	3.5	20	66	24	53	36	6	22	34	1.81
1448864--1448982	45	2.6	45	100	0	238	34	9	22	33	1.86
1455580--1455723	20	6.6	20	72	17	108	21	24	9	45	1.80
1455553--1455676	66	1.9	66	89	0	194	20	25	8	44	1.81
1455607--1455741	46	3.0	46	86	1	182	22	20	9	47	1.79
1455500--1455704	26	8.5	26	74	14	142	23	22	9	44	1.82
1456161--1456343	95	1.9	94	88	3	278	24	22	16	37	1.94
1456312--1456363	20	2.6	20	100	0	104	25	17	17	40	1.90
1457308--1457350	23	1.9	23	86	13	63	62	6	0	30	1.21
1458712--1458821	3	38.7	3	77	17	119	66	0	1	31	1.02
1458713--1458821	11	10.4	11	80	14	106	66	0	1	31	1.02
1458713--1458821	8	15.0	7	70	24	59	66	0	1	31	1.02
1458724--1458832	30	3.5	33	75	10	72	66	0	1	32	1.03
1458719--1458836	51	2.3	49	83	13	134	67	0	1	30	1.00
1459072--1459112	17	2.4	17	100	0	82	19	24	4	51	1.66
1459223--1459599	122	3.2	121	87	8	480	26	17	15	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459557--1459690	70	1.9	69	92	1	223	22	24	11	41	1.86
1459876--1459938	22	2.9	22	90	0	90	34	14	12	38	1.84
1460278--1460323	20	2.3	20	96	0	83	28	23	17	30	1.97
1460579--1460616	18	2.1	18	90	0	58	57	5	5	31	1.43
1460964--1461022	15	3.7	16	82	15	61	10	13	0	76	1.02
1460981--1461022	15	2.9	14	89	10	66	9	11	0	78	0.96
1460979--1461034	22	2.6	21	82	5	67	12	10	0	76	1.01
1467913--1467944	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
1469453--1469775	161	2.0	162	99	0	639	30	26	16	26	1.97
1470336--1470368	16	2.1	16	88	11	50	81	6	6	6	0.97
1470532--1470928	197	2.0	199	99	1	780	25	21	19	33	1.97
1471199--1471256	28	2.1	28	87	6	84	60	0	5	34	1.19
1471171--1471256	29	3.1	27	80	11	77	66	1	3	29	1.16
1472136--1472178	23	1.9	23	86	13	63	65	6	0	27	1.18
1473529--1473629	3	35.0	3	80	11	113	64	0	2	32	1.09
1474499--1474564	3	22.0	3	93	0	114	36	0	0	63	0.95
1476143--1476182	20	2.0	21	95	5	73	25	15	22	37	1.93
1480344--1480397	27	2.0	27	92	0	90	31	5	16	46	1.70
1480513--1480546	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1482990--1483039	24	2.1	24	88	7	75	60	14	2	24	1.45
1490894--1490937	21	2.1	21	86	0	61	22	18	29	29	1.97
1493165--1493214	24	2.1	24	85	7	66	60	16	2	22	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504464--1504535	22	3.0	25	75	21	80	15	19	0	65	1.28
1508338--1508371	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
1516410--1516659	43	5.8	43	91	1	376	35	25	21	17	1.95
1516410--1516659	87	2.9	86	89	3	376	35	25	21	17	1.95
1516411--1516659	130	1.9	131	90	2	394	35	25	21	17	1.95
1519408--1519447	19	2.2	19	90	4	64	15	20	47	17	1.83
1519424--1519451	14	2.0	14	100	0	56	28	14	42	14	1.84
1521358--1521609	43	5.8	43	87	1	326	34	24	22	18	1.96
1521395--1521608	87	2.5	86	88	4	313	35	25	21	17	1.95
1521359--1521609	130	1.9	131	86	2	353	35	24	21	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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