genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000778_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3165331

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--17908	7	2600.9	7	95	3	33026	42	43	0	14	1.46
17905--18206	7	44.9	7	82	12	177	13	63	21	0	1.36
17905--18213	20	15.3	20	76	16	230	13	63	22	0	1.36
18044--18260	7	31.3	7	79	13	166	13	63	21	2	1.41
17913--18260	20	17.1	21	76	16	194	13	62	22	1	1.39
21781--21814	13	2.6	13	85	0	50	44	17	20	17	1.87
24556--24597	17	2.6	17	88	7	61	33	11	21	33	1.90
24752--24792	22	2.0	21	85	9	57	21	24	26	26	2.00
25787--25926	70	2.0	70	97	0	262	42	17	12	27	1.84
29272--29296	9	2.8	9	100	0	50	20	36	0	44	1.52
34658--34694	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
47749--47823	31	2.3	32	84	4	89	22	6	5	65	1.37
48002--48032	8	3.8	8	91	8	53	32	0	0	67	0.91
48004--48035	9	3.7	9	91	8	57	34	0	0	65	0.93
48002--48035	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
47838--48660	241	3.4	242	93	3	1382	39	8	6	45	1.60
51590--51638	18	2.7	18	90	0	80	20	24	28	26	1.99
51819--51865	19	2.5	19	92	0	76	51	10	12	25	1.72
52725--52749	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
53160--53254	31	3.1	31	81	3	111	35	21	16	26	1.94
57785--57885	31	3.2	31	85	4	123	35	18	15	29	1.93
58439--58476	17	2.2	17	100	0	76	23	23	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58868--58929	30	2.0	31	81	3	72	37	25	17	19	1.94
58887--58981	31	3.1	31	81	3	111	35	21	16	26	1.94
62201--62234	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
71855--71879	12	2.1	12	100	0	50	20	24	32	24	1.98
72380--72410	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
79124--79586	124	3.8	124	89	2	657	30	24	19	24	1.98
79596--80316	84	8.6	83	86	3	807	32	24	19	24	1.98
81175--81220	21	2.2	21	84	7	58	17	13	43	26	1.85
81246--81298	21	2.5	21	84	0	61	22	11	45	20	1.83
81781--81825	23	1.9	23	90	4	72	8	6	0	84	0.78
81928--81962	6	5.7	6	96	3	61	31	0	0	68	0.90
89073--89290	103	2.1	103	95	0	391	26	13	23	37	1.91
89306--89374	23	3.0	23	79	8	77	23	26	23	27	2.00
92960--93085	56	2.3	55	83	4	155	15	11	31	42	1.81
96143--96212	2	36.5	2	73	18	60	40	0	4	55	1.19
96249--96299	18	2.8	18	83	13	61	15	7	1	74	1.13
96257--96300	14	3.2	13	87	9	61	18	6	0	75	1.02
100341--100588	95	2.7	95	80	11	290	31	17	18	32	1.94
101957--102074	36	3.3	35	78	4	121	29	20	10	39	1.85
102059--102132	29	2.6	29	91	0	112	33	18	8	39	1.81
101924--102267	164	2.1	164	94	0	607	29	19	9	41	1.84
102088--102364	65	4.2	65	76	11	247	27	19	10	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102116--102238	36	3.5	36	82	4	151	26	18	11	43	1.84
101958--102459	164	3.0	169	83	7	523	28	19	10	41	1.84
102369--102502	68	1.9	70	83	5	175	29	19	11	39	1.87
104253--104316	20	3.3	19	77	14	60	25	4	3	67	1.25
104308--104380	2	37.5	2	76	15	64	39	0	5	54	1.23
104401--104439	18	2.2	18	86	9	53	15	10	0	74	1.07
112142--112192	19	2.7	19	96	0	93	25	29	21	23	1.99
112324--112376	20	2.7	20	100	0	106	20	30	20	28	1.98
112928--112972	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
112982--113069	33	2.6	33	92	1	149	11	25	22	40	1.87
113034--113094	20	3.1	19	84	9	77	13	22	18	45	1.83
115239--115389	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
115187--115389	42	4.8	42	80	2	203	22	36	18	22	1.95
115184--115359	84	2.1	84	100	0	352	21	38	17	23	1.93
115184--115389	84	2.5	84	92	1	297	21	36	18	22	1.95
116747--116782	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
116939--117050	33	3.4	32	85	9	163	15	23	19	41	1.89
116959--117050	19	5.4	19	66	24	78	16	20	19	43	1.88
119342--119378	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
119553--119606	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
120389--120440	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
120710--120772	20	3.2	20	68	8	65	39	22	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120791--120861	33	2.2	33	81	0	79	21	19	19	39	1.93
120804--120862	14	3.8	16	76	24	63	13	22	18	45	1.84
120989--121025	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
122891--122958	20	3.5	20	77	2	75	39	22	22	16	1.92
122934--123021	14	5.2	18	63	26	50	48	20	18	12	1.80
122947--123037	14	5.9	14	74	20	83	48	23	17	10	1.79
122934--123042	33	3.3	33	96	1	193	48	22	18	11	1.79
123073--123128	14	3.7	14	76	17	58	12	14	21	51	1.74
123052--123144	32	2.8	33	90	3	152	13	18	20	47	1.82
123129--123172	20	2.2	20	88	4	63	18	22	20	38	1.93
123665--123709	18	2.5	18	92	0	72	15	15	42	26	1.87
125004--125062	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
125306--125349	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
125517--125631	20	5.7	20	79	9	99	23	18	25	33	1.97
125558--125652	41	2.3	41	81	3	111	20	21	24	34	1.96
130353--130392	17	2.3	18	87	12	57	52	0	0	47	1.00
139880--139939	31	1.9	31	93	0	102	28	28	10	33	1.89
157237--157304	30	2.3	30	84	0	82	42	19	5	32	1.75
164408--164456	8	5.8	8	81	13	53	75	0	16	8	1.03
165479--165725	135	1.8	134	86	4	354	26	30	17	25	1.97
165627--165741	43	2.8	40	73	7	115	23	33	18	25	1.97
165900--165949	3	16.3	3	84	12	66	34	2	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165889--165948	22	2.7	22	87	10	79	31	3	0	65	1.09
169461--169505	23	2.0	22	82	4	54	60	0	0	40	0.97
178733--178761	13	2.1	14	93	6	51	31	0	27	41	1.56
182480--183798	4	336.5	4	93	5	2290	24	0	25	49	1.52
191170--191212	15	2.8	15	92	3	68	48	4	4	41	1.44
195118--195148	6	5.0	6	92	7	53	16	16	16	51	1.77
195118--195148	13	2.5	12	94	5	53	16	16	16	51	1.77
197176--197219	20	2.2	20	83	4	52	34	6	13	45	1.70
202493--202780	56	5.2	56	73	8	257	30	21	17	30	1.96
202528--202869	54	6.3	54	73	6	233	28	20	17	33	1.95
202495--202807	110	2.9	110	86	1	423	29	21	17	31	1.96
209015--209072	24	2.4	24	82	8	64	41	22	8	27	1.83
211480--211552	31	2.4	31	90	0	119	35	19	21	23	1.96
215575--215631	29	2.0	29	86	6	80	21	33	33	12	1.90
215647--215824	89	2.0	89	94	0	311	20	34	20	24	1.96
215863--215947	29	2.9	29	82	0	98	15	28	38	17	1.90
216935--216972	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
217275--217722	149	3.0	150	97	1	830	29	14	20	35	1.92
217689--217734	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
223831--223932	44	2.3	44	84	3	125	33	20	17	28	1.96
224561--224606	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
224147--224594	149	3.0	150	97	1	848	28	14	20	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226080--226126	23	2.0	23	95	0	85	40	14	12	31	1.84
237860--238033	20	8.6	20	83	5	217	34	26	19	19	1.96
237860--238033	60	2.9	60	85	0	249	34	26	19	19	1.96
238414--238484	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
238564--238639	20	3.8	20	79	8	91	44	17	25	13	1.84
238563--238639	40	1.9	41	94	2	138	44	16	25	12	1.84
238564--238668	20	5.6	19	69	21	78	44	18	24	12	1.84
238564--238638	21	3.7	21	80	7	100	45	17	25	12	1.82
238623--238679	14	3.7	14	70	20	51	43	21	24	10	1.83
238615--238695	33	2.5	33	91	0	135	46	20	22	9	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15