genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000778_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3165331

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703839--2704012	2	86.0	2	65	17	56	47	5	2	44	1.40
2704020--2704067	22	2.2	22	85	7	62	43	10	8	37	1.69
2704051--2704100	22	2.3	22	82	6	57	38	6	10	46	1.62
2704074--2704098	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
2704062--2704113	22	2.4	22	93	0	86	36	3	9	50	1.54
2704074--2704150	11	7.1	12	71	28	50	37	1	10	50	1.45
2704136--2704192	30	2.0	28	82	6	69	45	8	1	43	1.45
2704329--2704408	11	7.5	11	86	12	114	45	1	1	52	1.16
2704349--2704429	31	2.5	31	71	11	65	44	3	2	49	1.33
2704478--2704619	2	71.0	2	71	18	91	47	2	2	47	1.31
2704329--2704614	22	13.2	22	70	18	154	44	3	4	47	1.41
2704489--2704615	9	13.8	9	69	21	68	48	3	2	46	1.31
2704227--2704619	11	36.1	11	65	19	94	45	3	4	46	1.40
2704715--2705407	208	3.3	214	90	3	1064	28	11	8	50	1.69
2713602--2713677	38	2.0	38	100	0	152	18	10	28	42	1.83
2713603--2713665	20	3.2	20	67	24	62	17	11	30	41	1.84
2714673--2714772	51	2.0	51	80	7	114	48	9	5	38	1.57
2724135--2724167	16	1.9	18	88	11	52	66	3	0	30	1.06
2724326--2724365	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2724908--2724990	15	5.5	15	75	2	76	45	6	4	43	1.49
2725984--2726061	38	2.1	38	97	0	147	28	37	16	17	1.92
2728104--2728307	108	1.9	106	80	9	236	22	20	16	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746235--2746326	21	4.1	24	74	12	81	35	26	20	17	1.95
2751519--2751551	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
2758134--2758193	15	3.9	15	70	21	52	65	0	15	20	1.28
2759361--2759792	116	3.7	116	82	4	494	34	15	21	27	1.94
2759361--2759792	232	1.9	232	83	3	566	34	15	21	27	1.94
2771260--2771295	18	1.9	19	94	5	65	36	38	0	25	1.56
2776337--2776427	19	4.7	20	83	8	116	36	24	10	28	1.89
2776583--2776620	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
2777361--2777414	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2779673--2779708	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2779904--2779967	20	3.2	20	79	0	83	35	21	20	21	1.96
2780034--2780118	20	4.2	20	80	0	98	24	20	21	34	1.97
2780222--2780324	27	3.6	27	73	15	100	46	19	1	32	1.61
2780173--2780324	58	2.5	60	89	7	218	49	17	2	30	1.61
2781681--2781799	21	5.7	21	83	3	132	21	18	36	22	1.95
2781681--2781803	42	2.9	41	86	4	174	21	18	37	21	1.94
2784217--2784341	31	4.0	31	73	5	99	29	17	20	32	1.96
2784328--2784399	30	2.4	30	90	0	108	25	20	23	30	1.99
2786756--2786828	20	3.7	20	84	0	101	47	19	19	13	1.82
2787359--2787442	20	4.2	20	93	0	150	16	13	23	46	1.82
2787434--2787495	21	3.0	21	95	0	106	41	16	20	20	1.90
2787510--2787584	19	3.8	19	71	10	62	21	13	32	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788980--2789043	26	2.4	27	87	7	87	34	3	3	59	1.29
2789551--2789594	21	2.1	21	82	0	52	29	9	20	40	1.83
2794489--2794530	21	2.0	22	85	4	59	45	33	4	16	1.69
2797759--2797796	18	2.1	18	95	0	67	36	26	13	23	1.91
2802555--2802591	18	2.0	19	89	5	58	51	35	10	2	1.51
2804963--2805048	43	2.0	43	97	0	163	40	20	8	30	1.82
2808479--2808516	17	2.2	17	95	0	67	13	23	44	18	1.85
2808473--2808518	22	2.0	23	88	12	69	13	23	45	17	1.83
2808524--2808582	19	3.1	19	92	7	93	27	30	25	16	1.97
2808522--2808581	10	6.3	9	81	9	66	26	30	28	15	1.96
2815783--2815832	5	9.8	5	79	12	57	4	22	52	22	1.64
2815778--2815833	17	3.2	17	78	9	67	8	23	46	21	1.79
2815799--2815829	9	3.3	9	91	8	53	0	22	54	22	1.44
2815783--2815832	14	3.3	15	83	8	57	4	22	52	22	1.64
2815782--2815841	19	3.3	19	81	4	79	6	23	48	21	1.74
2831268--2831310	22	2.0	22	85	0	59	39	30	9	20	1.84
2833297--2833341	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
2834932--2834956	12	2.1	12	100	0	50	16	28	16	40	1.89
2835228--2835310	3	27.0	3	85	4	103	39	0	0	60	0.97
2835333--2835370	20	1.9	20	84	10	51	31	21	21	26	1.98
2838091--2838142	24	2.3	22	90	6	77	28	0	1	69	0.99
2838091--2838134	11	3.8	11	82	11	61	31	0	2	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844673--2844896	114	2.0	114	94	0	394	33	16	20	29	1.95
2847541--2847595	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
2848276--2849057	75	10.4	75	95	1	1341	22	20	21	35	1.96
2849005--2849106	45	2.3	45	89	3	161	23	18	20	37	1.94
2849241--2849311	3	23.0	3	82	5	79	40	0	0	59	0.98
2857336--2858952	288	5.7	286	78	6	1488	28	15	19	36	1.92
2858322--2858373	18	2.8	19	72	21	56	36	7	3	51	1.49
2857352--2858952	563	2.8	560	80	6	1642	28	15	19	36	1.92
2858611--2858661	18	2.7	19	74	14	52	35	9	1	52	1.46
2858802--2859472	268	2.6	255	80	9	711	31	15	16	36	1.90
2859417--2859468	18	2.8	19	75	16	63	34	9	3	51	1.53
2859698--2859748	18	2.7	20	75	19	56	37	9	1	50	1.47
2860485--2860933	20	22.2	20	82	12	496	41	23	19	15	1.90
2861029--2861073	6	7.5	6	100	0	90	33	51	15	0	1.44
2861421--2861531	6	18.5	6	100	0	222	0	16	50	33	1.45
2861627--2861914	20	14.2	20	77	13	261	15	19	22	42	1.89
2864538--2864579	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2864693--2864769	20	4.1	20	75	21	94	15	28	36	19	1.92
2867567--2867652	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
2867621--2867663	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
2867786--2867819	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
2868287--2868534	130	1.9	130	93	0	424	36	13	14	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869441--2869504	31	2.1	31	87	0	92	26	12	9	51	1.70
2870307--2870378	16	4.4	16	86	8	92	66	1	0	31	1.00
2870302--2870366	33	2.0	32	90	3	103	64	1	1	32	1.12
2870319--2870402	29	2.9	29	82	8	100	63	0	0	36	0.95
2870307--2870375	33	2.1	33	86	8	95	68	1	0	30	0.99
2870770--2870835	20	3.4	19	70	14	53	25	0	6	68	1.13
2873488--2873644	64	2.5	64	83	6	176	28	19	19	32	1.97
2875820--2875870	23	2.2	23	86	6	68	39	0	0	60	0.97
2875806--2875876	17	4.1	17	79	13	74	38	2	0	59	1.12
2876495--2876547	25	2.2	25	82	3	63	62	3	0	33	1.13
2880238--2880262	12	2.1	12	100	0	50	40	32	12	16	1.84
2885273--2885315	13	3.3	13	83	6	52	81	6	9	2	0.95
2891333--2891397	31	2.1	30	82	5	76	49	9	3	38	1.51
2892042--2892144	4	24.5	4	70	13	55	63	2	4	29	1.30
2892042--2892123	34	2.4	34	85	0	110	62	3	6	28	1.36
2892071--2892137	18	3.8	18	78	7	75	62	2	7	26	1.36
2897211--2897294	24	3.5	24	80	3	98	25	15	23	35	1.94
2897372--2897445	35	2.1	35	92	0	121	12	28	27	32	1.92
2902770--2902840	23	3.0	23	79	2	88	26	16	22	33	1.96
2902772--2902845	24	3.1	24	84	1	105	25	16	22	35	1.95
2902924--2902997	35	2.1	35	92	0	121	14	25	27	32	1.95
2908075--2908112	20	1.9	20	100	0	76	23	21	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2908075--2908132	20	2.7	20	86	10	71	25	20	20	32	1.97
2908120--2908260	64	2.2	63	82	9	171	26	23	17	32	1.97
2911749--2911800	18	2.9	18	91	0	86	11	44	0	44	1.40
2919251--2919342	20	4.6	20	69	8	69	30	8	22	38	1.85
2919582--2919632	20	2.5	20	96	0	93	31	11	29	27	1.92
2920616--2920657	21	2.0	22	86	13	61	54	2	0	42	1.13
2921107--2921174	3	22.7	3	93	0	118	67	0	1	30	0.99
2921906--2922073	89	1.9	89	86	4	241	26	5	15	52	1.64
2930670--2930716	21	2.3	20	85	7	60	38	14	6	40	1.72
2939224--2939260	18	2.1	18	90	5	58	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15