genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000778_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3165331

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337810--2337877	22	3.0	22	97	2	127	26	27	26	19	1.99
2338097--2338156	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
2338171--2338241	29	2.5	28	93	2	115	38	12	9	39	1.77
2338543--2338579	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
2338544--2338715	68	2.6	66	86	6	229	18	26	27	27	1.98
2342275--2342350	15	5.3	15	72	15	70	53	2	1	42	1.23
2342274--2342361	42	2.1	41	95	4	167	51	4	2	42	1.35
2342623--2342688	31	2.1	32	94	2	116	25	19	22	31	1.98
2349547--2349589	21	2.0	21	100	0	86	18	18	13	48	1.80
2350189--2350511	154	2.1	154	90	1	511	16	22	24	36	1.94
2356467--2356506	20	2.0	20	95	0	71	32	27	15	25	1.95
2362406--2362508	37	2.8	37	98	0	197	13	19	21	45	1.84
2368419--2368501	39	2.2	37	89	8	123	32	21	20	25	1.98
2369053--2369084	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2370537--2370608	36	2.0	37	81	10	87	47	4	2	45	1.36
2375687--2375731	22	2.0	22	91	8	74	31	0	13	55	1.38
2388969--2389016	8	6.0	8	95	0	69	50	35	0	14	1.44
2388980--2389016	4	9.2	4	87	0	56	51	29	0	18	1.47
2390984--2391013	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2392911--2392979	21	3.4	21	72	8	61	14	10	14	60	1.58
2395050--2395116	33	2.0	33	94	0	116	40	10	25	23	1.86
2401608--2401647	20	2.0	20	85	0	53	20	32	7	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402867--2402905	19	2.0	20	95	5	71	17	20	25	35	1.95
2402867--2402912	10	4.5	11	82	17	64	17	21	28	32	1.96
2402868--2402922	9	5.6	10	81	12	69	14	21	30	32	1.93
2402926--2403007	13	6.3	13	72	25	59	17	46	23	13	1.83
2402925--2403001	17	4.4	18	93	3	131	16	48	23	11	1.79
2403037--2403105	29	2.3	30	85	2	95	28	5	23	42	1.77
2403807--2403875	24	2.9	24	73	0	66	24	11	18	44	1.83
2410092--2410147	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
2410092--2410140	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
2410093--2410147	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
2410151--2410232	13	6.3	13	72	25	59	17	46	23	13	1.83
2410150--2410226	17	4.4	18	93	3	131	16	48	23	11	1.79
2410262--2410317	29	2.0	29	85	3	78	32	5	21	41	1.76
2411033--2411101	24	2.9	24	73	0	66	24	11	18	44	1.83
2418038--2418113	11	6.5	11	68	25	50	63	3	3	28	1.30
2419430--2419494	3	22.0	3	96	3	123	66	0	0	33	0.92
2419626--2420645	76	13.4	76	97	0	1869	34	22	21	20	1.96
2421321--2421376	23	2.5	22	80	5	67	35	12	14	37	1.84
2423704--2424134	114	3.8	114	93	1	704	34	22	13	30	1.92
2424037--2424317	94	3.0	93	90	2	431	37	21	13	27	1.91
2426597--2426629	15	2.2	15	89	10	50	0	18	0	81	0.68
2426923--2426988	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429219--2429257	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
2432458--2432533	11	6.5	11	68	25	50	63	3	3	28	1.30
2433850--2433905	3	18.0	3	81	7	67	60	0	0	39	0.97
2433850--2433903	15	3.7	15	90	7	76	59	0	0	40	0.98
2435323--2435367	20	2.2	20	84	4	54	48	6	17	26	1.72
2435158--2435407	83	3.0	83	84	1	351	42	10	13	33	1.78
2436356--2436418	23	2.7	23	95	0	108	25	17	17	39	1.91
2437211--2437242	2	15.5	2	93	6	55	50	3	0	46	1.17
2439142--2439195	20	2.7	20	97	0	99	22	38	14	24	1.91
2443545--2443582	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
2448810--2448849	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2450801--2450833	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
2453437--2453519	39	2.1	39	88	4	123	37	21	22	18	1.94
2453695--2453719	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2456041--2456084	16	2.8	17	80	13	58	27	0	4	68	1.09
2458097--2458198	39	2.6	38	81	6	105	23	23	17	35	1.95
2459126--2459711	293	2.0	293	96	0	1091	27	11	26	33	1.91
2482194--2482243	24	2.1	24	100	0	100	28	22	12	38	1.89
2482187--2482241	24	2.2	25	93	6	94	32	20	10	36	1.87
2482966--2483542	180	3.4	166	82	8	476	23	19	13	43	1.86
2483288--2483605	60	5.4	58	72	14	213	23	17	15	42	1.88
2483232--2483484	60	4.2	61	71	14	200	23	17	14	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483092--2483612	180	3.0	180	90	5	766	23	18	13	43	1.86
2483332--2483673	60	5.7	60	71	16	181	22	17	14	45	1.85
2487269--2487654	158	2.4	157	82	7	449	51	6	15	26	1.68
2490955--2491070	21	5.6	21	69	10	60	33	27	17	21	1.96
2491058--2491209	20	7.6	20	84	2	189	33	26	19	20	1.97
2491589--2491659	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2491739--2491812	21	3.5	20	80	8	94	47	17	20	14	1.83
2491835--2491947	19	6.1	19	78	14	94	11	24	18	45	1.83
2491884--2491947	20	3.2	20	82	6	85	10	26	15	46	1.79
2491883--2491938	21	2.8	20	86	5	76	12	26	17	42	1.85
2493629--2494037	93	4.4	93	99	0	800	22	13	18	45	1.84
2494153--2494209	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
2494167--2494258	19	5.4	18	71	24	65	47	27	17	7	1.74
2494135--2494258	33	3.7	33	90	1	176	46	26	17	8	1.77
2494184--2494242	14	3.9	14	76	20	64	49	27	16	6	1.71
2494254--2494393	19	7.6	19	80	8	146	10	19	25	45	1.81
2496314--2496349	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2496440--2496527	19	4.8	19	82	14	123	47	15	22	13	1.81
2496440--2496546	53	2.0	53	98	1	207	45	16	24	13	1.83
2496560--2496753	33	5.6	33	72	15	151	13	21	16	48	1.80
2496594--2496753	53	3.0	53	93	0	259	13	20	16	49	1.79
2496542--2496706	86	1.9	86	94	0	294	13	22	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496554--2496753	86	2.3	84	85	10	237	13	22	16	48	1.81
2499051--2499075	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2499250--2499296	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2499989--2500217	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
2509060--2509130	19	3.7	19	96	3	133	21	35	21	22	1.96
2509755--2509826	37	1.9	38	91	2	119	50	0	1	48	1.09
2510116--2510143	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2511450--2511501	21	2.8	18	83	13	61	59	1	1	36	1.19
2517508--2517554	18	2.6	18	86	3	67	46	12	17	23	1.82
2519346--2519456	44	2.5	44	79	0	123	38	18	17	25	1.92
2521486--2521527	22	2.0	21	85	4	57	69	4	11	14	1.34
2528396--2528511	38	3.0	37	83	6	151	45	2	6	44	1.44
2531250--2531297	21	2.3	20	82	10	60	72	2	0	25	0.95
2531357--2531383	10	2.7	10	100	0	54	11	29	22	37	1.89
2532279--2532344	27	2.6	25	79	11	73	53	7	1	37	1.39
2546203--2546301	50	2.0	50	97	0	189	55	19	7	18	1.65
2553176--2553246	30	2.3	31	81	13	76	25	16	11	46	1.80
2554100--2554153	19	2.8	20	81	10	67	29	12	12	44	1.80
2555090--2555133	21	2.1	21	87	4	63	36	13	20	29	1.91
2556108--2556207	31	3.3	31	84	4	132	54	14	11	21	1.70
2556580--2556627	13	3.4	15	75	16	57	20	4	8	66	1.35
2556580--2556637	27	2.1	27	96	0	107	18	3	10	67	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557339--2557388	24	2.1	24	85	3	66	52	4	0	44	1.20
2558242--2558281	20	2.0	20	85	9	55	12	12	5	70	1.33
2563989--2564028	18	2.3	17	87	12	55	30	0	2	67	1.04
2564018--2564064	22	2.0	24	88	8	71	29	0	2	68	1.02
2567378--2567448	22	3.2	22	87	0	106	29	32	22	15	1.95
2568837--2568862	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2572155--2572181	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
2574227--2575206	197	5.0	197	77	10	953	31	14	16	37	1.89
2574229--2575207	393	2.5	394	87	6	1345	31	14	16	37	1.89
2576891--2577538	182	3.6	182	88	2	878	27	17	12	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15