genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000778_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3165331

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704796--704870	33	2.3	32	84	6	89	56	6	0	37	1.26
706134--706193	20	2.9	21	85	5	86	28	6	28	36	1.82
708402--708477	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
709031--709108	37	2.1	38	81	13	92	51	3	1	43	1.28
723744--723846	52	2.0	52	96	0	188	42	13	22	21	1.87
728336--728438	52	2.0	52	98	0	197	41	13	23	21	1.88
728532--728997	233	2.0	233	98	0	905	28	11	18	41	1.85
730788--730818	15	2.1	15	100	0	62	29	32	0	38	1.57
731136--731160	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
731915--732039	20	6.2	20	91	0	178	27	16	30	25	1.97
733849--733889	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
733941--734000	21	2.7	23	74	20	56	41	0	5	53	1.23
737592--737686	39	2.4	39	81	10	106	36	15	3	44	1.63
737837--737873	16	2.3	16	90	0	56	40	5	0	54	1.24
740704--740738	13	2.8	13	95	4	63	31	17	37	14	1.89
740754--740833	22	3.4	22	73	18	79	33	18	38	8	1.82
740782--740947	28	5.6	28	78	13	188	33	19	35	10	1.87
740756--740981	61	4.1	51	76	21	213	34	19	35	10	1.86
740776--740966	61	3.1	61	96	0	346	34	20	34	10	1.87
740980--741088	29	3.8	29	95	2	184	14	31	32	22	1.94
741138--741211	37	2.0	37	97	2	141	16	45	13	24	1.83
741216--741250	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741340--741385	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
741340--741400	23	2.6	23	86	5	59	50	6	36	6	1.54
741388--741446	21	2.9	21	92	2	93	61	0	37	1	1.07
741648--741738	46	1.9	48	86	8	134	41	0	12	46	1.41
744036--744064	14	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
744113--744155	14	3.2	13	80	9	50	48	4	4	41	1.44
744095--744145	17	3.2	17	75	16	63	43	9	5	41	1.62
744174--744416	14	17.8	13	69	22	103	44	10	2	43	1.50
744121--744315	26	7.8	25	72	16	104	47	8	2	42	1.46
744130--744207	11	6.5	12	73	15	54	50	5	1	43	1.32
744209--744442	11	21.6	11	68	23	51	44	11	2	42	1.52
744249--744436	26	7.7	26	74	18	145	42	10	2	44	1.53
744168--744413	97	2.5	96	95	3	433	44	10	2	43	1.49
744249--744491	119	2.0	121	92	6	404	43	10	2	44	1.51
744338--744497	23	6.8	23	71	14	62	43	9	2	44	1.50
744318--744497	58	3.1	58	72	11	195	45	10	2	42	1.50
747303--747361	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
748156--748216	28	2.2	28	96	0	113	57	11	0	31	1.34
748193--748241	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
748845--748924	29	2.8	29	98	0	151	16	30	33	20	1.94
749280--749359	29	2.8	29	98	0	151	20	33	30	16	1.94
749968--750011	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749988--750050	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
750851--750909	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
753719--753767	22	2.4	19	80	12	53	44	2	4	48	1.33
753780--754054	26	11.0	25	77	15	200	43	2	10	44	1.50
753806--754054	98	2.5	98	96	1	464	43	2	10	44	1.49
753726--753973	124	2.0	123	96	2	453	43	2	10	43	1.51
754094--754126	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
756493--756613	42	2.9	43	79	12	126	46	11	0	42	1.40
756553--756641	41	2.2	40	78	8	90	46	10	1	42	1.45
756776--756834	21	2.9	21	92	2	93	1	37	0	61	1.07
756837--756882	23	2.0	23	100	0	92	8	39	4	47	1.54
756972--757006	18	1.9	18	100	0	70	28	25	17	28	1.97
757011--757084	37	2.0	37	97	2	141	24	13	45	16	1.83
757134--757242	29	3.8	29	95	2	184	22	32	31	14	1.94
757275--757440	28	5.6	28	78	13	188	10	35	19	33	1.87
757256--757446	61	3.1	61	96	0	355	10	34	20	34	1.87
757389--757468	22	3.4	22	73	18	79	8	38	18	33	1.82
757484--757518	13	2.8	13	95	4	63	14	37	17	31	1.89
765143--765179	17	2.1	19	90	10	60	24	0	24	51	1.49
765866--765923	29	2.0	29	83	10	73	56	17	3	22	1.55
765855--765893	18	2.2	18	95	4	71	64	12	5	17	1.46
771448--771522	2	38.5	2	94	5	136	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771488--771556	21	3.3	21	80	8	61	49	0	0	50	1.00
771518--771557	21	1.9	22	90	10	66	45	0	0	55	0.99
776770--776863	10	9.8	9	79	13	71	15	26	27	29	1.96
776771--776870	9	10.4	9	79	12	92	15	28	28	29	1.96
776772--776870	19	5.2	19	79	16	89	14	28	28	29	1.95
776770--776844	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
776771--776870	29	3.5	28	85	8	103	15	28	28	29	1.96
776881--776921	5	7.8	5	84	10	55	19	53	21	4	1.63
776868--776928	22	2.8	22	97	2	115	18	49	22	9	1.77
776918--776955	7	5.4	7	100	0	76	15	28	28	26	1.96
784105--784203	10	10.3	9	79	12	90	15	28	27	29	1.96
784106--784203	19	5.1	19	79	16	87	14	28	27	29	1.95
784104--784178	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
784105--784203	29	3.4	28	84	8	101	15	28	27	29	1.96
784200--784254	5	10.2	5	77	14	56	18	50	23	7	1.71
784199--784260	22	3.3	17	78	22	70	17	48	22	11	1.79
784200--784254	22	2.5	22	100	0	110	18	50	23	7	1.71
784252--784286	7	5.1	7	93	6	63	14	28	28	28	1.95
784252--784286	13	2.6	13	95	4	61	14	28	28	28	1.95
788073--788105	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
789163--789279	60	2.0	60	85	0	162	32	13	17	36	1.89
789154--789286	60	2.2	60	81	2	160	36	14	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796275--796313	18	2.0	20	80	9	55	17	5	5	71	1.23
796276--796312	10	3.9	10	89	10	60	18	0	5	75	0.99
797806--797881	17	4.5	17	76	1	73	44	14	10	30	1.79
813473--813513	18	2.1	21	86	13	61	51	2	9	36	1.48
828729--828755	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
831829--831893	24	2.7	24	79	6	78	63	6	27	3	1.33
836349--836395	23	2.1	23	88	4	69	40	19	10	29	1.85
838202--838252	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
838603--838643	19	2.3	18	84	16	50	56	12	0	31	1.36
838867--838911	23	2.0	23	95	0	81	46	2	20	31	1.62
840182--840218	18	2.1	18	89	0	56	24	35	10	29	1.89
842506--842686	45	4.2	44	85	11	248	18	33	18	29	1.95
842506--842686	84	2.1	87	87	8	262	18	33	18	29	1.95
843386--843471	42	2.0	42	84	0	109	20	23	18	37	1.94
843395--843523	42	3.1	42	85	0	159	20	19	20	39	1.93
849574--849618	18	2.5	18	81	0	54	20	22	17	40	1.92
855518--855554	18	2.1	18	89	0	56	27	35	21	16	1.94
856156--856201	20	2.4	19	82	7	56	58	8	17	15	1.61
859039--859353	75	4.2	75	96	0	551	32	17	18	31	1.94
861562--861590	14	2.0	15	93	6	51	41	6	13	37	1.72
861746--861819	33	2.3	34	79	15	93	41	0	5	52	1.24
862754--862836	15	5.5	15	88	0	112	12	66	14	7	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862755--862836	30	2.7	30	94	0	137	10	67	14	7	1.42
869685--869753	31	2.2	31	94	0	120	30	14	14	40	1.86
874586--874683	9	10.3	9	79	10	106	16	25	30	27	1.96
874586--874683	19	5.2	18	90	3	97	16	25	30	27	1.96
874601--874676	28	2.6	28	93	4	125	15	25	31	27	1.96
874677--874734	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
874724--874760	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
874724--874756	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
881918--881986	10	7.1	10	76	12	72	18	23	30	27	1.98
881918--881988	19	3.7	19	88	5	90	18	25	29	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15