genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000778_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3165331

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093609--2093646	16	2.4	16	86	4	51	44	0	26	28	1.54
2093769--2093989	64	3.5	64	82	6	234	34	19	17	28	1.95
2094739--2094964	103	2.2	103	94	1	391	26	13	23	36	1.92
2094973--2095035	23	2.7	23	85	0	81	19	28	26	25	1.98
2094963--2095040	23	3.3	23	78	1	75	23	23	23	30	1.99
2099485--2099705	64	3.5	64	81	4	250	33	19	18	28	1.95
2100457--2100674	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
2100691--2100753	23	2.7	23	82	0	72	19	26	26	26	1.99
2100681--2100758	23	3.3	23	76	1	66	23	21	23	32	1.98
2101826--2101874	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2102690--2102809	47	2.6	47	89	1	188	25	21	22	30	1.99
2102690--2102814	23	5.3	23	72	2	106	25	20	22	31	1.98
2107553--2107601	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2108417--2108494	23	3.3	23	81	1	93	24	20	23	32	1.98
2110041--2110120	8	10.8	8	70	18	57	55	3	0	41	1.18
2110024--2110086	29	2.2	29	91	5	101	52	1	0	46	1.10
2110042--2110120	22	3.6	22	79	16	83	54	3	0	41	1.18
2111520--2111572	19	2.9	17	83	8	52	41	1	0	56	1.10
2111527--2111576	19	2.7	18	82	11	57	46	2	0	52	1.12
2111540--2111576	19	2.0	19	89	5	58	45	2	0	51	1.15
2111932--2111969	19	2.0	20	89	5	60	39	7	13	39	1.73
2112503--2112693	96	2.0	94	96	2	355	35	10	7	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115013--2115074	25	2.4	25	83	5	61	50	9	6	33	1.61
2115082--2115125	23	1.9	23	95	0	79	34	6	11	47	1.66
2121749--2121824	32	2.4	32	82	4	82	60	6	6	26	1.46
2122017--2122083	24	2.8	24	81	0	80	41	13	13	31	1.83
2123035--2123082	25	1.9	25	82	0	60	47	4	8	39	1.53
2127232--2127266	17	2.0	18	88	5	54	37	11	8	42	1.72
2127362--2127433	21	3.4	21	100	0	144	13	25	26	34	1.93
2127851--2127881	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
2127859--2127903	23	2.0	23	82	8	56	37	0	2	60	1.09
2127908--2127938	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2129761--2129836	39	1.9	39	94	0	134	42	17	5	35	1.72
2131594--2131619	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2136549--2136736	96	2.0	96	81	8	222	47	18	13	19	1.82
2137012--2137044	16	1.9	18	88	11	52	60	0	24	15	1.35
2137285--2137336	19	2.7	19	91	5	79	26	21	26	25	1.99
2138410--2138436	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2142886--2142921	12	3.0	12	100	0	72	16	41	16	25	1.89
2157439--2157501	32	2.0	32	100	0	126	50	23	15	9	1.73
2160640--2160706	23	2.9	23	80	8	82	29	23	17	28	1.97
2162247--2162291	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2163147--2163271	31	4.0	31	90	2	189	22	20	20	36	1.95
2163676--2163726	21	2.5	20	76	14	59	31	23	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165927--2165975	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2166670--2166887	103	2.1	103	96	1	402	26	12	22	38	1.90
2166894--2167013	47	2.6	47	93	4	199	23	20	23	32	1.98
2166894--2167018	23	5.3	23	72	2	106	24	20	23	32	1.98
2171753--2171801	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2172121--2172181	30	2.0	30	84	6	79	37	4	16	40	1.70
2172495--2172712	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
2172722--2172796	23	3.3	23	79	3	73	22	20	25	32	1.98
2177082--2177141	23	2.7	22	87	5	77	33	28	16	21	1.95
2177305--2177345	15	2.9	14	86	10	57	36	9	0	53	1.34
2179724--2179770	24	2.0	24	83	8	60	23	27	29	19	1.98
2182141--2182199	29	2.0	30	83	9	77	59	6	6	27	1.48
2183237--2183281	20	2.3	19	84	3	54	35	0	2	62	1.08
2183232--2183287	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
2183280--2183353	3	24.7	3	91	0	121	62	0	4	33	1.14
2183674--2184325	113	5.9	113	95	2	1128	29	20	12	37	1.89
2183911--2183955	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2184954--2185195	83	3.0	83	91	1	400	35	22	13	28	1.92
2185141--2185657	52	10.1	52	92	2	857	36	20	15	27	1.92
2185141--2185657	102	5.0	104	92	3	845	36	20	15	27	1.92
2185159--2185657	154	3.2	154	98	0	962	37	20	15	27	1.92
2198550--2198608	29	2.0	30	83	9	77	59	6	6	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199643--2199693	20	2.5	21	81	12	61	29	0	1	68	1.00
2199702--2199793	3	30.7	3	93	0	157	63	0	3	33	1.11
2205178--2205221	18	2.4	18	100	0	88	15	9	29	45	1.77
2207879--2207974	45	2.1	45	90	0	147	30	15	4	50	1.63
2211077--2211116	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
2211130--2211168	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
2213942--2213981	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
2213995--2214033	20	2.0	20	89	0	60	41	10	5	43	1.61
2217018--2217060	22	1.9	23	85	4	61	53	6	20	18	1.67
2225966--2225994	14	2.1	14	100	0	58	27	13	31	27	1.94
2234866--2234960	28	3.5	28	85	2	131	52	14	7	25	1.67
2241050--2241087	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2241392--2241424	12	2.6	13	90	9	59	60	0	0	39	0.97
2241565--2241625	3	20.3	3	77	12	63	36	3	0	60	1.13
2241562--2241625	21	3.0	22	84	4	87	35	3	0	60	1.12
2243042--2243196	5	31.0	5	100	0	310	40	20	0	40	1.52
2247882--2247924	20	2.0	22	86	8	63	39	23	0	37	1.55
2249814--2249884	18	3.9	18	94	0	124	28	33	18	19	1.95
2250673--2250730	24	2.4	24	97	0	107	27	22	17	32	1.96
2266627--2266686	23	2.9	20	87	9	77	21	33	26	18	1.96
2266669--2266708	21	2.0	21	85	5	55	27	37	25	10	1.88
2269907--2270003	35	2.8	34	77	11	92	68	3	1	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269907--2269987	7	11.6	7	70	15	51	65	3	1	29	1.17
2269954--2270004	15	3.4	14	77	20	50	78	0	0	21	0.75
2269954--2270004	22	2.3	22	86	10	68	78	0	0	21	0.75
2272020--2272065	22	2.1	22	100	0	92	26	13	17	43	1.85
2281699--2281781	32	2.6	32	94	0	139	25	39	15	19	1.91
2281699--2281791	32	2.9	32	88	3	134	23	40	16	19	1.90
2281978--2282045	22	3.3	21	73	23	72	63	2	32	1	1.18
2282007--2282143	3	46.0	3	69	24	71	64	0	33	1	1.08
2281978--2282095	40	3.1	39	91	7	181	63	1	33	0	1.10
2281990--2282145	20	7.8	21	71	22	106	63	0	34	1	1.07
2281995--2282110	40	3.1	37	89	8	157	62	0	36	0	1.08
2284531--2284593	33	1.9	33	96	0	117	11	3	26	58	1.47
2285210--2285248	15	2.6	14	84	11	51	58	5	5	30	1.41
2286926--2286965	6	6.7	6	91	0	53	0	12	67	20	1.22
2290603--2290676	36	2.1	36	84	0	94	43	13	6	36	1.71
2296715--2297131	51	8.0	53	89	2	446	28	24	16	29	1.97
2296715--2297131	100	4.0	103	85	5	468	28	24	16	29	1.97
2298477--2298594	27	4.6	27	72	18	81	5	20	0	72	1.10
2298523--2298584	13	4.6	13	78	21	58	4	17	1	75	1.05
2298565--2298604	19	2.1	19	90	9	64	5	20	0	75	0.99
2311866--2311894	10	2.7	11	94	5	51	31	0	17	51	1.45
2318385--2318427	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319257--2319313	21	2.7	21	88	2	78	43	19	12	24	1.85
2321375--2321445	30	2.4	30	87	0	97	35	23	8	32	1.85
2322737--2322834	32	3.1	31	75	8	92	33	19	20	26	1.96
2327035--2327306	134	2.0	136	95	2	494	43	5	20	31	1.73
2327489--2327515	11	2.5	11	100	0	54	37	0	7	55	1.28
2330878--2330945	22	3.0	22	97	2	127	26	27	26	19	1.99
2331165--2331224	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
2331239--2331309	29	2.5	28	93	2	115	38	12	9	39	1.77
2331611--2331648	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2331612--2331761	68	2.2	68	89	3	225	18	27	28	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15