genome.fa.s6189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  980383

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391--2495	50	2.2	49	80	11	112	50	9	1	38	1.46
2463--2525	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
2467--2532	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
2502--2550	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
3072--3144	20	3.3	20	67	26	58	24	47	9	17	1.77
3052--3144	46	2.0	46	100	0	186	23	47	10	18	1.80
3204--3323	29	4.1	29	96	0	222	17	35	31	15	1.92
17249--17343	41	2.3	41	98	1	181	41	11	14	32	1.82
18063--18170	3	36.0	3	86	0	153	37	1	0	60	1.08
19139--19177	19	1.9	19	85	10	51	33	12	2	51	1.54
19540--19592	23	2.2	23	83	10	61	43	3	0	52	1.19
23601--23632	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
30961--31014	10	5.7	9	82	8	63	81	0	18	0	0.69
30956--31013	26	2.4	25	88	8	84	79	0	20	0	0.74
30966--31015	9	5.6	9	85	7	66	80	0	20	0	0.72
30966--31015	19	2.8	18	82	17	68	80	0	20	0	0.72
30960--31004	15	3.0	14	81	15	54	82	0	17	0	0.68
30955--31012	16	3.6	16	82	15	66	79	0	20	0	0.74
32157--32545	83	4.7	83	94	0	663	27	12	22	38	1.90
33513--33907	113	3.5	112	87	3	537	38	14	19	27	1.90
33850--33950	38	2.5	41	85	7	136	42	10	22	23	1.85
33733--34065	154	2.2	152	83	6	424	38	12	20	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33889--34607	113	6.3	113	90	2	1028	35	13	19	31	1.91
33885--34593	228	3.1	226	90	3	1057	35	13	19	31	1.90
33886--34607	341	2.1	341	88	3	1083	35	13	19	31	1.91
34341--34404	20	3.2	20	64	24	53	51	6	23	18	1.69
34511--34697	92	2.1	89	86	7	252	36	15	17	30	1.91
34973--35077	3	35.0	3	85	0	138	38	1	0	59	1.15
36042--36080	19	1.9	19	85	10	51	33	12	2	51	1.54
36447--36496	23	2.2	22	79	10	55	40	4	0	56	1.18
37695--37774	35	2.3	35	84	2	106	42	18	2	36	1.64
37959--38019	30	2.0	30	100	0	122	45	16	6	31	1.73
38293--38577	146	1.9	147	91	0	464	48	9	5	36	1.57
41629--41666	20	1.9	20	100	0	76	28	26	21	23	1.99
41632--41675	20	2.2	20	88	8	63	27	31	20	20	1.97
42658--42683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
44628--44738	39	2.8	39	91	2	179	21	24	10	43	1.84
44709--44769	26	2.3	26	88	0	95	22	29	8	39	1.83
44670--44808	65	2.1	65	87	0	206	22	27	10	40	1.86
44735--44816	39	2.1	39	93	4	139	20	26	12	40	1.88
44744--44829	39	2.4	36	85	14	108	20	27	11	39	1.88
48135--48185	23	2.3	23	80	10	61	66	1	1	29	1.13
50237--50307	24	3.0	24	97	0	133	14	15	45	25	1.84
50734--50813	18	4.5	17	68	21	56	53	1	1	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50780--50825	19	2.3	20	88	3	67	58	2	0	39	1.10
50734--50813	36	2.2	36	80	4	90	53	1	1	43	1.16
51356--51425	3	21.7	3	97	2	95	37	0	0	62	0.95
53247--53278	15	2.1	16	94	5	57	78	3	18	0	0.89
59407--59442	2	19.0	2	88	11	58	47	0	0	52	1.00
61203--61227	11	2.3	11	100	0	50	68	0	16	16	1.22
61383--61411	14	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
62651--62717	31	2.2	31	91	0	107	26	28	13	31	1.94
62658--62725	31	2.2	31	94	0	127	20	30	16	32	1.94
64657--64732	31	2.5	31	84	0	98	26	30	11	31	1.92
71016--71223	101	2.1	101	95	0	371	39	11	6	42	1.68
77390--77583	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
77386--77583	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
77390--77582	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
77964--78034	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
78114--78202	20	4.8	20	76	19	93	46	19	23	11	1.82
78153--78209	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
78133--78225	33	2.8	33	91	1	141	45	23	22	8	1.80
78243--78332	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
78226--78340	33	3.5	33	93	0	203	9	23	20	46	1.80
78221--78333	19	6.8	18	70	23	79	9	23	22	44	1.82
80039--80507	91	5.1	93	97	2	894	22	12	18	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80039--80507	184	2.6	185	97	2	892	22	12	18	45	1.83
80551--80679	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
80587--80679	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
80551--80679	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
80675--80809	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
80697--80753	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
80680--80772	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
82729--82764	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
82870--82952	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
82959--83177	33	6.5	33	77	13	205	13	21	19	45	1.84
82981--83150	19	9.7	19	77	18	199	13	22	17	46	1.83
82959--83177	85	2.6	85	86	7	277	13	21	19	45	1.84
82981--83150	52	3.2	52	98	0	322	13	22	17	46	1.83
82981--83183	52	3.9	53	91	4	274	13	20	19	46	1.83
85646--85692	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
86369--86758	20	19.5	20	84	5	448	20	18	25	35	1.95
88888--89044	64	2.5	65	79	10	173	33	21	19	26	1.96
90384--90686	149	2.0	148	92	0	498	26	15	22	35	1.94
90658--90709	23	2.3	23	83	6	72	25	21	25	28	1.99
90899--90959	21	2.9	21	80	4	61	49	1	18	31	1.57
98302--98331	15	2.0	15	93	0	51	63	13	3	20	1.43
99439--99489	12	4.2	12	89	0	66	72	1	7	17	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99444--99488	6	7.5	6	92	0	72	77	2	2	17	0.97
99826--99856	11	2.8	11	90	0	53	6	9	54	29	1.57
101574--101642	31	2.2	31	92	2	120	27	15	26	30	1.96
116897--116989	43	2.2	43	94	0	159	29	23	23	23	1.99
116939--117244	132	2.3	132	93	1	524	31	22	20	25	1.98
117136--117622	90	5.5	90	91	2	795	33	21	18	25	1.96
117136--119002	312	6.4	270	71	19	1151	33	21	18	26	1.96
117512--117733	112	2.0	112	96	3	412	34	23	18	24	1.96
117689--117791	52	2.0	51	85	7	138	31	23	22	23	1.99
117739--118212	90	5.3	90	93	1	817	33	22	18	25	1.97
117739--118766	180	5.5	180	80	10	1175	33	21	18	26	1.96
118104--118344	132	1.8	132	93	0	419	31	23	19	24	1.98
118236--118763	90	5.9	90	87	1	763	34	20	17	27	1.95
118014--118434	222	1.9	222	92	1	709	33	23	19	24	1.97
118236--118766	181	3.0	180	88	3	791	34	20	17	27	1.95
117226--118999	492	3.6	489	85	7	2110	33	21	18	26	1.96
118746--118788	22	2.0	22	95	0	77	39	20	13	25	1.90
118768--119002	90	2.6	90	90	3	375	33	21	17	26	1.96
118567--118968	202	2.0	201	88	4	605	34	20	16	28	1.95
118893--119135	133	1.8	133	94	1	434	33	23	18	24	1.97
119026--119316	90	3.2	90	88	3	435	33	21	17	26	1.96
118768--119443	313	2.2	313	92	1	1104	33	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119214--121166	132	14.7	132	83	5	1998	31	22	20	25	1.98
119215--121540	264	8.9	264	79	8	2526	31	22	20	25	1.98
119215--121540	396	5.9	395	79	8	2522	31	22	20	25	1.98
119862--120056	90	2.2	90	88	0	291	34	21	21	23	1.97
119743--120192	222	2.0	222	90	1	706	32	22	20	24	1.98
120177--120273	48	2.0	48	100	0	194	22	28	27	20	1.99
120047--120405	180	2.0	180	93	1	612	28	24	22	23	1.99
121047--121266	112	2.0	112	94	0	386	30	23	20	25	1.99
121159--121540	132	2.9	132	90	3	599	30	22	20	26	1.98
121432--123778	90	26.2	90	85	5	3033	32	21	19	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7