genome.fa.s6189.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  980383

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764140--764204	29	2.2	29	83	0	76	50	3	3	43	1.33
764168--764216	23	2.2	22	88	3	71	51	0	4	44	1.20
764559--764972	20	20.5	20	82	7	442	37	25	18	17	1.93
764559--764972	121	3.4	122	88	3	505	37	25	18	17	1.93
764559--764972	81	5.1	81	85	5	525	37	25	18	17	1.93
765070--765120	17	2.6	21	73	26	65	27	39	7	25	1.83
765080--765117	17	2.2	17	100	0	76	31	36	5	26	1.79
765624--765657	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
765783--765836	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
768300--768502	19	11.7	18	70	21	114	45	20	21	11	1.83
768315--768341	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
768300--768499	33	5.8	33	81	9	231	46	20	21	12	1.83
768388--768478	14	5.8	14	70	22	56	49	20	19	9	1.77
768507--768577	19	4.0	19	77	17	71	11	15	22	50	1.75
768511--768594	33	2.6	33	88	1	125	10	17	21	50	1.77
771018--771128	19	6.3	19	72	20	98	45	21	20	12	1.84
771038--771128	33	2.8	33	94	0	164	45	21	20	12	1.84
771135--771235	19	5.5	19	70	15	86	13	23	20	41	1.89
771948--771984	14	2.6	14	86	0	56	45	21	2	29	1.65
772099--772129	12	2.6	12	100	0	62	38	25	6	29	1.81
773356--773435	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
775311--775413	52	2.0	52	98	0	197	47	18	23	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775333--775449	19	6.7	19	75	18	119	46	18	23	11	1.82
775352--775446	33	2.9	33	95	0	172	45	17	23	13	1.84
775461--775550	14	5.7	14	72	23	72	8	24	22	44	1.81
775445--775569	33	3.8	33	97	0	232	8	22	23	45	1.80
775475--775571	19	5.6	19	72	22	106	9	22	21	46	1.80
776143--776558	81	5.1	81	83	5	484	18	18	25	37	1.93
776143--776498	121	2.9	122	87	5	495	19	18	25	37	1.94
776140--776558	20	20.6	20	80	6	398	18	18	25	37	1.93
776313--776602	145	2.0	143	80	7	320	20	18	24	37	1.94
779482--779517	16	2.2	16	95	0	63	38	5	27	27	1.79
779518--779606	40	2.3	39	84	5	108	22	16	21	39	1.92
795924--796034	46	2.4	46	81	10	122	77	0	16	6	0.96
795930--796069	54	2.6	54	80	12	153	78	0	16	5	0.92
795930--796086	18	9.3	16	71	16	88	78	0	16	5	0.92
796019--796085	22	2.9	23	80	17	68	80	0	17	1	0.79
796019--796078	13	4.8	13	89	4	88	80	0	20	0	0.72
795908--796070	63	2.6	63	77	12	174	78	0	16	4	0.92
795911--796086	8	19.9	8	69	20	86	78	0	16	5	0.92
795921--796070	55	2.7	55	78	16	143	78	0	16	4	0.91
796019--796085	13	5.3	12	87	5	73	80	0	17	1	0.79
796038--796080	21	2.0	22	90	4	70	81	0	18	0	0.69
797342--797528	55	3.4	55	89	0	293	28	22	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797776--797969	75	2.5	75	85	4	228	29	25	18	26	1.98
797931--798006	22	3.7	20	81	11	82	25	32	17	25	1.96
803764--803892	21	5.9	22	77	12	124	27	27	14	31	1.95
803764--803892	44	2.9	44	83	5	154	27	27	14	31	1.95
806497--806684	75	2.5	76	85	5	238	29	25	18	26	1.98
806651--806726	22	3.7	20	81	11	82	25	32	17	25	1.96
807407--808667	55	22.8	55	83	3	1325	29	20	25	24	1.99
807426--808667	111	11.2	110	84	2	1361	29	20	25	24	1.99
807407--808667	167	7.6	166	83	4	1419	29	20	25	24	1.99
808948--808981	6	5.7	6	92	0	59	35	0	14	50	1.44
810472--810569	28	3.5	28	67	0	88	24	11	11	53	1.69
812110--812145	16	2.2	16	95	0	63	38	5	27	27	1.79
812146--812234	40	2.3	39	84	5	108	23	16	22	37	1.94
814667--814808	74	1.9	74	88	0	212	33	18	7	40	1.79
817307--817356	26	1.9	26	91	0	82	28	22	24	26	1.99
818997--819175	74	2.4	74	84	7	204	31	15	10	43	1.80
820846--820890	19	2.3	20	88	3	65	40	35	2	22	1.66
825524--825571	19	2.5	20	93	3	80	33	35	8	22	1.84
825564--825603	19	2.1	19	95	0	71	37	22	5	35	1.76
829236--829315	29	2.8	27	81	9	88	52	16	0	31	1.44
829236--829300	28	2.3	28	86	5	87	53	16	0	29	1.43
831624--831692	31	2.2	31	94	2	120	27	15	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837811--837864	26	2.1	26	83	10	67	14	9	5	70	1.31
838005--838041	18	2.0	19	94	5	67	48	10	8	32	1.67
843691--843754	25	2.5	26	78	12	69	15	12	6	65	1.44
851244--851287	17	2.6	17	92	0	70	31	31	2	34	1.70
856418--856534	36	3.1	36	70	9	99	29	15	13	41	1.85
856338--856575	76	3.1	75	82	7	284	28	16	15	39	1.89
856578--857252	39	18.0	39	86	5	699	28	20	16	35	1.94
857057--857252	36	5.4	36	91	0	293	24	21	15	38	1.92
856983--857329	66	5.1	66	81	9	236	26	20	13	38	1.90
857122--857384	66	3.9	66	80	6	226	25	20	13	40	1.89
857641--858550	91	10.0	91	95	0	1586	36	15	23	24	1.93
858387--858451	20	3.3	20	67	18	55	44	12	21	21	1.85
866770--866814	23	1.9	24	95	4	83	26	26	2	44	1.66
875392--875526	59	2.3	59	97	0	252	39	26	15	18	1.91
875392--875554	59	2.8	59	89	3	222	40	26	13	19	1.88
891688--891735	13	3.7	13	94	0	78	25	18	22	33	1.97
891714--892021	85	3.6	85	93	1	494	29	22	18	30	1.97
892069--892125	2	28.5	2	89	0	87	50	1	0	47	1.11
893615--893645	12	2.6	12	94	0	53	70	9	6	12	1.31
898142--898197	15	3.7	15	92	2	85	7	21	12	58	1.57
909184--909239	22	2.7	20	80	5	58	32	14	23	30	1.94
909107--909305	95	2.1	94	86	2	274	33	15	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909110--909329	95	2.3	95	84	3	266	33	15	25	25	1.95
909705--909919	45	4.8	45	95	0	385	40	8	20	30	1.82
909927--909991	34	1.9	34	93	0	112	36	9	24	29	1.86
910679--910773	2	47.5	2	100	0	190	50	0	0	49	1.00
912566--912596	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
912897--912953	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
914552--914607	22	2.7	20	80	5	58	32	16	21	30	1.95
914475--914697	95	2.4	94	85	3	288	33	15	25	26	1.95
915106--915395	45	6.4	45	94	0	481	38	10	20	30	1.85
915376--915440	34	1.9	34	93	0	112	36	9	24	29	1.86
916129--916162	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
919754--919831	5	15.6	5	91	0	120	24	0	0	75	0.80
919752--919827	20	3.8	20	98	0	134	27	0	0	72	0.85
924303--924346	18	2.5	18	85	10	56	22	9	0	68	1.18
924463--924714	126	2.0	126	99	0	495	30	21	10	38	1.86
927081--927144	12	5.3	12	71	14	51	29	18	6	45	1.74
927072--927144	36	2.0	36	89	5	112	30	19	8	42	1.80
927102--927147	24	1.9	24	90	0	74	28	17	8	45	1.78
930889--930913	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
936575--936623	3	16.0	3	85	12	64	69	2	0	28	1.00
936575--936627	10	5.3	10	86	8	81	69	1	0	28	0.99
936800--937115	43	7.4	43	73	12	152	24	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936810--937166	128	2.8	129	93	2	574	24	19	31	24	1.98
936863--937106	43	5.6	45	77	11	249	23	20	31	24	1.98
937244--937360	62	1.9	62	84	10	159	41	11	18	28	1.86
937547--937619	28	2.6	28	84	2	94	46	20	6	26	1.75
937600--937705	55	2.0	55	84	3	144	39	16	15	28	1.89
937701--937822	28	4.5	25	81	9	100	48	14	9	27	1.75
937716--937815	28	3.7	27	80	10	114	47	16	9	28	1.76
938098--938192	35	2.7	35	75	8	93	34	12	17	34	1.88
938164--938352	105	1.8	105	84	4	265	40	13	16	29	1.87
946468--946528	3	21.0	3	80	12	74	68	1	1	27	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7