genome.fa.s6189.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  980383

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122326--122695	132	2.8	130	91	2	602	31	23	21	23	1.99
123753--123954	103	2.0	103	93	0	350	29	23	23	24	1.99
123905--127268	90	37.3	90	76	10	2675	32	21	18	26	1.97
123905--124825	181	5.1	180	91	0	1450	33	21	18	26	1.97
124717--125088	132	2.8	132	91	1	604	30	22	20	25	1.98
124990--125995	181	5.6	180	90	0	1498	33	20	17	27	1.96
125891--126655	132	5.8	132	91	0	1208	32	22	19	24	1.97
126367--126428	20	3.0	21	68	22	58	29	25	25	19	1.99
125891--128313	396	5.9	396	75	13	1949	32	21	19	25	1.97
123910--132002	360	22.1	351	69	16	2227	32	21	19	26	1.97
127636--127697	20	3.0	21	68	22	58	29	25	25	19	1.99
127163--128313	132	8.8	132	88	3	1675	32	22	20	24	1.98
128206--129308	90	12.2	90	91	0	1749	32	21	19	26	1.97
128206--132004	181	20.6	181	83	7	4466	33	21	18	26	1.97
128206--130709	271	9.1	270	88	4	3612	33	21	18	26	1.97
129332--132004	90	29.3	90	82	6	3104	33	21	18	26	1.97
129110--129530	222	1.9	222	95	1	754	31	23	20	24	1.98
130595--131105	132	3.9	132	90	1	781	32	22	20	24	1.98
130818--130877	20	2.8	22	70	12	54	28	23	25	23	2.00
131890--135632	132	27.9	132	76	10	2789	32	23	19	24	1.98
131900--137293	264	19.9	264	75	12	3274	32	23	19	25	1.98
132955--133490	222	2.4	221	94	3	936	32	24	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133086--133255	93	1.8	91	93	2	295	36	24	16	22	1.94
133300--134313	90	11.3	90	92	1	1660	33	21	18	26	1.96
133300--134313	181	5.6	180	92	1	1660	33	21	18	26	1.96
134541--134613	20	3.5	20	69	7	56	26	23	28	21	1.99
135189--135272	42	2.0	43	80	2	98	28	22	23	25	1.99
135510--135716	90	2.3	90	88	3	301	33	23	18	24	1.97
135386--135848	222	2.1	222	89	0	710	31	23	20	24	1.98
135608--137293	132	12.8	132	91	1	2713	31	23	20	24	1.98
136335--136418	42	2.0	42	86	6	116	25	25	27	22	2.00
137186--137551	90	4.1	90	93	1	626	32	21	19	26	1.97
137186--138333	180	6.1	179	80	9	1186	33	21	18	27	1.96
137275--137870	313	1.9	313	93	0	1032	32	21	18	26	1.97
137588--138333	90	8.3	90	89	1	1127	32	21	18	27	1.96
138219--138595	132	2.9	131	88	2	540	31	22	20	25	1.98
138483--138778	90	3.3	90	87	1	441	31	20	20	26	1.98
138664--139168	132	3.8	132	87	0	740	32	22	20	25	1.98
138214--139355	577	2.0	576	88	0	1712	32	22	19	26	1.97
139061--139896	90	9.3	90	90	1	1300	33	21	18	26	1.96
139061--139896	181	4.6	181	91	1	1304	33	21	18	26	1.96
139070--139896	271	3.1	269	91	2	1298	34	21	17	26	1.96
139873--139938	20	3.0	23	65	17	68	34	25	19	19	1.96
139914--140209	90	3.3	90	90	0	466	32	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140095--140599	132	3.8	131	88	1	733	31	21	21	25	1.98
140492--141595	90	12.3	90	91	2	1752	32	21	18	27	1.96
140492--142933	270	8.8	269	75	13	1968	32	21	18	26	1.97
141482--141724	131	1.9	131	87	3	364	32	21	20	25	1.97
141613--141905	91	3.3	90	85	1	390	32	20	20	26	1.97
141793--142297	132	3.8	132	88	0	722	31	21	21	25	1.98
142190--142933	90	8.3	90	90	1	1150	33	21	18	27	1.96
142951--143155	89	2.3	91	89	1	306	31	20	21	25	1.98
142729--143273	222	2.5	221	91	2	851	32	21	20	25	1.98
143042--143809	132	5.8	132	89	0	1135	32	21	20	25	1.98
143701--143899	90	2.2	90	91	0	326	33	22	19	24	1.97
143569--144030	222	2.1	222	91	1	748	32	22	20	24	1.98
143438--144169	354	2.1	354	91	1	1180	32	22	19	24	1.98
143791--144426	132	4.8	132	90	1	990	32	23	20	24	1.98
143801--144432	263	2.4	263	92	1	1016	32	23	19	24	1.97
144318--144613	90	3.2	90	87	6	409	33	21	19	26	1.97
144556--144667	54	2.0	57	87	10	167	33	18	23	24	1.97
144616--145469	90	9.6	90	75	11	733	33	21	19	25	1.97
144827--148136	132	24.9	132	72	12	1912	33	21	19	25	1.97
144646--145306	222	3.0	216	71	13	603	33	22	19	24	1.97
146237--146538	90	3.3	91	93	0	509	32	22	19	25	1.98
145899--146890	222	4.5	223	78	8	1063	33	22	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146688--147602	90	10.2	90	75	11	763	33	21	19	25	1.97
146237--150622	535	8.1	535	83	7	4980	33	22	19	25	1.97
146688--147602	181	5.1	181	73	13	850	33	21	19	25	1.97
147056--147117	20	2.9	22	73	9	74	35	22	22	19	1.96
147884--149112	222	5.5	221	80	6	1356	33	22	19	24	1.97
148032--148220	90	2.1	90	88	0	279	34	21	16	26	1.95
148244--148447	90	2.3	89	94	0	354	32	23	20	24	1.98
148465--149824	90	15.2	90	70	14	768	33	21	19	25	1.97
148646--150880	132	16.8	132	77	9	2171	32	22	19	24	1.97
148910--149824	181	5.1	180	72	12	750	34	21	18	25	1.96
150772--151156	90	4.3	90	92	1	619	33	22	19	25	1.97
150772--151156	181	2.1	179	92	0	626	33	22	19	25	1.97
151179--151373	90	2.2	91	96	0	356	33	22	19	24	1.97
150952--151722	223	3.5	223	92	2	1243	32	22	20	24	1.98
151259--151506	133	1.9	132	94	0	442	32	23	20	22	1.98
151391--151596	90	2.3	91	93	0	342	33	22	20	24	1.97
151482--153457	132	14.9	131	68	15	979	33	22	19	25	1.97
151746--152130	90	4.3	90	91	1	610	33	21	19	25	1.97
151746--152528	181	4.1	181	78	11	850	33	21	18	25	1.97
152153--153057	90	10.1	91	76	11	793	33	22	18	25	1.96
152678--153057	181	2.1	180	90	2	593	34	21	18	25	1.96
153339--153546	89	2.3	89	86	4	285	33	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153213--153677	220	2.1	220	88	2	684	33	22	19	25	1.97
153433--154731	132	9.9	131	90	2	1971	32	22	19	24	1.97
154288--154371	42	2.0	42	83	6	107	26	25	26	22	2.00
153433--154731	526	2.5	527	91	1	2043	32	22	19	24	1.97
154620--154999	90	4.2	90	90	1	582	33	21	18	25	1.96
154620--154999	181	2.1	179	90	0	589	33	21	18	25	1.96
155019--155314	90	3.3	90	88	0	457	33	21	18	26	1.97
155200--156376	132	8.9	132	77	9	1158	33	21	19	25	1.97
155728--156113	90	4.3	90	88	1	558	33	20	19	26	1.96
155728--156111	181	2.1	180	89	1	581	33	20	19	26	1.96
154353--156460	535	3.9	534	74	13	1841	33	21	19	25	1.97
156141--156592	221	2.0	221	92	1	744	32	22	19	25	1.97
156263--156460	90	2.2	89	92	0	324	32	21	20	25	1.97
156352--156724	132	2.8	132	95	0	658	32	23	20	23	1.98
156484--156946	222	2.1	222	90	0	712	33	22	19	24	1.97
156616--156820	90	2.3	90	91	1	322	33	22	19	24	1.97
156706--157083	132	2.9	132	87	0	569	34	21	19	24	1.97
156848--157305	221	2.1	221	91	1	738	33	22	18	25	1.97
156970--157167	90	2.2	89	92	0	324	32	21	20	25	1.97
155886--157527	353	4.6	354	90	1	2587	33	21	19	25	1.97
157059--158104	132	7.9	132	75	10	930	33	22	18	25	1.97
157323--157702	90	4.2	90	90	1	582	34	21	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157323--157702	181	2.1	180	90	2	593	34	21	18	25	1.96
157984--158194	90	2.3	90	87	1	298	32	21	18	26	1.97
157858--158326	222	2.1	222	90	0	733	32	22	19	25	1.97
157726--158848	354	3.1	354	86	6	1352	32	22	19	24	1.97
158068--159379	132	10.0	131	89	2	1977	32	22	19	24	1.97
158939--159022	42	2.0	42	83	6	107	26	25	26	22	2.00
159279--159645	91	4.1	89	89	2	551	34	20	18	26	1.95
159279--159645	180	2.1	176	90	2	563	34	20	18	26	1.95
159665--159960	90	3.3	90	88	0	457	33	21	18	26	1.97
159846--161019	131	8.9	132	77	9	1131	33	21	19	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7