genome.fa.s6189.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  980383

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160372--160756	90	4.3	90	88	1	549	33	20	19	26	1.96
160372--161632	179	7.1	179	66	16	573	33	21	19	25	1.97
159004--161103	534	3.9	532	74	14	1790	33	21	19	25	1.97
160906--161103	90	2.2	89	92	0	324	32	21	20	25	1.97
160995--165337	132	32.8	132	76	10	3763	32	22	19	25	1.97
161270--161632	90	4.0	90	93	0	611	33	22	17	26	1.96
162316--162514	90	2.2	90	89	0	299	33	21	21	24	1.97
162178--163090	222	4.1	222	77	7	952	32	22	20	24	1.98
162538--162826	90	3.2	90	92	0	479	32	22	20	24	1.97
163445--163528	42	2.0	42	83	6	107	26	25	26	22	2.00
163906--164285	90	4.3	90	88	2	556	34	21	18	25	1.96
163906--164814	181	5.1	175	72	14	716	33	21	18	25	1.96
164435--164814	90	4.2	90	90	1	573	34	20	18	26	1.96
165244--165797	90	6.2	90	90	0	887	33	21	18	26	1.96
165234--165797	271	2.1	268	90	1	896	33	21	18	26	1.97
165244--165797	181	3.1	180	91	2	909	33	21	18	26	1.96
165683--166330	132	4.9	132	68	17	501	33	21	20	24	1.97
165602--166020	223	1.9	223	94	3	745	33	21	19	25	1.97
165815--166200	90	4.3	90	93	1	639	33	21	19	25	1.97
165815--166200	181	2.1	180	92	1	639	33	21	19	25	1.97
165412--166512	403	2.7	402	94	0	1891	33	21	19	25	1.97
166218--166512	91	3.3	90	90	3	479	33	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165591--166528	313	3.0	312	86	4	1195	33	21	19	25	1.97
166335--166714	200	1.9	203	88	2	579	34	21	18	25	1.96
166536--166798	91	2.9	90	86	1	364	34	22	17	25	1.96
166667--167357	132	5.2	132	91	0	1069	31	22	20	24	1.98
167137--167557	231	1.8	232	90	0	682	34	21	19	24	1.96
167269--167466	99	2.0	100	92	4	332	32	22	21	23	1.98
167459--168355	90	10.0	90	74	11	724	34	20	19	25	1.96
167458--167834	181	2.1	180	88	3	560	35	19	18	27	1.95
167720--168995	132	9.8	132	78	10	1247	32	22	20	25	1.98
167984--168355	181	2.1	178	90	2	584	33	20	19	25	1.97
168908--169445	89	6.1	89	86	6	767	34	21	18	26	1.96
168913--169445	262	2.0	264	87	5	776	34	21	18	25	1.96
169254--169658	213	1.9	217	90	7	657	34	21	19	24	1.97
169463--169828	85	4.2	90	88	6	535	32	22	19	25	1.97
169463--169828	174	2.1	174	88	8	534	32	22	19	25	1.97
169720--169958	130	1.9	128	91	3	399	32	22	20	24	1.98
169950--170354	211	1.9	217	87	6	610	36	21	18	23	1.95
170161--170444	90	3.1	90	89	3	455	35	21	18	24	1.96
170341--170569	127	1.8	126	89	4	363	34	21	18	24	1.96
170250--170660	217	1.9	215	87	5	605	35	21	18	24	1.96
170467--170723	91	2.9	91	84	5	339	34	21	16	27	1.95
170616--171256	128	5.0	131	86	5	871	32	22	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170637--171929	259	4.9	261	74	14	1118	32	22	18	26	1.97
171166--171375	84	2.5	84	83	12	261	34	23	16	25	1.95
171331--171929	124	4.8	128	81	9	678	32	22	18	26	1.97
171824--172368	173	3.1	174	85	8	715	33	20	19	26	1.97
171824--172368	260	2.1	258	86	8	750	33	20	19	26	1.97
171824--172364	87	6.2	87	85	9	725	33	20	19	26	1.97
172251--172491	127	1.9	127	90	5	389	32	22	20	24	1.98
172251--172882	132	4.9	128	66	19	400	32	22	20	24	1.98
172379--172752	88	4.4	86	86	9	500	33	22	19	24	1.97
172177--172582	214	1.9	216	90	7	657	33	21	19	25	1.97
172379--172752	169	2.2	171	86	9	523	33	22	19	24	1.97
172640--172882	132	1.9	130	92	1	405	32	22	20	24	1.98
172770--173056	90	3.3	87	87	4	411	33	21	19	25	1.97
172558--172972	220	1.9	212	86	7	595	33	22	20	24	1.97
173084--173357	89	3.1	88	84	6	349	35	22	16	25	1.95
173261--175453	259	8.4	264	75	12	1920	32	22	19	25	1.97
173261--175453	132	16.7	132	76	10	1930	32	22	19	25	1.97
174038--174934	90	10.1	90	73	13	657	34	21	18	25	1.96
174037--174408	181	2.1	175	85	6	498	35	20	17	26	1.94
173766--175176	530	2.7	528	90	2	2214	33	21	19	25	1.97
174558--174934	178	2.1	180	90	2	589	33	20	19	25	1.97
175349--176003	90	7.3	90	92	0	1069	33	21	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175349--176003	181	3.6	180	91	0	1069	33	21	18	26	1.97
175349--176003	271	2.4	268	91	1	1067	33	21	18	26	1.97
175889--176536	132	4.9	132	69	17	528	33	22	19	25	1.97
175718--176316	313	1.9	313	95	1	1076	33	21	18	25	1.97
176021--176406	90	4.3	90	93	0	664	33	21	19	25	1.97
176021--176406	181	2.1	180	94	1	666	33	21	19	25	1.97
175618--176719	403	2.7	403	96	0	1979	33	21	19	25	1.97
175799--177153	313	4.3	313	88	3	1796	33	21	19	25	1.97
176424--176719	90	3.3	90	88	2	461	34	21	19	24	1.97
175531--177010	403	3.7	394	85	5	1637	33	21	19	25	1.97
176716--177004	90	3.2	90	85	4	390	33	22	18	25	1.96
176895--177547	132	5.0	132	88	2	944	31	22	20	25	1.98
176918--177547	262	2.4	262	90	2	962	32	22	19	25	1.98
177452--177729	91	3.1	88	88	5	378	34	23	16	25	1.95
177630--178257	132	4.8	132	90	1	934	32	22	19	25	1.97
178149--178706	90	6.2	90	90	1	877	33	21	18	26	1.97
178608--179234	132	4.8	132	89	3	947	32	22	20	24	1.98
179126--179644	89	5.9	90	89	4	783	32	21	18	26	1.97
179126--179644	175	2.9	178	88	4	768	32	21	18	26	1.97
179689--179970	90	3.2	90	82	8	359	32	21	18	26	1.97
179868--180212	131	2.7	128	84	5	446	31	23	18	26	1.97
180139--180281	69	2.1	70	94	1	252	33	23	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180203--180658	90	5.2	90	86	4	648	33	21	17	27	1.96
180203--180633	181	2.4	176	91	2	666	33	20	17	27	1.95
180676--180963	90	3.2	91	88	2	431	33	21	18	26	1.96
180856--181359	132	3.8	132	91	0	794	32	22	20	24	1.98
181251--182170	90	10.3	90	89	1	1404	34	21	18	26	1.96
182188--182477	90	3.2	91	89	2	442	33	21	18	26	1.96
182369--182873	132	3.8	132	91	0	803	32	22	20	24	1.98
182765--184126	90	15.3	90	82	7	1550	33	21	18	26	1.97
182188--184088	847	2.2	866	88	5	2833	33	21	19	25	1.97
182501--184037	715	2.2	713	93	0	2588	32	21	19	25	1.97
183205--183588	132	2.9	131	87	1	543	32	21	19	25	1.97
182855--184433	625	2.5	631	86	6	2054	33	21	19	26	1.97
183480--184126	269	2.4	269	91	2	1047	33	21	19	25	1.97
184144--184433	90	3.2	91	89	0	449	33	21	19	25	1.97
183881--184545	305	2.2	299	88	4	940	33	21	19	26	1.97
184325--184669	124	2.7	127	82	7	408	32	22	19	25	1.97
184595--184738	69	2.1	70	94	1	254	34	22	14	28	1.94
184795--185152	39	9.2	39	90	1	522	36	14	17	31	1.90
184795--185152	117	3.1	117	92	1	576	36	14	17	31	1.90
185318--185431	34	3.4	34	92	0	174	36	9	18	35	1.84
185537--185605	32	2.2	32	89	0	102	31	24	15	27	1.96
186619--186668	11	5.1	10	88	9	61	2	10	6	82	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186619--186670	15	3.4	14	79	12	50	1	11	5	80	0.96
186843--186878	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
193785--193823	3	14.3	3	80	20	50	33	0	0	66	0.92
193785--193824	11	4.0	11	78	21	52	35	0	0	65	0.93
193793--193823	14	2.2	14	100	0	62	35	0	0	64	0.94
195097--195136	21	1.9	21	85	10	55	45	2	2	50	1.28
198723--198760	18	2.2	18	85	4	51	57	0	31	10	1.32
200966--201107	42	3.4	42	95	0	239	30	16	23	28	1.96
208844--208882	3	14.3	3	80	20	50	33	0	0	66	0.92
208844--208883	11	4.0	11	78	21	52	35	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7