genome.fa.s6710.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
463--504	14	2.9	14	82	10	50	33	0	9	57	1.31
1101--1139	17	2.3	17	90	0	60	23	7	0	69	1.14
2715--2743	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2701--2743	19	2.4	19	88	7	63	46	0	0	53	1.00
5225--5270	24	1.9	24	86	0	65	28	19	13	39	1.89
7948--8128	20	8.6	20	76	12	168	37	18	20	23	1.94
7936--8108	88	2.0	88	87	2	249	35	18	19	26	1.95
8036--8146	40	2.8	39	83	8	118	36	19	21	21	1.95
8659--8709	19	2.5	21	78	9	61	47	21	19	11	1.81
8737--8848	20	6.1	19	78	14	119	11	24	19	44	1.84
8742--8848	32	2.9	38	82	12	109	11	23	19	45	1.82
10880--11072	20	9.6	20	88	2	246	33	18	21	25	1.96
10880--11115	40	5.9	40	84	4	253	31	18	20	29	1.97
10881--11217	20	16.7	20	81	5	204	30	18	20	30	1.96
11063--11137	21	3.7	21	82	7	109	18	21	17	42	1.89
11164--11216	21	2.5	21	84	0	70	33	18	26	20	1.96
11061--11189	61	2.1	61	78	2	134	25	18	17	37	1.93
16195--16248	26	2.1	26	92	0	90	37	29	11	22	1.89
23649--23708	21	2.9	20	75	20	61	26	35	25	13	1.93
30982--31186	43	4.8	43	86	3	272	32	23	26	17	1.97
35385--35416	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
37447--37566	60	2.0	59	85	10	165	31	18	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51103--51187	22	3.9	22	70	6	82	24	17	22	35	1.95
51137--51369	115	2.0	115	92	1	387	26	17	19	36	1.94
57453--57527	20	3.6	20	74	10	60	21	20	33	25	1.97
65007--65186	89	2.0	89	91	3	290	42	17	18	21	1.89
65981--66013	15	2.2	15	89	10	50	78	6	0	15	0.93
70447--70513	29	2.3	30	84	5	84	26	14	11	46	1.80
73230--73267	19	2.0	19	90	10	60	36	7	31	23	1.84
78385--78724	55	6.2	55	82	3	384	38	17	15	28	1.90
88065--88105	16	2.6	15	88	7	55	68	0	21	9	1.18
93418--93465	5	10.0	5	78	17	57	83	0	16	0	0.65
93418--93464	9	4.9	10	76	10	53	85	0	14	0	0.61
93423--93455	11	3.1	11	86	8	50	87	0	12	0	0.53
93418--93465	19	2.5	19	86	6	62	83	0	16	0	0.65
102134--102241	48	2.2	48	96	0	198	30	28	15	25	1.96
103879--103917	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
112460--112497	13	2.8	13	81	18	51	65	2	28	2	1.19
112882--112952	35	2.0	35	86	0	97	38	9	5	46	1.61
127985--128042	22	2.6	22	91	0	89	53	22	6	17	1.67
137351--137395	10	4.3	10	81	10	54	42	0	0	57	0.98
137349--137390	22	1.9	22	95	0	75	45	0	0	54	0.99
145237--145282	22	2.1	22	91	0	74	36	10	13	39	1.79
145872--146000	20	6.4	20	88	0	150	27	17	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145872--146000	40	3.2	40	86	0	168	27	17	18	36	1.93
146530--146574	10	4.3	10	81	10	54	44	2	0	53	1.13
146528--146570	22	2.0	22	90	0	68	46	2	0	51	1.13
150982--151033	23	2.3	23	89	0	77	55	19	7	17	1.65
151280--151346	27	2.5	27	100	0	134	38	23	17	19	1.93
153872--153909	13	2.8	14	80	8	51	31	26	10	31	1.90
157035--157090	27	2.1	27	100	0	112	21	28	32	17	1.96
157102--157149	21	2.3	21	92	0	78	37	25	8	29	1.85
158636--158810	91	1.9	92	92	1	298	32	8	12	46	1.71
164618--164668	19	2.7	19	96	0	93	5	58	0	35	1.22
164616--164669	21	2.6	21	93	0	90	5	57	0	37	1.22
182239--182280	10	4.5	10	80	17	54	57	0	0	42	0.99
182240--182275	17	2.1	17	100	0	72	58	0	0	41	0.98
182303--182348	18	2.5	18	85	3	56	13	0	6	80	0.89
182322--182346	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
182357--182390	16	2.1	16	89	10	52	55	0	2	41	1.15
182840--182896	7	8.3	7	94	3	98	26	0	1	71	0.95
182829--182887	27	2.2	27	84	0	73	30	3	0	66	1.08
182841--182905	27	2.4	27	92	2	103	27	0	3	69	1.03
184130--184179	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
193074--193123	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
195436--195487	21	2.5	22	76	20	58	55	3	1	38	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195478--195529	25	2.0	25	92	7	86	50	3	3	42	1.39
195505--195676	37	4.6	37	90	4	283	44	6	2	46	1.44
195489--195711	112	2.0	105	81	13	247	43	7	3	45	1.48
197740--197771	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
199687--199716	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
203900--203991	43	2.1	42	86	4	121	29	15	17	38	1.90
205864--205907	6	7.3	6	100	0	88	0	15	15	68	1.22
207957--208011	17	3.1	17	71	19	58	50	3	3	41	1.37
207928--208011	36	2.3	38	87	8	120	47	3	5	42	1.45
207957--208013	18	3.2	18	72	16	55	50	3	3	42	1.36
208185--208571	37	11.0	37	76	14	376	45	1	6	46	1.37
208256--208299	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
208185--208555	103	3.6	100	74	15	306	45	1	6	46	1.37
208185--208376	99	1.9	96	87	7	278	44	1	5	48	1.31
208390--208523	26	5.3	26	73	16	97	47	0	7	44	1.36
208350--208563	73	3.2	62	82	17	268	47	1	7	43	1.40
208442--208577	11	11.4	11	67	23	53	46	2	6	44	1.41
208573--208630	30	2.0	30	86	3	82	29	0	1	68	0.99
208584--208630	7	6.4	7	87	4	58	27	0	0	72	0.85
210048--210096	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
211740--211770	16	1.9	16	100	0	62	25	0	22	51	1.48
220075--220125	18	2.8	18	78	0	66	17	17	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225948--226018	35	2.0	35	88	0	106	19	15	7	57	1.61
229512--229597	45	1.9	45	87	0	127	44	15	22	18	1.87
231138--231467	39	8.4	39	85	6	407	47	1	6	43	1.39
231138--231450	116	2.6	117	85	9	413	46	1	6	44	1.40
231138--231455	118	2.7	117	87	6	462	47	1	6	43	1.40
231138--231467	79	4.2	77	88	4	430	47	1	6	43	1.39
238224--238322	26	3.9	26	72	18	84	23	4	19	53	1.62
238241--238436	54	4.0	49	81	14	208	22	4	19	53	1.64
238241--238400	54	3.1	51	88	9	229	22	3	20	53	1.61
238435--238552	54	2.3	50	84	8	148	28	1	27	41	1.66
238456--238528	28	2.7	27	71	23	64	28	2	26	42	1.69
238502--238576	24	3.1	24	68	11	64	25	0	30	44	1.55
240481--240522	15	2.8	15	88	0	57	64	11	14	9	1.50
249013--249062	21	2.4	21	81	15	59	80	6	14	0	0.90
249010--249085	16	5.0	14	77	17	64	78	7	11	1	1.01
249008--249085	30	2.6	30	82	11	81	78	7	12	1	1.02
250592--250625	12	2.8	12	100	0	68	41	26	5	26	1.78
250604--252252	106	15.6	106	91	0	2515	34	24	17	23	1.96
255562--255612	21	2.4	21	83	6	59	45	11	37	5	1.65
257203--257232	13	2.3	13	94	0	51	43	6	20	30	1.77
257299--257337	13	3.0	13	92	0	69	30	20	23	25	1.98
262311--262364	26	2.1	26	96	0	99	35	27	14	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271877--271904	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
273887--273915	15	1.9	15	100	0	58	20	17	34	27	1.95
274861--274889	15	1.9	15	100	0	58	20	17	34	27	1.95
275425--275483	31	1.9	31	89	0	91	40	5	10	44	1.60
275508--275550	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
275510--275558	22	2.2	22	88	3	71	53	14	2	30	1.52
275498--276286	54	14.4	54	80	12	562	51	13	0	34	1.43
275554--275605	14	3.4	14	71	19	50	55	5	0	38	1.24
275594--275636	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
275648--275690	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11