genome.fa.s6710.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079539--2079608	23	3.0	24	76	14	74	18	5	1	74	1.09
2079609--2079647	21	1.9	20	89	5	60	30	5	0	64	1.15
2079655--2079689	17	2.1	17	94	0	61	11	8	5	74	1.22
2084555--2084670	36	3.1	36	82	8	117	37	2	7	52	1.44
2084555--2084635	36	2.1	40	88	8	125	35	1	7	55	1.36
2084614--2084899	73	4.0	71	81	7	278	41	2	6	49	1.43
2084608--2084937	38	9.2	37	76	11	242	41	2	7	49	1.44
2084608--2084937	35	9.2	36	76	12	263	41	2	7	49	1.44
2084650--2084937	106	2.7	105	80	8	278	41	2	6	49	1.43
2084941--2084995	4	13.8	4	81	7	67	25	3	0	70	1.03
2084941--2084996	24	2.3	23	79	8	76	26	3	0	69	1.04
2085084--2085143	30	2.0	30	96	0	111	36	25	30	8	1.85
2086179--2086224	20	2.3	20	81	11	58	23	8	0	67	1.18
2091104--2091723	84	7.5	84	78	5	672	29	25	21	23	1.99
2091104--2091746	165	3.9	165	95	0	1092	29	25	21	23	1.99
2092375--2092666	36	8.0	36	73	14	160	42	2	6	48	1.42
2092375--2092548	72	2.5	71	81	8	194	41	4	6	47	1.49
2092428--2092713	73	4.0	71	80	7	269	41	2	6	49	1.42
2092422--2092751	38	9.2	37	75	11	233	41	2	6	49	1.43
2092590--2092649	13	4.7	13	71	19	54	41	0	6	51	1.28
2092747--2092811	25	2.7	24	69	9	60	27	3	0	69	1.03
2092755--2092810	4	14.8	4	81	7	64	25	3	0	71	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092464--2092751	106	2.7	106	82	7	284	41	2	6	49	1.42
2092899--2092956	30	1.9	30	100	0	116	39	27	25	6	1.81
2100210--2100793	55	10.7	55	89	1	845	28	28	14	28	1.96
2100210--2100793	108	5.3	109	91	1	841	28	28	14	28	1.96
2100210--2100772	163	3.5	162	90	2	826	28	28	14	28	1.96
2113064--2113132	20	3.3	20	74	8	57	55	2	1	40	1.24
2113072--2113120	20	2.6	19	84	9	64	57	4	0	38	1.18
2113943--2113988	3	15.3	3	90	0	74	32	4	0	63	1.14
2113943--2113986	15	2.9	15	100	0	88	34	4	0	61	1.16
2114940--2114977	18	2.1	19	90	5	60	60	0	0	39	0.97
2118403--2118465	29	2.2	29	88	0	90	25	11	6	57	1.57
2129305--2129341	15	2.4	16	90	4	58	64	2	10	21	1.37
2131163--2131242	20	3.8	21	77	11	83	26	17	17	38	1.92
2131160--2131258	43	2.4	41	83	10	137	25	18	21	35	1.95
2131160--2131250	20	4.3	21	72	15	80	24	17	19	38	1.93
2131244--2131302	23	2.6	23	94	0	109	20	22	27	30	1.98
2138269--2138357	21	4.2	21	73	8	81	26	12	20	40	1.88
2138355--2138408	23	2.4	22	87	6	81	22	14	18	44	1.86
2142335--2142404	20	3.8	20	73	23	71	35	14	24	25	1.93
2143072--2143170	43	2.3	42	81	6	128	25	15	23	36	1.93
2143070--2143215	21	6.8	20	68	13	85	26	15	22	36	1.93
2146637--2146676	16	2.5	16	84	11	55	52	0	27	20	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148678--2148705	14	2.0	14	100	0	56	35	0	42	21	1.53
2149906--2149993	20	4.4	20	64	21	58	34	18	14	32	1.91
2162976--2163950	500	2.0	500	92	0	1644	33	11	22	32	1.90
2164835--2164887	17	3.1	17	83	0	70	45	7	11	35	1.69
2164962--2165014	17	3.1	17	75	0	52	45	13	9	32	1.75
2175052--2175103	27	1.9	27	88	0	77	21	11	40	26	1.87
2180719--2180771	26	2.0	26	88	0	79	28	7	16	47	1.74
2182753--2182788	19	1.9	19	88	5	56	22	11	11	55	1.66
2188249--2188434	37	5.0	37	90	2	293	36	16	22	24	1.94
2188249--2188434	75	2.5	74	91	2	293	36	16	22	24	1.94
2188535--2188668	36	3.8	36	86	2	189	39	16	20	23	1.92
2188528--2188668	71	2.0	72	90	1	221	39	16	19	25	1.92
2188734--2189066	110	3.0	110	85	4	429	31	20	19	29	1.97
2188711--2189029	55	5.8	55	85	5	412	31	19	19	29	1.97
2193910--2193948	12	3.2	12	85	0	51	61	0	0	38	0.96
2193968--2194131	83	2.0	84	92	2	276	31	17	21	29	1.96
2194110--2194170	13	4.7	13	85	0	86	34	16	19	29	1.94
2194103--2194170	26	2.6	26	88	0	91	36	14	19	29	1.91
2197394--2197469	36	2.1	37	85	7	102	42	14	14	28	1.85
2197999--2198109	51	2.2	51	100	0	222	29	10	3	55	1.51
2198237--2198270	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
2198251--2198301	21	2.4	22	80	3	59	27	3	1	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201621--2201690	12	6.1	11	73	15	61	81	4	12	1	0.90
2201621--2201674	23	2.4	23	81	9	67	81	3	14	0	0.82
2201634--2201702	21	3.2	20	73	13	57	76	5	15	1	1.04
2202300--2202344	22	2.0	22	95	0	81	37	28	11	22	1.88
2203199--2203308	37	3.0	37	91	2	177	26	22	13	37	1.92
2203217--2203674	102	4.5	102	93	0	781	29	20	12	36	1.90
2203421--2203507	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
2203537--2203614	37	2.1	38	87	2	113	28	20	12	38	1.89
2203574--2203743	65	2.6	65	92	0	288	32	18	12	37	1.88
2203457--2203774	167	1.9	169	92	1	532	30	19	12	37	1.89
2204263--2204892	109	5.9	107	83	7	637	32	25	20	21	1.98
2205353--2205453	36	2.8	37	77	8	107	39	12	13	33	1.83
2205966--2206048	26	3.2	26	67	16	82	32	9	3	54	1.50
2205960--2206070	51	2.2	51	100	0	222	29	10	3	55	1.51
2206200--2206233	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
2206214--2206264	21	2.4	22	80	3	59	27	3	1	66	1.20
2216277--2216482	72	2.8	75	78	10	183	35	18	20	24	1.95
2216374--2216495	40	3.0	42	78	17	136	31	18	24	26	1.97
2216428--2216524	43	2.3	42	82	10	110	35	18	22	23	1.96
2217304--2217709	191	2.1	193	83	3	498	38	11	11	38	1.77
2225045--2225085	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
2225385--2225470	18	4.8	17	92	7	111	75	4	12	6	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225385--2225476	36	2.6	36	83	16	136	76	4	13	6	1.14
2226545--2226600	24	2.3	25	78	9	62	35	10	19	33	1.87
2228638--2228678	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
2228725--2228754	12	2.6	12	94	5	53	26	20	0	53	1.46
2231153--2231437	83	3.5	82	78	2	225	32	20	15	31	1.93
2235395--2235425	16	1.9	16	100	0	62	0	9	6	83	0.79
2239400--2239577	90	2.0	90	90	0	284	35	11	7	44	1.69
2247740--2248042	153	2.0	153	95	1	545	35	11	17	35	1.86
2258604--2258838	41	5.7	41	70	4	159	34	20	12	32	1.90
2258627--2258887	82	3.2	82	79	2	267	36	20	10	32	1.87
2267629--2267691	30	2.1	30	85	5	83	41	7	17	33	1.79
2269178--2269752	81	7.1	81	87	1	731	36	10	21	32	1.87
2283694--2283718	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2285607--2285761	55	2.8	55	79	5	163	36	10	16	36	1.84
2285596--2285777	54	3.4	54	75	6	163	39	10	14	35	1.81
2285836--2286408	81	7.1	81	85	2	720	34	10	22	31	1.89
2285836--2286408	242	2.4	244	86	2	753	34	10	22	31	1.89
2286382--2286431	23	2.2	23	100	0	100	38	12	26	24	1.90
2288600--2288668	24	2.7	26	77	8	79	37	13	18	30	1.89
2289430--2289458	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2291089--2291518	170	2.6	163	79	7	402	30	17	19	33	1.94
2298108--2298171	31	2.1	30	88	2	92	20	37	14	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300039--2300110	17	4.2	17	75	3	63	43	6	12	37	1.70
2306327--2306382	18	3.2	18	73	17	55	7	17	3	71	1.23
2306340--2306368	11	2.6	11	100	0	58	0	17	0	82	0.66
2310278--2310316	15	2.6	14	84	8	51	28	12	12	46	1.79
2312387--2312432	24	1.9	24	90	0	74	26	21	15	36	1.93
2326204--2326237	17	2.0	17	88	0	50	44	8	11	35	1.72
2332328--2332378	12	4.2	12	78	14	59	80	1	11	5	0.97
2332328--2332378	6	8.3	6	77	12	50	80	1	11	5	0.97
2338493--2338554	24	2.6	24	75	12	74	62	14	14	8	1.52
2338540--2338569	15	2.1	15	93	6	53	76	3	20	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11