genome.fa.s6710.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342585--2342623	11	3.5	11	85	0	51	79	12	0	7	0.93
2345788--2345839	20	2.5	20	96	3	95	40	9	30	19	1.83
2346693--2346718	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2347953--2348358	81	5.1	81	85	5	562	37	10	21	30	1.87
2347996--2348358	152	2.3	152	87	4	492	37	9	22	30	1.86
2348128--2348392	81	3.3	81	84	2	334	36	10	21	30	1.88
2353607--2354095	81	6.1	81	87	2	662	35	9	23	31	1.87
2357878--2357939	17	3.6	17	88	2	88	40	17	8	33	1.79
2361547--2361588	17	2.4	18	92	4	68	30	16	11	40	1.85
2365289--2365323	16	2.1	17	89	5	54	31	11	17	40	1.85
2365370--2365407	17	2.2	17	90	0	58	36	18	7	36	1.80
2365381--2365413	17	1.9	17	93	0	57	36	18	6	39	1.75
2381009--2381057	11	4.2	12	75	19	50	28	2	36	32	1.69
2385789--2385842	23	2.3	23	100	0	108	12	38	12	35	1.82
2398304--2398363	30	2.0	31	83	3	77	26	10	10	53	1.66
2399273--2399323	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
2410849--2410889	22	1.9	21	85	5	55	26	2	39	31	1.70
2414717--2414769	17	3.1	17	83	0	70	41	7	15	35	1.75
2415059--2415108	19	2.5	20	83	3	66	38	10	6	46	1.62
2423391--2423444	22	2.3	23	78	12	58	11	18	12	57	1.64
2424428--2424478	19	2.7	19	90	0	75	1	15	3	78	0.99
2425196--2425245	19	2.5	20	87	3	66	46	6	12	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432747--2432800	19	2.9	19	86	8	67	5	14	3	75	1.12
2432736--2432805	18	3.9	17	76	12	61	4	17	2	75	1.08
2432987--2433037	24	2.2	23	92	3	84	56	0	17	25	1.41
2439285--2439339	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
2442712--2442766	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
2446058--2446108	24	2.1	24	85	7	68	37	27	17	17	1.93
2446158--2446182	12	2.1	12	100	0	50	40	8	32	20	1.81
2450125--2450169	23	2.0	23	90	0	72	60	15	13	11	1.60
2459497--2459539	12	3.5	12	78	15	52	62	0	13	23	1.31
2462554--2462596	12	3.5	12	78	15	52	62	0	13	23	1.31
2465611--2465653	12	3.5	12	78	15	52	62	0	13	23	1.31
2472585--2472653	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
2472639--2472724	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
2472624--2472725	36	2.9	36	94	1	170	26	4	36	32	1.78
2474312--2474364	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
2474554--2474608	10	5.6	10	74	20	53	0	20	3	76	0.94
2485712--2485763	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
2486174--2486213	19	2.0	20	86	13	57	22	10	0	67	1.20
2488272--2488443	91	1.9	90	83	7	222	22	25	22	29	1.99
2494557--2494611	14	4.2	12	78	17	56	3	16	3	76	1.07
2494573--2494617	19	2.4	18	85	10	56	2	17	4	75	1.07
2496297--2496376	35	2.2	37	82	4	101	31	36	2	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506998--2507057	30	2.0	30	93	0	102	21	25	23	30	1.99
2507671--2507791	52	2.3	52	91	0	188	43	9	19	26	1.82
2512400--2512444	23	2.0	23	86	0	63	13	13	13	60	1.60
2520544--2520638	36	2.7	36	86	1	120	31	3	35	29	1.73
2522702--2522768	24	2.8	24	75	4	64	26	26	19	26	1.99
2524529--2524623	36	2.7	36	88	1	129	31	4	35	28	1.76
2524971--2525021	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2553123--2553182	30	2.0	30	90	0	93	23	18	23	35	1.96
2554961--2555011	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
2558909--2558978	20	3.5	20	94	1	115	35	15	5	42	1.71
2569166--2569235	20	3.5	20	94	1	115	35	15	5	42	1.71
2569658--2569700	13	3.2	13	80	9	50	25	4	0	69	1.07
2569968--2570029	28	2.3	28	81	13	76	69	4	16	9	1.33
2573169--2573219	20	2.5	20	96	0	93	35	17	5	41	1.74
2577148--2577198	20	2.6	20	90	3	77	37	13	5	43	1.69
2577821--2577954	52	2.6	51	84	8	175	44	10	19	25	1.82
2581875--2581934	20	3.0	19	78	11	59	76	5	15	3	1.08
2590778--2590820	22	2.0	22	82	13	54	58	13	18	9	1.62
2590828--2590884	27	2.1	27	83	6	71	59	10	15	14	1.60
2603990--2604039	24	2.1	24	85	7	66	24	22	16	38	1.93
2605596--2605653	30	1.9	30	86	6	82	8	18	5	67	1.37
2605714--2605745	14	2.3	14	100	0	64	12	15	18	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2605919--2605952	15	2.2	16	89	5	52	61	0	20	17	1.34
2606466--2606508	20	2.2	20	87	4	61	48	9	9	32	1.67
2607362--2607465	36	2.9	36	88	4	140	30	4	36	27	1.78
2609528--2609594	24	2.8	24	75	4	64	26	26	19	26	1.99
2610862--2610899	14	2.6	15	79	8	51	2	15	5	76	1.08
2611346--2611449	36	2.9	36	88	4	140	30	4	36	27	1.78
2611790--2611840	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2622732--2622765	15	2.3	15	89	0	50	17	29	0	52	1.45
2627746--2627831	45	1.9	45	90	0	136	26	15	19	38	1.91
2630169--2630217	19	2.6	19	83	6	55	4	18	4	73	1.15
2630184--2630226	19	2.2	20	88	12	63	0	20	0	79	0.74
2632120--2632205	45	1.9	45	82	0	109	26	16	20	36	1.94
2632246--2632288	17	2.5	17	96	0	77	16	16	27	39	1.90
2634628--2634671	6	7.2	6	82	12	54	0	18	2	79	0.83
2634628--2634671	13	3.6	12	82	11	54	0	18	2	79	0.83
2652310--2652339	11	2.7	11	94	0	51	26	10	43	20	1.83
2654884--2654941	16	3.7	15	78	15	55	67	0	17	15	1.24
2655051--2655108	30	1.9	30	82	6	73	8	18	5	67	1.37
2655360--2655393	15	2.2	16	89	5	52	61	0	20	17	1.34
2655863--2655905	20	2.2	20	87	4	61	51	6	9	32	1.61
2659577--2659634	26	2.2	26	82	11	66	22	20	0	56	1.42
2665785--2665814	15	2.1	15	93	6	53	0	20	3	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665881--2665905	11	2.3	11	100	0	50	16	36	8	40	1.77
2680319--2680363	11	4.1	11	85	5	56	15	11	2	71	1.24
2684460--2684498	20	2.0	20	95	5	71	33	0	0	66	0.92
2689585--2690643	106	10.0	106	92	0	1721	34	24	17	22	1.96
2690742--2691169	84	5.1	84	80	4	463	29	24	21	24	1.99
2690715--2691158	165	2.7	164	86	4	579	29	25	21	24	1.99
2691399--2691435	20	1.9	20	94	5	67	29	0	0	70	0.88
2691397--2691453	23	2.5	22	81	13	71	28	0	0	71	0.86
2694492--2694536	23	2.0	23	90	0	72	60	15	13	11	1.60
2720129--2720163	18	2.0	18	88	5	54	8	8	5	77	1.13
2720456--2720496	20	2.0	20	90	9	66	65	0	14	19	1.26
2728233--2728319	26	3.3	26	85	3	122	37	0	32	29	1.58
2731597--2731647	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2732934--2732974	22	1.9	21	90	5	64	34	36	2	26	1.70
2733274--2733351	6	13.5	6	75	14	58	79	2	16	1	0.91
2733269--2733337	16	4.3	15	77	15	75	81	1	17	0	0.77
2733268--2733337	10	6.9	11	81	16	73	81	1	17	0	0.77
2733268--2733336	23	2.9	23	77	14	61	81	1	17	0	0.77
2734312--2734355	22	2.0	22	82	8	54	56	11	18	13	1.66
2738109--2738173	34	1.9	33	81	9	78	72	9	3	15	1.23
2746031--2746110	35	2.2	37	88	4	119	32	37	2	27	1.70
2746064--2746110	11	4.1	11	80	20	60	36	36	2	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746064--2746110	24	2.0	24	84	15	64	36	36	2	25	1.68
2750121--2750200	35	2.2	37	86	4	110	31	37	2	28	1.71
2750154--2750200	11	4.1	11	75	20	51	34	36	2	27	1.69
2754212--2754296	35	2.4	37	88	4	120	32	36	3	27	1.74
2754245--2754291	11	4.1	11	80	20	60	36	36	2	25	1.68
2754245--2754291	24	2.0	24	84	15	64	36	36	2	25	1.68
2770283--2770325	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2771013--2771059	24	2.0	23	84	12	60	38	4	2	55	1.31
2787101--2787148	24	2.0	25	83	4	62	50	14	22	12	1.77
2791189--2791230	20	2.2	19	83	12	50	23	11	0	64	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11